genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18751663--18751688	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
18785777--18785818	16	2.6	16	88	3	57	28	11	30	28	1.92
18788203--18788252	20	2.5	21	77	9	59	26	4	4	66	1.27
18790326--18790378	8	6.3	9	83	12	69	52	0	0	47	1.00
18790956--18791018	24	2.6	24	84	0	81	46	9	28	15	1.78
18801041--18801078	20	2.0	20	89	5	60	26	13	2	57	1.49
18802475--18802588	56	2.0	56	94	0	201	36	10	22	29	1.88
18805175--18805223	18	2.6	19	84	12	57	51	2	22	24	1.59
18805180--18805244	19	3.4	18	78	19	62	47	0	24	27	1.52
18806144--18806250	54	2.0	54	83	3	135	28	21	30	19	1.98
18808016--18808084	8	8.2	8	75	12	50	15	1	4	78	0.98
18819655--18819756	42	2.4	42	80	9	109	27	24	19	28	1.99
18819773--18819815	20	2.2	20	100	0	86	25	37	20	16	1.93
18821057--18821082	8	3.2	8	100	0	52	23	38	26	11	1.89
18825823--18826027	109	1.9	106	87	5	295	42	13	17	25	1.86
18828402--18828433	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
18843341--18843384	17	2.5	17	82	10	54	40	2	18	38	1.63
18844225--18844481	128	2.0	128	100	0	514	50	22	3	24	1.63
18851237--18851546	135	2.2	138	78	10	305	45	12	9	32	1.74
18851685--18851743	31	1.9	31	92	0	100	52	6	15	25	1.67
18854634--18854675	18	2.3	18	80	8	50	59	0	2	38	1.10
18854765--18854831	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18856857--18856894	17	2.2	18	85	4	51	63	0	2	34	1.09
18856843--18857142	24	12.8	24	67	13	142	55	5	6	34	1.46
18856933--18857125	70	2.8	68	76	8	174	54	5	6	33	1.47
18859525--18859573	22	2.2	22	92	0	80	26	6	28	38	1.80
18869530--18869575	20	2.3	20	88	3	67	52	2	2	43	1.25
18869656--18869706	22	2.3	22	86	0	84	37	0	3	58	1.16
18869886--18869954	19	3.6	19	74	5	59	24	1	7	66	1.25
18871725--18871814	26	3.6	26	73	13	89	16	26	17	38	1.91
18871831--18871881	24	2.1	24	85	7	68	19	25	17	37	1.94
18878877--18879322	223	2.0	222	91	0	730	39	6	19	34	1.78
18879814--18879870	26	2.2	26	81	6	62	15	22	26	35	1.94
18887987--18888025	20	2.0	20	89	0	60	51	2	5	41	1.38
18888522--18888586	25	2.7	24	79	9	69	18	26	16	38	1.92
18891520--18891759	43	5.7	41	78	9	182	27	27	20	25	1.99
18892185--18892225	21	2.0	21	85	0	55	7	48	12	31	1.68
18897685--18898319	9	74.4	9	65	19	211	36	2	17	43	1.62
18897715--18897780	25	2.6	25	90	0	96	36	0	16	46	1.47
18897718--18898284	16	34.5	16	64	19	106	36	2	17	43	1.61
18897733--18898205	41	10.9	41	72	19	137	37	2	16	43	1.62
18897774--18898185	25	16.4	24	68	20	170	37	2	16	43	1.63
18897903--18898205	41	6.8	45	77	15	235	38	2	16	42	1.61
18898095--18898317	25	9.0	25	80	7	141	36	1	17	43	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18898197--18898342	49	2.9	51	82	10	153	34	1	21	42	1.62
18899011--18899083	21	3.3	21	68	17	67	58	6	5	28	1.46
18899473--18899543	19	3.9	18	87	8	101	45	18	5	30	1.72
18901577--18901658	7	11.7	7	70	5	58	45	36	0	18	1.50
18901575--18901639	14	4.6	14	82	3	76	43	40	0	16	1.49
18901576--18901639	29	2.2	28	78	5	74	43	39	0	17	1.49
18902132--18902751	114	5.4	114	93	1	1003	25	21	19	34	1.96
18905643--18906131	166	2.9	166	92	0	807	28	17	16	37	1.92
18908257--18908296	21	2.0	20	90	5	62	37	15	7	40	1.75
18912762--18912820	24	2.6	23	83	5	66	52	0	1	45	1.10
18913443--18913505	33	1.9	32	87	3	90	57	1	0	41	1.08
18913436--18913500	16	4.1	16	67	13	53	58	1	0	40	1.07
18914041--18914126	45	1.9	45	90	0	136	54	1	2	41	1.20
18915057--18915109	27	2.1	25	82	10	63	35	3	11	49	1.57
18918638--18918876	67	3.6	67	79	5	241	23	21	19	35	1.96
18921553--18921652	39	2.6	39	82	4	114	49	8	5	38	1.54
18947164--18947208	22	2.0	24	86	8	67	66	0	20	13	1.24
18949848--18949885	18	2.0	21	85	15	55	44	0	7	47	1.32
18949856--18949912	29	2.0	29	83	13	73	50	1	7	40	1.40
18952379--18952417	20	1.9	21	89	5	62	53	2	0	43	1.14
18953100--18953139	18	2.2	18	95	0	71	17	17	5	60	1.54
18959631--18959658	5	5.6	5	100	0	56	21	57	0	21	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18962341--18962376	18	2.0	18	100	0	72	50	11	0	38	1.38
18970681--18970735	21	2.7	20	88	8	83	32	5	12	49	1.64
18979713--18979785	14	4.9	14	74	21	60	67	1	2	28	1.13
18979715--18979771	19	2.9	19	84	7	62	66	1	3	28	1.18
18980419--18980473	16	3.4	16	82	7	67	52	0	0	47	1.00
18980420--18980474	17	3.1	17	75	17	58	52	0	0	47	1.00
18981151--18981188	16	2.4	16	82	4	51	65	0	0	34	0.93
18984606--18984672	35	1.9	35	81	0	80	40	34	16	8	1.80
18988063--18988100	19	2.0	19	85	10	51	50	0	5	44	1.24
18988932--18988969	12	2.9	13	81	14	51	44	0	18	36	1.50
19005751--19005797	24	2.0	24	91	0	76	44	14	2	38	1.58
19007738--19007782	23	2.0	23	95	0	81	28	8	22	40	1.84
19008742--19009058	168	1.9	168	84	1	420	42	12	10	33	1.78
19013510--19013572	6	10.7	6	88	10	94	79	0	0	20	0.73
19013782--19013827	23	2.2	20	84	11	56	67	13	2	17	1.33
19014027--19014072	19	2.4	19	85	0	56	39	17	10	32	1.84
19014042--19014080	19	2.1	19	95	0	69	38	17	7	35	1.79
19014045--19014091	19	2.6	19	83	6	62	40	14	8	36	1.77
19014625--19014966	45	7.8	45	72	12	174	24	24	21	28	1.99
19014575--19015109	217	2.5	218	86	2	693	25	22	20	30	1.99
19014672--19015094	44	9.8	43	71	12	251	26	23	20	29	1.99
19015546--19016113	88	6.4	88	89	0	830	20	23	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19015837--19015972	44	3.1	44	65	8	114	23	26	25	24	2.00
19015816--19015958	45	3.2	45	65	7	112	20	25	25	27	1.99
19022635--19022677	6	6.7	7	94	5	58	74	0	0	25	0.82
19023131--19023219	19	4.7	19	91	0	151	38	14	8	38	1.78
19023131--19023219	38	2.3	38	98	0	169	38	14	8	38	1.78
19042114--19042160	24	1.9	24	86	4	67	40	0	34	25	1.56
19043261--19043320	20	3.0	20	90	0	84	36	30	13	20	1.90
19043334--19043732	27	15.1	27	80	5	386	43	21	15	18	1.87
19043454--19043733	155	1.8	156	87	5	424	43	21	15	19	1.88
19043535--19043676	74	1.9	74	79	0	158	43	23	13	19	1.86
19049551--19049952	27	14.6	27	82	4	390	43	19	17	19	1.88
19049586--19049665	36	2.2	36	90	0	124	48	23	13	13	1.79
19049559--19049678	63	1.9	63	84	3	161	47	21	15	15	1.82
19050186--19050240	26	2.1	26	93	0	92	20	20	23	36	1.95
19050350--19050458	28	3.9	28	89	4	166	24	25	22	26	2.00
19050345--19050459	56	2.1	56	93	0	194	24	24	22	28	1.99
19050361--19050475	28	4.1	28	86	3	81	27	24	20	26	1.99
19050903--19050952	22	2.3	22	83	10	59	40	4	14	42	1.64
19055485--19055521	7	5.3	7	100	0	74	0	29	29	40	1.57
19057063--19057102	18	2.2	18	95	0	71	17	10	27	45	1.80
19059988--19060287	165	1.8	166	84	5	410	42	12	13	32	1.81
19085451--19085613	27	6.0	27	84	5	204	36	20	16	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19091745--19091826	27	3.0	27	84	8	96	39	19	14	26	1.90
19091925--19091997	27	2.8	27	82	12	82	15	21	24	38	1.92
19095171--19095202	6	5.5	6	92	7	57	84	0	15	0	0.63
19105608--19105731	60	2.1	60	80	1	133	24	14	24	37	1.93
19118265--19118341	40	1.9	40	94	0	136	33	16	3	45	1.66
19120681--19120792	50	2.3	50	83	7	131	33	19	27	18	1.96
19121781--19121823	21	2.0	21	90	0	68	34	32	9	23	1.87
19122900--19122940	15	2.6	16	84	3	57	26	7	2	63	1.33
19125650--19125993	27	12.7	27	87	4	421	40	19	17	22	1.91
19127713--19127783	24	2.9	25	75	10	76	33	36	12	16	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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