genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  5  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1361061--1361098	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
1367196--1367230	16	2.2	16	94	0	61	68	0	14	17	1.21
1372683--1372719	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
1381447--1381484	18	2.1	19	90	9	62	26	10	5	57	1.53
1384103--1384157	29	1.9	28	82	10	67	56	7	12	23	1.61
1386155--1386196	21	2.0	21	85	0	57	26	23	21	28	1.99
1388036--1388109	31	2.4	31	83	2	94	27	17	12	43	1.84
1392227--1392305	42	1.9	41	82	7	97	31	1	15	51	1.51
1394556--1394679	58	2.1	58	100	0	248	37	6	16	39	1.75
1399455--1399481	13	2.1	13	100	0	54	48	29	0	22	1.51
1400332--1400373	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
1400281--1400491	107	2.0	108	93	0	361	44	2	4	48	1.36
1400448--1400489	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
1400439--1400480	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
1400705--1400772	16	4.2	16	82	0	82	35	33	1	29	1.67
1406470--1406503	7	4.9	7	89	10	52	41	2	0	55	1.15
1425473--1425508	17	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
1430785--1430829	21	2.2	20	92	4	72	62	0	0	37	0.96
1435576--1435608	10	3.4	10	87	8	50	33	0	3	63	1.10
1445917--1446073	84	1.9	84	88	4	237	31	7	15	44	1.75
1451034--1451232	52	3.9	52	83	5	248	25	16	28	29	1.97
1473312--1473374	31	2.0	31	85	11	85	34	12	11	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1477254--1477283	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
1477470--1477508	18	2.2	18	86	9	53	61	0	0	38	0.96
1498671--1498927	131	1.9	131	89	4	397	35	14	36	13	1.85
1500712--1500800	39	2.2	41	88	5	130	53	7	0	38	1.30
1501949--1502047	52	1.9	52	82	0	126	35	31	12	21	1.90
1501970--1502137	84	2.0	84	100	0	336	39	26	13	21	1.90
1509631--1509698	29	2.3	30	77	10	77	38	8	10	42	1.70
1538874--1538933	25	2.4	25	100	0	120	41	5	15	38	1.68
1539307--1539360	6	9.0	6	100	0	108	50	16	0	33	1.46
1542975--1543025	23	2.3	22	75	3	57	54	0	3	41	1.19
1544285--1544338	27	2.0	27	88	0	81	40	5	11	42	1.64
1547244--1547299	23	2.5	23	69	19	55	37	3	7	51	1.47
1551834--1551896	27	2.3	27	81	10	83	42	7	6	42	1.59
1557609--1557687	36	2.2	36	93	0	131	7	24	13	54	1.65
1557652--1557677	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
1560646--1561868	120	10.2	120	98	0	2302	44	2	5	47	1.39
1561697--1561731	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1561817--1561851	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1562016--1562106	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
1562087--1562155	16	4.2	16	88	3	111	37	36	1	24	1.65
1562087--1562155	33	2.1	32	91	2	111	37	36	1	24	1.65
1562512--1562595	42	2.0	42	90	0	132	19	14	15	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1565087--1565130	13	3.3	13	82	17	63	34	2	20	43	1.64
1565086--1565131	14	3.4	14	77	17	60	32	2	19	45	1.62
1569821--1570157	177	1.9	178	85	1	471	33	19	18	27	1.96
1571399--1571454	19	2.8	20	82	10	71	30	25	7	37	1.82
1571420--1571461	20	2.1	20	90	0	66	30	28	4	35	1.78
1572141--1572250	57	1.9	56	90	1	175	29	15	4	50	1.63
1572161--1572250	26	3.1	29	72	20	98	28	17	4	48	1.66
1575140--1575181	22	1.9	22	100	0	84	38	23	9	28	1.86
1576418--1576482	33	2.0	33	100	0	130	50	24	3	21	1.63
1577425--1577469	16	2.7	16	86	6	54	57	6	26	8	1.54
1579012--1579096	41	2.1	41	100	0	170	58	9	4	27	1.49
1579666--1579697	14	2.1	16	88	11	50	68	0	0	31	0.90
1585122--1585167	22	2.1	22	87	0	65	19	15	13	52	1.75
1604388--1604442	23	2.4	23	71	0	56	38	3	10	47	1.56
1608648--1608707	26	2.3	26	79	0	75	48	1	0	50	1.11
1617241--1617317	31	2.5	31	100	0	154	27	18	9	45	1.79
1626453--1626499	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
1633850--1633890	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1640100--1640191	45	2.0	45	100	0	184	33	19	18	28	1.95
1644236--1644293	26	2.2	26	90	6	91	15	17	24	43	1.87
1644244--1644302	26	2.3	26	80	11	68	16	18	25	38	1.92
1644334--1644404	25	2.9	24	75	12	65	22	25	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1644334--1644389	25	2.3	25	84	3	69	21	25	19	33	1.97
1646623--1646678	6	9.3	6	100	0	112	83	0	0	16	0.64
1648900--1648931	16	2.0	16	93	0	55	15	12	21	50	1.77
1649045--1649308	45	5.9	45	93	0	420	39	15	19	25	1.91
1652840--1652871	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
1652985--1653248	45	5.9	45	91	0	402	39	15	20	25	1.91
1667395--1667480	45	1.9	45	90	0	136	50	1	6	41	1.37
1667419--1667483	24	3.0	20	74	24	60	47	0	6	46	1.27
1667422--1667490	20	3.2	20	72	27	61	50	0	5	43	1.26
1673067--1673116	26	1.9	26	87	0	73	54	16	14	16	1.72
1679920--1679953	15	2.3	15	90	5	52	76	0	5	17	0.98
1688063--1688100	6	6.2	6	82	17	51	15	0	2	81	0.80
1690521--1690567	19	2.3	21	82	7	62	40	40	6	12	1.69
1690578--1690644	21	3.2	20	77	6	62	23	5	28	41	1.78
1691714--1691751	16	2.3	17	82	17	53	55	23	2	18	1.55
1692429--1692485	12	4.6	12	80	20	64	24	1	1	71	1.04
1692430--1692463	16	2.1	16	89	10	52	26	0	0	73	0.83
1692561--1692601	5	8.2	5	100	0	82	19	0	0	80	0.71
1695818--1695849	11	2.9	11	100	0	64	56	0	0	43	0.99
1697986--1698019	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
1707099--1707152	6	9.3	6	82	6	51	68	1	1	27	1.10
1707099--1707152	9	6.2	9	75	14	51	68	1	1	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1708064--1708099	19	1.9	19	94	5	65	5	22	47	25	1.73
1709444--1709486	21	2.0	21	86	0	59	67	0	2	30	1.03
1710276--1710300	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1710764--1710816	26	2.0	26	81	0	61	49	1	5	43	1.37
1713659--1713707	16	3.0	17	77	22	68	36	10	16	36	1.82
1716673--1716731	24	2.4	25	78	13	61	62	1	0	35	1.05
1716687--1716740	10	5.5	11	76	24	50	61	0	0	38	0.96
1716687--1716763	40	2.0	37	82	7	91	62	0	0	37	0.96
1722686--1722727	16	2.5	17	84	3	59	40	2	0	57	1.12
1726795--1726835	19	2.2	19	86	0	55	56	0	0	43	0.99
1729010--1729039	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
1730108--1730133	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1730920--1730956	17	2.2	18	85	14	60	64	0	0	35	0.94
1740616--1740680	32	2.0	32	100	0	130	47	9	6	36	1.60
1740762--1740802	11	3.6	11	90	3	64	65	0	0	34	0.93
1756710--1756753	19	2.2	20	84	11	56	40	4	0	54	1.21
1756710--1756753	20	2.3	19	84	11	54	40	4	0	54	1.21
1757905--1758511	199	3.1	196	88	4	871	29	16	17	36	1.92
1762761--1762819	29	2.0	29	83	0	73	35	5	20	38	1.75
1763431--1763468	16	2.4	17	86	8	53	60	13	0	26	1.33
1766591--1766631	16	2.6	16	88	7	57	65	7	2	24	1.30
1766617--1766645	12	2.4	12	100	0	58	68	6	0	24	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766579--1766649	34	2.1	34	82	10	83	64	7	1	26	1.27
1766854--1766890	18	2.2	18	86	13	53	62	0	0	37	0.96
1767734--1767776	20	2.2	20	82	0	50	20	2	2	74	1.04
1770149--1770595	178	2.5	178	83	6	534	29	12	18	39	1.87
1770149--1770711	178	3.1	179	80	10	519	29	11	17	40	1.86
1773860--1773893	12	2.8	12	86	0	50	26	14	23	35	1.94
1773868--1773919	16	3.6	14	84	10	61	30	7	21	40	1.81
1779011--1779044	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
1778975--1779056	40	2.0	44	90	9	136	64	1	2	31	1.14
1779011--1779074	9	7.0	9	70	16	51	68	0	1	29	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230