genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26285543--26285587	23	2.0	23	100	0	90	20	4	40	35	1.72
26294478--26294537	25	2.4	25	82	0	75	65	0	31	3	1.09
26294462--26294521	17	3.4	18	77	8	52	68	0	26	5	1.10
26295559--26295586	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
26300034--26300072	20	2.0	20	94	0	69	10	33	12	43	1.77
26308719--26308879	47	3.1	46	67	24	124	40	1	4	52	1.31
26308750--26308927	61	2.9	59	71	16	150	43	1	3	51	1.28
26308842--26308900	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
26308855--26308910	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
26308881--26308949	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
26308827--26308966	17	8.6	17	67	23	61	45	1	0	52	1.14
26309194--26309261	16	4.2	16	92	0	118	35	36	0	27	1.58
26324726--26324786	29	2.1	30	84	9	81	21	32	0	45	1.52
26331222--26331321	50	2.0	50	100	0	200	34	16	12	38	1.85
26332736--26332795	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
26333005--26333041	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26333095--26333125	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
26336876--26337090	45	4.8	45	83	1	279	44	16	18	20	1.86
26337928--26338000	35	2.1	35	92	0	119	16	9	32	41	1.81
26337933--26338018	35	2.4	35	86	1	109	16	12	31	39	1.86
26343733--26343780	21	2.3	21	78	7	53	27	20	29	22	1.99
26347375--26347423	21	2.3	21	82	0	53	18	16	38	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26355926--26355966	19	2.2	20	82	8	50	29	0	29	41	1.56
26357390--26357424	17	1.9	18	88	11	54	54	0	28	17	1.43
26371063--26371096	17	2.0	17	88	11	52	23	26	29	20	1.99
26371253--26371329	4	19.2	4	91	0	127	24	0	20	54	1.45
26376507--26376731	40	5.7	40	87	5	305	24	22	27	25	2.00
26376507--26376764	119	2.2	119	82	6	301	25	21	27	25	2.00
26384518--26384742	40	5.7	40	86	5	296	24	21	27	26	2.00
26384518--26384775	119	2.2	119	81	6	292	25	21	26	25	1.99
26386186--26386238	20	2.6	20	78	3	61	13	26	22	37	1.91
26386889--26386931	20	2.1	21	95	4	79	34	9	4	51	1.55
26388016--26388066	26	2.0	26	88	0	75	39	0	17	43	1.49
26389567--26389645	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
26389764--26390472	47	15.0	47	94	1	1130	29	29	8	32	1.87
26389764--26390472	190	3.8	188	92	1	1139	29	29	8	32	1.87
26389764--26390472	331	2.1	331	93	0	1202	29	29	8	32	1.87
26395191--26395292	51	2.0	51	94	0	177	30	23	26	19	1.98
26398354--26398395	20	2.1	20	95	0	75	33	19	4	42	1.72
26402003--26402187	27	6.9	26	80	8	178	43	17	17	21	1.88
26401992--26402199	80	2.6	80	86	5	267	42	18	16	21	1.89
26402369--26402430	26	2.4	26	80	0	70	14	20	24	40	1.90
26402535--26402596	30	2.0	31	90	3	99	25	30	20	22	1.98
26404766--26404861	35	2.7	35	93	0	156	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26407893--26407938	22	2.1	22	87	0	65	67	8	2	21	1.29
26415820--26415897	23	3.4	23	75	18	81	19	16	3	60	1.51
26415795--26415897	47	2.2	48	87	1	154	17	18	3	60	1.51
26416529--26416563	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
26424404--26426164	880	2.0	880	98	0	3371	29	20	13	36	1.90
26427437--26427471	3	11.7	3	93	0	61	31	34	0	34	1.58
26428583--26428672	28	3.3	27	78	6	83	35	5	20	38	1.76
26428581--26428672	27	3.4	26	74	5	67	34	5	20	39	1.76
26430973--26431015	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
26434840--26434983	49	2.9	49	85	7	184	44	11	11	31	1.77
26437438--26437478	13	3.1	14	79	10	50	48	14	14	21	1.80
26437819--26437901	32	2.6	32	80	3	96	18	42	22	16	1.89
26446656--26446693	16	2.3	17	86	4	51	36	0	2	60	1.11
26446736--26446791	27	2.1	27	82	0	67	32	1	5	60	1.29
26447957--26448001	21	2.0	23	83	8	58	64	2	2	31	1.18
26453256--26453281	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
26455094--26455171	36	2.1	36	83	2	93	10	33	1	55	1.42
26457051--26457113	28	2.2	28	100	0	126	12	19	20	47	1.81
26469253--26469285	16	2.1	16	94	5	59	27	0	42	30	1.56
26474028--26474067	18	2.2	18	86	0	53	5	62	10	22	1.46
26476165--26476217	21	2.5	20	77	22	56	20	5	3	69	1.25
26486435--26486482	21	2.3	21	89	3	71	39	10	8	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26487586--26488017	149	2.9	149	81	2	458	32	12	28	26	1.92
26489634--26489679	18	2.6	17	80	19	51	21	32	0	45	1.52
26489997--26490068	36	2.0	36	94	0	126	47	12	20	19	1.82
26495646--26495709	23	2.8	23	83	9	85	28	15	31	25	1.96
26495646--26495718	23	3.2	22	77	14	76	28	15	31	24	1.95
26503927--26503957	16	1.9	16	100	0	62	0	16	6	77	0.97
26503931--26503977	22	2.1	23	84	11	62	0	19	4	76	0.95
26509666--26509720	27	2.0	27	82	13	67	50	1	3	43	1.30
26523003--26523038	11	3.2	11	84	7	54	52	0	2	44	1.15
26522993--26523047	28	2.0	28	82	7	67	54	1	1	41	1.21
26523199--26523237	20	2.0	19	90	5	60	76	5	15	2	1.06
26523948--26523978	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
26530344--26530421	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
26530355--26530422	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
26530547--26530614	15	4.6	14	75	12	55	76	2	16	4	1.07
26530558--26530614	10	5.6	10	81	8	62	77	3	15	3	1.05
26530618--26530643	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
26534373--26534456	42	2.0	42	85	0	114	17	35	27	19	1.94
26541586--26541701	32	3.6	32	86	1	151	40	8	7	43	1.64
26547516--26547569	19	2.8	19	91	0	90	37	11	14	37	1.82
26547531--26547595	19	3.1	21	82	10	80	38	6	15	40	1.72
26547548--26547605	22	2.7	23	78	7	59	37	5	15	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26555103--26555200	46	2.1	46	88	3	144	14	3	37	44	1.60
26555468--26555540	30	2.4	30	90	0	119	21	30	24	23	1.99
26572835--26572943	37	3.0	37	91	2	168	24	22	15	36	1.93
26572907--26573175	52	5.2	52	82	10	295	27	22	14	36	1.93
26572907--26573115	98	2.1	98	93	1	357	27	22	13	35	1.92
26572907--26573181	98	2.8	94	86	9	288	27	22	14	35	1.93
26580554--26580626	23	3.1	23	69	18	69	35	26	20	17	1.95
26580519--26580631	47	2.4	47	86	0	154	37	23	20	19	1.95
26584751--26584832	41	2.0	41	85	4	112	23	35	24	17	1.95
26586412--26586481	21	3.5	19	78	9	61	35	10	10	44	1.72
26601771--26601799	6	4.8	6	100	0	58	0	0	13	86	0.58
26601791--26601867	34	2.3	34	84	4	93	5	11	6	76	1.13
26602297--26602370	31	2.4	31	81	0	85	16	20	40	22	1.91
26602913--26602980	34	2.0	34	88	0	100	20	5	44	29	1.75
26605963--26606021	31	1.9	31	85	0	82	15	16	45	22	1.84
26613084--26613519	50	8.8	48	68	10	198	24	25	19	30	1.99
26613085--26613364	100	2.8	100	91	0	436	26	26	18	28	1.98
26613190--26613514	150	2.2	150	94	0	560	24	25	20	29	1.99
26613091--26613514	100	4.2	100	80	8	296	24	25	20	29	1.99
26613340--26613519	100	1.8	100	95	0	324	22	24	21	31	1.98
26623151--26623336	40	4.7	40	81	7	175	25	25	22	26	2.00
26623151--26623336	80	2.3	80	80	10	202	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26638111--26638273	63	2.6	64	94	1	274	41	17	25	15	1.89
26639479--26640014	44	12.3	45	67	14	230	32	18	19	28	1.96
26639479--26640014	175	3.1	175	94	0	914	32	18	19	28	1.96
26640031--26640170	50	2.8	50	78	9	160	35	25	17	22	1.95
26640428--26640462	13	2.6	13	90	4	52	68	0	0	31	0.90
26643825--26643965	55	2.6	55	80	2	167	27	9	14	48	1.75
26660495--26660644	59	2.6	58	85	3	212	21	18	22	37	1.94
26660686--26660741	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
26661132--26661951	120	6.8	120	96	0	1324	43	2	5	49	1.36
26661509--26661918	38	10.3	39	62	16	135	45	2	4	47	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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