genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  229  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68152289--68152323	18	1.9	18	88	0	52	40	2	25	31	1.70
68153926--68153961	11	3.2	11	92	4	54	50	0	27	22	1.50
68155967--68156021	27	2.0	27	100	0	110	18	3	29	49	1.64
68158998--68159029	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
68179419--68179458	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
68179407--68179472	35	1.9	34	90	6	107	46	13	7	31	1.71
68186789--68186868	40	2.0	40	97	0	151	26	10	36	27	1.88
68190677--68190703	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
68191621--68191698	39	2.0	39	100	0	156	46	7	28	17	1.76
68197194--68197262	31	2.3	31	85	7	97	23	5	20	50	1.69
68197354--68197410	29	2.0	29	89	0	87	40	12	7	40	1.70
68197584--68197659	38	2.0	38	92	0	125	52	6	10	30	1.61
68203026--68203087	23	2.7	23	85	2	81	50	1	1	46	1.20
68203063--68203102	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
68203105--68203224	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
68203290--68203334	23	1.9	23	86	4	63	57	2	2	37	1.23
68205159--68205195	18	2.0	18	89	5	56	18	18	13	48	1.80
68207086--68207133	24	2.0	24	88	8	71	20	2	62	14	1.42
68207243--68207301	6	9.8	6	100	0	118	32	0	50	16	1.46
68208841--68208885	21	2.1	21	100	0	90	40	24	13	22	1.90
68212060--68212095	8	4.5	8	85	0	54	38	0	11	50	1.38
68226210--68226236	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68232825--68232851	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
68239473--68239499	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
68246127--68246153	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
68249858--68249888	16	1.9	16	93	0	53	51	12	0	35	1.40
68253305--68253361	20	2.7	21	82	17	66	33	0	8	57	1.29
68253305--68253354	20	2.5	20	87	12	68	36	0	8	56	1.29
68253481--68253534	23	2.3	23	78	6	56	35	20	12	31	1.90
68267564--68267624	31	2.0	31	90	0	95	49	8	11	31	1.68
68279864--68280020	31	5.1	30	73	13	106	38	14	5	42	1.67
68279864--68280069	62	3.3	62	77	12	162	38	12	7	41	1.71
68279895--68280016	31	3.9	32	75	8	110	40	15	4	40	1.66
68285195--68285815	322	1.9	324	84	4	840	25	16	28	29	1.97
68285802--68285829	14	2.0	14	100	0	56	21	0	35	42	1.53
68294806--68294852	23	2.1	21	84	7	58	42	19	6	31	1.76
68297108--68297133	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
68299671--68299903	69	3.3	69	81	11	274	33	16	17	33	1.92
68305149--68305186	14	2.8	14	92	4	60	21	5	42	31	1.75
68306861--68306907	16	2.9	16	75	9	51	63	0	0	36	0.94
68306844--68306929	27	3.1	27	75	11	66	62	2	0	34	1.08
68312178--68312203	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
68315747--68315788	20	2.0	21	86	9	59	52	14	14	19	1.75
68317020--68317045	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68325930--68325986	29	2.0	29	100	0	114	56	3	12	28	1.52
68327212--68327272	30	2.1	30	81	9	72	31	6	13	49	1.67
68333145--68333186	11	3.6	11	80	20	50	40	2	0	57	1.12
68333115--68333161	16	2.7	17	77	12	51	42	2	0	55	1.12
68333127--68333196	24	2.8	23	81	12	68	40	1	0	58	1.07
68333145--68333197	23	2.2	24	83	3	63	39	1	0	58	1.09
68339301--68339349	16	3.1	15	77	11	53	20	0	0	79	0.73
68339305--68339332	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
68339332--68339378	23	2.0	23	83	4	58	38	0	4	57	1.18
68345148--68345187	18	2.2	18	86	8	55	62	0	2	35	1.09
68348836--68348888	6	9.0	6	81	4	63	22	1	0	75	0.90
68348837--68348898	29	2.1	29	96	0	115	27	1	0	70	0.96
68350321--68350358	20	1.9	20	89	10	60	55	15	10	18	1.68
68351364--68351425	30	2.1	30	82	11	74	48	6	0	45	1.28
68351592--68351623	13	2.5	13	94	0	55	53	18	0	28	1.45
68353942--68354230	97	3.0	96	81	6	332	47	19	15	17	1.83
68358353--68358390	18	2.1	18	100	0	76	15	15	10	57	1.64
68364971--68365114	61	2.3	63	86	4	204	50	7	19	22	1.72
68367508--68367570	32	2.0	32	84	9	85	46	11	9	33	1.72
68375896--68376320	104	4.1	104	91	1	647	40	16	11	31	1.83
68381251--68381289	20	1.9	21	89	5	62	28	0	2	69	1.02
68388048--68388111	5	12.8	5	87	12	96	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68388048--68388116	8	8.8	8	74	25	67	39	0	0	60	0.97
68388051--68388114	3	24.0	3	75	23	63	39	0	0	60	0.97
68388129--68388224	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
68388931--68388988	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
68389200--68389231	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
68389326--68389567	50	4.7	50	84	4	288	26	23	29	20	1.99
68389326--68389575	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	21	1.99
68391772--68391809	20	2.0	20	89	5	60	18	5	2	73	1.14
68391817--68391857	16	2.7	16	88	7	59	39	2	0	58	1.11
68392161--68392224	29	2.2	29	83	5	76	46	6	1	45	1.37
68395296--68395347	22	2.4	22	93	0	86	30	23	21	25	1.99
68401656--68401703	23	2.1	23	88	3	71	22	6	8	62	1.46
68402429--68402502	31	2.4	31	84	6	89	32	12	13	41	1.81
68412333--68412371	20	2.0	20	85	5	53	33	0	7	58	1.26
68417663--68417697	18	1.9	19	88	11	56	17	0	5	77	0.96
68417663--68417697	17	2.0	18	88	5	54	17	0	5	77	0.96
68417751--68417789	20	1.9	20	89	5	60	43	0	0	56	0.99
68418015--68418062	23	2.1	23	100	0	96	20	12	22	43	1.86
68428523--68428564	18	2.5	18	81	11	54	33	7	4	54	1.49
68428671--68428713	20	2.2	19	83	4	50	55	0	4	39	1.20
68432675--68432704	2	15.0	2	92	0	51	50	46	0	3	1.18
68440645--68440692	20	2.3	20	80	13	53	29	8	4	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68452641--68452705	31	2.1	31	85	0	85	38	12	6	43	1.67
68454023--68454064	18	2.3	19	91	8	77	42	4	4	47	1.45
68455502--68455549	24	2.0	24	91	0	78	52	8	25	14	1.69
68460388--68460421	17	2.1	15	89	10	50	5	64	0	29	1.17
68465348--68465389	11	3.7	11	84	6	57	57	0	2	40	1.12
68465355--68465413	31	2.0	30	87	9	86	59	0	1	38	1.08
68472831--68472882	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
68524953--68525020	33	2.1	33	83	5	84	44	7	17	30	1.76
68525919--68525964	23	2.0	23	91	4	76	23	4	10	60	1.47
68535807--68536013	27	7.6	27	93	3	333	30	28	14	26	1.95
68535807--68536038	55	4.2	55	89	2	331	31	28	14	25	1.94
68551054--68551231	27	6.6	27	92	3	277	26	14	28	31	1.94
68560920--68560966	23	2.0	23	95	0	85	61	10	4	23	1.46
68561874--68561941	33	2.1	33	83	5	84	30	17	7	44	1.76
68585252--68585388	55	2.6	54	84	11	178	29	27	16	27	1.96
68585263--68585388	26	4.7	27	83	11	170	30	26	16	26	1.97
68585252--68585413	55	3.0	56	80	12	146	30	27	15	25	1.96
68585252--68585413	82	2.0	80	83	9	204	30	27	15	25	1.96
68593105--68593283	28	6.5	28	92	3	276	30	28	14	26	1.95
68593105--68593283	54	3.3	55	92	3	290	30	28	14	26	1.95
68593105--68593283	82	2.2	82	90	3	288	30	28	14	26	1.95
68601086--68601265	28	6.5	28	90	2	267	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68601086--68601265	55	3.3	55	91	1	281	31	28	13	26	1.94
68601087--68601265	83	2.2	82	90	1	277	31	27	13	26	1.94
68625800--68625977	87	2.0	88	88	3	261	39	5	21	34	1.75
68635360--68635562	33	5.6	33	70	21	147	22	17	26	33	1.96
68635394--68635647	42	6.5	41	70	20	195	24	16	25	33	1.95
68635361--68635604	75	3.3	75	90	1	373	23	16	25	34	1.96
68635543--68635647	43	2.5	42	87	4	149	24	14	25	35	1.93
68635468--68635682	118	1.8	117	86	3	315	24	17	26	32	1.97
68641442--68641576	40	3.5	39	74	11	116	33	25	17	22	1.96
68642505--68642551	21	2.2	22	85	11	71	23	0	10	65	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230