genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1779028--1779086	30	2.0	30	90	9	95	66	0	3	30	1.08
1779072--1779097	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
1779737--1779812	31	2.5	29	71	10	71	42	14	7	35	1.75
1781378--1781505	50	2.6	50	81	8	129	30	21	26	21	1.98
1785017--1785077	19	3.2	18	76	19	61	52	0	0	47	1.00
1785143--1785168	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
1795798--1795845	22	2.2	23	85	10	66	60	0	2	37	1.09
1796381--1796433	24	2.3	23	83	9	63	47	5	0	47	1.26
1797242--1797335	37	2.5	37	84	0	107	24	18	10	46	1.80
1798025--1798114	37	2.4	37	83	0	99	48	14	20	16	1.80
1798505--1798537	17	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
1798488--1798537	21	2.6	21	84	12	63	46	2	0	52	1.12
1806428--1806481	28	1.9	28	100	0	108	22	9	9	59	1.57
1810381--1810414	12	2.8	12	90	0	50	67	2	20	8	1.31
1810669--1810739	33	2.2	33	92	0	115	33	15	4	46	1.65
1810729--1810778	20	2.4	21	80	3	66	48	0	12	40	1.40
1821235--1821265	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
1825313--1825369	18	3.2	18	89	0	87	29	17	26	26	1.97
1825915--1825945	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
1832865--1832941	40	1.9	40	94	0	136	41	10	24	23	1.85
1835736--1835775	20	2.0	21	85	9	57	52	7	10	30	1.62
1839907--1840025	60	2.0	60	83	6	152	27	11	15	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1848636--1848679	15	2.9	15	83	16	63	68	4	4	22	1.27
1849856--1849898	16	2.8	15	72	6	50	48	6	4	39	1.51
1850740--1850773	16	2.1	16	88	0	50	17	5	0	76	0.98
1851582--1851872	27	10.8	27	84	2	327	31	17	15	35	1.91
1852152--1852214	34	1.9	32	93	6	108	30	20	25	23	1.99
1855918--1856063	39	3.7	38	84	8	177	36	2	1	60	1.17
1855919--1856063	37	3.7	38	83	7	184	36	2	1	60	1.17
1855936--1856048	11	11.4	11	73	17	72	37	1	1	59	1.18
1862720--1862940	111	2.0	111	91	0	361	32	17	17	33	1.93
1874704--1874875	44	3.9	44	89	0	254	29	21	25	23	1.99
1875448--1875491	22	2.0	22	82	8	54	65	2	11	20	1.35
1882579--1882731	77	2.0	77	94	0	270	41	18	3	36	1.69
1883175--1883213	16	2.4	17	83	12	55	30	0	0	69	0.89
1883196--1883238	23	2.0	22	86	9	61	34	2	0	62	1.08
1890318--1890342	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
1898327--1898797	76	6.2	76	77	3	387	24	17	14	44	1.85
1898327--1898797	152	3.1	151	83	1	530	24	17	14	44	1.85
1898327--1898820	151	3.3	151	82	2	551	24	18	13	43	1.86
1899180--1899217	18	2.1	19	90	5	60	44	0	2	52	1.14
1901612--1901653	13	3.2	13	81	15	50	73	0	0	26	0.83
1905530--1905568	19	2.0	20	90	10	62	20	2	12	64	1.40
1906488--1906518	12	2.6	12	100	0	62	16	25	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1907334--1907390	15	3.5	15	71	17	51	47	0	3	49	1.18
1907577--1907608	10	3.2	10	100	0	64	43	0	0	56	0.99
1908603--1908708	54	2.0	54	86	0	149	27	18	33	20	1.96
1908983--1909075	48	1.9	48	88	0	141	40	10	25	22	1.86
1912184--1912258	26	2.7	28	75	8	73	52	5	6	36	1.51
1913239--1913268	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1922662--1922703	17	2.3	19	80	12	52	30	0	9	59	1.29
1922670--1922707	17	2.2	18	85	4	51	28	0	13	57	1.36
1937230--1937274	13	3.6	12	82	11	63	64	0	0	35	0.94
1937230--1937291	26	2.4	26	83	5	81	59	0	3	37	1.13
1942590--1942687	49	2.0	49	100	0	196	28	24	12	34	1.91
1950758--1950862	25	4.3	25	86	3	135	21	21	15	40	1.90
1950821--1950884	22	2.9	22	93	4	103	21	23	14	40	1.90
1953511--1953569	23	2.6	23	78	2	66	54	1	0	44	1.10
1954837--1954869	16	2.1	16	100	0	66	30	24	0	45	1.53
1962691--1962716	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
1971670--1971763	48	2.0	48	83	8	120	39	29	12	18	1.88
1975212--1975245	14	2.4	14	100	0	68	14	8	35	41	1.77
2000431--2000469	20	2.0	20	89	0	60	51	0	2	46	1.14
2009001--2009042	11	3.6	11	81	12	57	59	4	0	35	1.19
2009027--2009217	95	2.0	95	100	0	382	41	13	3	41	1.60
2011675--2011740	19	3.4	19	69	23	57	53	6	0	40	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011683--2011738	19	2.9	19	78	7	60	55	5	0	39	1.23
2011750--2011816	21	3.1	21	79	8	73	67	2	2	26	1.20
2015752--2015880	40	3.3	39	71	11	111	32	22	15	29	1.95
2016038--2016084	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
2016892--2016930	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
2022804--2022845	21	1.9	23	85	9	61	9	4	11	73	1.22
2023217--2023244	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2026268--2026688	208	2.0	208	96	0	770	33	19	17	28	1.95
2038478--2038534	29	2.0	29	83	13	73	42	5	8	43	1.58
2043531--2043563	15	2.3	15	89	5	50	51	0	0	48	1.00
2045915--2046162	57	4.4	57	85	1	302	23	25	24	27	2.00
2049793--2049821	15	1.9	15	100	0	58	41	6	13	37	1.72
2050118--2050164	3	16.0	3	95	4	87	68	0	31	0	0.90
2052211--2052311	44	2.3	44	82	12	113	29	27	16	25	1.97
2053425--2053451	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
2053801--2053849	10	5.0	10	82	5	64	38	0	0	61	0.96
2060806--2060895	41	2.1	43	82	11	107	28	21	20	30	1.98
2070745--2070789	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
2071586--2071633	24	2.0	24	88	8	71	2	14	6	77	1.06
2080753--2080840	37	2.3	38	84	9	115	55	4	1	38	1.28
2089960--2090076	51	2.3	52	81	7	134	57	5	5	31	1.45
2090330--2090376	3	16.3	3	91	8	80	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090595--2090638	19	2.2	21	88	8	65	75	4	9	11	1.19
2090828--2090880	19	3.0	17	84	10	70	37	18	7	35	1.80
2096148--2096179	3	10.7	3	93	0	55	0	3	34	62	1.11
2098534--2098627	30	3.1	29	81	6	100	26	22	3	47	1.66
2108804--2109222	53	8.0	53	91	5	658	37	17	15	29	1.90
2108804--2109222	105	4.0	106	90	6	651	37	17	15	29	1.90
2109176--2109780	64	9.4	67	74	16	504	33	18	15	33	1.92
2109176--2109865	64	10.6	67	74	18	464	33	18	15	32	1.92
2109187--2109647	191	2.4	190	77	14	475	33	17	15	33	1.92
2109688--2109877	72	2.7	69	75	16	196	38	18	14	28	1.90
2121651--2121702	16	3.3	15	79	15	52	50	9	7	32	1.64
2121788--2121824	19	1.9	19	88	0	56	45	5	5	43	1.49
2122239--2122280	19	2.2	19	83	8	50	83	0	2	14	0.75
2122386--2122436	1	51.0	1	96	0	93	0	1	0	98	0.14
2135100--2135145	24	1.9	24	91	8	76	36	0	2	60	1.09
2135211--2135398	68	3.1	59	80	13	234	44	7	4	42	1.54
2135301--2135328	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2135242--2135412	68	2.5	68	92	1	292	46	7	4	41	1.53
2135403--2135442	16	2.5	16	91	0	62	42	7	2	47	1.45
2135416--2135477	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
2137088--2137183	27	3.4	27	72	19	97	43	2	1	53	1.19
2137083--2137197	57	2.0	57	100	0	230	44	1	1	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143294--2143339	23	1.9	23	82	8	56	41	0	6	52	1.27
2145323--2145362	17	2.4	17	87	4	55	52	25	2	20	1.59
2152541--2152594	27	2.0	27	100	0	108	37	11	14	37	1.82
2152798--2152901	52	2.0	51	94	1	181	34	18	15	31	1.92
2159297--2159332	19	1.9	18	100	0	63	16	16	0	66	1.25
2160047--2160085	16	2.4	16	95	0	69	30	5	15	48	1.66
2160056--2160092	16	2.3	16	90	0	56	29	13	10	45	1.77
2163554--2163599	18	2.6	18	89	0	65	6	0	50	43	1.28
2171290--2171327	20	1.9	20	84	10	51	26	0	18	55	1.43
2171720--2171880	43	3.7	42	75	9	137	29	33	14	22	1.94

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