genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9919983--9920148	89	1.9	87	85	5	226	27	22	21	28	1.99
9919593--9920501	44	20.8	45	73	10	364	28	22	19	30	1.98
9919854--9920463	308	2.0	308	88	3	913	28	22	19	29	1.98
9920252--9920593	44	7.8	44	74	8	169	28	21	18	30	1.97
9919982--9920592	265	2.3	265	89	0	911	28	22	19	30	1.98
9922796--9922852	24	2.5	21	81	10	60	15	5	10	68	1.36
9922989--9923285	110	2.7	109	87	1	387	32	14	17	35	1.90
9923953--9924012	22	2.8	21	80	12	59	55	3	1	40	1.27
9924004--9924048	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
9924975--9925023	18	2.7	18	78	12	64	46	0	0	53	1.00
9939000--9939219	108	2.0	108	97	0	413	27	15	30	27	1.96
9940974--9940998	7	3.6	7	100	0	50	48	12	12	28	1.76
9951738--9951772	18	1.9	18	94	0	61	25	8	25	40	1.84
9960846--9960889	22	2.0	22	86	0	61	63	0	2	34	1.07
9963016--9963051	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
9963599--9963656	22	2.6	22	73	7	64	56	1	3	37	1.26
9967646--9967695	26	2.0	25	96	4	91	62	0	4	34	1.14
9967753--9967787	10	3.6	10	96	3	63	28	5	0	65	1.15
9970755--9970802	21	2.3	21	85	0	60	6	43	16	33	1.73
9984897--9984945	21	2.3	23	75	17	59	38	24	2	34	1.67
9984931--9984966	14	2.6	14	86	0	54	38	27	2	30	1.71
9984902--9984956	21	2.7	20	83	8	74	41	25	1	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9984990--9985020	14	2.2	14	94	0	53	29	6	25	38	1.81
9986542--9986568	14	1.9	14	100	0	54	37	3	7	51	1.48
9987100--9987141	22	1.9	23	85	9	61	59	7	2	30	1.37
9989982--9990011	12	2.5	12	94	0	51	33	13	10	43	1.77
9996838--9996894	5	11.0	5	80	10	53	17	5	0	77	0.95
9996839--9996894	6	9.5	6	83	16	57	16	5	0	78	0.92
9999486--9999556	22	3.2	22	62	15	56	46	9	11	32	1.72
9999483--9999571	44	2.0	44	100	0	178	48	8	8	33	1.66
10000815--10000990	41	4.3	41	78	4	203	20	19	26	34	1.96
10001775--10002054	139	2.0	139	83	2	348	26	9	18	46	1.79
10001775--10002054	70	4.0	69	83	3	319	26	9	18	46	1.79
10001871--10002078	23	9.0	23	70	13	115	27	7	19	45	1.77
10004532--10004559	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
10005939--10005980	21	2.0	21	81	13	50	61	14	11	11	1.56
10008506--10008536	14	2.3	14	94	5	55	83	3	0	12	0.75
10010073--10010367	44	6.8	44	75	6	204	24	22	22	30	1.99
10010032--10010366	131	2.6	131	93	0	553	24	21	23	30	1.99
10010029--10010361	87	3.8	87	75	5	285	24	21	23	30	1.99
10010032--10010410	131	2.9	131	88	2	476	24	21	22	30	1.99
10010383--10011083	90	7.9	90	69	10	379	26	24	20	28	1.99
10010385--10010941	134	4.2	134	95	1	958	27	24	20	28	1.99
10010382--10011078	44	15.7	42	70	12	405	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10012324--10012363	7	6.0	7	88	11	66	12	15	0	72	1.12
10012324--10012363	13	3.0	13	88	3	62	12	15	0	72	1.12
10012327--10012363	20	1.9	20	94	5	67	10	13	0	75	1.04
10013312--10013365	21	2.5	21	79	8	56	7	7	5	79	1.05
10017435--10017608	27	6.5	27	86	5	212	31	27	14	26	1.95
10017435--10017608	53	3.3	53	84	8	219	31	27	14	26	1.95
10022439--10022484	23	2.0	23	83	8	58	10	10	28	50	1.71
10022878--10023172	44	6.8	44	75	6	204	24	22	22	30	1.99
10022837--10023171	131	2.6	131	93	0	553	24	21	23	30	1.99
10022834--10023166	87	3.8	87	75	5	285	24	21	23	30	1.99
10022837--10023215	131	2.9	131	88	2	476	24	21	22	30	1.99
10023188--10023888	90	7.9	90	69	10	379	26	24	20	28	1.99
10023190--10023746	134	4.2	134	95	1	958	27	24	20	28	1.99
10023187--10023883	44	15.7	42	70	12	405	26	24	20	28	1.99
10025126--10025164	12	3.0	13	81	11	53	12	15	0	71	1.14
10025126--10025163	13	3.0	13	88	7	60	13	15	0	71	1.16
10026075--10026183	45	2.4	47	79	13	113	9	11	2	76	1.12
10026108--10026172	22	2.8	23	75	15	71	9	6	4	80	1.03
10030245--10030421	27	6.5	27	85	3	212	30	27	14	27	1.95
10030265--10030420	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
10034189--10034222	14	2.3	15	90	5	52	82	5	5	5	0.95
10035639--10035933	44	6.8	44	74	5	222	24	23	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10035643--10035977	131	2.6	131	90	0	544	24	22	23	30	1.99
10035640--10035972	87	3.8	87	75	3	301	24	22	23	30	1.99
10035994--10036695	90	7.9	89	70	9	400	27	24	20	28	1.99
10035996--10036553	134	4.2	134	95	0	965	27	24	19	28	1.99
10035988--10036690	44	15.9	41	71	13	343	26	24	20	28	1.99
10037934--10037973	7	6.0	7	82	11	57	17	12	0	70	1.18
10037934--10037972	13	3.0	13	96	0	69	17	12	0	69	1.19
10041240--10041273	14	2.3	15	90	5	52	82	5	5	5	0.95
10046661--10046694	17	1.9	17	88	5	50	20	14	8	55	1.65
10063062--10063118	30	1.9	30	96	0	105	12	24	36	26	1.91
10066480--10066524	20	2.2	20	81	11	56	44	0	53	2	1.13
10071361--10071468	53	2.0	53	91	7	175	45	11	12	30	1.77
10072308--10072595	148	1.9	148	86	1	407	27	22	20	29	1.98
10076794--10076837	21	2.1	21	87	8	63	38	4	4	52	1.42
10082184--10082237	27	2.0	27	96	0	99	33	7	16	42	1.76
10088680--10088725	15	3.3	13	80	14	56	6	8	0	84	0.77
10094036--10094077	20	2.0	21	90	4	68	57	11	0	30	1.35
10094036--10094077	22	1.9	22	85	9	59	57	11	0	30	1.35
10094470--10094501	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
10094593--10094682	29	3.0	29	81	14	94	31	10	14	44	1.78
10094817--10094885	31	2.3	30	82	9	86	43	15	7	33	1.75
10106054--10106091	18	2.1	18	85	9	51	65	5	0	28	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10109242--10109311	33	2.1	33	97	0	131	21	21	18	38	1.93
10109479--10109544	18	3.6	18	72	8	53	33	0	0	66	0.92
10110293--10110327	11	3.5	10	88	11	54	71	0	0	28	0.86
10116673--10116709	16	2.3	16	90	0	56	13	8	5	72	1.24
10121277--10121316	21	1.9	21	90	10	64	60	7	12	20	1.56
10122008--10122058	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
10122025--10122142	51	2.3	51	94	1	202	30	28	0	40	1.57
10122144--10122209	32	2.1	32	94	2	116	31	0	0	68	0.90
10123280--10123304	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
10123955--10123989	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
10124392--10124461	25	2.8	25	86	2	104	45	2	11	40	1.55
10124457--10124505	18	2.7	18	96	0	89	51	22	0	26	1.49
10124482--10124627	29	4.8	29	86	9	211	43	27	0	28	1.60
10124464--10124564	29	4.1	23	73	24	82	44	25	0	28	1.61
10124497--10124627	64	2.0	64	95	0	235	43	28	0	27	1.60
10124604--10124738	18	8.3	18	70	21	111	46	25	0	27	1.53
10124581--10124772	47	4.1	47	97	2	350	46	26	0	27	1.53
10124669--10124806	29	5.2	29	68	16	102	44	28	1	25	1.63
10124581--10124772	93	2.0	95	95	2	352	46	26	0	27	1.53
10124804--10124927	55	2.3	55	95	2	223	40	11	5	42	1.64
10127471--10127695	123	1.8	123	94	1	398	31	21	16	30	1.96
10130781--10130825	23	2.0	21	83	8	54	40	15	11	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10130840--10130899	31	2.0	31	83	9	79	46	13	3	36	1.60
10132763--10132800	13	3.0	13	88	3	51	36	0	0	63	0.95
10146379--10146466	45	2.0	45	90	0	140	37	0	11	51	1.38
10146434--10146491	25	2.3	25	93	0	98	41	0	13	44	1.44
10149288--10149448	41	3.9	41	94	0	286	20	27	21	30	1.98
10151519--10151628	40	2.8	39	81	2	130	39	16	21	22	1.92
10151878--10151922	21	2.1	22	87	4	65	26	48	2	22	1.62
10154419--10154452	18	1.9	18	94	5	61	38	5	0	55	1.24
10155820--10156046	43	5.3	42	81	6	233	22	17	31	27	1.97
10156116--10156157	22	1.9	22	100	0	84	50	19	14	16	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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