genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66043858--66043891	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
66043924--66044117	92	2.1	91	88	5	284	47	4	4	44	1.41
66045518--66045544	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
66051290--66051373	31	2.7	31	81	7	82	45	8	3	42	1.51
66052282--66052334	25	2.1	26	85	3	72	30	0	7	62	1.23
66057550--66057632	31	2.7	30	75	18	82	37	1	4	56	1.28
66057948--66057989	21	2.0	21	100	0	84	33	0	23	42	1.55
66058397--66058438	18	2.2	20	87	8	61	57	4	0	38	1.20
66058396--66058441	19	2.4	19	82	10	58	56	4	0	39	1.19
66058453--66058492	20	2.0	20	95	4	73	45	5	0	50	1.23
66066179--66066385	103	2.0	103	91	0	333	42	9	17	29	1.81
66067823--66067878	19	2.7	21	78	13	71	64	0	3	32	1.11
66084893--66084931	16	2.5	15	84	12	51	53	2	0	43	1.14
66085994--66086033	16	2.3	18	87	8	57	65	5	2	27	1.27
66087126--66087255	66	2.0	66	95	0	233	49	18	10	22	1.77
66088914--66088947	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
66102729--66102762	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
66106212--66106329	53	2.2	53	86	0	164	45	8	13	32	1.74
66108500--66108553	26	2.0	26	89	7	81	38	7	16	37	1.77
66109105--66109152	24	2.0	24	100	0	96	41	29	12	16	1.85
66113451--66113506	26	2.1	27	87	6	80	39	0	0	60	0.97
66113459--66113513	26	2.1	26	86	6	76	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66113458--66113517	27	2.3	25	83	11	75	45	0	0	55	0.99
66116351--66116416	31	2.1	31	88	0	96	42	9	10	37	1.71
66119496--66119552	22	2.5	23	72	21	57	75	0	10	14	1.05
66122476--66122500	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
66130053--66130101	18	2.5	21	78	21	61	63	0	0	36	0.95
66130053--66130111	16	3.5	18	77	9	54	64	0	1	33	1.04
66132266--66132295	13	2.2	14	94	5	53	56	16	0	26	1.40
66138956--66139023	34	2.0	34	100	0	136	38	23	5	32	1.79
66140012--66140041	15	2.0	15	93	0	51	66	3	20	10	1.35
66140048--66140087	4	10.0	4	100	0	80	50	25	0	25	1.50
66157344--66157395	20	2.5	21	84	12	63	44	0	0	55	0.99
66161734--66161768	13	2.6	14	86	9	54	45	0	0	54	0.99
66161734--66161787	28	2.0	27	82	10	65	48	0	1	50	1.11
66166752--66166790	20	2.0	20	85	10	53	41	41	5	12	1.65
66169673--66169721	24	2.0	25	88	11	75	57	2	10	30	1.43
66184840--66184963	30	4.1	30	91	1	194	25	23	6	44	1.77
66184850--66184957	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
66186935--66187000	31	2.3	27	78	17	69	34	3	16	45	1.63
66186937--66187057	62	2.0	62	80	6	138	39	4	13	42	1.66
66192336--66192371	11	3.2	11	88	4	54	77	0	22	0	0.76
66193022--66193065	17	2.7	16	86	13	63	36	0	20	43	1.52
66193022--66193080	18	3.5	17	82	15	61	38	0	18	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66195255--66195301	16	2.9	16	79	20	53	10	12	6	70	1.33
66195262--66195311	16	3.1	15	80	11	55	12	10	4	74	1.21
66196157--66196438	26	11.0	26	65	15	104	29	7	4	58	1.45
66196571--66196631	26	2.3	26	82	0	68	29	4	3	62	1.32
66196571--66196649	26	3.2	24	75	12	61	30	6	2	60	1.35
66196790--66196814	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
66201957--66201995	18	2.2	17	86	4	51	28	0	2	69	1.02
66208846--66208892	24	2.0	24	83	8	60	74	4	2	19	1.09
66211633--66211689	16	3.5	16	95	4	105	24	0	40	35	1.56
66211680--66211767	44	2.0	44	84	2	113	34	5	27	32	1.80
66211905--66211959	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
66211925--66211959	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
66211873--66212441	120	4.8	116	84	8	557	51	3	1	42	1.31
66212044--66212199	18	8.0	18	67	24	77	53	1	1	42	1.19
66212110--66212152	22	1.9	23	85	4	61	60	2	0	37	1.10
66212015--66212441	120	3.5	120	94	1	739	53	3	1	41	1.27
66212565--66212643	25	3.3	25	79	16	112	43	7	15	34	1.75
66215883--66215934	26	2.0	26	100	0	104	38	11	15	34	1.83
66223199--66223262	28	2.3	28	83	5	76	25	18	26	29	1.98
66236507--66236560	21	2.6	21	84	0	72	20	33	33	12	1.91
66237718--66237843	40	3.2	38	73	10	103	31	25	16	26	1.96
66238639--66238666	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66241267--66241433	91	1.8	91	84	2	228	34	19	18	27	1.95
66241442--66241617	89	2.0	88	89	3	273	38	17	14	30	1.89
66241534--66241767	74	3.1	74	85	2	299	34	17	15	32	1.91
66241354--66243189	238	7.7	238	84	8	2154	33	18	15	31	1.93
66241772--66243038	74	16.1	75	72	13	773	33	18	15	31	1.93
66242003--66243038	76	13.2	76	74	11	754	33	19	15	31	1.93
66241360--66243185	397	4.6	381	79	13	1597	33	18	15	31	1.93
66241354--66243185	473	3.8	469	85	7	2187	33	18	15	31	1.93
66242723--66243019	75	3.9	78	91	3	458	30	18	15	35	1.92
66242950--66243129	90	2.0	91	86	3	256	35	17	16	31	1.92
66243032--66243185	77	2.0	77	92	0	254	29	18	17	34	1.94
66242876--66243189	167	1.9	166	88	3	470	31	18	16	33	1.93
66251556--66251603	12	4.0	12	97	0	87	41	6	25	27	1.79
66251556--66251603	4	12.0	4	81	0	60	41	6	25	27	1.79
66255768--66255836	33	2.2	31	84	10	86	40	0	5	53	1.25
66256935--66256971	18	2.1	18	100	0	74	43	5	10	40	1.63
66259475--66259503	11	2.6	11	100	0	58	37	17	10	34	1.84
66263950--66264000	3	16.3	3	78	11	50	62	1	3	31	1.24
66264207--66264251	3	15.3	3	86	4	56	60	0	6	33	1.23
66264198--66264235	15	2.6	16	91	8	55	60	0	5	34	1.19
66264585--66264678	37	2.8	32	74	19	100	58	6	4	30	1.42
66264601--66264663	17	3.5	17	72	10	54	57	6	6	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66264791--66264835	23	2.0	22	86	8	63	48	11	0	40	1.39
66265561--66265601	18	2.3	18	87	8	57	75	0	9	14	1.04
66265560--66265604	21	2.1	22	87	4	65	75	0	8	15	1.03
66268580--66268670	32	2.9	32	83	3	105	37	3	9	49	1.53
66275082--66275119	2	19.5	2	83	5	51	57	0	0	42	0.98
66275188--66275251	26	2.5	26	85	7	85	67	4	3	25	1.25
66276912--66277195	95	3.0	95	96	1	505	28	21	20	29	1.98
66277178--66277902	44	16.5	43	72	9	430	28	27	17	27	1.98
66277178--66277902	88	8.3	87	73	8	540	28	27	17	27	1.98
66277233--66277902	132	5.1	132	82	7	878	28	27	17	27	1.98
66277126--66278043	260	3.5	260	84	6	1287	28	26	18	26	1.98
66278016--66278204	95	2.0	95	92	2	317	27	22	20	30	1.98
66278111--66278476	134	2.7	134	93	1	617	28	22	20	28	1.99
66278215--66278408	46	4.3	46	66	17	145	30	23	19	25	1.98
66277912--66278338	229	1.9	229	91	1	712	29	22	20	27	1.98
66278244--66278706	230	2.0	229	94	1	811	28	23	19	28	1.98
66277910--66278738	364	2.3	363	93	1	1394	28	22	20	27	1.99
66278474--66278738	134	2.0	133	96	0	485	27	23	21	27	1.99
66279215--66279421	108	1.9	108	86	2	290	47	11	16	24	1.79
66279743--66279806	7	10.2	6	76	21	53	3	17	1	78	0.96
66280218--66280271	11	4.9	11	77	18	51	5	3	9	81	0.97
66281506--66281689	62	3.0	62	94	0	314	33	4	20	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66283626--66283681	20	2.8	20	76	13	60	60	8	0	30	1.27
66283738--66283800	25	2.5	26	85	10	85	68	4	3	23	1.24
66285205--66285299	3	31.3	3	78	6	93	30	7	2	60	1.36
66288972--66289033	6	10.8	6	77	13	51	85	1	8	4	0.79
66288972--66289049	11	7.3	10	74	23	54	83	3	7	5	0.90
66289003--66289051	16	3.0	16	81	3	53	81	10	4	4	0.95
66289476--66289514	21	1.9	21	89	5	62	79	2	12	5	1.00
66289496--66289530	16	2.1	16	94	5	61	85	0	8	5	0.73
66290540--66293622	88	35.5	88	72	10	1614	28	16	25	29	1.97
66290540--66290891	85	4.1	87	87	5	349	28	15	25	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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