genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171716--2171875	86	1.9	86	81	7	200	28	34	14	23	1.94
2172230--2172298	21	3.3	21	85	0	102	8	43	15	31	1.78
2172270--2172416	66	2.2	66	85	4	199	13	29	18	38	1.89
2172290--2172435	66	2.2	66	87	4	206	15	26	19	39	1.90
2177051--2177103	20	2.6	20	79	8	54	24	1	7	66	1.28
2177545--2177575	14	2.1	15	94	5	55	38	32	0	29	1.57
2177821--2177861	21	2.0	21	85	9	57	34	41	0	24	1.55
2178334--2179029	114	6.2	114	88	2	1003	27	21	19	30	1.98
2178332--2179029	223	3.1	227	88	2	1014	27	21	19	30	1.98
2179993--2180037	18	2.5	18	100	0	90	0	57	0	42	0.98
2181176--2181241	34	1.9	34	87	3	96	43	15	9	31	1.77
2181937--2182009	29	2.5	29	84	2	83	36	8	10	43	1.70
2182964--2183105	60	2.3	63	83	6	184	41	19	15	23	1.89
2183560--2183584	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
2197965--2198012	20	2.4	19	83	10	60	52	2	0	45	1.12
2199246--2199284	6	6.5	6	90	0	60	33	51	15	0	1.44
2205846--2205924	34	2.3	35	86	6	108	39	3	7	49	1.49
2205839--2206002	83	1.9	85	92	3	278	39	3	7	48	1.50
2205898--2205987	40	2.4	35	83	10	108	40	2	8	48	1.47
2209451--2209494	22	2.0	23	86	4	63	50	0	4	45	1.22
2209450--2209509	23	2.6	22	77	17	59	50	3	6	40	1.45
2211417--2211477	31	2.0	31	83	6	79	40	11	18	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2234871--2235044	87	2.0	87	98	1	341	44	9	2	44	1.48
2240815--2240851	17	2.2	16	90	4	56	81	2	2	13	0.92
2240815--2240851	8	4.5	8	86	6	56	81	2	2	13	0.92
2240950--2241000	23	2.3	22	86	3	66	0	54	0	45	0.99
2240950--2241000	11	4.5	11	83	11	59	0	54	0	45	0.99
2241473--2241534	3	20.0	3	77	6	61	32	1	6	59	1.32
2241476--2241537	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
2241500--2241545	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
2241562--2241609	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
2244114--2244297	62	3.0	62	93	0	314	41	20	4	33	1.73
2245521--2245571	10	4.7	10	80	17	57	84	1	7	5	0.85
2245521--2245572	23	2.4	22	87	12	72	82	3	7	5	0.93
2245998--2246058	12	5.3	12	75	25	53	83	0	11	4	0.79
2246000--2246039	20	2.0	21	95	5	73	85	0	7	7	0.76
2246381--2246587	108	1.9	108	85	2	281	24	15	11	48	1.78
2247069--2247202	42	3.1	42	62	19	105	26	26	23	23	2.00
2247015--2247448	85	5.1	86	93	1	676	26	22	23	27	1.99
2247396--2247805	134	3.1	134	93	1	680	28	19	22	30	1.98
2247687--2247854	95	1.8	90	83	8	223	30	20	21	27	1.98
2247879--2249265	132	10.5	132	94	1	1192	27	16	26	29	1.97
2247950--2248964	483	2.1	483	97	0	1931	26	16	26	29	1.97
2247879--2249096	615	2.0	615	97	0	2276	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247879--2249265	396	3.5	395	88	1	1502	27	16	26	29	1.97
2247950--2249096	483	2.4	483	93	1	1769	26	16	26	29	1.97
2249363--2249510	40	3.7	40	79	7	181	29	22	20	27	1.99
2249362--2249515	82	1.9	82	91	0	254	29	22	20	26	1.99
2250385--2250420	8	4.4	8	86	6	54	80	2	2	13	0.93
2250519--2250569	23	2.3	22	86	3	66	0	54	0	45	0.99
2250519--2250569	11	4.5	11	83	11	59	0	54	0	45	0.99
2251044--2251105	3	20.0	3	77	6	61	32	1	6	59	1.32
2251047--2251108	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
2251071--2251116	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
2251133--2251180	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
2257744--2257775	10	3.1	11	91	8	50	46	6	0	46	1.27
2261389--2261422	17	2.0	17	88	11	52	70	8	0	20	1.13
2261924--2262005	30	2.8	29	87	5	103	28	7	6	58	1.49
2269019--2269066	20	2.4	20	82	6	62	64	2	0	33	1.05
2274985--2275028	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
2279854--2280080	44	5.2	44	64	10	140	28	23	22	25	1.99
2279898--2280124	44	5.2	44	67	14	171	27	21	23	27	1.99
2279850--2280277	88	4.9	88	89	2	546	29	22	22	25	1.99
2280426--2280531	44	2.4	44	80	7	126	29	23	23	23	1.99
2280426--2280664	44	5.5	43	74	10	114	30	17	22	28	1.97
2287046--2287101	3	18.7	3	96	0	103	64	0	1	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290033--2290067	13	2.7	13	95	0	61	31	40	0	28	1.57
2296298--2296353	21	2.4	24	81	18	66	41	14	1	42	1.56
2296293--2296352	26	2.4	25	75	8	68	43	11	1	43	1.51
2298162--2298299	42	3.3	42	81	2	152	44	18	22	15	1.86
2308489--2308523	17	1.9	19	88	11	56	60	11	2	25	1.45
2311511--2311553	20	2.1	21	83	12	54	60	2	4	32	1.30
2320335--2320384	17	2.9	17	82	14	59	54	0	0	46	1.00
2322450--2322537	29	3.0	28	77	9	79	26	2	6	64	1.30
2327733--2327767	19	1.9	19	88	11	56	40	0	14	45	1.45
2330261--2330294	17	2.0	17	88	0	50	29	17	2	50	1.61
2330489--2330530	15	2.8	15	85	7	50	35	4	0	59	1.19
2332878--2333015	74	1.9	74	82	8	174	30	19	10	39	1.85
2333151--2333239	45	2.0	45	97	0	169	48	8	11	31	1.70
2338046--2338566	184	2.8	184	85	6	698	39	20	14	25	1.90
2345512--2345681	40	4.3	40	88	0	216	27	27	21	24	1.99
2345512--2345658	79	1.9	80	88	1	224	27	27	20	24	1.99
2345666--2345743	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2361262--2361484	40	5.6	40	82	5	220	25	27	21	25	1.99
2361416--2361493	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2369168--2369388	40	5.6	40	82	5	218	25	28	21	24	1.99
2369320--2369397	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2374087--2374131	19	2.4	19	81	7	56	57	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374100--2374147	9	5.2	9	85	11	62	56	2	0	41	1.11
2374106--2374149	20	2.3	19	88	11	63	59	2	0	38	1.10
2374100--2374178	29	2.8	28	78	3	95	55	1	2	40	1.21
2374086--2374164	9	8.2	9	74	10	59	60	2	1	35	1.18
2380064--2380095	13	2.4	14	94	5	57	68	6	0	25	1.12
2380641--2380716	38	2.0	38	94	0	134	18	17	22	42	1.89
2385638--2385664	12	2.2	12	100	0	54	7	14	14	62	1.51
2389902--2389940	17	2.4	17	86	4	53	69	0	0	30	0.89
2392202--2392244	14	2.8	15	82	13	52	27	2	2	67	1.15
2395372--2395437	28	2.4	28	82	5	71	53	1	1	43	1.19
2395408--2395461	21	2.6	21	85	5	65	44	0	0	55	0.99
2400630--2400703	28	2.6	27	70	16	69	22	24	29	22	1.99
2401161--2401216	25	2.2	26	90	3	87	30	0	0	69	0.89
2401161--2401226	25	2.6	25	83	11	73	27	0	3	69	1.03
2401793--2401817	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2422263--2422297	18	1.9	18	88	0	52	42	2	2	51	1.31
2427068--2427130	31	2.1	31	96	3	119	52	3	7	36	1.47
2427068--2427139	30	2.4	30	90	4	101	52	2	8	36	1.46
2432381--2432421	20	2.0	20	85	0	55	29	0	7	63	1.21
2441242--2441271	15	2.1	14	93	6	51	0	46	0	53	1.00
2449126--2449380	127	2.0	127	95	0	456	39	15	14	30	1.88
2451070--2451129	30	2.0	31	83	9	79	18	1	5	75	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452781--2452979	100	2.0	99	92	1	326	41	19	10	29	1.84
2454663--2454718	14	3.9	14	74	4	58	50	0	1	48	1.11
2456118--2456183	31	2.1	32	85	2	89	34	12	10	42	1.77
2456198--2456354	78	2.0	78	96	0	287	27	14	19	39	1.89
2456914--2456953	13	3.2	12	89	7	53	22	0	2	75	0.93
2457091--2457140	24	2.2	24	85	7	68	36	2	4	58	1.29
2460513--2460548	7	5.1	7	89	0	54	44	11	11	33	1.75
2467096--2467369	139	2.0	139	87	4	401	37	17	22	22	1.94
2477896--2477929	2	17.0	2	93	0	59	47	52	0	0	1.00
2480130--2480199	30	2.3	30	82	4	88	37	4	15	42	1.67

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