genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62495246--62495307	18	3.4	18	93	0	97	33	25	11	29	1.91
62495246--62495307	27	2.3	27	94	0	106	33	25	11	29	1.91
62500606--62500652	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
62502873--62503268	110	3.6	109	93	1	632	34	18	15	31	1.92
62503875--62503946	16	4.8	16	72	16	55	56	4	2	36	1.33
62503876--62504040	14	12.0	13	69	16	59	60	6	2	31	1.34
62503975--62504038	3	21.3	3	77	6	67	64	6	0	29	1.18
62508797--62508840	21	2.2	20	88	12	63	36	0	0	63	0.95
62511147--62511192	23	2.0	22	83	4	56	47	8	4	39	1.54
62511486--62511517	16	2.0	17	88	11	50	28	12	6	53	1.62
62515207--62515249	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
62518618--62518662	23	1.9	24	86	4	65	40	6	2	51	1.41
62519329--62519360	6	5.3	6	100	0	64	34	0	0	65	0.93
62519607--62519651	23	2.0	23	86	0	63	33	0	6	60	1.23
62521563--62521665	25	4.2	23	79	14	100	34	20	27	17	1.95
62521564--62521658	49	1.9	50	87	10	142	34	21	26	17	1.95
62521574--62521682	25	4.4	25	75	10	98	35	21	26	16	1.94
62523756--62523880	47	2.6	47	83	3	135	24	25	21	28	1.99
62523798--62523989	50	3.9	49	82	6	237	21	29	20	28	1.98
62523798--62523994	97	2.0	97	83	7	227	20	30	20	28	1.98
62524387--62524483	42	2.3	42	85	3	133	19	25	14	40	1.90
62526696--62526771	38	2.0	38	94	0	134	50	3	1	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62527072--62527105	7	5.0	7	89	7	52	17	0	0	82	0.67
62527072--62527098	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
62528471--62528526	28	2.0	28	89	0	85	57	8	0	33	1.30
62531568--62531611	22	2.0	22	86	4	61	38	6	0	54	1.27
62531944--62532412	160	3.0	161	88	8	723	17	9	14	58	1.61
62531944--62532412	165	3.0	154	87	8	694	17	9	14	58	1.61
62532751--62532789	15	2.9	13	88	11	53	5	5	5	84	0.86
62536534--62536576	12	3.3	12	76	17	50	44	23	25	6	1.78
62568854--62568947	3	31.3	3	76	8	84	60	2	7	29	1.36
62570711--62571417	177	4.0	177	95	0	1234	29	24	16	28	1.97
62570704--62571698	132	7.5	132	86	4	1051	29	25	16	28	1.97
62571770--62571963	95	2.0	95	94	2	336	28	20	19	31	1.97
62571865--62572278	134	3.1	134	93	0	702	29	22	19	27	1.98
62572220--62573595	255	5.4	255	98	0	2608	28	26	16	28	1.97
62572390--62573846	44	34.0	43	70	10	795	29	26	15	28	1.96
62574858--62574892	16	2.1	17	94	5	63	5	8	0	85	0.73
62575328--62575374	16	3.0	16	78	12	53	4	4	10	80	0.98
62575357--62575400	23	1.9	23	85	0	61	6	11	0	81	0.86
62575330--62575403	10	7.1	10	76	11	60	5	8	4	82	0.94
62575347--62575402	16	3.5	15	79	11	58	5	8	1	83	0.85
62578983--62579079	3	32.3	3	77	8	90	60	2	7	29	1.35
62580688--62581348	88	7.6	88	85	2	730	25	23	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62580762--62580900	44	3.2	44	66	15	106	23	23	26	25	2.00
62585661--62585709	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
62588002--62588095	3	31.3	3	76	8	84	60	2	7	29	1.36
62598684--62598774	11	8.5	11	69	20	50	65	0	1	32	1.00
62598710--62598773	23	2.7	23	71	24	60	70	0	0	29	0.88
62599502--62599557	16	3.8	16	68	18	57	48	7	3	41	1.48
62600147--62600205	26	2.3	26	91	5	93	37	8	20	33	1.83
62602643--62602742	29	3.4	28	79	9	94	35	22	3	40	1.69
62602660--62602773	29	3.9	29	80	6	122	35	21	3	40	1.70
62603138--62603199	10	6.3	10	80	12	67	79	0	20	0	0.74
62603137--62603198	21	3.0	20	83	6	79	77	0	22	0	0.77
62603168--62603200	11	3.1	11	86	4	50	87	0	12	0	0.53
62603424--62603498	12	6.9	11	76	14	84	77	0	22	0	0.77
62603431--62603521	28	3.1	29	76	10	89	76	0	23	0	0.78
62603426--62603524	40	2.5	40	90	5	146	77	0	22	0	0.76
62603426--62603525	20	4.9	20	80	12	107	77	0	23	0	0.78
62603425--62603523	30	3.4	29	78	15	98	77	0	22	0	0.76
62603452--62603528	18	4.1	18	82	12	100	74	0	25	0	0.83
62603674--62603716	5	8.0	5	89	5	50	34	0	0	65	0.93
62603665--62603715	23	2.2	24	82	10	70	33	0	0	66	0.92
62603673--62603709	6	6.5	6	93	6	60	32	0	0	67	0.91
62603674--62603716	22	2.0	22	90	9	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62603879--62603921	20	2.2	20	88	12	63	32	13	9	44	1.76
62604168--62604690	17	28.7	18	70	17	232	31	13	12	43	1.80
62604244--62604288	23	2.0	23	86	8	65	44	8	6	40	1.62
62604244--62604288	24	1.9	23	86	4	63	44	8	6	40	1.62
62604374--62604423	21	2.4	21	87	9	75	44	12	6	38	1.66
62604173--62604634	108	4.2	105	76	16	329	32	13	11	42	1.81
62604448--62604591	74	1.9	73	83	8	184	30	14	13	41	1.84
62604582--62604687	37	2.9	38	78	9	121	31	9	14	45	1.76
62616399--62616995	78	7.8	73	79	8	418	28	17	20	32	1.96
62616393--62616995	149	3.9	150	80	11	600	28	17	20	33	1.95
62616547--62616995	81	5.7	80	84	7	537	29	18	20	31	1.96
62617163--62617332	30	5.7	30	75	11	145	31	23	4	40	1.75
62617163--62617291	29	4.4	29	76	8	127	30	21	4	43	1.73
62617212--62617332	28	4.2	28	72	11	100	33	23	3	38	1.72
62617163--62617321	59	2.7	59	80	7	180	30	23	5	40	1.76
62617535--62617591	18	3.1	18	74	18	53	63	0	36	0	0.95
62617543--62617582	20	2.0	21	90	5	64	60	0	40	0	0.97
62617544--62617592	20	2.6	18	78	12	62	57	0	42	0	0.99
62617671--62617720	10	5.2	10	82	2	59	78	0	22	0	0.76
62617828--62617871	19	2.3	19	88	7	63	77	4	18	0	0.94
62617979--62618062	10	8.7	9	73	19	71	80	0	19	0	0.70
62617999--62618055	11	5.6	11	78	16	52	77	0	22	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62617992--62618061	20	3.7	18	80	10	86	80	0	20	0	0.72
62617976--62618062	29	3.0	28	86	5	111	80	0	19	0	0.71
62617976--62618032	7	8.3	7	77	11	64	82	0	17	0	0.67
62617976--62618066	20	4.8	18	77	10	83	78	0	21	0	0.76
62618213--62618250	16	2.4	16	91	8	60	34	0	0	65	0.93
62618414--62618456	20	2.2	20	88	12	63	32	13	9	44	1.76
62618673--62619188	17	28.3	19	68	21	168	33	12	11	42	1.78
62618714--62619115	18	21.9	18	68	20	99	33	12	11	42	1.79
62618797--62618840	23	2.0	23	86	4	63	40	9	6	43	1.63
62618702--62618967	128	2.1	129	81	9	312	31	12	10	44	1.77
62618924--62618971	22	2.2	22	88	7	71	47	12	6	33	1.66
62618719--62619055	128	2.6	128	77	11	291	32	12	12	42	1.80
62618848--62619187	109	3.1	106	80	13	368	35	11	11	41	1.78
62618702--62619148	35	12.3	35	70	18	193	33	12	11	42	1.79
62619033--62619096	21	3.0	20	82	11	74	46	9	10	32	1.71
62619130--62619233	37	2.8	36	77	13	104	30	6	17	45	1.74
62618703--62619244	17	29.8	17	68	16	132	32	11	12	43	1.78
62622054--62622110	21	2.8	20	76	7	60	26	3	24	45	1.69
62623397--62623529	30	4.4	30	74	10	103	33	20	4	41	1.72
62623397--62623577	60	3.0	60	76	8	172	32	21	4	41	1.73
62624088--62624143	4	14.5	4	82	14	73	78	0	21	0	0.75
62624091--62624148	15	4.1	14	82	14	75	81	0	18	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62624084--62624146	12	5.2	12	78	14	67	77	0	22	0	0.76
62624082--62624148	26	2.6	26	90	4	100	77	0	22	0	0.77
62624476--62624519	21	2.1	21	88	12	65	79	0	20	0	0.73
62624812--62624851	20	2.0	21	85	5	55	35	15	10	40	1.80
62627567--62627625	23	2.4	26	70	18	63	66	0	1	32	1.02
62633641--62633695	19	2.8	20	78	13	60	47	0	5	47	1.25
62634364--62634393	14	2.1	14	93	0	51	30	6	23	40	1.80
62636487--62636518	14	2.4	14	90	10	50	84	3	6	6	0.86
62640735--62640773	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
62640803--62640839	20	1.9	20	94	5	67	45	0	8	45	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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