genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21022418--21022573	64	2.5	63	83	5	183	27	5	30	36	1.79
21030348--21030441	20	4.7	20	82	0	107	28	37	6	27	1.81
21030815--21030878	28	2.2	29	83	2	76	39	12	23	25	1.90
21054133--21054310	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21054134--21054289	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21054130--21054310	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21062277--21062454	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21062278--21062433	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21062274--21062454	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21072451--21072511	21	2.9	20	72	18	61	14	26	18	40	1.89
21075810--21075969	74	2.2	73	86	3	214	37	2	24	35	1.69
21076174--21076222	26	2.1	22	82	17	55	30	16	10	42	1.81
21078041--21078311	138	2.0	138	85	2	366	42	12	9	35	1.75
21078618--21078670	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
21079278--21079324	22	2.1	22	84	7	60	42	6	4	46	1.48
21082337--21082396	25	2.4	25	81	8	68	31	5	0	63	1.16
21082340--21082395	26	2.2	26	83	3	69	30	3	0	66	1.09
21082959--21083003	16	2.8	16	86	3	63	40	26	2	31	1.68
21086881--21086962	26	3.1	27	63	16	64	32	25	12	29	1.92
21086879--21086985	51	2.1	51	94	0	187	34	26	11	28	1.90
21087670--21087725	20	2.9	19	71	7	60	50	14	5	30	1.65
21089289--21089351	14	4.4	14	76	4	54	58	0	3	38	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21097017--21097240	43	5.3	42	78	10	222	28	31	17	22	1.97
21097017--21097220	83	2.4	83	81	4	230	25	31	18	24	1.97
21097077--21097259	43	4.3	42	74	8	138	28	30	18	22	1.97
21097584--21097676	21	4.4	21	81	5	107	5	43	18	33	1.73
21097652--21097696	21	2.1	21	88	8	65	6	40	15	37	1.74
21097667--21097812	66	2.2	66	85	4	188	13	28	16	41	1.87
21097688--21097813	66	1.9	66	88	6	193	15	26	17	41	1.88
21097688--21097836	66	2.3	66	84	4	185	14	25	18	41	1.88
21099697--21099776	29	2.8	29	98	0	151	27	2	25	45	1.66
21099697--21099773	16	5.2	16	71	17	76	27	2	25	44	1.67
21100556--21100604	25	2.0	25	84	7	66	59	0	0	40	0.98
21101201--21101273	28	2.6	29	93	4	130	52	26	6	15	1.67
21102568--21102597	13	2.3	13	94	0	51	13	10	0	76	1.01
21102570--21102616	19	2.5	19	75	3	51	14	6	2	76	1.08
21102962--21103007	23	2.0	23	86	0	65	30	47	2	19	1.61
21103767--21103920	41	3.8	41	85	1	211	30	25	21	22	1.99
21103962--21104035	39	1.9	38	83	8	96	22	22	20	33	1.97
21103962--21104112	40	3.8	39	73	12	112	22	22	20	34	1.97
21105329--21105426	47	2.1	47	100	0	196	51	4	4	40	1.40
21108112--21108151	16	2.5	16	87	0	53	42	2	15	40	1.60
21108920--21109119	98	2.0	98	85	5	271	31	20	15	34	1.93
21109028--21110668	44	37.8	44	68	12	227	28	21	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109165--21109460	46	6.7	45	71	12	141	27	22	20	29	1.99
21109211--21110492	87	14.8	87	70	12	597	28	21	19	30	1.98
21109020--21109849	218	3.8	219	83	4	1018	27	21	19	31	1.97
21109692--21110492	174	4.6	174	80	8	787	28	20	19	30	1.97
21109434--21110684	346	3.6	344	79	7	1005	28	21	19	30	1.97
21109992--21110274	128	2.2	128	92	0	476	29	20	19	29	1.97
21109295--21110319	44	23.7	43	69	14	321	28	21	20	30	1.98
21112785--21112819	15	2.2	16	95	5	63	2	17	0	80	0.84
21112829--21112896	25	2.6	26	84	13	79	4	13	5	76	1.12
21117341--21117380	16	2.5	16	87	0	53	42	2	15	40	1.60
21117373--21117415	21	2.0	21	95	0	77	65	9	2	23	1.34
21121429--21121486	4	14.5	4	96	0	107	48	25	1	24	1.61
21123837--21123891	21	2.6	21	97	0	101	18	9	18	54	1.69
21123918--21123943	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
21124836--21124905	29	2.3	29	85	9	88	24	14	14	47	1.81
21125812--21125864	27	2.0	27	85	7	72	16	28	28	26	1.97
21127454--21127478	13	1.9	13	100	0	50	56	36	0	8	1.29
21128238--21128402	43	3.9	43	78	7	140	32	25	17	24	1.97
21128238--21128402	86	1.9	84	82	10	201	32	25	17	24	1.97
21129722--21129775	22	2.5	22	78	3	56	27	0	9	62	1.25
21133003--21133119	51	2.3	52	81	7	134	57	6	5	29	1.49
21133390--21133425	9	4.0	9	88	0	54	75	2	0	22	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21133380--21133427	18	2.7	17	81	9	51	70	2	0	27	0.98
21133632--21133672	19	2.0	21	86	9	59	68	4	9	17	1.35
21133839--21133881	23	1.9	22	90	4	68	44	13	4	37	1.65
21133839--21133915	19	3.8	19	89	6	91	40	15	7	36	1.76
21133865--21133925	19	3.3	18	88	4	61	37	16	11	34	1.85
21134206--21134450	128	1.9	129	81	4	298	28	21	19	30	1.97
21134299--21134450	44	3.5	44	76	11	145	28	22	21	27	1.99
21134756--21135131	44	8.7	44	81	6	401	29	24	17	28	1.97
21134756--21135091	126	2.6	126	87	3	467	28	25	17	29	1.97
21134817--21135131	170	1.9	170	86	1	452	29	23	18	28	1.98
21135131--21135620	88	5.6	88	86	0	593	22	24	26	26	2.00
21135343--21135555	44	4.8	44	66	9	137	21	26	25	25	2.00
21137829--21137881	25	2.2	25	86	10	74	62	5	11	20	1.49
21137829--21137896	25	2.7	23	82	11	55	60	5	11	22	1.52
21142126--21142159	3	11.3	3	87	12	52	64	0	0	35	0.94
21142125--21142159	18	2.0	18	94	5	63	62	0	0	37	0.95
21142126--21142175	21	2.4	21	83	9	59	66	2	0	32	1.03
21142573--21142630	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
21142586--21142683	19	4.8	19	85	9	106	38	16	8	36	1.78
21142620--21142682	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
21143526--21143552	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
21147593--21147669	30	2.5	29	80	16	84	74	5	18	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21150856--21150960	37	2.8	37	88	5	151	17	16	30	36	1.91
21151912--21151974	25	2.5	25	82	5	74	22	26	33	17	1.96
21152712--21152765	25	2.2	25	82	0	63	25	14	22	37	1.93
21152817--21152876	13	4.5	13	76	15	59	53	1	13	31	1.50
21152814--21152938	41	3.1	41	80	7	157	45	1	18	34	1.59
21153750--21153795	22	2.1	22	95	0	83	32	4	34	28	1.77
21154524--21154567	22	2.0	22	100	0	88	9	50	4	36	1.55
21154809--21154849	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
21157955--21157991	9	4.1	9	89	0	56	35	10	40	13	1.80
21160484--21160535	26	2.0	26	100	0	104	26	26	7	38	1.83
21162237--21162313	27	2.9	27	73	9	77	32	15	2	49	1.58
21170586--21170649	30	2.1	30	100	0	128	43	12	4	39	1.63
21172509--21172618	55	2.0	55	100	0	220	40	7	14	38	1.74
21175159--21175186	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
21177490--21177639	59	2.6	58	85	3	212	21	18	22	37	1.94
21177681--21177736	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
21177983--21178017	14	2.4	14	90	4	52	22	0	5	71	1.07
21178125--21178588	120	3.9	120	94	1	736	43	1	5	48	1.35
21178306--21178354	25	2.0	25	83	0	62	38	0	2	59	1.09
21178125--21178583	239	1.9	240	90	2	744	43	1	5	49	1.36
21178532--21178566	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21178732--21178822	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21178803--21178871	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
21178803--21178871	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
21181908--21182078	85	2.0	85	91	2	281	33	18	5	43	1.72
21183889--21183981	47	2.0	47	100	0	186	18	32	19	30	1.95
21185378--21185470	44	2.1	44	86	9	127	32	4	27	35	1.77
21187332--21187373	20	2.1	20	100	0	84	42	14	14	28	1.84
21189031--21189134	52	2.0	51	96	1	190	33	16	22	27	1.95
21190635--21190725	46	2.0	47	97	2	175	20	18	21	38	1.93
21193454--21193506	27	2.0	27	92	0	88	43	13	16	26	1.85
21194484--21194517	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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