genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  200  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60009409--60009553	41	3.5	41	84	0	200	24	28	18	28	1.98
60010021--60010375	114	3.1	113	95	1	613	40	14	3	41	1.64
60011352--60011376	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
60012694--60012745	21	2.5	20	84	9	68	42	19	0	38	1.51
60015547--60015600	23	2.3	23	83	6	63	24	40	18	16	1.90
60017580--60017655	25	3.0	25	74	12	66	35	22	22	19	1.96
60017692--60017788	25	3.9	25	72	21	80	39	18	23	18	1.92
60018093--60018174	40	2.0	40	100	0	164	26	26	7	39	1.82
60022993--60023169	21	8.4	21	73	2	122	43	17	20	18	1.88
60022993--60023169	42	4.2	42	77	2	167	43	17	20	18	1.88
60022991--60023156	84	2.0	84	81	2	199	43	17	20	18	1.88
60023621--60023674	21	2.8	20	78	16	69	38	14	0	46	1.45
60027916--60027974	27	2.1	28	87	3	84	42	0	0	57	0.98
60027940--60027987	15	3.1	15	77	14	53	43	0	0	56	0.99
60027944--60028002	31	1.9	31	82	6	75	44	1	0	54	1.10
60031171--60031341	73	2.4	71	91	2	270	25	25	26	22	2.00
60031241--60031609	114	3.2	114	91	0	605	24	22	27	25	2.00
60031855--60031900	22	2.1	22	83	0	56	26	0	28	45	1.54
60031903--60031953	15	3.5	15	79	12	61	19	0	47	33	1.50
60032203--60032237	14	2.5	14	90	9	54	22	0	45	31	1.53
60033471--60033668	107	1.9	107	95	3	364	50	11	11	27	1.72
60033633--60033820	96	1.9	97	86	5	265	45	11	12	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60036291--60036475	95	2.0	94	87	1	271	14	24	16	45	1.84
60037860--60038066	43	4.8	43	84	0	254	25	17	29	27	1.98
60039901--60040013	42	2.7	42	83	5	147	23	23	21	30	1.99
60040443--60040493	21	2.4	21	90	0	75	1	41	19	37	1.63
60044854--60044894	9	4.6	9	88	8	57	36	7	21	34	1.82
60048831--60048885	21	2.7	20	77	5	56	38	36	3	21	1.71
60049237--60049664	133	3.2	135	79	7	487	30	20	15	33	1.94
60051789--60051898	58	1.9	58	88	0	166	40	13	8	37	1.75
60055143--60055188	23	2.0	23	100	0	92	34	13	17	34	1.88
60055092--60055239	74	2.0	74	100	0	296	33	10	21	33	1.88
60056284--60056326	12	3.5	12	84	15	52	65	0	2	32	1.06
60066178--60066206	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
60066646--60066683	20	1.9	20	84	10	51	60	0	5	34	1.19
60080954--60080992	21	1.9	20	94	5	69	28	15	10	46	1.78
60088239--60088278	20	2.0	20	85	0	53	45	2	10	42	1.51
60089809--60089863	27	2.0	27	92	0	92	30	10	18	40	1.85
60091384--60091447	24	2.6	25	80	9	69	51	4	3	40	1.38
60094703--60094761	9	6.4	9	81	11	75	22	10	27	40	1.85
60095570--60095639	28	2.5	28	92	0	113	40	8	15	35	1.78
60100045--60100114	29	2.4	29	90	2	106	42	8	0	48	1.33
60100116--60100148	17	2.0	17	94	5	59	84	9	0	6	0.76
60100289--60100458	14	12.9	14	65	25	59	65	0	34	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60100305--60100483	38	4.8	38	78	13	162	68	0	31	0	0.94
60100325--60100425	10	10.5	10	72	16	79	67	0	31	0	0.98
60101162--60101212	18	2.8	18	87	3	66	25	0	7	66	1.18
60101248--60101472	28	8.5	26	82	12	264	38	8	2	51	1.46
60101248--60101470	51	4.2	53	90	6	332	38	8	2	51	1.46
60101248--60101470	52	4.2	53	90	6	348	38	8	2	51	1.46
60103504--60103545	18	2.3	18	83	0	57	21	47	2	28	1.63
60104601--60104665	27	2.4	27	89	0	94	16	38	24	20	1.93
60104735--60104765	15	2.0	16	93	6	55	6	3	6	83	0.88
60104767--60104823	28	2.0	29	93	3	98	50	1	7	40	1.40
60104770--60104832	28	2.2	28	86	5	83	46	3	11	39	1.55
60114468--60114515	22	2.1	23	92	3	80	22	12	35	29	1.91
60128418--60128463	14	3.3	14	78	0	56	23	0	34	41	1.55
60131192--60131236	18	2.5	18	96	0	81	48	11	0	40	1.39
60131196--60131236	9	4.6	9	81	0	55	46	12	0	41	1.41
60131258--60131291	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
60131339--60131408	28	2.7	27	80	19	85	54	17	0	28	1.43
60131406--60131465	9	6.7	9	82	0	75	46	15	1	36	1.55
60131388--60131461	18	3.9	18	83	7	85	48	14	1	35	1.53
60131406--60131465	27	2.2	27	90	0	93	46	15	1	36	1.55
60131192--60131619	231	1.8	233	96	1	806	46	13	0	40	1.48
60131413--60131467	18	3.1	18	91	0	83	49	12	0	38	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60131489--60131522	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
60131585--60131832	9	27.3	9	76	12	206	46	16	1	35	1.56
60131192--60131674	231	2.1	230	90	3	749	45	13	0	39	1.48
60132781--60132846	21	3.1	21	86	4	89	36	21	40	1	1.62
60132810--60132858	12	4.3	12	75	15	59	40	20	38	0	1.53
60133318--60133543	85	2.7	85	83	2	222	26	21	20	31	1.98
60133337--60133564	43	5.3	43	86	3	282	27	22	20	29	1.98
60133345--60133564	85	2.6	85	85	1	287	27	21	19	30	1.98
60133585--60133614	12	2.5	12	100	0	60	0	10	36	53	1.35
60135177--60135224	26	2.0	24	84	12	62	37	0	0	62	0.95
60135437--60135488	20	2.7	18	80	14	59	65	0	34	0	0.93
60135439--60135490	14	3.9	13	80	12	61	65	0	34	0	0.93
60135641--60135832	19	9.4	19	70	19	95	33	1	11	53	1.45
60135768--60135887	49	2.7	41	77	18	132	32	0	12	54	1.44
60135781--60136002	49	4.5	49	88	2	329	32	1	12	54	1.46
60135781--60136012	22	9.3	25	75	20	211	32	1	12	54	1.45
60135898--60136007	29	4.1	29	71	20	112	32	1	11	53	1.48
60135781--60136007	78	3.0	77	76	17	235	32	1	12	53	1.46
60135781--60136002	97	2.3	98	92	2	374	32	1	12	54	1.46
60136001--60136122	60	2.0	60	84	3	156	30	1	14	53	1.51
60136156--60136237	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
60136274--60136315	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60141198--60141242	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
60141308--60141383	27	2.8	27	84	7	93	19	35	25	19	1.95
60142200--60142376	90	2.0	90	86	2	248	24	12	20	41	1.87
60150988--60151035	25	1.9	25	95	0	87	31	31	22	14	1.94
60150855--60151209	98	3.6	99	84	8	436	33	28	19	18	1.96
60169356--60169449	45	2.1	45	94	2	163	28	8	29	32	1.87
60172794--60172885	42	2.2	42	84	0	112	26	23	30	19	1.98
60176196--60176287	41	2.2	41	86	3	132	30	18	20	30	1.96
60180465--60180899	131	3.3	131	91	0	658	23	24	20	30	1.99
60194148--60194180	14	2.4	14	100	0	66	15	6	15	63	1.49
60196364--60196398	17	2.1	17	89	10	54	45	22	0	31	1.53
60197215--60197267	3	17.7	3	96	0	97	30	0	0	69	0.88
60197650--60197691	4	10.5	4	89	0	57	47	23	4	23	1.70
60201015--60201062	4	12.0	4	95	0	87	25	22	0	52	1.48
60203448--60203472	13	1.9	13	100	0	50	64	16	0	20	1.30
60206532--60206584	21	2.5	21	77	14	54	52	3	1	41	1.30
60211436--60211460	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
60212968--60213093	28	4.5	28	87	2	173	30	12	26	30	1.93
60213794--60214092	23	12.9	23	74	11	209	27	15	17	39	1.90
60213796--60214114	93	3.4	93	91	1	478	27	15	17	38	1.91
60221477--60221552	9	8.7	9	78	8	68	32	0	15	51	1.44
60223878--60223921	22	2.0	22	82	8	54	59	11	2	27	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60225492--60225765	41	6.7	41	89	1	406	16	20	30	32	1.95
60226115--60226171	22	2.6	23	81	10	57	24	1	29	43	1.64
60226187--60226272	21	4.1	21	73	16	81	26	1	32	39	1.64
60226235--60226286	14	3.7	14	81	0	59	21	0	42	36	1.53
60226260--60226299	21	1.9	21	94	0	71	20	0	50	30	1.49
60226626--60226666	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
60231672--60231934	43	6.2	42	76	8	140	21	15	31	31	1.94
60231710--60231934	85	2.6	86	77	4	231	21	15	32	30	1.95
60232882--60232929	25	1.9	25	100	0	96	58	0	8	33	1.28
60233124--60233197	27	2.7	27	87	0	103	28	17	40	13	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230