genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7660914--7660958	20	2.2	20	84	7	56	64	11	0	24	1.26
7661994--7662038	19	2.2	21	84	11	58	48	4	2	44	1.35
7663833--7663875	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
7666963--7666997	17	2.1	17	88	0	52	65	2	5	25	1.28
7672800--7672830	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
7676072--7676139	16	4.2	16	94	0	118	25	0	33	41	1.56
7676363--7676409	16	2.8	18	78	21	57	55	0	0	44	0.99
7676457--7676669	67	3.1	67	65	16	159	45	3	3	46	1.38
7676262--7676583	156	2.1	156	96	0	599	44	3	6	45	1.46
7676531--7676565	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7676448--7676713	137	1.9	138	90	0	426	44	3	4	47	1.41
7676469--7676747	137	2.0	135	82	6	330	45	5	3	45	1.45
7679976--7680020	20	2.2	20	80	0	54	17	17	44	20	1.87
7680891--7680937	10	4.7	10	79	10	51	44	17	10	27	1.81
7682575--7682684	33	3.3	33	81	11	136	31	8	17	42	1.78
7682631--7682783	50	3.0	51	96	3	283	28	7	18	45	1.77
7688592--7688629	19	2.0	20	84	5	51	21	5	7	65	1.38
7693650--7693693	17	2.4	18	88	7	63	72	0	0	27	0.85
7693767--7693815	25	2.0	24	92	4	80	61	2	0	36	1.08
7693774--7693813	19	2.0	20	86	13	57	62	2	0	35	1.09
7694141--7694183	10	4.0	10	77	16	50	46	0	0	53	1.00
7694136--7694174	18	2.2	18	90	9	62	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7694273--7694358	29	3.1	29	66	20	83	46	2	2	48	1.27
7694280--7694369	26	3.3	26	73	8	90	46	4	2	46	1.35
7694243--7694367	55	2.2	56	87	4	171	46	3	3	47	1.34
7694915--7694965	22	2.3	22	82	0	57	7	13	13	64	1.48
7698317--7698366	21	2.4	21	80	3	57	44	0	14	42	1.44
7700507--7700563	18	3.0	18	76	14	69	29	24	19	26	1.98
7700723--7700796	24	3.3	22	76	9	78	44	21	16	17	1.86
7703314--7703339	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
7706136--7706476	109	3.1	107	86	4	461	32	17	17	31	1.94
7707761--7707811	12	4.2	12	71	14	50	76	0	11	11	1.02
7708485--7708742	88	2.9	88	87	1	338	28	21	17	31	1.96
7708703--7708914	44	4.8	44	68	17	143	28	24	17	29	1.97
7708638--7708926	132	2.2	132	93	1	490	28	22	19	29	1.98
7718404--7718491	43	2.0	43	100	0	176	22	27	14	35	1.93
7719676--7719710	16	2.2	16	89	0	52	42	22	14	20	1.88
7720653--7720986	109	3.1	109	89	0	506	33	18	16	30	1.94
7721210--7721240	14	2.2	14	94	0	53	83	3	0	12	0.75
7728359--7728451	45	2.1	45	100	0	186	49	33	8	8	1.64
7730046--7730080	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7729933--7730248	156	2.0	157	95	0	571	45	2	4	47	1.37
7730182--7730223	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
7730191--7730232	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7730180--7730470	120	2.4	121	91	4	473	49	5	3	42	1.40
7730301--7730343	15	2.8	16	79	10	54	53	2	0	44	1.13
7730518--7730565	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
7730493--7730701	92	2.3	91	84	5	260	46	3	3	46	1.37
7735525--7735551	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
7737507--7737698	98	2.0	98	98	0	375	36	26	11	26	1.90
7738351--7738399	26	2.0	25	88	8	73	55	4	8	32	1.48
7739155--7739267	19	5.8	19	93	4	199	35	15	11	37	1.84
7739148--7739267	40	3.2	38	91	6	199	35	15	10	37	1.83
7739155--7739266	59	1.9	59	98	0	215	35	15	11	37	1.83
7739538--7739779	44	5.6	44	73	13	189	29	21	19	28	1.98
7739452--7739772	172	1.9	172	93	1	554	28	22	19	28	1.98
7739764--7740416	132	4.9	132	95	0	1189	23	26	21	28	1.99
7739856--7740342	44	11.1	44	64	13	162	24	26	20	28	1.99
7740781--7741484	350	2.0	350	98	0	1372	28	22	14	35	1.93
7747801--7747992	98	2.0	98	95	0	348	36	25	11	26	1.90
7748645--7748698	25	2.3	24	84	9	67	55	3	7	33	1.45
7749453--7749584	19	6.8	19	89	6	212	37	15	9	37	1.80
7749446--7749583	59	2.4	59	90	7	214	37	14	9	38	1.79
7750710--7750740	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
7751751--7751775	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7751930--7751964	15	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7753827--7753864	17	2.2	17	86	9	51	34	0	0	65	0.93
7753961--7753992	17	1.9	16	93	6	55	71	0	21	6	1.07
7754673--7754697	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7759030--7759058	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
7759910--7759955	22	2.0	23	84	12	60	43	6	0	50	1.28
7759910--7759955	23	2.0	22	84	12	58	43	6	0	50	1.28
7759956--7759998	12	3.6	12	75	12	52	46	0	0	53	1.00
7760567--7760622	29	1.9	29	85	0	76	28	14	19	37	1.91
7764374--7765340	29	35.5	29	79	13	810	33	1	23	42	1.64
7764454--7764509	23	2.4	23	93	0	94	28	1	26	42	1.65
7764454--7765323	28	32.4	23	70	21	257	33	1	23	42	1.63
7764374--7765340	110	8.9	110	77	11	840	33	1	23	42	1.64
7765130--7765242	23	4.8	21	82	13	91	31	0	22	45	1.59
7764374--7765335	52	17.7	54	78	10	650	32	1	23	42	1.63
7767486--7767519	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
7767718--7767759	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
7767731--7767789	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
7767760--7767830	22	3.2	22	90	7	108	36	1	28	33	1.66
7768299--7768344	23	2.1	22	88	8	67	63	0	2	34	1.07
7783955--7783999	24	1.9	23	90	4	72	40	6	4	48	1.49
7784922--7785041	40	2.9	39	80	12	102	21	28	26	23	1.99
7791375--7792404	44	23.3	44	78	3	926	29	13	24	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7791374--7792315	177	5.3	177	77	5	864	30	13	23	32	1.93
7791443--7792389	133	7.1	133	85	3	1137	30	13	24	31	1.93
7791375--7792404	89	11.6	88	82	3	964	29	13	24	32	1.94
7793659--7793703	24	1.9	23	90	4	72	42	4	4	48	1.43
7793667--7793705	17	2.5	15	80	15	51	43	2	2	51	1.29
7795004--7795095	19	4.8	19	87	0	139	39	8	14	38	1.77
7796842--7796887	9	5.1	9	89	0	74	30	13	13	43	1.81
7804838--7805023	77	2.4	77	98	0	354	23	30	15	30	1.95
7807098--7807346	43	5.8	43	71	5	191	18	31	30	18	1.95
7807096--7807346	128	2.0	128	87	0	367	18	31	30	19	1.95
7807356--7807429	24	3.1	24	80	7	87	21	32	37	8	1.83
7807647--7807915	42	6.4	41	75	9	220	20	33	27	18	1.96
7807647--7807876	84	2.7	85	84	7	324	19	34	28	17	1.95
7807647--7807916	85	3.2	84	79	8	298	20	34	27	18	1.96
7818957--7819134	42	4.2	43	79	4	173	18	36	32	12	1.88
7818983--7819788	43	18.9	43	77	4	711	18	33	31	16	1.94
7818983--7819788	85	9.4	84	79	4	670	18	33	31	16	1.94
7819152--7819788	256	2.5	256	86	2	868	18	32	31	17	1.94
7818993--7819562	299	1.9	299	90	0	899	17	33	31	17	1.93
7819794--7819867	24	3.1	24	90	0	112	16	36	39	8	1.78
7834922--7834959	11	3.5	11	82	3	51	63	0	0	36	0.95
7840279--7840511	40	5.8	40	87	4	324	25	21	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7840277--7840513	82	2.9	81	87	4	334	25	21	24	28	1.99
7840548--7841276	50	14.6	50	66	4	324	25	23	20	30	1.99
7840532--7841279	299	2.5	297	86	1	1032	25	23	21	30	1.99
7840532--7841293	100	7.7	100	84	1	931	25	23	21	30	1.99
7841138--7841293	50	3.1	49	70	7	134	23	23	26	27	2.00
7841594--7841639	24	1.9	24	86	0	65	30	17	13	39	1.87
7847987--7848037	14	3.8	13	82	10	50	80	3	3	11	0.98
7847987--7848037	22	2.4	21	75	15	50	80	3	3	11	0.98
7851446--7851504	26	2.3	26	93	0	100	40	10	15	33	1.81
7853128--7853171	23	2.0	23	95	4	81	70	4	9	15	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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