genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  51  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13793394--13793453	15	4.0	15	82	0	75	26	6	26	40	1.81
13796974--13797002	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
13798196--13798230	13	2.6	14	81	9	54	17	17	17	48	1.81
13798649--13798679	15	2.0	16	93	6	55	64	9	19	6	1.45
13798633--13798707	26	2.9	25	76	5	69	70	4	22	2	1.16
13798723--13798899	88	2.0	88	100	0	354	29	11	13	45	1.79
13799518--13799542	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
13801974--13802043	22	3.2	22	79	4	88	48	0	0	51	1.00
13801992--13802030	12	3.2	12	86	10	53	53	0	0	46	1.00
13801971--13802075	22	4.4	24	69	22	71	50	0	0	48	1.07
13803396--13803490	43	2.2	43	98	0	181	50	0	4	45	1.21
13803406--13803488	9	9.3	9	68	21	50	49	0	4	45	1.23
13803410--13803486	18	3.8	18	72	24	64	51	0	5	42	1.24
13803988--13804017	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
13808418--13808575	27	5.9	27	82	0	163	27	20	16	35	1.94
13808419--13808583	54	3.1	54	81	0	186	26	20	15	38	1.92
13812415--13812487	25	2.9	25	74	8	67	28	16	28	26	1.97
13813105--13813147	21	2.0	21	90	0	68	41	16	0	41	1.48
13814196--13814298	27	3.8	27	85	0	134	26	26	15	32	1.96
13817202--13817261	28	2.2	26	80	13	68	33	1	16	48	1.56
13817399--13817489	25	3.7	25	82	7	105	25	21	19	32	1.97
13830800--13830872	27	2.8	26	79	8	85	19	5	32	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13856751--13856827	32	2.4	32	80	4	93	44	6	24	24	1.77
13856836--13856922	36	2.3	38	86	5	115	37	12	14	34	1.85
13861078--13861119	22	2.0	21	81	13	50	47	7	0	45	1.30
13862420--13862460	21	1.9	22	85	5	57	43	7	2	46	1.44
13865834--13865902	22	3.1	22	91	0	111	31	27	0	40	1.57
13865855--13865954	52	1.9	52	89	0	155	33	30	0	37	1.58
13865995--13866055	28	2.1	29	82	8	72	39	0	1	59	1.08
13865993--13866048	28	2.0	29	86	6	80	39	0	1	58	1.08
13866146--13866179	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
13868310--13868545	29	8.1	29	96	0	436	43	26	0	28	1.61
13871779--13871984	85	2.4	85	93	0	342	34	21	18	24	1.96
13877264--13877351	30	3.0	30	81	1	115	37	21	15	25	1.93
13879244--13879310	22	3.0	22	84	0	80	23	14	22	38	1.92
13879252--13879335	44	1.9	44	82	4	107	26	15	20	38	1.92
13884002--13884036	6	5.8	6	100	0	70	51	0	0	48	1.00
13883990--13884035	18	2.6	19	86	6	53	54	2	0	43	1.12
13884081--13884145	21	2.9	22	71	20	53	43	1	4	50	1.32
13884087--13884135	25	2.0	25	87	0	71	42	2	4	51	1.32
13884623--13884692	35	2.0	34	88	2	104	34	8	4	52	1.51
13896898--13896964	35	1.9	35	84	6	91	16	10	32	40	1.82
13899677--13899839	43	3.8	44	77	4	118	25	15	20	38	1.92
13899764--13899863	43	2.3	43	86	6	132	25	17	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13899677--13899901	86	2.6	84	77	3	207	24	16	20	38	1.93
13899847--13899945	43	2.3	43	83	0	126	21	19	17	42	1.89
13904574--13904620	25	1.9	25	82	4	60	14	23	21	40	1.90
13904695--13904752	26	2.2	26	90	0	89	15	24	24	36	1.94
13913574--13913631	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
13913843--13913874	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
13913969--13914216	50	4.8	50	85	5	293	26	23	29	20	1.99
13913969--13914217	100	2.4	102	86	7	344	26	23	28	21	1.99
13921155--13921212	30	1.9	30	85	0	80	43	3	22	31	1.70
13921424--13921455	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
13921550--13921791	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
13921550--13921799	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
13928336--13928430	22	4.3	22	78	9	95	21	28	14	35	1.93
13928336--13928430	44	2.2	44	84	0	118	21	28	14	35	1.93
13929546--13929843	111	2.7	111	93	2	481	30	24	23	21	1.99
13929564--13930247	114	6.0	115	81	4	664	26	22	24	26	2.00
13931418--13931444	14	1.9	14	100	0	54	40	14	0	44	1.46
13931658--13931751	21	4.7	20	73	22	90	20	3	37	39	1.69
13933619--13933697	19	4.7	16	73	22	72	30	10	21	37	1.86
13933629--13933696	19	3.8	19	79	18	92	27	11	22	38	1.89
13933650--13933676	14	1.9	14	100	0	54	29	11	22	37	1.89
13933625--13933695	33	2.2	33	94	0	124	29	11	21	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13934363--13934533	47	3.8	47	77	12	212	36	15	3	44	1.63
13934539--13934616	18	4.2	18	78	15	86	44	8	1	44	1.43
13934546--13934611	17	3.2	21	65	22	50	42	10	0	46	1.38
13934546--13934623	39	2.0	41	92	5	133	43	8	0	47	1.34
13934869--13934897	12	2.4	12	100	0	58	48	10	0	41	1.37
13934893--13935222	9	37.8	9	65	19	121	48	18	2	30	1.61
13934922--13935145	16	13.4	16	65	22	70	49	19	1	29	1.58
13934893--13935066	25	7.2	25	67	22	81	48	19	2	29	1.61
13934991--13935052	28	2.2	29	85	2	81	51	20	1	25	1.57
13935029--13935067	20	2.0	20	100	0	78	53	20	0	25	1.45
13935147--13935259	16	6.7	16	72	12	59	47	15	1	34	1.56
13935076--13935233	25	6.3	25	75	11	121	49	18	2	29	1.61
13937441--13937522	43	1.9	43	87	0	119	26	18	26	28	1.98
13937530--13937613	43	2.0	43	95	0	150	26	19	32	22	1.97
13944310--13944348	18	2.0	21	85	14	57	41	20	12	25	1.88
13960220--13960261	21	2.0	21	85	0	57	38	26	0	35	1.57
13960231--13960263	11	3.1	11	86	8	50	33	36	0	30	1.58
13964408--13964446	21	1.9	19	85	10	51	28	5	5	61	1.39
13968111--13968177	30	2.2	30	100	0	134	22	19	13	44	1.85
13974393--13974599	101	2.0	102	86	6	290	28	17	16	37	1.92
13985219--13985252	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
13987537--13987618	42	2.0	42	87	4	121	26	3	31	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13987607--13987773	33	5.1	33	81	3	194	27	4	46	21	1.69
14005712--14006120	114	3.6	114	87	3	587	26	22	26	23	2.00
14005903--14006306	187	2.2	188	88	1	578	26	20	26	26	1.99
14006014--14006194	73	2.5	73	85	0	254	25	22	27	25	2.00
14006105--14006374	115	2.4	114	85	0	342	28	21	22	26	1.99
14006105--14006410	115	2.7	114	83	1	324	26	20	23	29	1.99
14006204--14006545	188	1.8	188	82	5	440	27	20	23	27	1.99
14006351--14006496	73	2.0	72	86	2	202	28	22	22	26	1.99
14007242--14007276	7	5.1	7	86	6	54	11	2	42	42	1.55
14007250--14007274	13	1.9	13	100	0	50	8	0	44	48	1.32
14010091--14010169	16	5.0	16	77	13	83	43	15	2	39	1.60
14010093--14010173	9	9.0	9	70	15	60	43	16	2	38	1.61
14010174--14010229	17	3.2	18	80	17	73	41	0	1	57	1.09
14010183--14010231	15	3.1	15	85	8	53	44	0	2	53	1.12
14010197--14010234	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
14010236--14010298	23	3.0	20	72	20	58	49	20	0	30	1.49
14010253--14010362	31	3.4	31	76	13	98	47	20	0	32	1.50
14010360--14010418	24	2.5	24	86	5	77	52	16	1	28	1.54
14010360--14010411	12	4.3	12	80	0	59	51	17	1	28	1.56
14011606--14011642	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
14011812--14011861	21	2.4	22	74	16	52	34	6	4	56	1.43
14016828--14016867	11	3.5	11	86	10	53	85	0	15	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14016864--14016898	6	5.8	6	93	0	61	68	11	0	20	1.20
14016864--14016898	18	1.9	18	100	0	70	68	11	0	20	1.20
14016863--14016905	18	2.3	18	88	4	68	69	11	0	18	1.17
14017781--14017818	15	2.5	15	87	8	51	68	0	15	15	1.22
14019016--14020015	259	3.9	258	91	2	1576	33	19	22	24	1.97
14019017--14020015	388	2.6	387	92	1	1601	33	19	22	24	1.97
14019016--14020015	129	7.7	129	92	1	1590	33	19	22	24	1.97
14020101--14020218	45	2.6	45	76	11	118	24	23	27	24	2.00
14020020--14021346	44	30.6	43	68	11	434	27	19	25	27	1.99
14019998--14021351	218	6.2	218	89	1	1995	28	19	25	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230