genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13260746--13260790	22	2.0	22	100	0	90	46	17	22	13	1.83
13269687--13269753	32	2.1	32	94	0	116	35	1	26	35	1.66
13269702--13269795	32	2.7	34	80	8	93	43	4	20	31	1.71
13270192--13270241	14	3.8	13	82	10	57	30	2	10	58	1.42
13270192--13270241	12	3.9	12	79	20	57	30	2	10	58	1.42
13270192--13270250	26	2.2	28	85	8	79	30	3	8	57	1.45
13272680--13272755	34	2.3	34	93	2	127	40	7	17	34	1.78
13272709--13272810	45	2.3	45	96	0	186	38	11	18	31	1.87
13287046--13287174	44	3.0	43	75	13	122	23	17	27	32	1.96
13288116--13288339	27	8.3	27	82	2	243	41	16	21	19	1.90
13288116--13288341	81	2.8	81	84	4	276	41	16	21	20	1.91
13288515--13288588	25	2.9	26	89	2	105	16	22	22	37	1.93
13288526--13288588	26	2.5	25	92	2	99	14	25	23	36	1.93
13293112--13293178	35	1.9	35	90	0	107	47	8	4	38	1.55
13295646--13295801	84	1.9	84	84	10	212	30	29	17	23	1.97
13295646--13295801	43	3.7	43	76	13	171	30	29	17	23	1.97
13297072--13297175	13	7.8	13	86	3	127	53	7	4	33	1.50
13297072--13297159	40	2.2	40	93	0	149	50	7	5	36	1.56
13299500--13299825	139	2.3	139	84	4	424	35	18	19	26	1.95
13302660--13302698	20	2.0	20	85	10	53	38	20	28	12	1.89
13302701--13302739	20	2.0	20	94	0	69	41	17	30	10	1.83
13307862--13308069	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13307984--13308044	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
13307902--13308044	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
13308123--13308321	66	3.2	64	67	19	177	41	3	7	48	1.45
13308085--13308382	120	2.5	120	93	1	508	42	2	5	49	1.38
13308158--13308345	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
13308210--13308261	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
13308326--13308360	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13308521--13308610	44	2.0	45	86	2	128	34	30	6	28	1.83
13308596--13308664	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
13308596--13308664	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
13315369--13315411	15	2.9	14	80	13	50	69	9	2	18	1.26
13326064--13326129	13	5.1	13	76	7	62	40	22	3	33	1.69
13327539--13327778	40	6.0	40	92	0	381	17	30	18	34	1.94
13327691--13327756	20	3.3	20	66	8	62	18	37	16	27	1.92
13341271--13341318	18	2.7	17	84	9	60	31	10	0	58	1.32
13341381--13341469	46	2.0	45	82	6	108	32	8	1	57	1.37
13342613--13342652	18	2.2	18	86	8	55	55	0	0	45	0.99
13343953--13343992	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
13344120--13344166	18	2.5	19	75	10	51	42	2	0	55	1.12
13350467--13350518	22	2.4	22	90	0	77	17	17	17	48	1.82
13350517--13350573	20	2.8	20	86	0	69	8	26	22	42	1.83
13350546--13350583	20	1.9	20	88	0	58	7	31	18	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13357317--13357376	26	2.3	26	88	8	86	45	15	18	21	1.86
13357317--13357376	27	2.3	27	88	8	88	45	15	18	21	1.86
13357611--13357691	26	3.1	25	80	3	90	19	20	24	34	1.96
13357693--13357823	58	2.3	58	90	0	199	11	10	39	38	1.76
13357851--13358057	28	7.4	28	90	2	312	23	23	24	28	1.99
13362021--13362190	40	4.3	40	90	0	225	26	28	21	23	1.99
13362019--13362243	80	2.8	79	82	3	245	26	28	20	24	1.99
13362024--13362243	40	5.5	40	84	3	212	25	28	21	24	1.99
13362175--13362252	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
13370484--13370547	32	2.0	32	93	0	110	39	21	15	23	1.92
13375356--13375506	74	2.0	74	97	0	284	35	17	18	28	1.93
13379740--13379774	17	2.1	16	89	5	52	20	14	14	51	1.76
13383309--13383401	48	1.9	48	80	8	109	37	4	19	38	1.71
13383637--13383693	26	2.2	26	87	0	78	43	14	19	22	1.86
13390760--13390805	23	2.0	23	100	0	92	30	8	34	26	1.86
13392126--13392200	19	3.8	19	86	6	105	41	9	14	34	1.78
13392747--13392822	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
13392917--13392960	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
13394157--13394195	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
13395539--13395652	31	3.7	30	67	9	77	51	7	1	38	1.41
13395531--13395652	61	2.0	61	86	0	172	49	9	2	38	1.49
13395531--13395624	31	3.0	32	70	13	88	45	12	3	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13399083--13399215	43	3.1	43	78	6	137	33	27	14	25	1.94
13411904--13411943	21	1.9	21	89	0	62	25	20	17	37	1.94
13422363--13422405	23	1.9	21	81	13	50	39	2	23	34	1.67
13423892--13423930	18	2.2	18	86	4	53	51	10	30	7	1.64
13427013--13427073	17	3.4	18	79	20	74	42	1	6	49	1.38
13436048--13436079	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
13436424--13436452	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
13436409--13436464	16	3.5	16	82	7	60	30	0	3	66	1.09
13441343--13441368	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13447049--13447183	42	3.2	42	84	3	164	21	19	18	40	1.91
13447231--13447329	43	2.3	43	92	0	171	23	15	17	44	1.86
13449207--13449244	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
13449223--13449317	45	2.1	44	90	1	145	32	5	27	34	1.79
13449478--13449512	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13449605--13449672	16	4.2	16	74	20	54	54	1	0	44	1.09
13449625--13449672	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
13449614--13449655	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
13449399--13449671	147	1.9	147	96	1	503	47	2	2	46	1.32
13449603--13449900	120	2.5	121	92	4	496	51	4	2	42	1.34
13449743--13449792	16	3.1	16	73	21	50	58	0	0	42	0.98
13449653--13449840	61	3.1	61	69	17	192	50	6	2	40	1.42
13449837--13449913	28	2.9	27	70	18	70	55	0	2	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13449916--13450122	90	2.3	91	86	3	283	46	3	4	45	1.39
13449941--13450082	44	3.2	43	66	20	103	47	3	2	45	1.34
13451528--13451558	15	2.1	15	93	0	53	45	9	9	35	1.70
13462290--13462323	18	1.9	17	88	5	50	29	0	23	47	1.52
13474138--13474177	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
13474681--13474717	16	2.3	16	90	0	56	70	0	2	27	1.01
13482975--13483012	17	2.2	17	90	0	58	47	0	2	50	1.15
13484123--13484172	24	2.1	24	88	7	75	44	6	34	16	1.72
13489616--13489732	39	3.0	39	94	1	200	51	27	3	17	1.62
13489929--13489978	18	2.8	18	90	6	75	26	6	22	46	1.74
13489946--13489977	9	3.6	9	91	0	55	25	6	18	50	1.70
13492385--13492463	33	2.4	33	82	4	88	17	15	17	49	1.80
13493763--13493836	38	1.9	37	84	10	96	54	1	1	43	1.17
13498700--13498794	43	2.2	43	86	0	127	33	25	12	28	1.92
13499991--13500090	20	5.0	20	66	0	65	24	19	20	37	1.94
13499991--13500121	40	3.3	40	85	2	174	24	19	19	37	1.94
13505956--13506009	7	8.1	7	83	4	51	31	31	12	24	1.93
13516540--13516591	24	2.2	24	85	0	68	34	3	11	50	1.57
13521250--13521292	18	2.2	20	88	8	63	53	41	2	2	1.26
13521281--13521317	13	2.9	13	92	4	58	40	43	5	10	1.63
13522460--13522514	3	18.7	3	77	3	58	34	0	5	60	1.20
13522594--13522635	20	2.0	21	86	4	59	38	11	2	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13523478--13523830	173	2.0	173	96	0	645	30	19	15	34	1.93
13533196--13533240	19	2.4	18	85	10	56	37	8	24	28	1.86
13533571--13534032	50	9.3	49	68	4	255	30	23	20	25	1.99
13533556--13534035	99	4.8	98	84	5	590	30	23	21	25	1.99
13535708--13535810	3	35.7	3	76	11	81	37	0	2	59	1.13
13535701--13535746	23	2.0	23	100	0	92	30	0	4	65	1.12
13535890--13535931	20	2.0	21	86	4	59	38	11	2	47	1.53
13536776--13537128	173	2.0	173	95	0	636	30	19	14	34	1.92
13537577--13537606	15	2.0	15	93	0	51	0	0	83	16	0.65
13539659--13539710	24	2.2	24	89	0	77	26	25	3	44	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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