genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  1  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36--100	33	1.9	35	90	6	107	40	33	13	12	1.82
2458--2980	230	2.3	230	85	4	700	47	13	15	23	1.81
6414--6471	28	2.0	29	86	6	82	56	1	0	41	1.09
11365--11423	21	2.8	20	85	14	84	49	25	15	10	1.76
16086--16124	20	2.0	20	85	14	55	35	2	0	61	1.10
20201--20238	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
32038--32073	16	2.2	17	90	5	56	52	5	11	30	1.59
36046--36279	36	5.6	45	75	21	240	36	14	20	28	1.92
36046--36279	82	2.9	81	91	4	368	36	14	20	28	1.92
41638--41678	21	2.0	21	90	0	64	21	26	21	29	1.99
49677--49749	4	18.2	4	94	0	119	23	0	24	52	1.48
52633--52697	24	2.7	24	82	2	67	43	1	3	52	1.26
56988--57030	23	1.9	23	85	4	61	51	4	9	34	1.55
61362--61892	268	2.0	261	97	2	990	29	20	23	25	1.99
75347--75389	6	7.3	6	84	5	52	18	67	0	13	1.23
75349--75389	9	4.7	9	84	3	57	19	68	0	12	1.21
76930--76963	13	2.8	12	86	4	50	50	0	0	50	1.00
95508--95551	18	2.5	18	89	10	65	0	11	2	86	0.66
98945--99001	26	2.2	26	77	0	60	24	7	26	42	1.80
104693--104927	115	2.0	115	100	0	470	30	22	15	31	1.94
106949--107005	23	2.5	22	83	8	71	21	22	15	40	1.91
106962--107006	23	2.0	23	95	0	81	20	17	20	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108643--108668	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
109823--110008	93	2.0	93	97	0	354	47	19	9	24	1.78
113422--113451	10	2.8	11	95	5	53	13	6	0	80	0.91
114066--114108	19	2.3	19	83	0	50	34	0	6	58	1.25
117726--117760	17	2.1	17	100	0	70	17	5	17	60	1.55
128833--128876	22	2.0	22	100	0	88	50	0	13	36	1.42
130163--130214	26	2.0	26	96	0	95	65	5	0	28	1.16
140999--141028	4	7.8	4	92	7	53	0	23	0	76	0.78
143805--143868	33	1.9	33	93	0	110	26	15	12	45	1.82
146925--146953	13	2.2	13	100	0	58	44	13	0	41	1.44
148144--148173	14	2.2	14	94	5	53	13	16	0	70	1.18
166281--166314	10	3.4	10	100	0	68	82	0	0	17	0.67
166310--166375	11	6.4	11	78	18	70	60	0	1	37	1.06
166275--166423	80	1.9	80	88	2	228	62	0	2	34	1.12
166281--166375	11	9.1	11	78	14	60	66	0	1	32	0.99
166292--166439	39	3.7	41	85	8	207	62	0	2	34	1.11
180917--180967	3	17.0	3	87	0	66	25	33	1	39	1.67
183779--183845	27	2.4	28	80	7	66	50	7	1	40	1.39
183856--183882	6	4.5	6	100	0	54	62	0	0	37	0.95
191915--192004	30	3.0	30	96	0	171	26	17	6	48	1.72
193040--193078	7	5.7	7	90	3	62	43	0	12	43	1.42
205599--205623	3	8.3	3	100	0	50	0	68	32	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207241--207275	15	2.3	15	90	0	52	20	25	17	37	1.94
207741--207768	14	2.0	14	100	0	56	42	21	14	21	1.88
215331--215363	12	2.8	12	100	0	66	66	9	24	0	1.20
216261--216310	23	2.1	25	88	7	77	20	2	6	72	1.16
216504--216576	29	2.5	28	77	16	69	54	10	2	31	1.49
217436--217478	21	2.0	23	86	9	63	55	0	0	44	0.99
218049--218109	29	2.1	28	81	3	68	27	14	13	44	1.83
218328--218618	124	2.3	124	95	1	530	28	16	23	31	1.96
220451--220515	29	2.2	29	86	5	87	66	0	1	32	1.01
220459--220497	20	2.0	20	85	10	53	66	0	0	33	0.92
220451--220515	30	2.2	30	88	5	96	66	0	1	32	1.01
220549--220599	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
220604--220650	22	2.1	22	100	0	94	38	0	36	25	1.56
221554--221594	21	2.0	21	85	0	55	53	7	4	34	1.50
241640--241682	4	10.8	4	90	9	70	51	23	2	23	1.60
245948--245981	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
246110--246157	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
251350--251383	12	2.8	12	95	4	59	55	0	2	41	1.15
252751--252826	35	2.1	35	85	4	98	13	17	18	51	1.76
258876--259158	72	4.0	70	85	5	374	49	11	1	37	1.50
259199--259252	27	2.0	27	100	0	108	25	11	11	51	1.70
265225--265286	31	2.0	31	96	0	115	41	14	9	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265293--265322	15	2.0	15	100	0	60	40	20	0	40	1.52
268015--268278	112	2.4	107	80	8	316	48	16	8	26	1.75
268056--268318	112	2.3	113	81	3	325	50	16	9	23	1.75
271178--271949	402	1.9	403	80	5	912	36	13	16	33	1.88
271915--271977	25	2.5	25	92	0	108	41	6	17	34	1.75
272825--272881	21	2.8	20	84	10	71	43	1	0	54	1.10
285804--286021	78	2.8	77	87	6	289	27	5	18	48	1.70
296920--296970	23	2.2	23	100	0	102	43	3	11	41	1.60
305182--305218	18	2.1	18	90	10	58	59	0	5	35	1.20
316924--317024	30	3.4	30	95	0	175	18	32	28	19	1.96
316945--317024	15	5.3	15	78	21	96	18	31	28	21	1.97
317228--317296	29	2.4	29	97	0	129	44	27	10	17	1.80
326868--326930	30	2.0	30	84	12	81	44	1	1	52	1.20
336261--336303	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
339994--340036	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
346947--346980	15	2.4	14	95	5	59	50	0	50	0	1.00
346932--346987	27	2.1	27	86	6	78	53	0	46	0	1.00
346933--346987	12	4.5	12	77	16	51	54	0	45	0	0.99
356381--356434	27	2.0	27	100	0	108	33	25	14	25	1.95
360075--360148	31	2.5	31	84	8	91	45	1	2	50	1.24
370808--370859	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
372778--372829	24	2.2	24	85	0	68	55	9	3	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
384146--384284	60	2.3	60	83	4	165	44	18	11	25	1.83
398781--398806	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
414149--414184	6	6.0	6	93	0	63	0	36	0	63	0.94
414149--414183	18	1.9	18	100	0	70	0	37	0	62	0.95
414907--414931	13	1.9	13	100	0	50	56	4	8	32	1.47
415030--415118	17	5.3	17	69	17	60	33	1	0	65	1.00
415030--415140	50	2.3	48	87	4	168	34	0	0	64	1.00
415111--415150	21	1.9	21	89	0	62	37	0	0	62	0.95
415110--415168	23	2.7	22	80	14	61	42	0	1	55	1.09
415690--415751	23	3.0	20	76	17	63	53	9	4	32	1.55
416644--416689	24	1.9	24	81	0	56	43	15	4	36	1.66
423149--423216	33	2.3	31	81	18	83	39	1	8	50	1.43
430282--430320	15	2.6	15	87	0	60	25	2	2	69	1.14
431585--431637	25	2.2	25	89	3	81	56	0	3	39	1.17
444153--444199	22	2.1	22	84	4	58	12	0	23	63	1.28
456502--456769	136	2.0	135	96	0	500	31	12	17	38	1.87
459113--459162	25	2.0	25	88	4	73	68	4	2	26	1.18
462504--462596	18	5.2	18	89	0	132	29	21	15	34	1.94
472588--472615	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
475225--475269	23	2.0	23	83	12	58	53	11	4	31	1.56
481773--481822	21	2.4	21	86	0	64	28	34	8	30	1.86
483578--483664	18	4.8	18	89	0	129	31	24	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
483578--483665	36	2.4	36	90	0	149	31	23	12	31	1.92
501465--501519	5	11.2	5	81	18	71	38	0	0	61	0.96
501465--501520	22	2.6	23	86	11	82	39	0	0	60	0.97
501465--501520	17	3.4	16	85	11	78	39	0	0	60	0.97
503399--503442	3	14.7	3	85	0	61	34	0	2	63	1.07
505370--505453	44	1.9	43	92	2	141	38	4	16	40	1.70
505799--505965	25	6.7	25	77	0	127	19	28	17	34	1.95
505799--505964	50	3.3	50	75	1	154	19	27	18	34	1.95
509123--509215	39	2.5	37	78	7	89	27	27	22	21	1.99
509867--509900	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228