genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20077859--20078119	87	3.0	86	81	6	204	22	27	25	23	2.00
20079373--20079409	19	1.9	20	88	5	58	16	10	0	72	1.10
20085455--20085514	29	2.1	28	82	14	70	63	3	3	30	1.27
20085455--20085514	28	2.1	29	84	9	79	63	3	3	30	1.27
20087835--20087864	12	2.4	13	94	5	53	33	0	6	60	1.23
20093238--20093340	23	4.5	23	77	1	109	22	18	26	33	1.97
20093238--20093340	46	2.3	46	86	1	145	22	18	26	33	1.97
20094517--20094705	49	3.9	49	92	0	297	25	13	28	32	1.94
20102279--20102328	25	2.0	25	85	14	68	58	6	0	36	1.23
20106911--20106939	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
20109708--20109763	24	2.3	25	78	9	62	33	7	17	41	1.77
20109991--20110033	21	2.1	21	83	12	54	44	25	4	25	1.73
20114728--20114784	24	2.2	27	82	17	77	36	0	5	57	1.21
20120184--20120233	25	2.0	25	85	14	68	58	6	0	36	1.23
20124795--20124823	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
20127594--20127649	24	2.3	25	78	9	62	33	7	17	41	1.77
20127879--20127921	21	2.1	21	83	12	54	44	25	4	25	1.73
20132635--20132684	25	2.0	25	85	14	68	36	0	6	58	1.23
20138861--20138917	24	2.3	24	82	8	71	40	26	5	28	1.77
20143823--20144248	209	2.0	211	94	0	757	43	19	13	24	1.86
20143843--20144273	23	18.5	22	73	11	290	43	18	13	24	1.86
20143823--20144248	70	6.1	70	89	3	651	43	19	13	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20145001--20145098	28	3.5	28	94	0	160	31	26	12	29	1.92
20145886--20145941	12	4.1	14	71	19	55	41	1	0	57	1.09
20147822--20147884	29	2.2	29	82	5	74	31	28	15	23	1.96
20156131--20156179	23	2.1	23	100	0	98	55	8	4	32	1.48
20161678--20161705	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
20162681--20162867	59	3.0	60	77	19	218	46	11	3	39	1.56
20163562--20163601	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
20167566--20167680	40	2.9	40	84	3	144	34	25	23	16	1.95
20167737--20168058	41	7.9	41	92	1	504	21	21	29	27	1.98
20168385--20168421	14	2.6	14	86	0	56	24	0	29	45	1.53
20168571--20168702	68	2.0	69	85	10	184	31	1	18	48	1.57
20174240--20174536	43	6.7	43	77	7	195	24	17	28	29	1.97
20174212--20174399	86	2.2	86	79	10	197	28	15	27	28	1.96
20177112--20177252	16	8.3	16	73	19	99	42	9	12	34	1.76
20177112--20177244	18	7.8	17	70	17	80	43	10	12	33	1.77
20177129--20177253	17	7.2	18	71	18	79	41	9	13	35	1.77
20177111--20177242	35	3.8	33	77	11	115	43	9	12	34	1.75
20177716--20177741	9	2.9	9	100	0	52	0	11	0	88	0.52
20177787--20177813	14	1.9	14	100	0	54	7	29	37	25	1.83
20178030--20178106	4	19.0	4	75	21	72	0	29	1	68	0.97
20178056--20178106	19	2.6	19	85	14	77	0	27	0	72	0.85
20178028--20178106	27	2.8	28	85	11	99	0	29	1	69	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20178590--20178733	30	4.9	29	80	3	135	40	3	20	35	1.69
20178618--20178733	59	2.0	58	83	6	144	43	3	18	34	1.68
20181228--20181306	27	2.9	27	82	0	95	13	16	37	31	1.88
20181880--20181911	15	2.1	16	88	11	50	21	0	9	68	1.17
20184895--20184943	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
20185339--20185420	43	1.9	43	87	0	119	54	1	18	25	1.50
20186310--20186384	30	2.5	30	91	0	123	28	29	29	13	1.94
20191671--20191708	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
20200762--20201096	166	2.0	166	94	0	580	24	13	17	45	1.84
20210850--20211019	81	2.1	81	98	0	331	36	21	21	20	1.95
20211248--20211298	21	2.4	21	96	3	93	41	21	3	33	1.72
20214287--20214444	64	2.4	64	84	7	192	34	8	15	41	1.77
20214485--20214579	41	2.3	41	80	10	106	18	18	29	32	1.96
20214551--20214590	16	2.5	16	100	0	80	12	25	30	32	1.92
20222068--20222225	64	2.4	64	84	7	192	34	8	15	41	1.77
20222332--20222371	16	2.5	16	91	0	71	12	22	30	35	1.91
20225779--20225817	21	1.9	20	84	5	51	48	10	5	35	1.59
20226955--20227092	20	6.9	20	72	9	77	38	18	28	14	1.90
20228818--20228898	42	1.9	42	100	0	162	43	9	4	41	1.59
20235189--20235287	38	2.6	38	85	1	128	25	23	29	22	1.99
20241258--20241300	7	6.3	7	89	10	63	88	0	11	0	0.52
20241251--20241293	18	2.3	19	96	4	79	88	0	11	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20241251--20241300	19	2.5	20	90	9	77	88	0	12	0	0.53
20241227--20241300	19	3.9	18	75	7	67	83	2	10	2	0.84
20243152--20243178	9	3.0	9	100	0	54	44	33	0	22	1.53
20247020--20247059	20	2.0	20	90	9	64	50	30	7	12	1.68
20248158--20248254	25	3.9	25	79	11	83	30	21	23	23	1.99
20254400--20254448	9	5.4	9	85	0	71	24	8	20	46	1.77
20254771--20254806	18	1.9	19	94	5	65	11	8	13	66	1.44
20256625--20256649	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
20263348--20263401	27	2.0	27	92	0	90	22	25	18	33	1.97
20264354--20264396	20	2.2	19	83	8	50	60	2	2	34	1.22
20264754--20264816	18	3.5	18	76	22	53	68	0	3	28	1.05
20264781--20264816	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
20267508--20267532	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
20268928--20269040	41	2.8	41	93	0	181	21	20	23	34	1.97
20268929--20269053	41	3.1	39	88	3	126	21	20	24	34	1.97
20271421--20271467	6	8.2	6	81	9	53	40	14	27	17	1.89
20272122--20272291	62	2.7	63	78	7	193	25	31	21	22	1.98
20273531--20273567	18	2.0	19	89	5	58	72	2	0	24	0.97
20273631--20273661	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
20273617--20273674	23	2.5	22	75	10	62	43	1	5	50	1.35
20273679--20273730	18	2.9	18	85	0	59	25	5	0	69	1.10
20273689--20273730	9	4.7	9	82	8	50	28	7	0	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20274192--20274254	30	2.1	30	93	0	108	23	3	14	58	1.50
20274369--20274408	11	3.5	11	86	3	53	65	0	0	35	0.93
20275288--20275343	20	2.8	21	77	20	66	57	8	0	33	1.30
20275700--20275728	13	2.2	13	100	0	58	41	13	6	37	1.72
20279457--20279560	39	2.6	39	96	1	190	32	1	0	65	1.04
20283780--20283898	25	4.7	26	75	4	93	28	19	23	28	1.98
20283788--20283898	50	2.2	51	83	4	145	27	18	24	29	1.98
20284561--20284607	20	2.4	20	79	13	53	59	4	19	17	1.53
20286777--20286860	41	2.0	41	100	0	168	47	14	14	23	1.80
20286780--20286847	23	3.2	23	65	26	67	47	14	14	23	1.82
20291075--20291210	37	3.7	37	79	2	121	18	15	27	38	1.91
20297573--20297656	40	2.1	40	84	4	107	34	17	25	22	1.96
20299638--20299665	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
20306200--20306535	50	6.7	49	72	6	255	25	19	22	32	1.97
20306193--20306539	100	3.5	99	88	6	495	25	19	22	32	1.97
20308110--20308144	8	4.4	8	92	0	61	11	8	0	80	0.92
20310990--20311033	20	2.1	21	83	4	54	11	22	11	54	1.68
20321410--20321470	28	2.1	29	87	3	88	16	27	0	55	1.41
20324322--20324360	16	2.4	16	86	0	51	69	7	2	20	1.26
20331065--20331225	25	6.4	25	72	7	76	24	13	24	37	1.91
20331065--20331451	100	3.9	99	79	4	303	22	15	25	36	1.93
20331089--20331322	25	9.4	25	68	7	107	22	16	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20331065--20331451	50	7.7	49	76	4	274	22	15	25	36	1.93
20331478--20331525	25	1.9	25	95	0	87	29	16	18	35	1.93
20332783--20332840	27	2.2	26	84	6	80	68	8	8	13	1.37
20336595--20336630	19	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
20337864--20337894	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
20338772--20338814	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
20341592--20341729	69	2.0	69	88	5	208	43	14	22	19	1.87
20341579--20341725	34	4.3	34	73	11	138	44	13	22	19	1.86
20341765--20341805	19	2.2	19	95	0	73	36	0	17	46	1.48
20341939--20341981	22	2.0	22	86	9	61	34	20	6	37	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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