genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19388721--19388747	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
19388931--19388965	16	2.1	18	89	10	56	54	2	0	42	1.15
19389013--19389089	28	2.6	30	80	13	97	41	5	3	49	1.43
19389039--19389097	28	2.1	27	84	12	75	44	6	1	47	1.39
19391826--19391855	7	4.3	7	100	0	60	30	30	0	40	1.57
19402458--19402551	42	2.2	42	84	3	118	31	27	15	24	1.96
19403811--19403936	43	3.0	42	81	6	121	32	26	14	26	1.94
19405215--19405392	24	7.7	23	69	20	95	32	5	5	56	1.44
19405256--19405458	24	8.8	24	70	13	140	33	6	5	54	1.49
19405257--19405381	47	2.8	44	81	8	135	32	5	4	57	1.40
19410426--19410796	190	2.0	190	88	1	555	39	21	7	32	1.81
19415369--19415628	39	6.6	40	87	7	329	25	26	21	25	2.00
19415369--19415628	118	2.2	120	85	6	354	25	26	21	25	2.00
19430359--19430406	10	4.7	10	74	5	51	58	0	2	39	1.10
19430359--19430406	20	2.3	21	85	3	62	58	0	2	39	1.10
19430807--19430839	15	2.2	15	100	0	66	42	0	6	51	1.26
19445431--19445466	17	2.1	17	89	0	54	11	44	0	44	1.39
19457236--19457417	53	3.3	53	69	20	174	30	10	20	37	1.87
19457213--19457428	113	1.9	119	93	6	381	30	10	19	39	1.86
19460987--19461151	43	3.8	43	76	10	140	32	27	16	23	1.96
19462366--19462491	43	3.0	42	81	6	121	32	26	14	26	1.94
19463773--19464017	24	10.6	24	67	16	126	33	6	5	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19463773--19463940	47	3.6	47	78	8	143	33	5	4	57	1.41
19469009--19469379	190	2.0	190	88	1	555	39	21	7	32	1.81
19473963--19474224	40	6.6	40	89	5	356	25	27	21	25	2.00
19480827--19480851	12	2.1	12	100	0	50	44	16	24	16	1.86
19485781--19485872	25	3.6	25	81	11	75	59	1	0	39	1.04
19485831--19485888	5	11.6	5	100	0	116	60	0	0	39	0.97
19485913--19485976	21	2.8	23	72	13	60	39	3	4	53	1.38
19486070--19486115	23	2.0	24	82	4	58	41	2	2	54	1.25
19491308--19491333	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
19497744--19497773	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
19497756--19497816	26	2.4	26	91	5	99	65	1	0	32	1.02
19502253--19502291	11	3.5	11	83	13	53	58	2	0	38	1.12
19502425--19502574	69	2.2	69	87	4	214	36	16	26	20	1.93
19504366--19504432	17	3.9	18	70	16	61	46	13	7	32	1.71
19504495--19504538	23	2.0	22	95	4	79	31	29	13	25	1.94
19505065--19505125	18	3.4	18	79	0	77	42	21	8	27	1.81
19505063--19505143	36	2.2	36	86	4	110	44	20	7	27	1.78
19506846--19506912	32	2.1	31	83	8	82	40	2	0	56	1.14
19510896--19510975	41	2.0	41	82	0	97	38	16	22	22	1.92
19518484--19518509	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
19518913--19518963	27	1.9	26	88	11	77	39	3	5	50	1.45
19527254--19527309	16	3.4	16	76	9	58	48	5	1	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19530426--19530603	27	6.6	27	81	6	189	25	15	28	30	1.96
19537012--19537039	14	2.0	14	100	0	56	21	0	14	64	1.29
19546027--19546121	27	3.6	27	91	1	147	43	20	17	18	1.89
19546027--19546132	27	4.0	27	88	2	133	40	21	16	20	1.91
19546693--19546773	37	2.2	37	82	4	92	27	20	25	25	1.99
19546706--19546794	37	2.4	37	85	9	110	28	21	23	26	1.99
19547079--19547141	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
19547070--19547144	37	2.0	37	94	0	132	45	14	4	36	1.64
19547275--19547352	38	2.0	39	92	2	131	17	3	26	51	1.63
19547333--19547357	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
19548987--19549020	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
19549459--19549515	30	2.0	29	89	6	89	49	7	1	42	1.40
19573146--19573187	13	3.5	12	84	15	52	50	14	0	35	1.43
19574295--19574366	32	2.2	32	82	0	90	43	12	2	41	1.57
19576153--19576254	26	3.9	26	84	7	120	28	17	11	42	1.85
19576153--19576254	52	2.0	52	84	7	136	28	17	11	42	1.85
19579096--19579165	21	3.2	21	62	18	52	44	12	20	22	1.85
19579052--19579218	90	1.9	90	88	5	257	46	13	18	20	1.83
19579141--19579210	21	3.2	21	64	18	52	51	10	18	20	1.74
19579052--19579243	45	4.3	45	82	10	232	46	14	18	20	1.84
19590600--19590681	26	3.2	26	82	1	103	24	15	15	43	1.86
19595112--19595141	15	1.9	15	93	6	51	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19597968--19598020	9	5.9	9	81	0	61	32	11	20	35	1.88
19597973--19598020	18	2.7	18	96	0	87	29	10	22	37	1.88
19598357--19598415	17	3.4	17	71	17	57	37	3	3	55	1.33
19604539--19604630	42	2.2	42	82	7	116	22	31	20	25	1.98
19604724--19604812	26	3.4	26	89	3	126	42	12	10	34	1.76
19604724--19604825	26	3.9	26	86	7	118	42	10	12	34	1.78
19617078--19617125	10	4.7	10	74	5	51	58	0	2	39	1.10
19617078--19617125	20	2.3	21	85	3	62	58	0	2	39	1.10
19617525--19617557	15	2.2	15	100	0	66	42	0	6	51	1.26
19631983--19632008	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
19632471--19632506	17	2.1	17	89	0	54	11	44	0	44	1.39
19637163--19637206	21	2.2	20	83	4	52	56	0	2	40	1.11
19637564--19637594	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
19638209--19638263	19	2.8	20	77	8	67	25	3	3	67	1.23
19643626--19643678	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
19650200--19650227	8	3.5	8	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19650361--19650489	42	3.0	42	81	1	141	43	14	24	17	1.87
19656457--19656717	84	3.1	81	79	6	292	46	11	10	31	1.74
19656449--19656886	87	5.2	85	78	5	359	43	11	11	33	1.77
19656842--19657040	75	2.6	75	85	4	263	37	13	17	31	1.88
19656969--19657140	89	2.0	88	83	4	222	40	12	12	34	1.81
19663160--19663196	19	1.9	19	88	0	56	75	0	5	18	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19671345--19671427	39	2.1	39	88	0	121	32	6	14	46	1.69
19674702--19676584	817	2.3	812	87	3	2857	34	10	17	37	1.83
19676943--19676973	16	1.9	16	93	0	53	38	22	3	35	1.71
19684194--19684382	87	2.2	87	82	3	229	41	17	28	12	1.86
19684732--19685240	43	11.8	43	90	1	743	26	20	28	23	1.99
19685528--19685576	25	1.9	26	88	12	75	63	0	4	32	1.13
19685753--19685812	16	3.2	18	75	20	61	68	0	0	31	0.90
19685779--19685809	16	1.9	16	100	0	62	70	0	0	29	0.87
19685768--19685815	18	2.7	18	81	18	64	70	0	0	29	0.87
19686454--19686503	21	2.4	21	83	6	57	36	2	2	60	1.20
19686466--19686510	21	2.1	21	87	4	63	31	2	2	64	1.18
19686619--19686724	52	2.0	52	98	0	203	38	19	11	30	1.87
19688068--19688325	125	2.1	124	88	2	381	29	15	21	32	1.95
19690361--19690603	23	10.1	23	80	13	258	29	0	22	47	1.55
19690375--19690598	74	3.0	73	89	5	342	29	0	22	48	1.51
19692737--19692770	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
19692968--19693009	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
19692981--19693039	30	2.0	30	89	0	91	35	0	33	30	1.58
19692959--19693061	52	2.0	51	85	9	138	35	0	32	32	1.58
19693011--19693102	22	4.2	22	87	5	132	40	1	28	30	1.64
19701330--19701357	6	4.7	6	100	0	56	35	14	32	17	1.90
19701326--19701366	18	2.3	18	83	4	57	41	12	31	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19703391--19703427	11	3.4	11	84	0	56	51	0	0	48	1.00
19703355--19703427	22	3.1	23	77	12	78	46	1	0	52	1.09
19704841--19704877	10	3.7	10	88	0	56	18	43	27	10	1.83
19711391--19711457	31	2.2	31	83	0	80	43	16	11	28	1.83
19711316--19711485	91	1.9	90	80	3	198	42	13	16	27	1.86
19711554--19711595	18	2.3	18	88	8	59	61	2	0	35	1.09
19713214--19713355	76	1.9	76	85	5	198	30	19	18	32	1.95
19726633--19726685	24	2.2	24	93	0	88	52	1	22	22	1.56
19729656--19729685	16	1.9	15	93	6	51	13	10	3	73	1.21
19734998--19735038	17	2.3	18	83	4	57	14	12	4	68	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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