genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63001108--63001137	12	2.4	12	94	5	51	43	6	0	50	1.28
63003330--63003374	19	2.2	20	84	7	56	57	0	2	40	1.11
63005438--63005485	20	2.4	19	75	6	51	37	0	10	52	1.36
63007361--63007400	20	2.0	20	85	9	55	70	5	5	20	1.26
63021171--63021205	16	2.2	16	89	0	52	48	0	0	51	1.00
63022923--63023013	41	2.2	43	78	7	98	49	14	14	21	1.78
63025041--63025067	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
63025066--63025111	3	15.3	3	90	0	74	34	4	0	60	1.16
63045737--63045783	24	1.9	25	86	4	69	36	19	14	29	1.92
63046011--63046434	87	4.9	85	76	10	412	30	18	21	29	1.97
63046013--63046429	173	2.4	172	93	2	701	29	18	21	30	1.97
63046014--63046433	41	9.8	41	70	13	197	30	18	21	30	1.97
63048198--63048232	4	8.8	4	100	0	70	48	25	0	25	1.51
63048489--63048792	110	2.8	109	87	2	416	29	17	20	31	1.96
63053250--63053307	29	2.0	29	89	0	89	55	0	6	37	1.27
63055058--63055088	16	1.9	16	93	0	53	48	12	9	29	1.73
63056116--63056141	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
63057160--63057196	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
63060848--63060897	21	2.5	19	81	12	55	62	6	0	32	1.20
63060848--63060897	11	4.9	10	78	11	57	62	6	0	32	1.20
63061432--63061470	19	2.1	19	85	0	51	25	0	5	69	1.09
63070282--63070311	6	4.8	6	92	8	51	16	3	16	63	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63070284--63070308	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
63077904--63077946	15	2.9	15	78	0	50	25	2	30	41	1.68
63081588--63081630	13	3.3	13	80	0	50	44	0	0	55	0.99
63083107--63083176	3	24.0	3	76	16	67	62	2	2	31	1.24
63083107--63083176	15	4.4	17	81	15	78	62	2	2	31	1.24
63083122--63083176	13	3.8	14	74	25	60	61	1	1	34	1.17
63084784--63084971	44	4.3	44	67	14	118	28	25	20	25	1.99
63084720--63084988	131	2.0	132	91	0	432	28	25	19	26	1.99
63084805--63084994	44	4.3	44	65	14	113	27	24	18	28	1.98
63085008--63085195	100	1.9	99	87	4	279	24	22	21	31	1.98
63097094--63097161	3	23.0	3	73	19	54	63	2	2	30	1.24
63097094--63097179	27	3.3	26	76	15	81	62	2	3	31	1.24
63097109--63097161	15	3.5	15	80	14	65	62	1	1	33	1.17
63106439--63106465	13	2.1	13	100	0	54	33	22	14	29	1.94
63106953--63107008	24	2.5	22	80	11	60	17	8	5	67	1.36
63111510--63111566	23	2.5	23	91	0	87	40	17	19	22	1.91
63114256--63114313	29	2.0	29	86	6	82	58	0	6	34	1.25
63115404--63115428	13	1.9	13	100	0	50	44	32	0	24	1.54
63116138--63116171	16	2.1	17	88	5	52	61	5	32	0	1.20
63117744--63117787	21	2.1	21	83	8	54	13	13	9	63	1.51
63125847--63125922	38	2.0	38	94	0	134	50	32	10	6	1.63
63140223--63140265	17	2.6	17	77	3	52	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63140248--63140286	19	1.9	19	85	10	51	64	0	0	35	0.94
63140242--63140313	33	2.2	32	80	7	83	61	0	0	38	0.96
63144763--63144789	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
63148290--63148347	11	5.3	11	77	6	64	1	8	15	74	1.14
63148309--63148356	22	2.2	22	88	0	69	6	12	12	68	1.37
63151959--63151996	20	1.9	20	84	10	51	21	2	5	71	1.19
63152702--63152732	14	2.1	15	94	5	55	41	6	0	51	1.27
63155304--63155354	15	3.2	15	70	24	50	23	3	5	66	1.30
63160754--63160793	21	1.9	21	89	0	62	32	7	15	45	1.74
63170201--63170382	90	2.0	90	97	0	346	32	17	15	33	1.92
63174748--63174864	61	2.0	58	93	5	198	47	16	10	26	1.78
63181036--63181095	29	2.1	29	87	0	84	41	15	11	31	1.82
63182626--63182681	2	28.0	2	100	0	112	0	0	50	50	1.00
63186996--63187035	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
63190339--63190385	22	2.1	22	84	7	60	23	2	8	65	1.31
63197242--63197381	40	3.5	40	77	12	117	38	19	20	22	1.93
63197259--63197381	40	3.1	40	80	6	144	40	20	18	20	1.91
63197430--63197669	41	5.9	40	74	9	198	22	23	25	28	1.99
63197957--63197990	15	2.2	16	94	5	61	20	0	32	47	1.51
63198434--63198479	23	2.0	23	91	0	74	19	2	50	28	1.60
63202237--63202267	5	6.2	5	92	0	53	19	16	19	45	1.86
63202447--63202480	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63202520--63202597	16	5.2	16	66	17	60	46	23	2	28	1.65
63202523--63202602	29	2.8	29	98	0	151	45	25	2	27	1.66
63207867--63208037	66	2.6	65	84	4	209	39	18	28	12	1.88
63208008--63208080	21	3.5	21	77	3	67	35	17	39	6	1.77
63208025--63208099	21	3.6	21	81	0	78	37	16	41	5	1.71
63208367--63208660	43	6.9	42	75	7	200	22	16	29	31	1.96
63208409--63208668	86	3.0	85	86	4	306	21	17	31	30	1.96
63208409--63208660	129	2.0	129	84	6	332	21	17	30	30	1.96
63209160--63209222	25	2.5	25	87	10	92	63	0	1	34	1.04
63209522--63209561	16	2.5	16	95	0	71	37	15	17	30	1.90
63211077--63211112	17	2.1	17	100	0	72	5	5	22	66	1.34
63218217--63218278	30	2.1	30	81	6	72	9	37	1	51	1.45
63220633--63220673	6	6.8	6	100	0	82	34	0	65	0	0.93
63221457--63221489	17	2.0	16	94	5	57	66	3	0	30	1.06
63221453--63221510	19	3.2	18	79	11	57	63	3	0	32	1.11
63222536--63222594	19	2.9	21	69	19	61	59	3	5	32	1.36
63222509--63222602	40	2.4	39	82	5	118	59	2	4	34	1.29
63222509--63222607	21	4.9	20	68	19	55	59	2	4	34	1.28
63226194--63226240	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
63228300--63228356	26	2.2	26	96	0	105	38	26	12	22	1.89
63233132--63233200	34	2.0	34	97	0	129	47	5	24	21	1.72
63236374--63236418	19	2.4	19	81	7	56	60	0	4	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63236411--63236446	19	1.9	19	88	5	56	55	0	5	38	1.23
63236843--63236880	15	2.4	17	78	13	53	55	2	5	36	1.37
63238129--63238177	18	2.7	19	79	17	59	28	6	0	65	1.16
63238192--63238243	25	2.0	25	85	7	68	36	5	5	51	1.50
63240892--63240985	30	3.1	30	89	1	134	26	24	5	43	1.75
63240902--63240976	15	5.0	15	65	12	55	25	22	6	45	1.77
63245522--63245645	30	4.1	30	92	1	194	26	24	5	43	1.76
63245532--63245639	15	7.2	15	65	12	69	26	22	6	44	1.77
63248739--63248779	19	2.1	20	82	13	50	26	31	0	41	1.56
63250690--63250738	19	2.6	18	84	12	62	61	0	4	34	1.15
63250719--63250786	21	3.3	21	68	15	61	60	2	4	32	1.32
63257961--63258071	18	6.2	18	88	0	150	32	15	22	29	1.95
63261639--63261673	6	5.8	6	96	0	61	37	11	0	51	1.38
63265942--63265976	6	5.8	6	100	0	70	34	0	65	0	0.93
63266735--63266765	10	3.2	10	90	9	55	61	9	0	29	1.28
63266752--63266784	16	2.0	17	88	5	50	60	3	0	36	1.12
63266949--63266993	19	2.4	19	81	7	56	60	0	4	35	1.17
63266979--63267054	20	3.7	21	67	15	59	59	1	3	35	1.24
63267299--63267357	19	2.9	21	73	19	70	59	1	5	33	1.29
63267272--63267365	40	2.4	39	83	5	127	59	1	4	35	1.24
63267272--63267370	21	4.9	20	70	19	64	59	1	4	35	1.23
63269996--63270103	54	2.0	54	96	0	198	46	14	14	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63271126--63271305	6	30.0	6	81	0	171	33	1	44	20	1.59
63271121--63271305	42	4.4	42	90	0	271	34	1	43	20	1.61
63274488--63274533	18	2.6	17	76	10	56	41	17	2	39	1.62
63281834--63281902	5	13.8	5	96	0	129	40	1	0	57	1.07
63283177--63283283	45	2.3	45	78	14	108	22	17	16	42	1.88
63286143--63286173	15	2.1	15	93	0	53	32	16	6	45	1.72
63286950--63286991	18	2.3	18	87	0	57	33	33	14	19	1.91
63287205--63287301	33	2.9	33	96	0	185	31	17	19	30	1.95
63287288--63287316	15	1.9	15	100	0	58	27	20	6	44	1.77
63292443--63292492	3	16.7	3	82	0	64	32	4	4	60	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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