genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19130364--19130421	28	2.1	27	85	14	91	27	20	27	24	1.99
19130332--19130421	30	3.0	30	88	4	121	27	21	25	25	1.99
19130529--19130589	26	2.3	26	85	0	77	39	21	22	16	1.92
19130529--19130621	26	3.5	26	79	1	69	38	20	22	18	1.93
19130745--19130939	27	7.3	26	77	8	158	18	15	19	45	1.85
19130762--19130939	53	3.3	53	83	3	196	18	15	19	46	1.85
19130775--19130939	54	3.1	53	83	4	197	18	16	18	46	1.85
19133404--19133676	136	2.0	136	83	4	345	31	13	11	43	1.79
19133545--19133858	164	1.9	165	82	4	393	34	12	12	41	1.80
19140834--19141010	42	4.2	43	81	3	198	27	31	18	22	1.97
19141015--19141057	13	2.9	14	83	16	52	55	4	0	39	1.20
19144541--19145485	297	3.2	297	92	1	1567	31	16	16	35	1.91
19144541--19145485	149	6.4	148	92	1	1561	31	16	16	35	1.91
19145786--19145819	18	1.9	18	88	5	52	44	8	0	47	1.34
19145921--19145991	14	4.9	14	77	14	65	35	42	0	22	1.54
19145936--19145984	7	6.9	7	76	4	53	32	46	0	20	1.51
19145947--19146008	22	2.9	22	80	2	63	38	43	0	17	1.49
19146022--19146051	15	2.0	15	93	0	51	36	43	0	20	1.52
19146250--19146304	15	3.7	15	76	11	60	34	47	0	18	1.49
19146250--19146283	8	4.6	7	86	13	50	32	50	0	17	1.47
19146299--19146347	14	3.4	14	83	5	62	34	38	0	26	1.57
19146501--19146653	73	2.1	73	87	0	216	26	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19146553--19146993	114	3.9	114	86	2	593	28	25	19	25	1.99
19146897--19147064	72	2.3	71	87	2	228	26	23	22	27	1.99
19149114--19149183	20	3.5	20	80	0	86	7	25	25	41	1.81
19149946--19150009	30	2.1	30	88	0	92	29	35	18	15	1.92
19151094--19151220	27	4.7	27	85	6	179	35	13	17	33	1.89
19151094--19151220	54	2.4	54	88	9	197	35	13	17	33	1.89
19160322--19160607	50	5.6	50	83	3	223	24	30	19	25	1.98
19160322--19160617	100	2.9	99	82	7	299	24	29	19	26	1.98
19173216--19173312	43	2.2	44	96	1	178	31	14	16	37	1.89
19179122--19179191	25	2.8	25	88	0	113	30	21	24	24	1.99
19190312--19190385	25	3.0	25	74	7	69	25	17	20	36	1.94
19195959--19196044	21	4.0	21	80	8	86	38	20	22	18	1.94
19196246--19196334	36	2.4	37	81	5	101	31	23	1	43	1.61
19197169--19197228	27	2.1	27	84	9	75	43	0	1	55	1.10
19197194--19197230	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
19203228--19203336	23	5.0	23	83	8	147	37	22	22	17	1.94
19203553--19203589	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
19203759--19203820	16	4.2	16	76	19	80	29	17	6	46	1.73
19203769--19203823	27	2.0	27	96	0	101	32	14	7	45	1.72
19204829--19204866	18	2.1	19	85	14	53	0	21	0	78	0.74
19204828--19204868	13	3.2	13	90	10	66	0	24	0	75	0.80
19209879--19210048	83	2.0	83	93	4	290	35	12	10	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19212569--19212839	100	2.7	100	90	2	411	25	18	22	33	1.96
19212569--19212839	50	5.4	50	74	3	249	25	18	22	33	1.96
19217371--19217413	20	2.2	20	100	0	86	34	9	4	51	1.55
19219370--19219437	31	2.2	31	81	2	84	36	8	10	44	1.70
19220658--19220699	17	2.6	16	78	14	50	64	2	0	33	1.07
19221270--19221330	11	5.6	10	87	12	77	21	29	0	49	1.50
19225956--19226246	126	2.3	126	91	0	483	26	21	19	31	1.98
19226321--19226564	95	2.5	95	79	7	278	42	17	2	37	1.64
19227621--19227687	9	6.9	9	71	15	53	56	1	2	38	1.24
19227621--19227687	30	2.3	30	87	7	93	56	1	2	38	1.24
19227624--19227703	30	2.6	31	81	11	87	57	1	3	37	1.25
19228412--19228454	21	2.0	21	82	8	52	46	2	2	48	1.27
19228480--19228525	20	2.3	21	82	14	62	36	0	2	60	1.09
19228851--19228895	18	2.3	18	85	11	54	35	2	2	60	1.22
19229868--19229914	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
19230002--19230034	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
19230108--19230154	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
19229751--19230408	120	5.5	120	96	0	1174	49	5	1	43	1.36
19230390--19230558	47	3.7	46	71	18	154	46	2	3	46	1.35
19239003--19239121	62	1.9	62	82	3	150	25	25	26	23	2.00
19239023--19239165	62	2.3	62	79	2	144	27	24	23	25	2.00
19239088--19239211	62	2.0	63	82	1	151	29	23	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19240229--19240304	38	2.0	38	100	0	152	42	0	15	42	1.47
19242998--19243032	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
19246600--19246624	13	1.9	13	100	0	50	20	8	40	32	1.81
19247301--19247333	15	2.3	15	89	5	50	54	0	18	27	1.44
19248756--19248827	22	3.2	22	66	11	65	43	4	8	44	1.53
19252599--19252669	25	2.8	25	91	4	108	53	9	1	35	1.43
19252606--19252669	16	3.8	18	86	12	91	54	9	0	35	1.33
19252606--19252669	9	7.6	9	87	8	91	54	9	0	35	1.33
19252731--19252771	16	2.6	16	88	0	55	41	9	2	46	1.50
19254646--19254840	62	3.1	62	78	5	164	25	21	27	25	1.99
19256994--19257027	17	2.0	17	88	11	52	26	0	2	70	1.01
19264852--19264922	36	2.0	36	97	2	135	54	2	16	25	1.56
19264911--19264982	34	2.1	34	89	2	110	45	6	16	30	1.74
19265052--19265123	29	2.4	29	81	4	81	48	15	12	23	1.79
19266330--19266524	95	2.0	96	99	1	383	28	10	18	42	1.84
19268936--19268981	18	2.5	19	82	10	60	28	15	30	26	1.96
19268949--19268987	18	2.2	18	85	0	51	28	15	33	23	1.95
19269127--19269173	15	3.2	15	77	17	62	34	0	4	61	1.15
19269389--19269445	22	2.7	21	81	7	62	71	5	5	17	1.23
19270988--19271040	28	1.9	28	84	3	72	41	13	11	33	1.80
19277167--19277221	24	2.3	24	81	9	60	34	1	1	61	1.17
19280405--19280439	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19281080--19281107	6	4.7	6	100	0	56	32	35	32	0	1.58
19281686--19281777	48	1.9	48	90	0	148	51	10	6	31	1.62
19281711--19281901	62	3.1	62	96	0	355	49	7	6	36	1.57
19283177--19283229	16	3.3	16	94	0	97	39	5	33	20	1.76
19283211--19283303	44	2.1	46	91	4	154	29	4	30	36	1.77
19283211--19283316	39	2.5	44	82	11	123	30	3	31	34	1.75
19283532--19283575	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26
19310526--19310561	16	2.2	16	90	0	54	41	19	2	36	1.66
19314049--19314102	28	1.9	28	88	0	81	35	24	14	25	1.94
19314203--19314256	26	2.1	26	82	0	63	35	20	22	22	1.96
19314449--19314527	27	2.9	28	92	3	126	22	17	17	41	1.90
19314491--19314563	38	1.9	38	85	0	101	20	12	24	42	1.86
19314464--19314592	65	2.0	65	87	0	186	19	13	24	43	1.86
19314527--19314599	27	2.7	27	85	4	94	17	10	26	45	1.82
19315982--19316105	50	2.5	50	75	0	122	30	24	27	17	1.97
19316048--19316175	49	2.6	49	83	6	161	32	21	25	21	1.98
19317627--19317664	5	7.8	5	85	5	51	81	2	0	15	0.80
19317877--19317905	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
19326384--19326531	56	2.7	56	96	1	271	27	18	27	27	1.98
19326379--19326627	56	4.7	52	84	6	238	28	20	26	24	1.99
19331684--19331796	51	2.2	51	90	0	181	36	28	9	25	1.88
19331929--19332033	33	3.1	34	80	9	101	22	46	1	28	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19331961--19332039	34	2.4	34	82	6	90	22	49	1	26	1.58
19333042--19333084	14	2.8	15	80	13	52	34	0	25	39	1.56
19334907--19335008	45	2.3	44	83	5	123	25	19	9	45	1.81
19343985--19344018	17	2.0	17	100	0	68	41	11	29	17	1.85
19346212--19346253	21	2.0	22	85	4	59	61	4	14	19	1.49
19370754--19370793	11	3.7	12	84	15	52	22	0	15	62	1.32
19371433--19371473	21	2.0	21	85	0	55	48	7	4	39	1.52
19373508--19373542	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
19379030--19379073	24	1.9	23	86	9	63	43	6	20	29	1.78
19387937--19387981	23	2.0	22	83	8	56	31	11	8	48	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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