Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  89  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24890580--24890642
21
3.0
21
88
2
90
33
33
3
30
1.74
24896095--24896157
21
3.0
21
88
2
90
30
3
33
33
1.74
24896800--24896895
30
3.2
30
74
2
95
30
27
15
27
1.96
24898625--24898656
13
2.4
14
94
5
57
84
6
3
6
0.86
24898625--24898683
14
4.5
13
72
17
50
76
5
5
13
1.13
24898662--24898744
14
6.5
12
69
16
51
67
7
13
12
1.41
24898635--24898694
27
2.2
27
79
5
68
75
3
8
13
1.16
24898675--24898744
27
2.6
25
78
12
77
67
8
14
10
1.42
24899762--24899795
18
1.9
18
88
5
52
52
2
35
8
1.47
24905027--24905076
6
8.2
6
83
14
50
76
2
20
2
0.99
24905027--24905086
21
2.8
21
82
2
75
76
1
18
3
1.00
24905027--24905088
26
2.4
25
75
17
72
75
1
19
3
1.02
24905136--24905166
12
2.6
12
100
0
62
45
12
16
25
1.83
24907346--24907442
30
3.2
30
75
2
106
28
26
15
28
1.96
24910600--24910664
11
5.7
11
75
16
53
70
4
6
18
1.26
24913106--24913255
55
2.8
54
80
4
149
26
15
29
28
1.96
24913078--24913255
27
6.6
27
77
6
146
25
15
28
30
1.96
24913079--24913234
82
1.9
81
81
6
190
25
16
28
30
1.96
24921116--24921265
55
2.8
54
80
4
149
26
15
29
28
1.96
24921088--24921265
27
6.6
27
77
6
146
25
15
28
30
1.96
24921089--24921244
82
1.9
81
81
6
190
25
16
28
30
1.96
24924085--24924141
25
2.3
25
84
0
69
35
19
28
17
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24925663--24925748
17
5.1
16
69
20
52
32
4
1
61
1.24
24925742--24925780
17
2.3
17
86
0
51
38
2
2
56
1.27
24925852--24925897
19
2.3
20
96
3
85
32
4
0
63
1.14
24926888--24926932
23
2.0
23
90
0
72
57
4
6
31
1.44
24926979--24927008
14
2.1
14
93
0
51
60
0
0
40
0.97
24926981--24927232
24
10.8
24
70
13
150
55
3
5
34
1.43
24927003--24927264
69
3.8
69
76
8
194
53
4
6
34
1.48
24927070--24927272
70
2.9
68
76
9
176
55
4
6
33
1.46
24928063--24928110
22
2.2
22
85
7
62
33
16
6
43
1.73
24928399--24928493
44
2.1
45
86
1
129
27
23
18
30
1.98
24928643--24929134
169
2.9
167
83
3
617
27
27
17
28
1.97
24929367--24929502
45
3.0
46
78
4
159
29
23
18
28
1.98
24930778--24930808
6
5.2
6
100
0
62
16
16
0
67
1.23
24934233--24934259
8
3.4
8
100
0
54
25
11
11
51
1.70
24934816--24934860
23
2.0
23
90
0
72
57
4
6
31
1.44
24934973--24935160
24
8.0
24
73
11
124
54
4
6
34
1.48
24934998--24935199
70
2.9
66
75
10
174
54
4
5
34
1.46
24936962--24937018
20
2.8
20
74
10
53
43
10
12
33
1.76
24937176--24937222
21
2.2
22
78
17
55
17
0
17
65
1.27
24942829--24942900
36
2.0
36
84
10
94
38
4
4
52
1.40
24944102--24944191
32
2.8
32
96
0
162
54
16
3
25
1.57
24944099--24944204
32
3.5
30
89
6
128
52
17
2
26
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24944164--24944218
27
2.0
27
86
6
76
50
18
3
27
1.63
24944097--24944236
59
2.3
62
80
8
162
52
17
2
26
1.58
24947352--24947404
17
3.4
17
72
20
60
54
18
11
15
1.70
24947347--24947405
30
2.0
30
93
0
100
54
18
11
15
1.71
24947951--24948086
8
15.6
8
68
19
69
66
4
2
25
1.24
24947919--24948052
56
2.4
56
78
9
157
64
4
2
27
1.27
24948005--24948065
19
3.6
17
75
20
56
70
3
0
26
1.02
24948024--24948084
30
2.0
32
83
6
81
67
3
0
29
1.07
24952758--24952859
30
3.6
27
71
22
75
32
0
6
60
1.23
24952758--24952863
20
5.5
19
74
16
76
33
0
7
59
1.26
24952815--24952863
9
5.1
9
78
11
53
30
0
8
61
1.25
24952874--24952927
17
2.9
19
79
20
69
33
0
3
62
1.12
24971737--24971761
13
1.9
13
100
0
50
28
8
8
56
1.57
24976290--24976339
25
2.0
25
100
0
100
40
8
16
36
1.77
24979042--24979080
21
1.9
20
89
5
60
28
20
25
25
1.99
24979897--24979978
28
2.8
30
79
3
96
47
17
12
23
1.80
24982671--24982700
15
1.9
16
93
6
53
46
0
0
53
1.00
24984284--24984309
3
8.7
3
100
0
52
65
0
34
0
0.93
24991895--24991958
33
1.9
33
83
0
83
28
26
25
20
1.99
24992312--24992527
27
8.1
27
81
11
250
24
13
18
44
1.85
24992733--24992775
19
2.4
17
80
7
50
18
41
23
16
1.89
24995328--24995390
25
2.5
25
84
5
74
31
17
14
36
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24995733--24995771
18
2.1
19
86
13
55
30
10
2
56
1.46
25001153--25001212
30
2.0
30
93
0
102
43
15
20
21
1.88
25002563--25002594
16
2.0
16
93
0
55
40
6
15
37
1.73
25006596--25006704
42
2.6
43
83
2
141
24
18
23
33
1.97
25006557--25006712
42
3.7
42
77
8
138
25
17
25
32
1.97
25013439--25013463
13
1.9
13
100
0
50
32
4
24
40
1.73
25014570--25014672
42
2.4
43
81
1
118
30
14
21
33
1.93
25014529--25014692
43
3.8
42
77
7
152
26
14
25
33
1.94
25017867--25017908
21
2.0
21
85
0
57
35
23
9
30
1.87
25021678--25021850
27
6.4
27
86
0
211
20
16
20
42
1.89
25025159--25025329
27
6.4
27
89
2
256
17
16
21
43
1.87
25025159--25025329
53
3.2
53
92
1
288
17
16
21
43
1.87
25030852--25031034
41
4.5
41
90
2
287
24
18
24
33
1.97
25032072--25032117
23
2.0
22
87
4
65
36
4
4
54
1.40
25034101--25034180
41
2.0
40
90
7
126
20
18
8
52
1.71
25034237--25034373
70
2.0
70
86
2
195
29
20
24
26
1.99
25037370--25037447
37
2.1
36
88
6
113
19
11
32
37
1.87
25041111--25041179
36
1.9
36
96
0
129
26
10
23
40
1.86
25049543--25049567
6
4.2
6
100
0
50
32
0
68
0
0.90
25051420--25051454
18
1.9
18
88
11
54
54
34
2
8
1.46
25061025--25061137
44
2.6
43
81
8
120
38
0
31
30
1.58
25061069--25061137
23
3.3
19
73
21
57
36
0
31
31
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25062734--25062775
20
2.1
20
95
0
75
47
0
7
45
1.30
25062802--25062853
3
17.0
3
76
11
52
30
5
1
61
1.30
25067045--25067123
37
2.1
37
88
4
115
25
30
18
25
1.98
25067242--25067893
47
14.1
47
91
4
1040
28
29
8
32
1.88
25067812--25067868
16
3.4
16
69
21
53
31
26
5
36
1.79
25067805--25067872
35
1.9
35
100
0
136
29
26
7
36
1.83
25076018--25076319
139
2.2
141
85
1
410
28
27
17
26
1.98
25080714--25080752
20
2.1
19
85
9
53
61
0
12
25
1.31
25083336--25083390
27
2.0
27
100
0
110
40
14
14
30
1.86
25085153--25085327
45
3.9
45
87
3
235
18
22
22
36
1.95
25086055--25086150
50
2.0
48
86
8
133
44
12
14
28
1.81
25088019--25088211
94
2.1
94
95
0
350
40
17
17
23
1.90
25093432--25093491
24
2.4
23
86
10
75
51
3
0
45
1.17
25094128--25094169
11
3.4
12
81
15
50
38
2
0
59
1.10
25094311--25094349
14
2.8
14
88
0
60
46
5
12
35
1.65
25094792--25094830
19
2.1
19
85
0
51
51
0
2
46
1.14
25094865--25094901
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
25094913--25094965
22
2.5
21
84
6
63
54
0
0
45
0.99
25112883--25113077
106
1.8
106
85
2
275
38
18
17
25
1.92
25115666--25115776
19
5.8
19
90
0
168
37
12
9
40
1.75
25115666--25115769
38
2.7
38
96
0
190
38
11
8
41
1.72
25120001--25120031
11
2.8
11
95
0
53
41
0
19
38
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25123381--25123413
16
2.1
16
88
11
50
30
18
3
48
1.63
25129947--25130071
43
2.9
43
80
5
146
30
26
15
28
1.96
25137316--25137362
24
2.0
24
87
8
69
27
4
10
57
1.51
25151367--25152570
87
13.9
87
91
1
1952
31
23
22
23
1.98
25156467--25156511
22
2.1
21
83
4
54
35
0
2
62
1.08
25158740--25158847
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
25159172--25159203
4
8.0
4
100
0
64
0
25
0
75
0.81
25159253--25159299
15
2.9
16
84
9
60
4
17
2
76
1.04
25159263--25159304
20
2.0
21
90
4
68
2
14
2
80
0.90
25159308--25159380
5
14.6
5
76
20
64
56
4
0
39
1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230