genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3307332--3307385	22	2.7	20	86	11	67	25	1	18	53	1.54
3307272--3307488	92	2.3	93	79	13	209	31	3	19	45	1.67
3307450--3307501	22	2.4	21	87	3	68	38	1	19	40	1.63
3307497--3307534	7	5.6	7	82	17	53	28	0	13	57	1.36
3307482--3307554	27	2.7	26	70	6	74	36	1	13	47	1.52
3307546--3307626	21	3.8	21	73	17	69	34	3	16	45	1.65
3307445--3307621	95	1.9	95	93	2	311	36	2	15	45	1.61
3307560--3307668	52	2.1	52	89	3	166	33	6	13	46	1.69
3308925--3309029	46	2.6	37	75	23	120	27	20	16	36	1.93
3308989--3309456	52	9.3	52	87	7	648	28	22	14	34	1.93
3308957--3309462	150	3.4	150	95	1	889	28	21	14	34	1.94
3308946--3309462	98	5.3	97	84	9	676	28	22	14	34	1.93
3311771--3311846	36	2.1	36	100	0	152	38	13	10	38	1.79
3312119--3312217	52	1.9	52	97	0	189	32	18	5	44	1.71
3312126--3312208	25	3.2	26	63	13	71	32	21	4	40	1.74
3314448--3314996	113	4.9	113	82	5	673	27	25	21	24	1.99
3314458--3314987	226	2.3	225	89	1	812	28	25	21	24	1.99
3319049--3319332	140	2.0	139	91	2	462	34	23	10	32	1.88
3331094--3331142	23	2.1	23	85	7	64	36	0	0	63	0.95
3346780--3346842	26	2.3	28	86	8	94	39	12	25	22	1.89
3346795--3346842	13	3.7	13	75	10	53	39	12	27	20	1.89
3348477--3348525	3	16.7	3	95	4	91	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3351573--3351762	62	3.0	62	89	1	281	32	22	13	32	1.92
3352053--3352114	31	2.0	31	100	0	124	51	6	9	32	1.60
3363528--3363580	10	5.5	10	76	17	58	47	1	0	50	1.12
3363507--3363572	15	4.3	15	76	20	66	45	1	0	53	1.09
3364481--3364529	22	2.3	20	86	6	62	46	12	10	30	1.74
3366850--3366909	30	2.0	31	83	3	77	30	15	3	51	1.59
3375778--3375875	31	3.0	34	72	10	96	38	5	11	44	1.62
3376954--3377004	22	2.3	22	80	6	59	68	1	0	29	1.00
3377778--3378311	125	4.3	125	82	4	648	28	17	24	30	1.97
3377778--3378311	251	2.1	250	90	1	845	28	17	24	30	1.97
3380868--3380952	22	3.9	22	83	9	102	20	0	35	44	1.51
3381518--3381557	18	2.2	18	86	0	53	40	7	32	20	1.80
3384375--3384436	30	2.1	30	96	0	115	56	12	3	27	1.52
3384465--3384513	22	2.2	22	77	0	53	63	10	8	18	1.50
3385080--3385109	14	2.1	15	93	6	53	46	33	0	20	1.51
3386219--3386336	23	5.0	22	71	19	76	29	6	4	59	1.42
3390828--3390861	4	8.2	4	93	6	59	50	0	0	50	1.00
3392586--3392624	6	6.5	6	100	0	78	51	0	15	33	1.44
3398835--3398951	16	6.9	17	72	19	59	57	1	4	36	1.29
3399285--3399352	3	22.3	3	73	8	57	61	7	0	30	1.23
3399811--3399846	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
3400883--3401811	44	20.8	44	71	14	322	27	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3401032--3401738	142	5.2	141	79	12	674	27	21	18	32	1.97
3401300--3401816	173	3.0	170	74	8	472	26	22	19	31	1.98
3411725--3411755	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
3411796--3411837	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
3412212--3412265	19	2.9	19	75	5	58	77	5	0	16	0.94
3412365--3412399	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
3412864--3412931	3	22.3	3	73	8	57	30	0	7	61	1.23
3412871--3412942	23	3.1	23	82	11	67	31	1	11	55	1.43
3413268--3413399	64	2.1	64	83	11	164	37	4	2	56	1.33
3413330--3413389	20	3.0	18	76	21	57	35	5	1	58	1.30
3424895--3424961	30	2.2	30	86	0	89	16	37	25	20	1.93
3428366--3428411	21	2.1	21	84	11	58	52	10	6	30	1.62
3429881--3429939	30	2.0	30	82	0	73	25	30	16	27	1.97
3433655--3433788	29	4.5	31	75	8	125	47	15	11	24	1.79
3433680--3433791	29	3.8	29	79	6	127	49	16	10	24	1.77
3433655--3433788	60	2.2	60	96	2	243	47	15	11	24	1.79
3435564--3435625	21	3.0	20	84	13	65	37	3	14	45	1.61
3435725--3435768	19	2.3	19	84	11	54	54	6	18	20	1.66
3442947--3442982	18	2.1	18	94	5	65	16	33	38	11	1.84
3446208--3446251	18	2.5	17	79	20	54	43	0	13	43	1.44
3451129--3451267	72	2.0	71	94	2	244	25	5	11	57	1.54
3451133--3451274	71	2.0	71	89	5	218	26	6	10	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3451829--3452125	113	2.6	110	81	4	306	30	20	23	25	1.98
3452138--3452678	115	4.7	115	79	8	543	32	19	21	26	1.97
3452621--3452719	52	1.9	52	87	4	146	24	18	24	33	1.97
3452848--3452955	49	2.2	47	75	12	110	23	1	25	50	1.60
3453260--3453299	21	1.9	21	94	0	71	17	2	37	42	1.63
3453261--3453308	21	2.3	21	85	7	62	18	4	35	41	1.70
3453272--3453352	29	2.8	30	73	14	80	27	3	33	35	1.75
3454107--3454172	23	2.9	22	76	14	62	16	40	3	39	1.64
3454132--3454211	40	2.0	40	87	0	115	17	45	1	36	1.57
3454155--3454196	15	2.7	16	81	7	50	14	47	2	35	1.57
3455656--3455716	17	3.9	17	68	24	62	36	4	6	52	1.49
3455652--3455733	28	2.8	30	81	7	114	35	6	7	51	1.55
3455784--3455874	27	3.4	27	93	0	164	46	27	0	26	1.53
3455784--3455877	9	10.4	9	90	0	134	46	26	0	26	1.53
3459211--3459279	21	3.3	21	93	0	111	33	20	44	1	1.60
3459779--3459919	43	3.3	42	88	2	147	24	22	19	32	1.97
3459804--3459939	43	3.2	43	92	2	211	26	22	21	30	1.99
3460261--3460302	22	1.9	22	85	0	57	40	7	2	50	1.43
3460837--3461000	55	3.2	53	66	19	139	45	8	2	43	1.47
3460811--3461003	100	1.9	100	95	0	350	45	7	2	45	1.44
3460818--3460976	50	3.2	49	66	19	121	44	7	1	46	1.42
3462316--3462349	11	3.1	11	91	0	50	29	0	2	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3462316--3462368	9	5.6	9	80	17	54	32	0	3	64	1.12
3462327--3462376	19	2.8	17	81	9	55	32	0	4	64	1.12
3467428--3467492	34	1.9	33	84	9	87	33	6	12	47	1.66
3468352--3468506	39	3.9	40	92	5	253	34	3	0	62	1.11
3468403--3468530	50	2.5	50	76	14	113	36	3	0	60	1.13
3468414--3468467	28	1.9	28	81	7	65	35	3	0	61	1.14
3468480--3468545	10	6.2	10	80	16	71	43	3	0	53	1.16
3468352--3468535	40	4.7	39	86	6	225	35	3	0	60	1.13
3468351--3468545	39	4.8	42	85	11	246	36	3	0	60	1.12
3469060--3469181	61	2.0	61	100	0	244	39	14	16	29	1.88
3492977--3493065	30	3.0	29	79	14	83	32	12	12	42	1.80
3494461--3494522	14	4.4	14	76	8	63	40	0	0	59	0.97
3494455--3494513	15	4.2	14	74	20	52	42	0	0	57	0.98
3495477--3495511	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
3497981--3498018	18	2.1	18	90	0	58	39	0	0	60	0.97
3497966--3498021	25	2.3	25	78	3	69	46	0	0	53	1.00
3497966--3498022	24	2.3	24	73	11	62	45	0	0	54	0.99
3503991--3504152	78	2.1	78	100	0	324	32	26	12	29	1.92
3506033--3506075	17	2.5	17	96	0	77	39	4	6	48	1.51
3512754--3512785	12	2.5	13	90	10	57	43	9	6	40	1.62
3512779--3512908	66	1.9	67	85	3	181	26	24	16	31	1.97
3518664--3519466	216	3.7	216	87	1	1139	33	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3519277--3519653	192	2.0	192	88	2	560	32	17	18	31	1.94
3519693--3519856	83	2.0	83	97	0	310	30	14	15	39	1.87
3527403--3527448	11	4.2	11	80	0	56	73	6	0	19	1.04
3527678--3528158	144	3.2	149	81	11	558	52	7	8	31	1.59
3527793--3528155	152	2.4	151	84	8	475	53	6	7	32	1.55
3528286--3528321	17	2.1	19	85	15	51	19	0	5	75	1.00
3528507--3528549	18	2.4	18	81	11	54	32	2	0	65	1.06
3529817--3529873	25	2.3	25	90	3	89	22	5	28	43	1.75
3532495--3532527	16	2.1	17	88	11	52	69	0	6	24	1.10
3533760--3533814	24	2.3	24	87	3	76	58	0	10	30	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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