genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6534536--6534599	22	3.0	22	73	13	62	48	7	1	42	1.41
6540582--6540621	6	6.7	6	86	11	55	0	45	2	52	1.14
6543650--6543686	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
6551545--6551580	17	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
6553288--6553423	40	3.4	40	78	7	134	40	22	19	18	1.91
6553463--6553648	41	4.5	42	78	5	211	23	21	23	31	1.98
6553476--6553648	83	2.1	81	83	4	213	24	21	23	30	1.99
6554786--6554813	10	2.8	10	100	0	56	57	0	0	42	0.99
6561133--6561426	42	6.9	43	83	3	344	22	17	29	30	1.96
6561517--6561559	22	2.0	22	95	0	77	46	27	16	9	1.77
6564100--6564143	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
6564099--6564154	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
6564112--6564177	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
6564143--6564187	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
6564361--6564399	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
6567735--6567786	26	2.0	26	96	0	95	51	11	17	19	1.75
6569432--6569466	15	2.3	15	100	0	70	48	22	22	5	1.72
6579725--6579767	20	2.2	19	87	4	59	67	0	4	27	1.10
6589384--6589433	24	2.1	24	88	7	75	22	10	26	42	1.84
6589836--6590206	123	3.0	123	94	1	627	42	22	12	22	1.88
6590588--6590637	24	2.1	24	100	0	100	42	4	22	32	1.72
6601258--6601312	27	2.0	27	100	0	110	36	25	3	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6601995--6602391	185	2.2	187	87	4	576	27	21	14	36	1.92
6607038--6607330	94	3.3	89	76	13	246	23	16	25	34	1.96
6607345--6607397	13	4.1	13	85	0	79	30	7	26	35	1.84
6607874--6607910	13	2.8	13	100	0	74	32	16	13	37	1.87
6607874--6607923	26	1.9	26	83	0	64	34	18	14	34	1.90
6617882--6618085	41	5.0	41	87	0	282	25	25	18	30	1.98
6617876--6618092	82	2.6	82	90	1	337	24	25	18	30	1.98
6622763--6622854	45	2.1	45	82	10	109	53	2	3	41	1.29
6622820--6622867	19	2.5	20	80	10	64	37	0	6	56	1.25
6632014--6632057	23	1.9	23	85	0	61	54	4	0	40	1.21
6632493--6632517	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
6637737--6637786	21	2.5	20	83	6	66	26	2	4	68	1.18
6640660--6640721	31	2.0	31	96	0	115	17	9	17	54	1.69
6640663--6640713	15	3.3	15	70	24	52	17	7	17	56	1.63
6640664--6640714	16	3.2	16	68	15	52	17	7	15	58	1.60
6645080--6645120	21	2.0	21	90	9	66	31	9	7	51	1.62
6646238--6646289	18	2.8	19	82	8	54	46	0	3	50	1.20
6651580--6652196	113	5.5	112	86	2	718	30	17	23	28	1.97
6654416--6654618	89	2.3	89	95	0	370	20	13	23	42	1.87
6654602--6654632	13	2.4	13	94	0	53	6	9	25	58	1.54
6654831--6654884	21	2.6	21	90	0	81	37	14	40	7	1.74
6654849--6654917	33	2.1	33	88	0	102	39	17	37	5	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6654881--6654920	21	1.9	21	94	0	71	37	17	40	5	1.72
6655306--6655412	43	2.5	44	83	6	114	31	20	22	25	1.98
6655394--6655635	42	5.7	42	88	4	337	26	21	21	30	1.98
6655351--6655641	126	2.3	127	88	3	408	26	21	21	31	1.98
6657622--6657658	12	3.1	12	92	0	65	56	0	8	35	1.29
6658819--6658859	19	2.2	18	86	4	55	53	0	21	24	1.46
6660268--6660361	49	1.9	49	93	4	163	44	7	24	23	1.79
6662446--6662483	7	5.6	7	84	6	51	28	0	2	68	1.03
6668993--6669039	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
6673352--6673390	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
6680866--6680908	23	2.0	23	81	9	54	65	2	0	32	1.06
6681149--6681204	21	2.7	21	97	0	103	28	39	8	23	1.85
6693911--6693990	39	2.1	39	97	0	151	22	16	12	48	1.79
6698219--6698272	26	2.0	26	82	7	63	50	1	1	46	1.23
6700887--6700935	19	2.6	19	77	3	55	61	6	0	32	1.21
6700910--6700959	25	2.0	25	88	0	73	54	8	0	38	1.30
6702972--6703123	43	3.5	43	74	11	116	25	17	26	30	1.97
6706028--6706052	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
6709779--6709923	71	2.0	71	97	2	274	28	13	15	42	1.85
6723709--6723803	37	2.6	37	88	1	147	38	31	12	16	1.86
6726222--6726253	16	2.0	16	93	0	55	68	3	0	28	1.04
6732413--6732476	25	2.5	26	84	2	76	32	17	23	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6746928--6746963	17	2.1	18	94	5	65	19	5	0	75	1.00
6748162--6748199	18	2.1	19	90	5	60	26	5	7	60	1.46
6762787--6763323	109	4.9	108	93	2	868	33	18	17	30	1.94
6762787--6763323	217	2.5	217	90	5	861	33	18	17	30	1.94
6763608--6763674	16	4.3	16	72	11	50	53	1	5	38	1.34
6763600--6763693	24	4.0	24	70	10	68	56	1	7	35	1.35
6763655--6763692	17	2.3	16	90	4	58	60	0	5	34	1.19
6763886--6763930	3	15.0	3	95	0	81	66	2	0	31	1.04
6765118--6765157	21	2.0	21	85	5	55	57	0	0	42	0.98
6769167--6769224	28	2.1	28	93	0	98	39	13	13	32	1.85
6771816--6771848	3	11.7	3	87	12	52	30	0	0	69	0.88
6771816--6771848	11	2.9	11	95	4	57	30	0	0	69	0.88
6771906--6771948	12	3.5	12	82	14	52	37	9	0	53	1.33
6773323--6773374	25	2.0	26	82	10	63	46	3	7	42	1.51
6779109--6779172	26	2.6	23	77	20	67	57	1	9	31	1.40
6780873--6781339	44	10.8	44	71	10	246	24	22	21	30	1.99
6780854--6781205	127	2.8	126	84	3	384	25	22	22	29	1.99
6780963--6781333	87	4.3	88	76	7	334	24	23	22	29	1.99
6781005--6781338	173	1.9	174	88	3	512	25	23	21	29	1.99
6780963--6781353	44	9.1	44	74	9	281	24	23	21	30	1.99
6782102--6782323	108	2.1	108	82	1	275	51	7	15	26	1.69
6793712--6793775	26	2.6	23	77	20	67	57	1	9	31	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6811235--6811261	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6811825--6811863	19	2.1	19	85	9	53	25	5	20	48	1.70
6811825--6811862	18	2.1	19	85	5	51	26	5	21	47	1.71
6814822--6814886	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
6821003--6821067	32	2.1	32	94	2	114	32	9	12	46	1.73
6823843--6823877	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
6824657--6824697	18	2.3	18	91	0	64	48	2	31	17	1.60
6824655--6824700	18	2.3	20	75	17	51	52	2	30	15	1.55
6829962--6830006	23	2.0	23	91	4	74	40	8	22	28	1.84
6839868--6839917	18	2.8	17	85	8	64	2	42	0	56	1.11
6839868--6839917	3	16.7	3	89	0	55	2	42	0	56	1.11
6846885--6846965	25	3.2	25	76	10	76	37	20	17	24	1.94
6849066--6849111	16	2.9	16	83	9	58	36	8	10	43	1.71
6849686--6849745	31	1.9	31	90	6	95	45	16	16	21	1.86
6851242--6851288	7	6.7	7	80	9	51	34	0	0	65	0.93
6858387--6858521	9	14.4	9	69	14	69	29	2	1	65	1.16
6858387--6858521	18	7.2	18	70	17	80	29	2	1	65	1.16
6858349--6858494	29	5.1	28	73	11	109	32	3	0	63	1.16
6858349--6858522	57	3.1	57	79	11	146	29	3	1	65	1.16
6858387--6858437	19	2.7	19	79	8	59	31	1	1	64	1.15
6858453--6858508	20	2.8	21	78	13	64	32	1	1	64	1.14
6858584--6858794	92	2.3	92	83	4	257	40	11	18	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6861174--6861296	29	4.2	29	79	5	140	30	19	7	42	1.78
6861644--6861669	12	2.2	12	100	0	52	57	0	42	0	0.98
6861648--6861708	15	4.1	15	89	4	79	75	0	24	0	0.80
6861663--6861708	7	6.3	7	87	9	65	80	0	19	0	0.71
6861648--6861711	29	2.3	28	83	5	76	76	0	23	0	0.79
6861816--6861858	10	4.6	9	85	5	59	83	2	11	2	0.83
6861817--6861858	20	2.2	20	91	4	68	85	2	9	2	0.77
6862016--6862088	26	2.9	25	77	18	55	79	0	20	0	0.73
6862019--6862089	32	2.2	31	87	5	97	78	0	21	0	0.74
6862023--6862082	16	3.8	16	83	14	79	78	0	21	0	0.75

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