genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9494025--9494234	115	1.8	115	91	2	350	26	23	20	30	1.99
9494573--9494887	107	3.0	107	87	3	442	32	19	17	30	1.95
9495037--9495085	24	2.0	24	84	7	64	65	6	6	22	1.38
9497543--9497655	44	2.6	45	82	4	149	30	21	19	28	1.97
9498116--9498145	14	2.1	15	93	6	53	40	20	6	33	1.78
9518496--9518527	16	2.0	16	93	0	55	15	18	15	50	1.79
9519358--9519406	9	5.4	9	90	0	71	38	24	12	24	1.90
9519527--9519570	18	2.4	18	92	0	70	11	2	45	40	1.53
9519924--9519955	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
9521559--9521668	33	3.4	33	76	12	104	41	3	2	51	1.33
9528989--9529178	44	4.4	44	79	12	189	32	22	20	25	1.97
9529002--9529162	87	1.8	87	84	7	218	29	21	21	27	1.98
9532352--9532443	25	3.5	25	75	16	87	39	1	16	43	1.55
9532404--9532541	16	8.8	15	69	19	63	36	1	16	44	1.57
9532394--9532596	34	6.1	34	71	16	115	36	3	17	42	1.66
9532479--9532535	25	2.3	25	81	0	69	36	1	17	43	1.60
9532352--9532559	9	23.1	9	68	15	101	38	1	16	43	1.59
9532403--9532650	110	2.3	109	80	9	258	36	2	16	43	1.63
9532641--9532728	28	3.3	29	67	25	84	29	2	19	48	1.61
9532643--9532765	51	2.4	52	95	2	223	32	1	17	48	1.56
9532754--9532834	9	9.4	9	76	10	71	32	1	18	48	1.56
9532755--9532824	25	2.8	25	82	0	77	32	1	18	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9532974--9533050	28	2.7	29	76	8	77	49	2	2	45	1.29
9533001--9533050	22	2.2	23	85	3	75	48	4	2	46	1.32
9532967--9533440	120	3.9	120	89	7	715	46	7	6	40	1.57
9533115--9533175	28	2.1	28	87	6	86	45	3	4	45	1.41
9533133--9533181	22	2.2	23	92	3	82	44	4	4	46	1.41
9533312--9533401	27	3.2	25	73	26	67	48	6	4	40	1.49
9534899--9535086	82	2.3	83	80	3	218	35	22	13	28	1.92
9535865--9535920	7	8.0	7	80	7	60	46	41	0	12	1.42
9536228--9536437	115	1.8	115	91	2	350	26	23	20	30	1.99
9536777--9537091	107	3.0	107	87	3	442	32	19	17	30	1.95
9537243--9537291	24	2.0	24	84	7	64	65	6	6	22	1.38
9539745--9539852	41	2.6	42	79	10	123	31	21	18	28	1.97
9540304--9540333	14	2.1	15	93	6	53	40	20	6	33	1.78
9551361--9551678	107	3.0	107	87	2	446	31	18	17	31	1.95
9553732--9553925	98	2.0	99	88	5	295	25	22	19	32	1.97
9553831--9554309	228	2.1	228	90	0	760	25	23	17	32	1.97
9553831--9554298	114	4.1	115	86	1	645	26	23	17	32	1.97
9557557--9557743	96	1.9	96	83	0	239	34	10	21	32	1.88
9557704--9557870	49	3.4	49	86	0	235	31	15	23	29	1.95
9557704--9557895	49	3.9	49	86	0	231	31	16	22	29	1.96
9561126--9561162	16	2.3	16	95	0	65	29	5	21	43	1.75
9562322--9562379	28	2.1	28	100	0	116	46	0	20	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9562625--9563297	114	5.9	113	85	2	843	23	22	26	28	1.99
9562625--9563300	342	2.0	339	88	1	994	23	22	26	28	1.99
9563533--9563566	14	2.3	15	95	5	61	38	0	26	35	1.57
9563589--9563659	14	5.2	14	86	5	74	22	0	43	33	1.54
9563614--9563676	33	1.9	33	90	0	99	22	0	47	30	1.51
9563601--9563660	7	8.9	7	83	7	79	20	0	50	30	1.49
9563600--9563676	21	3.8	20	76	10	66	23	0	46	29	1.52
9563601--9563675	26	2.8	26	78	11	73	22	0	46	30	1.52
9563650--9563882	110	2.1	109	80	8	258	27	0	31	41	1.60
9563754--9563807	14	3.9	14	80	0	63	20	1	48	29	1.60
9563760--9563807	7	6.9	7	85	0	60	18	2	50	29	1.59
9563776--9563969	103	1.9	99	81	11	227	26	2	29	40	1.69
9563710--9563912	110	1.9	109	86	3	291	25	1	32	40	1.65
9564018--9564071	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
9564055--9564095	17	2.5	16	84	4	55	58	0	4	36	1.20
9564074--9564114	20	2.1	20	90	4	66	63	4	4	26	1.35
9564066--9564126	28	2.2	28	82	2	70	62	3	4	29	1.32
9564144--9564240	47	2.1	47	86	0	131	44	8	2	45	1.45
9565916--9565967	7	7.3	7	86	4	77	1	11	13	73	1.19
9566304--9566387	44	1.9	44	92	0	141	45	3	2	48	1.32
9566540--9566697	13	12.0	13	70	10	88	40	10	5	43	1.61
9566557--9566705	53	2.8	53	90	0	235	40	11	4	43	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9566838--9566994	9	18.1	9	75	11	141	45	21	2	29	1.65
9566960--9567013	25	2.2	25	86	6	74	44	18	3	33	1.67
9566841--9566994	43	3.5	42	76	11	143	45	21	2	30	1.65
9567984--9568014	15	2.1	15	100	0	62	35	19	32	12	1.90
9570233--9570303	21	3.4	21	84	0	88	35	18	42	4	1.70
9570640--9570832	42	4.6	42	85	0	253	34	21	20	23	1.97
9577137--9577207	35	2.0	35	94	5	126	25	5	5	63	1.39
9582366--9582397	16	2.0	16	93	0	55	53	0	12	34	1.39
9586346--9586568	62	3.6	62	79	0	212	23	26	24	25	2.00
9601888--9601936	11	4.5	11	74	23	50	69	12	0	18	1.19
9601892--9601936	19	2.2	21	92	7	76	71	11	0	17	1.14
9601904--9601976	19	3.8	19	78	12	78	63	8	0	28	1.23
9606283--9606354	31	2.4	31	83	2	92	25	9	23	41	1.84
9611745--9611778	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
9611775--9611812	19	2.0	19	85	10	51	73	2	0	23	0.95
9611901--9611932	15	2.1	15	94	5	55	25	0	0	75	0.81
9617024--9617089	15	4.2	16	71	19	50	10	13	4	71	1.29
9617171--9617257	43	2.0	43	82	8	106	35	18	19	26	1.95
9617620--9617652	15	2.2	15	89	10	50	48	42	9	0	1.35
9619351--9619392	17	2.5	17	92	3	68	57	0	7	35	1.26
9624111--9624173	17	3.8	16	75	19	58	63	1	1	33	1.13
9628648--9628682	14	2.6	14	90	4	54	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9628684--9628739	22	2.6	22	80	8	62	41	7	3	48	1.48
9630228--9630325	11	9.5	10	72	15	76	54	0	3	42	1.16
9630197--9630345	41	3.6	39	79	9	154	59	0	2	38	1.09
9630203--9630285	31	2.7	31	87	9	125	57	0	2	39	1.12
9630270--9630332	30	2.1	29	94	2	108	58	0	1	39	1.07
9630280--9630346	30	2.2	30	86	0	89	64	0	1	34	1.03
9633556--9633589	17	2.0	17	94	0	59	52	8	11	26	1.67
9633961--9634039	29	2.7	29	78	2	77	40	18	22	17	1.91
9636194--9636715	176	3.0	176	88	2	721	45	9	14	30	1.77
9636564--9636846	151	1.9	150	82	7	360	49	8	11	30	1.68
9639203--9639272	30	2.4	30	85	2	88	22	14	18	44	1.86
9639339--9639365	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
9639512--9639562	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
9639534--9639646	51	2.2	51	93	0	199	28	29	0	42	1.56
9639647--9639711	30	2.2	30	94	5	114	33	0	0	66	0.92
9641499--9642052	18	34.3	18	62	22	205	46	25	0	27	1.55
9641514--9641539	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
9641456--9641558	29	3.1	35	78	16	128	42	31	0	26	1.55
9641441--9641534	29	3.2	29	90	1	152	43	29	0	26	1.55
9641601--9641795	29	6.7	29	70	19	120	46	26	0	26	1.53
9641666--9641787	35	3.5	35	78	7	140	45	27	0	27	1.54
9641582--9641893	147	2.2	141	92	3	507	46	25	0	26	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9641800--9641875	29	2.6	29	95	0	143	44	26	1	27	1.62
9641899--9642052	65	2.4	65	95	3	283	47	23	0	29	1.52
9641776--9642034	94	2.8	95	78	11	293	46	25	0	27	1.56
9641965--9642081	47	2.5	47	94	0	207	47	23	0	28	1.52
9642073--9642102	6	5.0	6	91	0	51	33	46	0	20	1.51
9641520--9641987	47	10.2	47	82	10	510	46	26	0	27	1.55
9645558--9645604	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
9646091--9646437	126	2.8	125	95	2	619	31	21	17	29	1.96
9646460--9646485	9	2.9	9	100	0	52	57	30	0	11	1.34
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