genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11327211--11327312	43	2.4	43	84	12	131	29	23	14	32	1.94
11328230--11328260	15	2.1	15	94	5	55	12	0	9	77	0.99
11331699--11331739	16	2.6	16	84	0	55	53	2	9	34	1.47
11335162--11335214	20	2.6	20	80	14	63	24	11	5	58	1.54
11335205--11335255	20	2.5	20	87	3	66	15	9	5	68	1.36
11335356--11335399	19	2.3	18	84	7	52	18	11	9	61	1.55
11335356--11335406	20	2.6	20	81	12	61	19	13	9	56	1.65
11335825--11335869	20	2.2	20	84	0	54	22	11	8	57	1.60
11335894--11335990	37	2.5	38	75	9	99	20	19	9	50	1.75
11336746--11336794	20	2.4	21	75	6	55	65	8	10	16	1.46
11337708--11337756	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
11344374--11344449	28	2.7	27	88	8	107	34	14	13	38	1.85
11348390--11348457	25	2.8	25	88	2	111	16	23	22	38	1.93
11348535--11348605	26	2.8	25	85	6	99	15	23	23	36	1.94
11348572--11348728	73	2.2	72	77	10	165	17	27	21	33	1.96
11348696--11348790	50	1.9	49	85	6	129	17	28	20	33	1.95
11348695--11348777	25	3.4	25	71	5	71	18	30	20	31	1.96
11348709--11348789	25	3.2	25	75	0	81	17	27	19	35	1.94
11355284--11355862	288	2.0	287	92	1	953	36	11	23	28	1.90
11356812--11356909	47	2.1	46	88	3	144	23	30	17	28	1.97
11357247--11357291	18	2.5	18	81	0	54	17	31	22	28	1.97
11360610--11360727	42	2.8	42	86	0	173	34	22	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11360701--11361027	42	7.8	42	88	2	460	23	21	20	34	1.97
11366882--11367357	9	51.8	9	73	15	359	34	1	18	45	1.58
11367271--11367357	34	2.5	34	83	9	104	35	0	20	43	1.52
11367281--11367388	52	2.1	51	84	1	135	33	1	20	44	1.62
11367315--11367366	18	2.9	18	88	0	50	30	3	21	44	1.70
11367375--11367447	35	2.1	34	85	9	96	31	1	13	53	1.49
11367318--11367510	86	2.3	85	81	10	209	32	2	14	50	1.56
11367408--11367466	12	4.8	12	74	15	57	35	0	11	52	1.38
11367825--11367869	23	2.0	23	81	0	54	42	4	6	46	1.50
11369132--11369190	28	2.1	28	96	0	109	45	22	6	25	1.76
11371096--11371157	7	8.9	7	74	0	61	46	45	0	8	1.32
11371094--11371161	21	3.2	21	79	6	75	47	42	0	10	1.37
11372355--11372567	114	1.9	113	83	5	277	25	24	19	30	1.98
11372483--11372643	88	1.8	88	81	2	198	27	21	18	33	1.96
11375936--11376000	32	2.0	32	96	0	121	15	24	23	36	1.93
11375972--11376274	129	2.3	129	85	5	364	26	21	21	30	1.98
11375985--11376540	44	12.8	44	69	14	180	27	21	20	30	1.98
11376891--11377221	44	7.7	43	78	13	324	28	24	18	29	1.98
11377016--11377094	38	2.1	38	85	4	106	26	20	17	35	1.95
11376928--11377181	126	2.0	126	90	1	402	28	23	17	31	1.97
11376896--11377220	170	1.9	170	87	6	480	28	23	18	29	1.98
11376891--11377221	88	3.8	88	79	11	380	28	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11377221--11377626	88	4.6	87	87	3	526	20	22	28	28	1.99
11377254--11377477	44	5.1	44	66	7	141	20	23	26	28	1.99
11377369--11377511	43	3.3	41	67	11	106	17	23	30	28	1.97
11388739--11388763	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
11396263--11396527	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
11396854--11396918	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
11396861--11396918	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
11402070--11402122	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
11402427--11402482	15	3.5	15	73	17	58	51	1	0	46	1.11
11419470--11419504	18	1.9	18	88	0	52	57	2	11	28	1.48
11421392--11421463	25	2.9	25	89	0	108	50	16	4	29	1.64
11429613--11429644	16	2.0	16	100	0	64	25	43	12	18	1.85
11434693--11434738	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
11434811--11434838	6	4.7	6	100	0	56	17	0	64	17	1.30
11435662--11435709	18	2.6	19	80	9	64	25	37	0	37	1.56
11438418--11438472	25	2.1	28	86	10	80	47	5	10	36	1.62
11443268--11443316	27	1.9	26	84	12	66	40	2	2	55	1.23
11444531--11444565	17	1.9	17	88	11	52	34	0	5	60	1.21
11446614--11446648	17	2.1	17	94	0	61	57	14	0	28	1.38
11451944--11451975	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
11452844--11452882	19	2.0	20	85	9	55	43	0	2	53	1.14
11461340--11461527	42	4.4	42	83	7	209	25	14	24	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11461392--11461532	42	3.4	42	89	0	228	24	14	24	36	1.93
11461392--11461548	84	1.9	84	84	0	215	24	14	26	35	1.93
11462065--11462140	40	1.9	40	97	0	143	38	5	18	38	1.73
11464303--11464346	13	3.4	13	87	0	61	31	4	18	45	1.69
11464302--11464378	26	3.1	24	79	7	57	36	6	18	38	1.76
11464574--11464684	58	1.9	58	88	1	168	40	27	7	24	1.81
11468807--11468872	29	2.3	29	76	5	71	36	12	22	28	1.90
11469210--11469402	50	3.8	50	86	0	251	24	20	31	23	1.98
11470097--11470133	17	2.2	17	86	13	51	54	0	13	32	1.40
11472664--11472703	20	2.0	20	100	0	80	55	5	20	20	1.62
11475775--11475800	7	3.7	7	100	0	52	0	30	0	69	0.89
11491020--11491138	21	5.7	21	66	4	69	15	21	18	44	1.86
11491020--11491164	42	3.5	42	80	5	159	15	22	17	44	1.87
11494332--11494357	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
11504039--11504110	20	3.7	19	78	7	56	38	0	1	59	1.06
11504596--11504659	32	2.0	32	100	0	128	31	6	15	46	1.71
11509100--11509245	37	4.0	37	91	1	233	24	22	16	36	1.94
11509209--11509523	46	6.6	46	83	8	378	29	21	13	34	1.92
11509317--11509509	52	3.8	52	87	8	290	30	22	13	33	1.92
11509209--11509523	98	3.3	98	91	2	471	29	21	13	34	1.92
11509208--11509523	144	2.2	138	81	9	398	29	22	13	34	1.92
11537172--11537372	111	1.8	111	92	0	339	33	10	15	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11544975--11545030	27	2.1	27	100	0	112	30	10	10	48	1.72
11549544--11549611	16	4.2	16	72	10	57	44	2	1	51	1.25
11549652--11549733	36	2.2	36	82	10	103	53	3	3	39	1.36
11551289--11551314	12	2.2	12	100	0	52	73	7	0	19	1.07
11551306--11551353	7	6.4	8	83	9	57	72	14	8	4	1.23
11551306--11551353	15	3.2	15	85	8	71	72	14	8	4	1.23
11551309--11551353	22	2.0	22	91	0	72	73	13	8	4	1.23
11560640--11560712	27	2.7	27	75	8	76	43	20	12	23	1.85
11560746--11560792	24	2.0	24	91	8	78	23	4	19	53	1.63
11561130--11561184	28	2.0	27	86	10	76	10	20	34	34	1.87
11570101--11570375	132	2.1	132	93	1	471	27	23	19	29	1.98
11570278--11570463	88	2.1	88	91	2	302	27	23	20	27	1.99
11570366--11570705	132	2.6	132	92	1	574	28	23	18	29	1.98
11570127--11570595	220	2.1	220	91	0	767	27	24	18	29	1.98
11602449--11602505	27	2.1	27	96	0	105	45	8	24	21	1.80
11608409--11608464	7	8.8	6	79	16	60	17	5	0	76	0.96
11608410--11608464	18	2.9	19	84	15	62	18	5	0	76	0.97
11608408--11608482	14	5.6	13	77	15	64	20	4	1	74	1.05
11613284--11613342	21	2.8	20	75	12	57	47	3	1	47	1.29
11620057--11620135	41	1.9	41	89	0	122	20	6	22	50	1.70
11625504--11625537	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
11625446--11625677	120	1.9	119	95	0	419	42	0	5	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11625624--11625657	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
11630353--11630565	107	2.0	107	98	0	408	35	12	13	38	1.82
11631178--11631216	16	2.4	16	82	0	51	33	17	7	41	1.79
11631258--11631296	20	2.0	19	85	5	51	61	17	0	20	1.34
11631466--11631509	19	2.2	20	84	4	54	38	2	4	54	1.33
11632095--11632131	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
11649633--11649695	30	2.1	30	87	0	90	26	1	12	58	1.43
11649816--11649846	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
11652128--11655024	579	5.0	578	93	0	4830	35	22	13	29	1.92
11655551--11655673	20	6.2	20	72	6	97	40	20	26	13	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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