genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16764373--16764514	71	2.0	71	92	0	239	31	11	14	42	1.80
16765395--16765440	7	6.1	7	80	14	56	17	41	0	41	1.49
16765378--16765433	24	2.3	24	93	6	96	17	41	0	41	1.50
16765400--16765447	14	3.1	16	77	17	64	14	41	0	43	1.45
16765395--16765464	31	2.3	31	92	5	115	17	40	0	42	1.49
16766646--16766727	6	13.7	6	100	0	164	32	0	0	67	0.91
16767974--16768025	16	3.2	16	97	0	95	26	0	36	36	1.57
16772725--16772882	43	3.6	44	78	7	144	25	16	25	32	1.96
16779947--16780061	44	2.7	41	76	11	115	24	18	26	31	1.97
16781658--16781688	11	2.7	11	95	5	53	12	0	0	87	0.55
16784017--16784049	12	2.8	12	100	0	66	66	0	27	6	1.15
16784068--16784106	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
16789372--16789796	78	5.5	78	87	6	550	38	4	13	43	1.65
16789836--16790047	78	2.8	75	76	8	192	38	3	16	42	1.64
16789867--16790058	78	2.5	76	80	6	208	38	3	17	40	1.67
16790392--16790754	41	8.8	41	84	1	440	29	20	27	23	1.99
16790386--16790754	123	3.0	123	86	0	486	29	20	27	23	1.99
16790923--16790996	34	2.1	35	82	9	89	32	8	20	39	1.82
16793952--16794025	24	3.1	24	76	7	71	48	1	31	18	1.57
16794647--16794686	14	2.6	16	92	7	66	30	0	15	55	1.41
16795628--16795663	5	7.2	5	100	0	72	80	0	0	19	0.71
16797748--16797780	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16801715--16801760	19	2.6	18	83	10	58	52	0	0	47	1.00
16813413--16813441	9	3.0	10	90	10	51	27	0	0	72	0.85
16822836--16822864	9	3.2	9	100	0	58	68	0	0	31	0.89
16823206--16823246	20	2.0	20	85	0	55	31	0	4	63	1.15
16828116--16828146	15	2.1	15	93	0	53	64	6	9	19	1.45
16828344--16828414	31	2.3	31	95	0	124	36	11	14	38	1.81
16828636--16828682	19	2.5	20	75	10	53	27	6	0	65	1.16
16839762--16839786	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
16839947--16839998	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86
16841282--16841312	15	2.1	15	100	0	62	32	0	0	67	0.91
16843181--16843205	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
16843729--16843769	13	3.4	13	80	19	61	65	4	4	24	1.32
16843729--16843777	23	2.1	23	100	0	98	67	4	4	24	1.26
16862312--16862396	9	9.4	9	82	0	107	44	22	8	24	1.80
16862499--16862542	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
16863719--16863771	24	2.2	24	83	6	63	67	3	26	1	1.17
16863738--16863794	30	1.9	30	85	7	80	71	3	22	1	1.10
16864145--16864181	7	5.4	7	96	3	67	13	0	0	86	0.57
16864170--16864265	45	2.1	46	84	5	124	25	6	11	57	1.57
16872071--16872095	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
16877276--16877311	11	3.3	11	88	0	54	13	0	5	80	0.88
16888712--16888877	39	4.3	39	87	0	224	34	18	31	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16888733--16888836	20	5.3	20	71	13	90	31	18	34	15	1.92
16891666--16891765	34	2.9	34	77	0	101	30	18	15	37	1.91
16895439--16895469	2	15.5	2	100	0	62	0	0	51	48	1.00
16896818--16896871	18	3.0	18	72	0	54	40	0	5	53	1.24
16896864--16896903	19	2.2	19	90	4	64	37	0	0	62	0.95
16896864--16896916	19	2.8	19	85	5	63	37	3	1	56	1.28
16899473--16899513	20	2.1	19	86	4	55	46	9	7	36	1.65
16909091--16909142	3	17.3	3	95	0	95	0	34	0	65	0.93
16911532--16911579	22	2.3	20	82	7	60	39	0	0	60	0.97
16911736--16911868	69	1.9	69	98	0	257	38	14	18	29	1.90
16917172--16917210	20	2.0	20	84	0	51	48	15	10	25	1.76
16918542--16918608	33	2.0	33	85	5	91	34	23	8	32	1.86
16928262--16928327	26	2.5	26	92	0	105	21	25	27	25	1.99
16931177--16931235	28	2.1	28	96	3	111	25	1	0	72	0.93
16931198--16931245	20	2.4	19	83	16	62	25	2	0	72	0.95
16937585--16937657	33	2.2	34	85	7	96	30	9	16	43	1.80
16938387--16938452	11	6.4	11	75	16	61	37	6	0	56	1.24
16938426--16938453	12	2.3	12	100	0	56	35	7	0	57	1.26
16938378--16938481	40	2.6	39	88	7	156	32	5	0	61	1.20
16938437--16938503	28	2.4	29	95	5	120	28	2	0	68	1.04
16951688--16952039	125	2.8	125	94	0	614	28	16	21	33	1.95
16955049--16955407	116	3.1	116	96	1	648	44	6	9	39	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16955277--16955344	17	3.8	17	71	16	57	48	1	5	44	1.36
16955401--16955964	23	25.1	22	77	15	522	26	0	24	49	1.55
16955402--16955967	68	8.4	68	79	13	513	26	0	24	49	1.55
16955402--16955964	91	6.3	89	78	14	588	26	0	24	49	1.54
16955821--16955905	38	2.2	38	89	4	136	25	1	22	50	1.56
16955877--16955905	15	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
16956013--16956060	25	2.0	22	88	11	69	43	10	0	45	1.38
16956490--16956525	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
16957176--16957201	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
16957366--16957408	20	2.1	21	83	12	54	51	6	0	41	1.29
16958302--16958344	11	3.8	12	81	6	54	58	0	0	41	0.98
16958351--16958392	11	3.8	11	90	0	66	50	7	21	21	1.72
16967116--16967201	23	3.9	22	77	8	95	37	22	20	19	1.95
16968125--16968166	13	3.3	13	80	6	50	50	4	2	42	1.36
16968583--16968607	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
16970665--16970699	14	2.5	14	90	0	52	54	0	17	28	1.43
16982587--16982622	17	2.1	16	90	10	54	44	0	5	50	1.25
16983790--16983834	22	2.2	20	88	8	63	28	4	2	64	1.25
16988430--16988461	16	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
16991573--16991602	14	2.2	14	94	5	53	83	0	0	16	0.65
16992965--16993520	174	3.2	174	87	2	747	28	22	18	29	1.98
16993057--16993558	89	5.7	88	69	12	309	28	22	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16993443--16993639	44	4.5	44	76	10	167	28	24	19	27	1.98
16993266--16993560	45	6.7	45	69	15	152	27	24	20	28	1.99
17005980--17006012	12	2.8	12	90	9	50	78	0	0	21	0.75
17005963--17006015	22	2.4	22	81	9	63	77	0	1	20	0.87
17008094--17008127	18	2.0	16	88	11	50	58	0	8	32	1.29
17010585--17010640	24	2.4	23	80	11	60	62	1	5	30	1.28
17013888--17013948	24	2.4	26	81	10	90	22	8	16	52	1.70
17014954--17015002	24	2.0	24	96	0	89	38	18	16	26	1.91
17015548--17015640	45	2.1	44	88	6	134	34	29	5	31	1.80
17015630--17015672	16	2.7	16	96	0	77	23	32	2	41	1.67
17015715--17015752	16	2.4	16	95	0	67	36	2	34	26	1.71
17015734--17015826	45	2.1	43	90	9	143	32	4	29	34	1.77
17016003--17016222	102	2.2	102	94	0	386	52	4	2	41	1.33
17016163--17016351	59	3.2	59	73	16	217	55	4	0	40	1.24
17016105--17016425	120	2.7	120	96	0	592	52	4	0	41	1.28
17016390--17016432	21	2.0	21	91	8	70	60	4	0	34	1.17
17016380--17016437	21	2.5	22	81	18	66	53	6	1	37	1.38
17019607--17019666	29	2.1	29	100	0	120	30	23	11	35	1.90
17019828--17019857	14	2.1	14	100	0	60	50	10	6	33	1.62
17023644--17023694	25	2.1	25	85	3	68	9	0	13	76	1.02
17040648--17040680	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
17040913--17041067	18	9.0	17	64	21	56	53	3	0	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17040899--17041264	120	3.0	120	95	0	669	51	4	1	42	1.30
17041151--17041187	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
17042999--17043028	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
17045295--17045590	107	2.8	107	80	2	308	26	19	22	30	1.98
17058130--17058169	9	4.4	9	90	0	62	30	10	22	37	1.87
17058223--17058259	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
17058472--17058523	27	1.9	27	88	0	77	21	30	0	48	1.51
17059284--17059316	5	6.6	5	92	0	57	24	15	21	39	1.91
17060457--17060490	17	2.0	17	100	0	68	5	17	29	47	1.71
17061060--17061092	17	1.9	18	88	11	52	45	0	9	45	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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