genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23327786--23328088	23	13.3	23	72	13	200	39	24	6	28	1.80
23327846--23328079	91	2.6	91	95	2	418	40	24	5	29	1.79
23328423--23328506	39	2.1	39	84	4	105	50	7	13	29	1.68
23330494--23331030	146	3.7	146	92	2	891	26	16	13	44	1.84
23331021--23331085	32	2.0	32	100	0	130	15	27	21	35	1.94
23330894--23331222	169	1.9	169	94	0	577	25	20	14	39	1.90
23331053--23331603	137	4.0	137	84	9	750	27	17	12	42	1.86
23330602--23331469	452	1.9	454	91	3	1422	26	18	13	42	1.87
23331345--23331595	125	2.0	126	95	2	452	29	17	11	42	1.84
23331922--23331970	7	6.9	7	76	4	53	32	46	0	20	1.51
23331932--23331972	15	2.8	15	88	3	57	36	46	0	17	1.48
23331989--23332026	14	2.7	15	80	12	53	42	28	0	28	1.56
23332208--23332256	23	2.3	20	80	13	53	36	36	0	26	1.57
23332218--23332270	21	2.5	21	76	14	54	39	35	0	24	1.56
23332218--23332288	15	4.9	15	79	6	56	38	39	0	22	1.54
23331987--23332613	252	2.4	257	91	5	989	41	26	2	29	1.68
23332958--23333048	41	2.2	41	94	0	155	24	32	23	19	1.97
23332958--23333067	41	2.7	42	87	5	154	25	32	20	20	1.97
23339734--23339766	16	2.0	17	88	5	50	39	6	0	54	1.25
23341552--23341618	31	2.2	31	100	0	134	34	13	14	37	1.86
23344580--23344741	87	1.9	86	83	8	213	25	14	20	39	1.90
23352137--23352208	36	2.0	36	100	0	144	25	16	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23353674--23353827	77	2.0	77	92	0	254	34	4	17	43	1.70
23365440--23365489	21	2.5	19	78	15	55	66	2	4	28	1.21
23365567--23365685	20	5.8	21	77	10	88	50	1	6	41	1.39
23365606--23365685	20	4.0	20	81	4	99	51	1	7	40	1.38
23365611--23365688	39	2.0	40	87	5	113	48	1	8	41	1.43
23365592--23365682	10	9.1	10	69	21	57	52	1	5	40	1.32
23372283--23372333	23	2.2	24	96	3	95	41	11	3	43	1.60
23373058--23373174	41	2.9	41	86	0	162	32	27	15	24	1.95
23375088--23375217	47	2.8	47	86	2	172	21	25	19	33	1.97
23375151--23375347	91	2.2	92	83	2	236	28	23	16	31	1.96
23376292--23376336	20	2.2	21	77	18	51	42	4	2	51	1.34
23376320--23376386	20	3.3	20	77	6	64	32	4	1	61	1.25
23376350--23376433	10	8.7	9	69	17	53	32	3	2	61	1.25
23376341--23376404	20	3.3	19	75	14	67	28	4	1	65	1.21
23376339--23376445	50	2.1	50	81	6	128	29	4	2	62	1.29
23376380--23376445	30	2.2	28	77	15	69	28	4	3	63	1.29
23382415--23382547	48	2.8	48	88	0	194	28	18	18	33	1.95
23385313--23385374	26	2.4	25	84	7	79	43	9	19	27	1.82
23403723--23403900	24	7.2	26	76	8	106	17	24	21	36	1.94
23403782--23403848	25	2.8	24	86	4	98	20	28	20	29	1.98
23403718--23403848	26	5.2	25	78	5	113	19	25	22	33	1.97
23405327--23405357	12	2.7	11	90	9	53	64	0	3	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23406883--23407443	44	12.8	43	74	7	411	26	19	20	33	1.97
23406883--23407443	91	6.4	90	80	7	462	26	19	20	33	1.97
23406892--23407457	85	6.4	88	79	7	283	26	19	21	32	1.97
23406883--23407463	129	4.4	128	80	7	583	25	19	20	33	1.97
23407537--23407905	49	7.5	49	67	4	220	25	20	20	33	1.97
23407484--23407967	99	4.9	99	87	0	680	26	22	20	31	1.98
23408879--23408912	16	2.1	16	89	10	52	0	14	2	82	0.79
23408863--23408913	19	2.6	19	79	14	50	0	15	3	80	0.86
23411116--23411154	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
23411273--23411298	8	3.2	8	100	0	52	26	15	23	34	1.94
23411388--23411509	23	5.3	23	93	0	208	19	20	27	32	1.97
23411639--23411711	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
23421705--23421751	23	2.0	24	91	4	78	29	6	14	48	1.69
23431643--23431780	75	1.9	74	89	1	213	29	19	10	40	1.84
23434310--23434364	24	2.2	25	83	3	67	54	3	0	41	1.18
23434731--23434757	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
23435137--23435177	20	2.0	20	85	0	55	63	4	7	24	1.40
23445276--23445316	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
23451570--23451605	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
23451586--23451676	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
23451821--23451862	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23451830--23451871	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23452400--23452453	26	2.1	25	89	3	81	53	1	0	44	1.11
23452559--23452600	16	2.6	17	81	7	52	59	0	0	40	0.97
23452681--23452728	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
23452660--23452711	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23451824--23452836	120	8.4	120	94	0	1645	49	5	2	43	1.37
23452777--23453060	91	3.0	93	86	6	317	47	3	3	45	1.37
23452877--23452937	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
23452884--23453027	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
23452852--23453064	91	2.3	91	95	0	372	46	4	3	46	1.40
23452902--23453041	47	3.0	47	67	17	139	48	4	2	44	1.37
23466576--23466733	41	3.9	41	82	1	156	30	10	18	40	1.85
23477881--23477936	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
23478347--23478391	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
23483275--23483316	6	6.8	6	88	2	57	54	0	26	19	1.44
23491387--23491446	25	2.4	24	78	8	66	16	10	8	65	1.47
23498820--23498853	14	2.3	15	95	5	61	26	5	0	67	1.13
23500380--23500442	29	2.1	31	85	5	85	38	6	1	53	1.36
23500380--23500442	30	2.1	30	85	5	83	38	6	1	53	1.36
23500372--23500448	30	2.6	28	78	11	82	40	6	1	51	1.36
23501418--23501458	13	3.1	13	82	6	55	0	19	7	73	1.07
23501423--23501465	14	3.2	14	83	9	54	0	16	9	74	1.06
23501422--23501465	12	3.4	13	84	6	54	0	15	11	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23502192--23502253	26	2.4	25	77	15	63	30	1	6	61	1.31
23502220--23502262	15	2.8	16	79	10	54	34	0	2	62	1.08
23506896--23506922	13	2.1	13	100	0	54	37	22	25	14	1.93
23509649--23510607	158	6.0	158	93	1	1596	54	8	8	29	1.59
23512750--23512809	22	2.8	22	90	9	90	10	28	23	38	1.87
23520148--23520180	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
23520745--23520888	63	2.3	62	81	8	159	21	19	29	29	1.98
23528214--23528296	43	1.9	44	90	2	132	24	22	1	51	1.55
23528949--23528989	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
23538927--23538958	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
23539210--23539271	20	3.3	20	63	28	55	35	16	1	46	1.56
23539208--23539278	35	2.0	35	97	0	133	36	16	1	45	1.57
23539834--23539902	18	4.0	18	70	14	56	33	20	0	46	1.51
23539859--23539936	41	1.9	40	84	2	102	38	24	0	37	1.56
23540484--23540508	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
23541030--23541055	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
23542691--23542727	13	2.8	13	100	0	74	8	21	37	32	1.83
23542788--23542972	91	2.0	91	95	0	334	41	23	6	28	1.79
23557811--23557855	22	2.0	22	91	0	72	48	15	17	17	1.81
23560205--23560234	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
23563243--23563486	50	4.8	49	79	8	190	23	27	20	28	1.99
23564271--23564308	17	2.2	17	90	0	58	39	18	21	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23570798--23571044	50	4.8	50	79	4	201	23	26	21	29	1.99
23573263--23573542	138	2.0	137	88	2	409	46	5	7	40	1.56
23573560--23573727	74	2.3	75	86	3	232	34	13	7	44	1.71
23576160--23576198	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
23576489--23576595	50	2.1	50	82	0	133	19	28	23	28	1.98
23585614--23585656	20	2.0	20	86	13	59	30	4	13	51	1.62
23587238--23587571	167	2.0	165	97	1	623	40	13	17	28	1.87
23591006--23591039	13	2.6	13	86	13	52	67	0	14	17	1.23
23591006--23591038	12	2.5	13	90	9	50	66	0	15	18	1.25
23596495--23596642	40	3.7	40	92	0	242	22	27	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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