genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52056551--52056943	207	1.9	206	84	4	522	30	20	20	28	1.98
52056977--52057019	20	2.2	20	91	0	68	41	18	0	39	1.51
52056977--52057028	20	2.6	20	84	0	59	40	17	1	40	1.60
52060319--52060618	40	7.5	40	71	10	211	37	18	26	18	1.94
52060349--52060618	80	3.4	80	79	3	303	37	18	25	18	1.94
52062695--52062763	29	2.4	29	80	4	86	27	33	11	27	1.91
52062869--52062936	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
52063038--52063116	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
52062584--52063085	174	2.9	174	97	0	950	31	24	14	29	1.95
52066641--52066667	9	3.0	9	100	0	54	22	22	0	55	1.44
52070246--52070313	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
52070420--52070487	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
52070589--52070667	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
52070135--52070636	174	2.9	174	96	0	932	31	24	14	30	1.94
52079568--52079717	40	3.8	40	81	1	158	39	15	26	19	1.91
52083007--52083053	24	1.9	25	82	4	60	40	2	34	23	1.67
52083685--52083745	27	2.3	27	88	0	86	44	21	18	16	1.87
52083695--52083805	27	4.3	27	76	19	119	40	18	18	22	1.91
52083732--52083774	22	2.0	22	90	4	70	44	2	23	30	1.66
52083706--52083801	49	2.0	48	87	6	140	42	13	19	23	1.87
52084010--52084093	26	3.2	26	81	1	96	22	22	15	39	1.92
52084021--52084101	26	3.1	26	81	0	99	24	19	16	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52084208--52084297	28	3.2	28	84	6	103	20	24	23	32	1.98
52086438--52086606	27	6.3	27	86	4	198	40	19	20	19	1.91
52086438--52086609	53	3.2	53	84	2	227	40	19	20	20	1.92
52086438--52086609	80	2.1	82	83	2	231	40	19	20	20	1.92
52086938--52087031	28	3.4	28	82	7	120	20	23	24	31	1.98
52086994--52087064	33	2.1	34	84	2	90	22	23	25	28	2.00
52086938--52087064	56	2.2	56	83	7	146	21	22	25	30	1.99
52098806--52098894	28	3.1	28	75	9	90	30	19	5	44	1.73
52098819--52098928	57	1.9	57	83	3	141	25	15	9	50	1.73
52099812--52099884	36	2.0	36	97	0	137	35	13	15	35	1.87
52106200--52106446	50	4.8	51	75	9	182	29	21	26	23	1.99
52118819--52118890	27	2.7	27	82	2	92	30	18	18	33	1.94
52121109--52121230	31	3.6	32	75	14	93	55	1	0	41	1.15
52121167--52121212	22	2.1	22	87	0	65	52	2	0	45	1.13
52121109--52121200	11	8.6	11	66	23	54	55	1	1	42	1.14
52123945--52123985	21	2.0	21	85	9	57	36	2	4	56	1.34
52124328--52124369	9	4.7	9	90	0	66	30	11	21	35	1.90
52127444--52127499	30	1.9	28	86	13	78	76	5	10	7	1.14
52128198--52128242	3	15.0	3	90	0	72	35	0	2	62	1.08
52142754--52142809	30	1.9	28	86	13	78	76	7	8	7	1.15
52143508--52143561	3	18.0	3	92	0	90	35	0	1	62	1.06
52143917--52144012	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52143876--52144009	39	3.4	38	72	12	103	22	20	26	30	1.98
52152267--52152323	30	1.9	30	85	0	78	17	36	28	17	1.93
52152224--52152324	43	2.4	42	86	5	141	19	33	28	17	1.95
52154807--52154840	17	2.0	17	94	0	59	47	11	14	26	1.79
52159944--52159974	13	2.4	13	94	0	53	64	0	3	32	1.09
52163073--52163148	22	3.4	23	81	17	81	26	26	1	46	1.61
52163074--52163148	11	6.7	12	72	18	72	26	26	1	45	1.62
52163110--52163207	51	1.9	51	83	4	126	25	23	3	47	1.66
52164351--52164383	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
52165004--52165043	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
52165587--52166312	21	33.0	22	78	10	686	44	31	0	23	1.60
52165587--52166312	43	16.5	42	76	13	630	44	31	0	23	1.60
52165638--52165713	27	3.0	27	72	23	92	42	38	0	19	1.52
52165725--52165779	28	2.0	28	92	0	92	41	34	0	23	1.55
52165728--52165777	15	3.5	15	74	20	52	42	34	0	24	1.55
52165943--52166021	6	11.4	7	69	22	51	44	36	1	17	1.57
52165944--52166009	27	2.4	28	82	7	82	40	39	1	18	1.60
52165965--52166009	13	3.4	13	87	6	63	40	42	2	15	1.59
52165964--52166004	14	3.0	14	89	7	66	41	41	2	14	1.59
52167653--52167704	22	2.4	22	96	0	95	19	26	21	32	1.97
52169239--52169805	126	4.5	125	85	2	742	30	22	17	29	1.96
52169239--52169805	251	2.3	250	88	1	823	30	22	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52171867--52171899	17	1.9	17	100	0	66	36	0	3	60	1.12
52172693--52172734	21	2.0	21	100	0	84	47	4	0	47	1.23
52177161--52177237	19	3.7	21	76	13	68	41	16	3	37	1.67
52177161--52177218	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
52177197--52177250	19	2.8	19	88	0	90	37	16	7	38	1.77
52177459--52177502	22	2.0	22	100	0	88	50	9	4	36	1.55
52185915--52185983	25	2.8	26	82	10	83	33	21	21	23	1.97
52185901--52186020	25	4.9	24	75	15	79	33	19	22	25	1.97
52195599--52195643	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
52196433--52196534	51	2.0	51	96	0	186	43	12	11	32	1.79
52197396--52197459	9	6.8	9	75	16	58	31	1	0	67	1.00
52199204--52199245	7	6.3	7	94	2	61	61	7	2	28	1.35
52199716--52199759	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
52202803--52202848	24	1.9	24	90	0	74	10	45	6	36	1.65
52202871--52202900	14	2.1	14	93	0	51	10	43	10	36	1.72
52204421--52204466	23	1.9	25	86	8	69	54	13	2	30	1.50
52205481--52205519	19	2.1	19	85	9	53	28	5	17	48	1.68
52207818--52207848	15	2.1	15	93	0	53	48	3	6	41	1.45
52214198--52214251	16	3.5	16	70	10	58	42	5	27	24	1.76
52214189--52214253	30	2.2	30	94	0	112	36	4	29	29	1.77
52214717--52215053	50	6.7	50	83	3	381	30	16	25	28	1.96
52214717--52215059	100	3.4	100	86	2	438	30	16	25	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52222179--52222233	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
52222371--52222465	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
52222446--52222497	16	3.2	16	88	0	77	34	36	1	26	1.68
52223204--52223324	9	13.8	9	68	21	53	54	1	2	41	1.23
52223203--52223254	17	3.0	16	76	15	50	55	0	0	44	0.99
52223207--52223343	19	7.5	19	68	14	58	55	1	3	39	1.26
52223203--52223375	71	2.4	71	86	5	226	50	1	3	43	1.29
52223352--52223421	20	3.4	20	73	25	65	41	1	1	55	1.17
52223441--52223631	90	2.1	90	81	5	228	47	4	4	43	1.41
52223523--52223571	18	2.7	18	79	14	57	48	2	2	46	1.25
52263355--52263441	45	1.9	45	88	4	131	42	2	20	34	1.65
52263444--52263487	6	7.2	6	92	2	52	59	0	25	15	1.37
52263445--52263487	12	3.5	12	90	3	68	58	0	25	16	1.38
52263445--52263487	18	2.3	19	84	4	61	58	0	25	16	1.38
52275656--52275701	15	3.0	15	87	3	56	56	23	2	17	1.52
52292024--52292363	44	7.8	44	73	8	239	28	23	17	29	1.97
52292350--52292586	131	1.8	130	87	0	357	24	23	22	29	1.99
52294678--52294745	29	2.4	28	82	4	82	13	7	10	69	1.37
52294678--52294745	28	2.4	27	80	9	73	13	7	10	69	1.37
52298833--52298862	10	3.0	10	100	0	60	50	20	0	30	1.49
52298956--52298995	21	1.9	21	85	10	55	55	5	12	27	1.58
52298966--52298995	11	2.8	11	95	5	53	56	0	13	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52302480--52302512	16	2.1	16	100	0	66	42	6	33	18	1.75
52302736--52302777	16	2.6	17	82	17	54	54	0	0	45	0.99
52302723--52303333	120	5.1	120	92	1	949	50	5	1	42	1.34
52302819--52303224	61	6.8	57	67	19	179	51	4	2	42	1.34
52302981--52303017	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
52303057--52303250	26	6.6	30	66	20	81	55	3	1	40	1.22
52303074--52303112	13	3.1	12	79	13	51	58	0	0	41	0.98
52303100--52303134	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
52302729--52303332	239	2.5	240	90	2	946	50	4	1	42	1.34
52303222--52303256	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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