genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59285951--59285992	17	2.4	18	84	15	61	73	0	2	23	0.94
59286339--59286380	19	2.2	19	87	8	59	42	2	0	54	1.13
59286339--59286397	18	3.2	19	83	7	68	37	1	0	61	1.07
59289681--59289736	24	2.3	24	79	11	62	33	0	3	62	1.12
59305562--59305598	18	2.1	18	94	0	65	37	10	24	27	1.88
59312860--59312889	11	2.7	11	94	0	51	50	0	0	50	1.00
59313147--59313172	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
59313226--59313286	9	6.3	9	77	18	61	77	0	14	8	0.99
59313232--59313302	31	2.3	31	100	0	142	74	0	16	8	1.05
59314862--59314909	24	2.0	24	88	8	71	35	0	18	45	1.50
59321600--59321737	43	3.2	43	87	3	179	30	13	19	36	1.91
59321614--59321739	43	3.0	42	90	2	189	31	11	19	37	1.88
59325933--59325972	22	1.9	20	85	10	53	52	7	7	32	1.58
59327596--59327651	9	6.2	9	74	15	53	19	3	1	75	1.05
59327595--59327647	23	2.4	22	84	6	70	18	3	1	75	1.05
59327596--59327648	18	2.9	18	86	8	63	18	3	1	75	1.05
59328264--59328382	62	1.9	62	86	5	170	36	13	13	36	1.84
59344127--59344157	15	2.1	15	93	0	53	19	32	0	48	1.49
59348876--59348927	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
59350647--59350802	81	1.9	81	83	8	201	50	7	3	38	1.50
59356149--59356397	124	2.0	123	96	0	462	20	19	18	41	1.90
59366654--59366798	73	2.0	73	91	0	236	41	17	5	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59366851--59366922	13	5.5	13	73	15	58	40	16	2	40	1.63
59366992--59367020	12	2.4	12	100	0	58	37	10	6	44	1.65
59367313--59367465	45	3.4	45	82	4	159	22	21	16	39	1.92
59367347--59367517	45	3.8	45	81	5	141	23	22	14	40	1.90
59369031--59369080	26	2.0	27	88	11	79	44	6	4	46	1.47
59369422--59369507	23	3.6	23	70	21	59	40	1	3	54	1.25
59369607--59369682	39	2.0	38	85	12	102	44	1	1	52	1.17
59388561--59388603	18	2.5	17	79	20	54	32	11	16	39	1.84
59388646--59388684	16	2.5	16	87	4	53	38	15	7	38	1.76
59393129--59393168	21	1.9	21	100	0	80	30	15	17	37	1.90
59397435--59397477	17	2.5	17	82	14	52	62	4	0	32	1.15
59397513--59397548	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
59397812--59397869	21	2.7	22	84	5	66	24	0	6	68	1.13
59397821--59397891	22	3.3	22	77	15	67	22	1	9	66	1.29
59404915--59405183	91	2.9	91	91	0	403	34	24	16	24	1.95
59409883--59409931	22	2.1	24	81	7	57	57	18	10	14	1.65
59415638--59415932	51	5.8	51	80	5	312	29	15	24	29	1.96
59415647--59415729	26	3.2	26	65	21	66	28	13	25	32	1.93
59415643--59415937	102	2.9	102	89	1	441	29	15	24	29	1.96
59417074--59417114	13	3.2	12	83	10	55	24	2	2	70	1.11
59423878--59424080	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
59423812--59424080	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59424044--59424189	37	4.0	37	91	1	233	37	16	21	24	1.93
59425959--59426010	14	4.2	13	76	14	56	65	1	1	30	1.14
59425991--59426032	20	2.2	20	86	4	59	59	0	4	35	1.19
59430818--59430865	17	2.9	17	90	6	73	33	0	12	54	1.38
59431222--59431469	123	2.0	123	100	0	496	42	12	10	34	1.78
59440619--59440830	111	1.9	111	86	4	300	35	15	15	33	1.89
59445979--59446028	26	1.9	26	91	0	82	48	36	4	12	1.59
59449049--59449081	12	2.8	12	90	4	50	39	3	0	57	1.14
59449773--59449811	12	3.2	12	82	7	51	66	0	33	0	0.92
59449776--59449813	19	2.1	19	90	5	60	63	0	36	0	0.95
59452143--59452351	115	1.9	111	86	6	298	44	11	17	26	1.83
59452381--59452501	57	2.1	57	98	0	233	32	9	9	48	1.68
59453227--59453268	19	2.2	19	86	0	57	52	14	4	28	1.62
59454280--59454479	108	1.9	106	88	2	301	37	19	15	28	1.92
59455148--59455184	17	2.1	18	90	5	58	45	5	5	43	1.49
59461751--59461954	108	1.9	106	87	4	302	36	20	16	26	1.94
59462734--59462785	3	17.0	3	76	4	50	63	0	5	30	1.18
59462734--59462797	15	4.4	15	76	13	62	62	1	6	29	1.29
59466008--59466063	15	3.9	14	76	23	62	30	12	0	57	1.36
59466008--59466044	14	2.6	14	91	4	56	27	13	0	59	1.35
59466204--59466233	15	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
59466297--59466327	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59466445--59466489	21	2.1	22	83	4	56	15	2	11	71	1.24
59467019--59467054	19	1.9	19	94	5	65	25	8	5	61	1.46
59484630--59484688	10	6.0	10	75	16	52	50	5	0	44	1.24
59484601--59484664	8	7.9	8	75	13	51	54	1	0	43	1.09
59484633--59484694	30	2.0	31	87	3	90	51	4	0	43	1.23
59484723--59484804	25	3.4	25	79	6	105	45	0	0	54	0.99
59486630--59486680	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
59488946--59489277	50	6.6	50	81	7	282	28	18	28	24	1.98
59488946--59489277	99	3.3	99	79	5	276	28	18	28	24	1.98
59489043--59489277	49	4.8	49	84	5	215	28	19	28	24	1.98
59490755--59490799	23	2.0	23	95	0	81	40	22	8	28	1.84
59493097--59493136	16	2.5	16	87	0	53	42	5	2	50	1.37
59493110--59493170	22	2.8	22	84	0	77	47	0	1	50	1.10
59495555--59495726	37	4.5	37	81	5	155	32	25	18	23	1.97
59503792--59503830	17	2.4	16	84	16	53	61	0	7	30	1.24
59507190--59507464	141	2.0	141	86	4	394	28	15	33	22	1.95
59512999--59513057	26	2.2	28	84	6	77	49	0	1	49	1.11
59513015--59513057	14	3.1	14	80	10	52	44	0	2	53	1.13
59519442--59519493	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
59523830--59523881	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
59528329--59528488	85	1.9	83	84	3	205	35	12	5	47	1.63
59530547--59530934	164	2.4	164	92	0	625	37	7	26	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59535901--59535928	6	4.7	6	100	0	56	17	32	0	50	1.47
59539536--59539578	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
59539745--59539854	45	2.4	45	89	0	157	42	20	18	19	1.89
59541723--59541749	11	2.5	11	100	0	54	59	7	0	33	1.25
59544161--59544201	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
59546926--59546972	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
59547338--59547408	35	2.0	35	100	0	142	28	11	14	46	1.78
59556217--59556328	27	4.1	27	90	0	161	41	21	18	18	1.91
59556238--59556342	54	1.9	54	90	0	165	38	20	20	20	1.94
59559301--59559359	26	2.3	26	96	0	109	32	23	5	38	1.77
59562931--59562969	20	2.0	20	89	0	60	25	25	5	43	1.75
59562930--59562975	20	2.2	20	80	3	56	23	32	6	36	1.81
59566708--59567004	50	5.8	50	81	3	283	22	28	21	27	1.99
59568118--59568154	13	2.9	13	80	19	51	29	0	5	64	1.15
59568420--59568610	51	3.8	50	83	4	215	25	17	28	28	1.98
59571495--59571609	50	2.3	50	83	0	140	32	17	26	24	1.97
59571495--59571581	25	3.5	25	91	0	138	29	17	29	22	1.97
59572673--59572715	20	2.2	20	82	0	50	62	9	11	16	1.53
59573957--59573991	18	1.9	18	88	0	52	22	8	40	28	1.84
59589392--59589442	24	2.1	24	92	0	84	31	1	17	49	1.58
59596592--59596631	16	2.4	16	83	4	53	62	0	7	30	1.23
59597082--59597649	296	1.9	293	81	6	682	40	10	13	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59598713--59598739	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
59599656--59599700	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
59599679--59599814	19	6.9	19	89	6	209	37	15	8	38	1.77
59599672--59599814	40	3.7	38	88	9	209	37	16	7	39	1.77
59599672--59599814	59	2.5	59	96	2	263	37	16	7	39	1.77
59600370--59600477	44	2.5	44	77	4	121	32	20	17	29	1.96
59600471--59600698	44	5.2	44	75	6	165	28	23	17	29	1.97
59600495--59600787	88	3.3	87	70	7	259	26	24	19	29	1.98
59600489--59600854	176	2.1	176	90	2	565	26	25	17	30	1.98
59600575--59600843	88	3.1	88	66	10	217	26	25	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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