genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12315798--12315920	41	3.0	41	85	5	167	57	10	11	20	1.62
12316112--12316229	47	2.5	47	81	0	137	39	22	7	30	1.82
12316496--12316559	23	2.8	22	83	6	83	3	23	0	73	0.97
12316503--12316555	11	4.9	11	82	13	74	1	24	0	73	0.93
12318963--12319315	184	1.9	184	86	0	499	34	18	13	33	1.90
12331700--12331770	31	2.3	31	90	0	106	42	19	12	25	1.87
12333346--12333391	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
12335334--12335365	15	2.0	17	88	11	50	21	56	21	0	1.43
12335313--12335366	18	2.9	18	76	13	56	18	55	22	3	1.58
12339609--12339642	16	2.0	18	88	11	54	47	5	2	44	1.42
12341084--12341343	138	1.9	138	95	0	475	31	12	15	41	1.84
12343827--12343885	25	2.4	25	91	0	91	28	3	27	40	1.72
12344596--12344771	70	2.5	70	87	0	255	34	18	14	32	1.91
12357028--12357052	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
12360112--12360158	24	2.0	24	87	8	69	38	8	2	51	1.45
12362567--12362600	7	4.7	7	88	3	50	85	0	11	2	0.71
12366843--12367050	91	2.3	91	88	0	292	32	14	23	29	1.95
12366917--12367058	46	3.1	46	74	9	155	34	14	22	28	1.94
12370850--12370888	15	2.6	15	91	0	60	41	35	7	15	1.76
12372029--12372055	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
12374335--12374362	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
12378594--12378629	18	2.0	18	94	0	63	8	16	19	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12383546--12383607	31	2.0	31	93	0	106	30	25	16	27	1.96
12384678--12384718	19	2.2	19	90	0	64	51	0	24	24	1.49
12390749--12390792	4	11.0	4	80	0	52	20	25	4	50	1.67
12390742--12390792	12	4.2	12	82	0	66	19	25	5	49	1.71
12391041--12391230	50	3.7	50	84	4	227	23	29	20	26	1.99
12391041--12391227	100	1.8	103	83	6	254	23	29	20	26	1.99
12418711--12418786	9	8.3	9	72	24	54	65	7	1	25	1.27
12418724--12418782	9	6.3	9	82	9	66	71	5	0	23	1.06
12418724--12418800	19	4.3	18	82	9	86	67	5	0	27	1.12
12418730--12418943	9	22.2	10	68	19	75	58	3	2	34	1.30
12418827--12418938	30	3.7	31	78	11	108	58	1	3	35	1.26
12418827--12418936	21	5.4	21	71	16	63	58	1	3	36	1.26
12419069--12419111	18	2.5	17	77	7	52	25	0	0	74	0.82
12419728--12419828	31	3.3	31	65	5	89	29	7	24	37	1.84
12419758--12419858	29	3.4	29	64	5	85	30	8	24	35	1.86
12419728--12419857	60	2.2	60	98	0	251	30	8	24	36	1.85
12422042--12422156	28	3.9	29	76	10	90	23	11	21	43	1.85
12424280--12424321	22	1.9	22	85	9	59	35	4	11	47	1.61
12426153--12426186	17	2.0	17	100	0	68	23	23	11	41	1.87
12430447--12430569	42	2.9	42	85	2	165	32	21	13	31	1.93
12430529--12430712	48	3.8	48	82	5	210	32	21	15	30	1.94
12430529--12430707	96	1.9	96	85	2	252	31	21	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12439022--12439050	9	3.2	9	100	0	58	68	0	0	31	0.89
12439169--12439221	16	2.9	19	68	21	58	52	0	22	24	1.47
12439582--12439618	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
12444069--12444118	26	1.9	26	84	8	66	6	22	36	36	1.79
12449966--12449990	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
12451064--12451215	43	3.5	42	78	7	164	27	17	23	30	1.97
12452162--12452189	8	3.5	8	100	0	56	46	0	0	53	1.00
12455678--12455724	19	2.5	19	100	0	94	40	4	19	36	1.71
12460029--12460287	58	4.5	58	87	1	349	34	10	20	34	1.87
12460337--12460376	21	1.9	21	89	0	62	12	17	27	42	1.85
12460380--12460659	69	4.1	68	81	3	328	20	20	25	33	1.96
12460384--12460656	137	2.0	137	84	2	361	19	20	25	34	1.96
12470121--12470230	54	2.0	54	98	0	211	38	19	17	25	1.93
12475023--12475159	39	3.5	39	78	4	132	21	22	14	40	1.90
12475177--12475532	133	2.7	132	82	2	435	30	18	13	37	1.89
12477545--12477792	124	2.0	124	100	0	496	38	20	4	36	1.72
12484844--12484886	23	1.9	23	85	4	61	41	20	4	32	1.73
12486058--12486090	17	1.9	17	93	0	57	72	12	6	9	1.26
12486827--12486881	22	2.5	21	75	18	58	32	1	5	60	1.30
12488414--12488466	22	2.3	22	75	15	54	47	1	11	39	1.50
12490153--12490366	44	4.8	44	76	6	162	27	20	19	32	1.97
12490414--12490591	44	4.0	44	65	16	107	28	26	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12490563--12491307	177	4.2	177	78	7	571	27	23	20	28	1.99
12490570--12491326	89	8.5	88	82	4	524	27	23	20	28	1.99
12490957--12491326	88	4.2	89	88	2	516	29	23	18	27	1.98
12492752--12492791	11	3.6	11	82	0	53	0	17	0	82	0.67
12492754--12492791	16	2.4	16	86	0	58	0	15	0	84	0.63
12495788--12495881	9	10.4	9	92	0	125	42	24	8	24	1.82
12497097--12497149	22	2.3	22	75	15	54	47	1	11	39	1.50
12504799--12504823	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
12506210--12506234	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
12508544--12508590	24	2.0	24	100	0	94	34	19	17	29	1.94
12514966--12515017	24	2.2	24	82	0	59	32	5	9	51	1.58
12516930--12516981	24	2.2	24	85	0	68	36	3	13	46	1.62
12516938--12516989	24	2.2	24	85	0	68	32	3	9	53	1.51
12526163--12526200	19	2.0	19	85	10	51	60	2	5	31	1.33
12532541--12532570	15	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
12532596--12532676	42	1.9	42	82	5	101	37	11	0	51	1.37
12532794--12532830	20	1.9	19	89	10	58	18	5	5	70	1.27
12533572--12533713	71	2.0	71	94	0	248	28	16	19	35	1.93
12536601--12536653	9	5.8	9	80	12	63	86	11	0	1	0.64
12536600--12536650	15	3.3	15	89	10	68	86	11	0	1	0.66
12536602--12536654	23	2.3	23	84	12	74	84	13	0	1	0.69
12537087--12537119	17	1.9	17	93	0	57	81	3	15	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12538002--12538716	50	14.3	50	70	4	420	32	22	20	24	1.98
12537990--12538822	100	8.4	100	86	3	1060	32	22	20	24	1.98
12538628--12538801	90	1.9	90	91	0	285	29	22	24	23	1.99
12538819--12538977	83	1.9	83	90	2	257	28	19	24	27	1.99
12541532--12541673	71	2.0	71	91	2	232	29	16	18	35	1.93
12556202--12556257	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
12556426--12556551	30	4.2	29	89	4	180	35	10	2	51	1.49
12556627--12556729	28	3.6	28	71	15	93	10	53	3	32	1.54
12556634--12556723	21	4.4	21	62	27	50	10	54	4	31	1.53
12556715--12556739	6	4.2	6	100	0	50	16	48	0	36	1.46
12558656--12558717	20	3.3	18	79	6	61	54	6	0	38	1.26
12558656--12558717	19	3.2	19	81	2	70	54	6	0	38	1.26
12562210--12562242	13	2.5	13	90	0	57	33	0	27	39	1.57
12566607--12566656	5	10.4	5	78	8	50	4	22	0	74	0.99
12568109--12568165	3	19.0	3	90	0	60	1	22	33	42	1.64
12568105--12568155	18	2.8	18	84	0	75	3	17	33	45	1.67
12568106--12568164	15	3.9	15	88	0	82	1	20	33	44	1.62
12568899--12568936	12	3.2	12	88	0	58	0	21	36	42	1.53
12568890--12568933	15	3.1	15	81	15	58	0	18	36	45	1.49
12572500--12572574	28	2.6	26	76	16	69	45	0	0	54	0.99
12573532--12573582	18	2.9	18	68	8	52	50	3	3	41	1.39
12579316--12579371	20	2.8	20	79	12	62	37	3	3	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12584097--12584122	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
12586791--12586848	22	2.7	21	81	5	62	22	3	5	68	1.24
12587379--12587409	5	6.0	5	96	3	53	22	0	0	77	0.77
12588283--12588330	24	2.0	25	83	4	62	35	4	2	58	1.29
12590284--12590309	11	2.4	11	100	0	52	15	15	0	69	1.20
12591274--12591316	17	2.5	17	96	3	77	53	4	4	37	1.43
12594198--12594302	43	2.5	42	84	6	131	19	15	32	33	1.92
12596171--12596210	16	2.5	16	91	0	62	40	7	25	27	1.82
12596197--12596281	44	1.9	45	88	7	129	31	5	24	37	1.79
12599401--12599441	15	2.7	15	96	0	73	53	4	24	17	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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