genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17370460--17370521	16	4.0	15	75	10	54	75	4	1	17	1.05
17380439--17380469	12	2.7	12	95	5	55	32	0	19	48	1.49
17383695--17383724	16	1.9	15	93	6	51	66	0	3	30	1.07
17385501--17385632	50	2.6	50	77	9	117	32	18	18	30	1.95
17385369--17385717	188	1.9	189	82	6	449	29	19	18	32	1.96
17385441--17386095	138	4.7	139	81	7	593	28	20	18	31	1.96
17385585--17386125	276	2.0	275	82	4	660	28	21	18	32	1.97
17385877--17386312	182	2.4	182	81	3	522	27	22	18	31	1.97
17385965--17386268	94	3.3	94	69	12	259	27	21	19	31	1.97
17385602--17386299	44	15.3	44	69	16	300	27	21	18	32	1.97
17397880--17397924	21	2.3	19	84	7	54	71	6	2	20	1.20
17403584--17403625	21	2.0	21	100	0	84	52	14	4	28	1.62
17404030--17404072	22	2.0	22	95	0	77	44	16	9	30	1.79
17406624--17406673	18	2.7	19	74	17	52	74	0	10	16	1.08
17410655--17410722	33	2.0	34	85	2	93	32	2	2	61	1.26
17414613--17414647	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
17421579--17421843	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
17422171--17422235	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
17422178--17422235	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
17432869--17433131	104	2.6	102	90	3	393	30	30	20	19	1.97
17433459--17433523	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
17433466--17433523	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17437086--17437119	15	2.3	15	100	0	68	44	5	0	50	1.26
17438601--17438625	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
17445793--17445887	45	2.1	45	92	0	163	26	18	24	30	1.98
17471667--17471696	13	2.3	13	94	0	51	60	20	16	3	1.50
17476138--17476186	18	2.6	18	83	6	62	48	2	4	44	1.33
17476060--17476449	130	3.0	130	98	0	739	37	8	10	43	1.68
17476268--17476316	18	2.6	18	83	6	62	48	2	4	44	1.33
17476398--17476446	18	2.6	18	83	6	62	48	2	4	44	1.33
17477056--17477085	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
17477637--17477909	137	2.0	138	81	3	327	32	27	17	21	1.96
17485209--17485265	26	2.2	27	87	6	82	40	7	19	33	1.78
17491529--17491595	31	2.2	31	83	0	80	35	4	14	44	1.66
17495905--17495929	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
17497689--17497737	24	2.1	23	84	3	62	24	30	0	44	1.54
17497965--17498068	31	3.3	32	83	5	104	61	0	0	37	1.03
17497999--17498056	11	5.4	11	76	17	59	58	0	1	39	1.08
17498006--17498045	20	2.0	20	90	4	64	55	0	0	45	0.99
17497991--17498097	31	3.5	30	82	8	119	62	0	1	35	1.06
17498040--17498073	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
17498011--17498103	29	3.1	29	84	10	109	65	0	1	33	1.00
17498022--17498109	40	2.3	37	83	13	99	68	0	1	30	0.97
17511980--17512047	35	2.0	34	85	2	91	47	7	10	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17512330--17512362	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
17512814--17512854	19	2.0	21	90	9	68	63	0	7	29	1.21
17519833--17519865	6	5.5	6	100	0	66	15	0	69	15	1.19
17522294--17522318	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17523695--17523750	19	2.9	18	76	10	58	33	3	3	58	1.32
17523725--17523795	28	2.4	30	79	4	83	40	2	1	54	1.23
17523756--17523793	20	1.9	20	89	10	60	42	0	0	57	0.98
17523723--17523806	29	2.9	28	75	10	80	38	3	1	57	1.24
17527150--17527194	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
17536599--17536712	61	1.9	60	83	5	151	49	2	4	43	1.36
17536687--17536735	20	2.7	18	81	12	64	48	2	0	48	1.12
17536700--17536737	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
17536656--17536798	68	2.0	72	80	7	161	51	4	2	41	1.35
17543528--17543597	32	2.2	32	97	2	131	34	18	7	40	1.78
17548423--17548545	52	2.3	53	82	9	144	23	4	34	37	1.76
17552074--17552128	27	2.0	27	100	0	110	38	21	14	25	1.92
17553016--17553060	3	15.0	3	95	0	81	33	31	0	35	1.58
17567427--17567488	22	3.0	21	74	19	58	9	8	4	77	1.12
17567446--17567518	28	2.7	26	76	15	69	16	5	5	72	1.22
17569013--17569081	16	4.3	16	88	0	93	40	4	31	23	1.74
17569014--17569081	32	2.1	32	91	0	109	41	4	30	23	1.74
17569063--17569155	44	2.1	46	87	4	136	29	4	30	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17569063--17569173	39	2.6	44	79	13	124	31	4	29	34	1.78
17569296--17569435	26	5.5	26	68	14	96	55	2	0	40	1.20
17569316--17569449	18	7.9	18	68	17	81	56	2	1	39	1.21
17569481--17569524	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26
17600805--17600844	20	2.0	20	90	0	62	42	2	22	32	1.67
17609459--17609510	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
17611871--17612031	43	3.8	41	78	8	144	32	27	16	23	1.96
17619703--17619746	21	2.2	20	87	4	61	31	20	9	38	1.84
17620491--17620518	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
17623089--17623124	16	2.2	16	90	0	54	44	0	22	33	1.53
17626172--17626223	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
17630585--17630636	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
17631341--17631429	44	2.0	44	95	0	160	38	5	7	48	1.56
17637437--17637474	19	1.9	19	85	15	51	63	13	0	23	1.30
17637649--17637701	21	2.5	21	76	11	56	35	5	5	52	1.49
17639455--17639484	14	2.1	14	93	0	51	56	26	0	16	1.40
17639801--17639862	20	3.1	20	65	9	54	27	19	32	20	1.97
17639753--17639902	40	3.8	40	87	1	194	34	16	28	20	1.94
17643757--17643794	19	2.0	19	85	10	51	36	13	26	23	1.91
17644106--17644202	20	4.8	20	68	22	67	42	2	4	51	1.32
17644108--17644240	61	2.2	58	89	4	203	42	3	3	51	1.35
17648270--17648362	45	2.1	45	82	8	109	24	19	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17652170--17652219	26	1.9	26	84	8	66	12	16	2	70	1.26
17653740--17653778	13	3.0	13	92	7	62	79	0	0	20	0.73
17660426--17660464	20	2.0	20	90	10	62	56	10	23	10	1.63
17665864--17665913	13	3.8	13	78	0	64	30	0	30	40	1.57
17667408--17667444	15	2.4	16	82	13	51	51	8	10	29	1.65
17669216--17669282	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
17675626--17675663	14	2.8	14	84	4	51	65	2	0	31	1.06
17675840--17675878	21	1.9	20	84	5	51	51	0	0	48	1.00
17679475--17679876	197	2.0	199	94	3	700	26	21	18	32	1.97
17695643--17695669	11	2.5	11	100	0	54	37	0	37	25	1.57
17695785--17695832	13	3.7	13	82	0	60	20	8	31	39	1.82
17704539--17704722	101	1.8	102	86	3	273	25	17	24	32	1.97
17704592--17704722	51	2.6	51	81	2	156	25	17	23	32	1.97
17704727--17704821	45	2.1	45	90	0	154	27	18	23	30	1.98
17714544--17714591	25	1.9	25	82	0	60	27	27	14	31	1.95
17714677--17714736	25	2.4	26	80	8	70	25	31	18	25	1.97
17733226--17733258	12	2.8	12	90	0	57	51	0	18	30	1.46
17744378--17744425	22	2.3	21	85	7	62	27	2	8	62	1.35
17746108--17746149	22	1.9	22	85	0	57	19	7	7	66	1.39
17755470--17755517	18	2.6	18	83	6	60	50	2	4	43	1.33
17760151--17760209	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
17769745--17770138	149	2.6	150	83	7	473	22	28	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17769752--17770126	100	3.8	100	81	6	458	21	28	20	28	1.98
17769744--17770137	199	2.0	199	96	0	734	22	28	20	28	1.98
17769745--17770137	50	7.9	50	81	5	413	21	29	20	28	1.98
17769745--17770226	50	9.6	49	79	9	388	23	28	19	28	1.98
17770148--17770246	48	2.1	48	82	0	117	28	27	18	26	1.98
17787874--17787918	22	2.0	22	91	0	72	40	8	13	37	1.76
17791187--17791251	31	2.1	31	100	0	130	32	16	6	44	1.73
17800230--17800265	18	2.0	18	94	0	63	33	19	11	36	1.87
17802828--17802948	49	2.4	50	79	8	140	25	28	4	41	1.74
17806562--17806606	18	2.2	22	85	14	62	42	4	4	48	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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