Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  58  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15856658--15856716
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19
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0
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1.29
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1.19
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2.3
19
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0
0
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2.0
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28
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57
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0
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71
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.96
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3.8
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217
23
15
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1.95
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45
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1.98
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24
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21
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0
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1.98
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11
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1.83
15951054--15951304
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2.2
113
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1.83
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4.7
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90
0
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1.85
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18
2.3
18
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26
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1.84
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6
3
15
1.11
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0
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3
51
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2.1
25
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30
13
32
24
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3.1
44
69
15
106
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22
23
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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25
1.99
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2.1
132
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27
1.98
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22
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25
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2.1
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17
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17
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1.93
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5.4
41
91
0
327
23
27
20
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16040615--16040698
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17
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1.86
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5.7
41
89
0
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27
21
27
1.99
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1593
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18
13
42
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16048251--16048293
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2.0
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100
0
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23
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1.58
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1.72
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2.0
20
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46
17
5
30
1.70
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2.0
118
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0
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17
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1.93
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3
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51
1.41
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142
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3
3
40
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22
34
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24
2.8
25
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10
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20
23
23
33
1.97
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3.1
41
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21
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11
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1.90
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25
12
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22
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1.97
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25
4.2
26
77
11
110
25
25
20
28
1.99
16091822--16091854
11
2.8
12
86
4
50
51
12
3
33
1.54
16100821--16100880
30
2.0
30
100
0
120
26
6
20
46
1.75
16103043--16103139
48
2.0
49
84
6
126
31
16
7
44
1.75
16103691--16103732
21
2.0
21
95
0
75
19
4
21
54
1.62
16107223--16107356
48
2.8
49
77
2
135
25
22
26
26
2.00
16133300--16133332
5
6.8
5
93
6
59
0
0
60
39
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16133300--16133337
15
2.6
14
88
8
58
0
2
57
39
1.12
16135495--16135526
16
2.1
15
94
5
55
65
0
3
31
1.08
16135489--16135540
26
2.1
26
82
13
65
65
0
5
28
1.16
16135726--16135763
12
3.2
12
82
10
51
55
0
10
34
1.34
16135717--16135763
24
2.0
24
87
8
69
57
0
10
31
1.33
16137210--16138676
44
32.9
44
85
3
1785
30
24
13
31
1.94
16137210--16138678
133
11.0
132
84
4
1811
30
24
13
31
1.94
16137237--16138676
177
8.1
175
85
4
1765
30
24
13
31
1.94
16144641--16144675
18
1.9
18
88
0
52
48
5
2
42
1.41
16145116--16145153
12
3.2
12
82
10
51
55
0
10
34
1.34
16145107--16145153
24
2.0
24
87
8
69
57
0
10
31
1.33
16148334--16148405
27
2.7
27
77
8
76
23
27
16
31
1.96
16148322--16148388
25
2.5
27
73
11
66
25
29
16
28
1.97
16148409--16148463
24
2.3
24
84
6
67
21
34
14
29
1.93
16148997--16149033
12
3.1
12
92
0
56
27
40
21
10
1.86
16153364--16153587
51
4.3
51
88
7
340
28
25
15
31
1.96
16153364--16153587
109
2.1
104
89
5
344
28
25
15
31
1.96
16166930--16167434
40
12.6
40
93
2
836
24
27
20
27
1.99
16174462--16174500
21
1.9
21
84
5
53
41
0
2
56
1.13
16176262--16176300
19
2.1
18
85
4
51
58
0
7
33
1.26
16178834--16179012
11
15.3
12
66
23
55
53
3
2
40
1.32
16178918--16179014
17
5.7
17
69
24
62
54
5
1
39
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16178957--16179028
17
4.4
16
77
18
69
56
2
0
40
1.13
16183258--16183454
97
2.0
97
91
1
315
45
21
9
22
1.81
16194961--16195108
74
2.0
74
97
1
280
36
12
6
45
1.66
16200386--16200423
13
2.9
13
88
7
51
76
5
13
5
1.13
16201080--16201538
49
9.6
49
65
12
184
21
21
25
31
1.98
16201123--16201600
96
5.0
96
88
5
645
21
21
25
30
1.98
16202842--16202869
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
16205517--16205597
40
2.0
40
100
0
162
25
17
17
39
1.91
16213401--16213438
15
2.5
15
86
0
58
63
7
2
26
1.35
16214175--16214212
13
2.9
13
88
7
51
76
5
13
5
1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230