genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26661900--26661934	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26662099--26662189	45	2.0	45	83	6	114	38	27	5	28	1.79
26662170--26662222	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
26664822--26665016	27	7.2	27	82	0	192	26	22	17	33	1.96
26664813--26665031	81	2.7	81	78	0	204	26	22	15	34	1.95
26664890--26665031	27	5.3	27	80	0	131	27	23	15	33	1.95
26687002--26687171	40	4.3	40	84	1	198	23	21	30	24	1.99
26687014--26687169	79	2.0	79	84	1	204	24	21	31	23	1.98
26687024--26687206	79	2.3	80	80	1	199	25	21	30	23	1.99
26688830--26688863	17	2.0	17	88	11	52	23	41	0	35	1.55
26689288--26689342	21	2.6	21	97	0	101	65	0	9	25	1.22
26690368--26690421	6	9.0	6	87	0	81	0	61	0	38	0.96
26690368--26690421	18	3.0	18	100	0	108	0	61	0	38	0.96
26690484--26690533	25	2.0	25	88	0	73	4	34	4	58	1.36
26693423--26693477	21	2.6	21	85	8	76	27	36	9	27	1.87
26693723--26693749	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
26694795--26694831	20	1.9	19	89	10	58	13	10	5	70	1.32
26705064--26705138	29	2.6	29	84	0	96	30	22	13	33	1.92
26707316--26707442	61	2.1	58	82	7	148	48	4	5	41	1.47
26707401--26707494	17	5.5	17	71	18	61	52	2	5	40	1.36
26710667--26710832	68	2.4	68	82	5	185	35	15	24	24	1.94
26715250--26715304	17	3.5	17	71	16	55	74	3	5	16	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26723105--26723147	21	2.0	21	95	0	77	11	9	32	46	1.72
26727850--26727875	10	2.6	10	100	0	52	26	0	7	65	1.20
26727891--26727946	19	3.0	19	80	17	64	37	0	3	58	1.15
26728026--26728060	18	1.9	18	88	0	52	40	0	11	48	1.39
26732075--26732162	45	2.0	45	93	0	149	34	21	17	27	1.95
26732173--26732359	51	3.7	50	78	7	198	31	26	17	25	1.97
26732171--26732355	101	1.8	101	87	3	273	31	25	17	24	1.97
26735388--26735412	9	2.8	9	100	0	50	72	0	16	12	1.13
26735416--26735442	10	2.7	10	100	0	54	29	0	11	59	1.32
26736595--26736619	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
26748457--26748529	32	2.2	32	80	7	85	43	27	17	10	1.83
26749184--26749226	21	2.0	21	81	4	50	16	2	13	67	1.33
26762134--26762502	84	4.3	84	77	10	388	28	19	23	28	1.98
26762172--26762316	40	3.5	40	74	13	132	26	20	22	30	1.98
26762432--26762587	44	3.6	44	79	5	149	29	22	21	26	1.99
26762218--26762643	173	2.5	173	83	7	510	30	19	22	27	1.98
26769929--26769962	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
26770462--26770515	25	2.1	26	86	10	76	33	3	0	62	1.12
26772526--26772589	32	2.0	32	96	0	119	25	20	7	46	1.77
26785113--26785145	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
26786870--26786991	45	2.7	45	84	13	171	25	23	20	30	1.99
26798790--26798822	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26799092--26799147	28	2.0	28	100	0	112	53	3	10	32	1.53
26803878--26803940	31	2.0	31	100	0	126	36	19	9	34	1.84
26804539--26805440	445	2.0	445	99	0	1786	33	18	15	32	1.92
26807499--26807530	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
26808993--26809092	47	2.1	47	81	3	112	27	14	25	34	1.94
26826838--26826960	42	3.0	42	81	9	153	45	24	17	13	1.83
26826838--26826962	20	6.0	20	69	11	81	45	24	16	12	1.83
26827914--26828163	115	2.2	115	96	1	457	34	17	10	37	1.84
26833035--26833075	21	2.0	21	81	18	50	43	0	2	53	1.13
26834302--26834379	33	2.4	33	100	0	156	37	32	10	20	1.86
26834465--26834767	27	11.3	27	86	0	401	19	18	21	41	1.91
26851333--26851427	29	3.3	29	96	0	172	29	22	17	30	1.97
26854723--26854785	23	2.7	23	87	0	90	34	15	12	36	1.86
26859772--26859829	28	2.0	29	80	9	66	44	1	24	29	1.63
26860165--26860455	50	5.7	50	88	5	388	25	20	31	21	1.98
26879135--26879229	23	4.1	23	83	0	127	10	17	25	46	1.80
26879135--26879229	46	2.1	46	89	0	145	10	17	25	46	1.80
26881799--26881826	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
26891052--26891079	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
26893004--26893034	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
26895083--26895113	16	1.9	16	93	0	53	64	19	6	9	1.45
26899027--26899055	7	4.1	7	100	0	58	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26901872--26902061	28	6.7	28	74	6	136	26	15	22	35	1.94
26901977--26902087	57	1.9	56	82	7	134	26	19	25	28	1.99
26903538--26903575	14	2.6	15	88	12	53	36	2	26	34	1.71
26903853--26903914	7	8.7	7	76	3	52	20	1	43	33	1.62
26904710--26904775	33	2.0	33	100	0	132	54	12	6	27	1.60
26905566--26905622	3	19.0	3	96	0	96	33	3	33	29	1.75
26914771--26914817	22	2.1	22	84	7	60	55	2	8	34	1.42
26924061--26924291	42	5.5	42	80	4	220	30	18	22	28	1.97
26924079--26924237	84	1.9	83	89	1	246	32	16	19	30	1.94
26925043--26926076	344	3.0	344	96	0	1899	31	9	16	41	1.81
26938186--26938246	29	2.1	29	96	0	113	49	11	11	27	1.73
26938349--26938420	36	2.0	36	100	0	144	27	19	5	47	1.72
26943020--26943048	15	1.9	15	100	0	58	62	6	6	24	1.45
26950551--26950619	26	2.7	26	93	0	120	33	24	23	18	1.97
26954714--26954752	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
26954978--26955053	23	3.3	23	86	0	116	21	19	27	31	1.97
26960401--26960481	26	3.1	26	85	0	126	35	20	20	22	1.96
26961412--26961454	18	2.4	18	96	0	77	41	23	13	20	1.88
26963822--26963897	33	2.3	33	84	4	100	43	13	38	5	1.66
26970991--26971021	16	1.9	16	93	0	53	38	12	0	48	1.42
26971787--26971829	5	9.0	5	87	7	63	39	16	0	44	1.48
26982174--26982234	27	2.3	27	82	5	70	1	3	31	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26984020--26984097	30	2.5	31	85	2	95	28	15	10	46	1.78
26984572--26984798	60	3.8	60	89	4	314	45	13	18	22	1.84
26984704--26984805	31	3.4	31	67	24	90	43	13	21	21	1.87
26984571--26984798	122	1.9	120	86	3	323	45	13	18	22	1.84
26984669--26984775	29	3.6	28	68	24	76	41	14	21	22	1.90
26990729--26990792	26	2.5	26	89	0	101	35	12	12	39	1.81
26997653--26997719	34	1.9	35	84	3	91	32	19	26	20	1.97
27006527--27006558	9	3.4	9	95	4	55	46	9	43	0	1.35
27017372--27017415	16	2.7	17	79	10	56	43	4	20	31	1.72
27023284--27023309	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
27026183--27026220	14	2.7	14	91	0	58	52	5	5	36	1.47
27026325--27026367	18	2.4	18	92	0	68	48	2	0	48	1.14
27029259--27029322	31	2.1	31	93	0	110	26	6	9	57	1.54
27035131--27035173	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
27035253--27035294	19	2.2	20	91	4	68	52	16	9	21	1.72
27044415--27044443	12	2.3	13	94	5	51	20	0	17	62	1.33
27048229--27048282	23	2.3	22	75	12	54	57	1	1	38	1.20
27053379--27053422	11	4.0	11	82	8	54	56	4	2	36	1.32
27057879--27057959	35	2.3	35	100	0	162	38	22	9	29	1.86
27063835--27063863	5	5.8	5	100	0	58	41	20	0	37	1.53
27077959--27078149	71	2.7	71	80	9	205	42	27	6	22	1.79
27080818--27080894	40	1.9	40	81	5	93	36	9	14	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27080779--27080902	20	6.2	20	75	7	83	38	7	13	40	1.73
27082826--27082858	16	1.9	18	88	11	52	21	12	0	66	1.23
27083017--27083046	16	1.9	15	93	6	51	33	0	3	63	1.11
27083685--27083718	17	1.9	17	88	5	50	55	14	5	23	1.61
27084515--27084766	41	6.2	41	86	0	308	21	18	29	29	1.97
27086636--27086662	14	1.9	14	100	0	54	37	0	55	7	1.28
27090096--27090339	43	5.7	43	89	0	335	23	18	28	29	1.97
27092260--27092297	19	2.0	20	84	5	51	57	13	5	23	1.56
27101124--27101152	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
27102361--27102405	19	2.4	19	84	0	63	46	0	8	44	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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