genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5958375--5958425	24	2.1	24	85	7	68	86	3	3	5	0.79
5958373--5958425	16	3.2	16	76	10	54	84	3	3	7	0.84
5958375--5958425	15	3.2	17	83	8	54	86	3	3	5	0.79
5959267--5960260	78	12.7	78	85	7	1188	29	16	19	34	1.94
5959267--5960260	154	6.4	152	84	7	1162	29	16	19	34	1.94
5960574--5960705	59	2.2	59	82	6	160	35	21	3	40	1.69
5960574--5960705	29	4.5	29	78	7	131	35	21	3	40	1.69
5960574--5960711	30	4.7	29	77	10	127	34	23	4	38	1.75
5961244--5961311	31	2.3	29	82	17	86	61	1	36	0	1.05
5961439--5961468	11	2.7	11	94	0	51	80	0	20	0	0.72
5962233--5962505	18	15.5	17	65	20	73	30	10	12	45	1.77
5962290--5962507	36	6.0	35	71	14	156	32	10	12	44	1.76
5962285--5962537	111	2.3	111	87	4	359	33	10	11	44	1.74
5962411--5962458	19	2.7	17	84	12	69	31	12	14	41	1.83
5962414--5962480	18	3.7	19	78	7	77	34	13	10	41	1.79
5962344--5962538	56	3.5	55	73	8	180	32	10	11	45	1.75
5962543--5962577	18	1.9	18	88	0	52	25	11	11	51	1.71
5962581--5962687	17	6.1	18	70	13	64	35	14	9	40	1.79
5962593--5962670	17	4.6	16	74	14	68	30	14	11	43	1.80
5962618--5962684	16	4.0	17	75	7	57	32	13	11	41	1.81
5966224--5966258	17	2.0	18	88	5	54	71	0	28	0	0.86
5966965--5967009	18	2.4	18	82	13	56	37	0	26	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5968684--5968752	28	2.6	27	79	9	79	44	5	2	46	1.42
5982079--5982256	4	44.2	4	98	1	347	24	0	25	50	1.50
5994934--5994974	16	2.6	16	81	18	50	26	2	7	63	1.33
5997339--5997412	31	2.4	32	89	8	111	33	0	1	64	1.02
6004513--6004749	120	2.0	122	82	5	293	33	15	15	35	1.89
6005283--6005334	26	2.0	26	88	0	77	61	5	3	28	1.37
6005289--6005341	26	2.2	24	83	10	63	64	5	1	28	1.27
6009416--6009480	32	2.0	32	96	0	121	43	21	4	30	1.73
6016942--6017075	43	3.1	43	87	0	205	17	14	7	59	1.58
6018251--6018299	18	2.7	18	81	6	64	73	4	4	18	1.15
6020893--6020920	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
6020917--6020969	27	2.0	27	100	0	106	47	15	11	26	1.79
6029503--6029541	19	2.0	20	95	5	71	0	43	10	46	1.37
6029613--6029680	33	2.1	33	94	0	118	8	29	14	47	1.75
6031618--6031911	59	4.9	58	66	14	170	43	3	4	48	1.39
6031738--6031772	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6031567--6031911	120	2.9	120	95	1	604	43	3	5	47	1.42
6031857--6031907	18	3.0	18	78	18	56	47	0	0	52	1.00
6031842--6031934	26	3.4	25	68	20	62	45	0	3	51	1.17
6032048--6032144	45	2.2	45	83	5	126	35	26	4	34	1.76
6032124--6032156	16	2.1	16	94	0	57	21	39	3	36	1.69
6032596--6032626	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6044764--6044792	6	4.8	6	100	0	58	65	0	17	17	1.27
6050201--6050341	25	5.6	25	71	9	92	37	20	21	20	1.94
6050271--6050339	26	2.7	26	84	2	86	37	21	23	17	1.94
6050290--6050356	26	2.6	26	83	9	75	38	22	19	19	1.93
6052642--6052674	14	2.4	14	94	0	57	36	6	21	36	1.78
6056389--6056503	51	2.3	51	92	3	187	28	29	0	41	1.56
6056522--6056561	21	1.9	21	94	0	71	42	0	0	57	0.98
6056504--6056569	31	2.2	30	91	2	105	39	0	0	60	0.97
6057650--6057674	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
6058762--6058946	71	2.6	71	92	0	316	37	3	13	45	1.60
6058945--6058998	23	2.7	18	75	24	63	51	18	0	29	1.46
6058954--6058997	23	1.9	23	100	0	88	52	15	0	31	1.44
6058967--6059215	29	8.6	29	90	0	390	44	25	1	28	1.63
6058967--6059215	117	2.1	116	91	2	401	44	25	1	28	1.63
6059210--6059335	55	2.3	55	97	0	234	38	11	3	46	1.58
6059319--6059343	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
6062432--6062779	124	2.8	125	93	1	601	33	21	15	29	1.94
6063274--6063345	35	2.1	34	87	12	103	72	11	1	15	1.19
6063485--6063515	15	2.1	15	100	0	62	25	6	12	54	1.62
6063847--6063875	14	2.0	15	93	6	51	6	3	13	75	1.13
6068490--6068543	6	9.3	6	73	15	51	35	0	0	64	0.94
6068499--6068556	25	2.3	26	80	17	68	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6069244--6069302	30	1.9	31	89	3	93	71	5	1	22	1.15
6069267--6069318	20	2.7	20	82	11	65	67	5	0	26	1.13
6069267--6069331	20	3.2	22	81	12	61	66	7	0	26	1.19
6072902--6073083	91	2.0	90	90	4	285	31	12	11	44	1.77
6074963--6074995	17	1.9	17	100	0	66	27	0	0	72	0.85
6074986--6075010	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
6081493--6081547	28	2.0	28	88	0	83	25	23	14	36	1.93
6089532--6089570	6	6.5	6	81	0	51	76	0	23	0	0.78
6089532--6089570	18	2.2	18	95	0	69	76	0	23	0	0.78
6093935--6093983	18	2.8	18	81	3	55	61	0	2	36	1.08
6103200--6103236	16	2.4	16	90	4	58	59	5	2	32	1.34
6103351--6103472	60	2.0	60	88	3	183	54	13	0	31	1.45
6103449--6103838	80	4.7	83	86	7	553	57	11	0	31	1.35
6103550--6103586	19	1.9	19	94	0	65	48	16	0	35	1.46
6103555--6103596	19	2.2	19	87	8	59	52	14	0	33	1.42
6103632--6103677	19	2.4	19	92	0	74	54	15	0	30	1.41
6103449--6103838	168	2.4	165	86	7	558	57	11	0	31	1.35
6103712--6103859	21	7.2	21	69	13	85	57	12	0	29	1.41
6103799--6103862	19	3.3	19	85	8	83	54	12	1	31	1.47
6103871--6103940	27	2.6	27	88	0	104	15	30	22	31	1.95
6103992--6104034	21	2.0	22	86	9	61	53	0	0	46	1.00
6105204--6105249	14	3.2	14	77	17	58	28	0	2	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6113859--6113906	24	2.0	24	91	0	78	29	4	25	41	1.74
6120137--6120224	43	2.0	43	93	0	149	51	14	14	19	1.77
6121997--6122027	15	2.1	15	100	0	62	54	0	19	25	1.44
6122333--6122395	30	2.1	30	87	0	90	22	3	15	58	1.51
6123940--6123979	17	2.4	17	87	4	55	27	0	17	55	1.43
6125204--6125342	46	3.0	46	92	0	233	33	10	26	28	1.90
6128388--6128427	17	2.4	17	87	8	55	47	10	5	37	1.59
6132440--6132477	7	5.4	7	100	0	76	28	13	28	28	1.94
6137011--6137051	13	3.2	13	80	19	59	53	4	0	41	1.22
6148552--6148605	25	2.2	24	75	15	58	44	5	42	7	1.55
6153750--6153784	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6153894--6153928	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6154090--6154184	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
6154163--6154195	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
6154176--6154218	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
6154285--6154316	3	10.7	3	100	0	64	34	31	34	0	1.58
6158051--6158184	27	5.0	28	77	7	107	39	25	17	17	1.91
6158060--6158211	54	2.8	54	83	2	144	38	25	18	17	1.92
6158113--6158212	27	3.7	27	76	10	114	36	23	20	21	1.96
6161652--6161678	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
6163806--6163859	19	2.8	20	72	16	58	57	7	0	35	1.27
6171402--6171459	29	2.0	29	96	0	107	25	3	13	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6176609--6176655	23	2.0	23	91	0	76	19	19	14	46	1.84
6177063--6177094	16	1.9	17	93	6	57	40	3	0	56	1.15
6177061--6177101	16	2.5	16	84	4	55	36	2	0	60	1.10
6186740--6187028	119	2.4	120	93	2	492	42	2	4	50	1.34
6186860--6186915	15	3.5	18	77	22	63	41	0	0	58	0.98
6186869--6186924	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
6186980--6187014	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6186968--6187242	147	1.9	149	95	1	500	47	2	3	46	1.35
6187127--6187161	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6187323--6187417	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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