genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12489957--12490002	19	2.5	19	76	16	51	23	0	2	73	0.94
12489964--12490017	26	2.1	26	82	6	65	25	3	1	68	1.16
12490123--12490171	3	16.7	3	89	4	73	26	0	2	71	0.97
12490298--12490360	32	2.0	32	96	0	117	17	7	9	65	1.46
12493518--12493565	23	2.1	23	100	0	96	29	4	16	50	1.64
12493522--12493573	23	2.5	21	84	12	54	28	1	15	53	1.52
12496036--12496066	6	5.2	6	92	0	53	64	0	3	32	1.09
12496778--12496831	25	2.3	24	81	9	67	37	1	7	53	1.40
12500083--12500113	15	2.1	15	100	0	62	38	0	25	35	1.56
12501057--12501120	13	4.8	13	75	3	56	35	3	23	37	1.71
12509883--12509923	22	1.9	21	85	5	55	68	4	0	26	1.10
12510437--12510734	124	2.4	123	83	2	375	28	19	8	42	1.81
12512658--12512730	36	2.0	36	97	0	137	30	17	17	34	1.94
12512968--12513019	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
12516381--12516456	23	3.3	23	86	0	116	31	27	19	21	1.97
12519943--12519994	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
12521241--12521278	20	1.9	19	85	15	51	21	18	21	39	1.93
12523203--12523240	20	1.9	20	94	0	67	31	28	5	34	1.80
12525406--12525440	15	2.2	17	90	10	56	31	2	5	60	1.35
12525562--12525639	41	1.9	41	86	5	113	35	19	16	28	1.93
12525515--12525666	45	3.5	44	79	8	159	36	18	19	25	1.94
12525603--12525711	45	2.4	45	81	0	119	42	15	18	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12525648--12525804	45	3.5	44	76	11	129	44	14	21	19	1.86
12525690--12525812	46	2.7	46	83	3	151	44	14	21	19	1.86
12527451--12527532	42	2.0	42	82	0	101	25	21	26	25	2.00
12528796--12528879	17	4.9	17	73	12	64	30	30	20	17	1.96
12532533--12532571	4	9.8	4	100	0	78	51	23	0	25	1.49
12538764--12538809	23	2.0	23	83	8	58	19	34	26	19	1.96
12541300--12541460	21	7.8	21	75	4	121	21	20	14	43	1.87
12541300--12541455	41	3.8	42	82	5	158	21	20	14	43	1.87
12552617--12553045	232	1.9	231	85	0	597	37	13	16	32	1.88
12552798--12553190	134	2.9	134	80	2	430	37	11	18	32	1.87
12556325--12556484	84	1.9	84	97	0	302	16	16	31	35	1.92
12556348--12556482	42	3.2	42	66	15	125	17	16	30	35	1.92
12557296--12557343	20	2.4	20	79	6	53	16	2	43	37	1.60
12557296--12557354	13	4.5	13	72	19	50	16	1	47	33	1.57
12557347--12557429	28	2.9	28	75	8	78	10	0	44	44	1.39
12557361--12557414	21	2.6	21	84	0	72	5	0	46	48	1.25
12557296--12557454	7	22.9	7	70	16	64	14	0	44	40	1.50
12557405--12557437	8	4.2	8	88	3	50	15	0	33	51	1.43
12557405--12557461	14	4.0	14	80	11	62	19	0	38	42	1.51
12557992--12558027	16	2.2	16	90	0	54	69	2	5	22	1.22
12558323--12558371	23	2.1	23	88	0	71	34	38	2	24	1.67
12558833--12558892	22	2.7	23	71	19	56	25	8	15	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12559057--12559083	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
12560229--12560338	27	4.5	25	67	23	58	38	7	3	50	1.48
12560257--12560356	21	4.2	24	67	23	77	39	7	2	52	1.40
12560210--12560532	69	4.6	70	94	1	494	40	5	4	48	1.47
12560210--12560532	139	2.3	139	89	4	492	40	5	4	48	1.47
12560764--12561231	16	27.9	16	65	18	122	44	16	4	35	1.66
12560885--12561233	9	39.3	9	65	21	87	43	16	4	35	1.67
12560937--12560993	20	2.8	21	78	7	64	50	15	1	31	1.54
12560711--12561217	262	1.9	266	94	2	896	43	16	4	35	1.67
12560938--12561201	119	2.2	118	96	1	483	44	15	4	35	1.66
12561147--12561233	25	3.5	25	80	12	97	42	19	3	34	1.68
12561147--12561231	34	2.6	34	86	3	111	43	18	3	34	1.68
12567111--12567212	44	2.3	43	77	1	105	26	15	26	31	1.96
12567132--12567340	43	4.9	42	71	7	143	24	18	26	30	1.98
12568813--12568854	21	2.0	21	100	0	84	33	28	19	19	1.96
12569321--12569361	20	2.0	20	95	0	73	36	26	17	19	1.94
12570432--12570468	11	3.4	11	96	0	65	29	43	8	18	1.79
12574843--12575273	27	16.0	27	84	3	485	44	19	17	17	1.87
12580986--12581286	27	11.1	27	76	6	243	46	16	18	18	1.85
12580995--12581286	81	3.6	81	82	4	320	45	16	18	18	1.85
12593815--12593854	21	1.9	21	85	10	55	27	15	5	52	1.63
12601434--12601459	12	2.2	12	100	0	52	15	19	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12604436--12604479	21	2.0	21	82	4	52	29	11	20	38	1.87
12604672--12604715	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
12605294--12605419	40	3.2	39	83	5	155	34	17	18	29	1.94
12605307--12605426	40	3.0	40	85	3	163	34	17	18	30	1.94
12631952--12632106	43	3.7	43	77	10	174	23	17	27	31	1.97
12659819--12659862	24	1.9	23	86	9	63	45	6	4	43	1.51
12666689--12666754	28	2.4	28	94	0	114	39	10	1	48	1.47
12667042--12667105	28	2.4	28	89	5	96	40	10	1	46	1.48
12667744--12667802	19	3.2	19	82	4	84	40	10	0	49	1.37
12668017--12668081	19	3.5	18	78	14	78	50	1	9	38	1.44
12668390--12668466	27	2.9	27	98	0	145	19	32	23	24	1.97
12673299--12673328	10	3.0	10	100	0	60	40	20	0	40	1.52
12675095--12675150	18	3.1	18	80	15	62	60	1	0	37	1.07
12675564--12675729	86	1.9	86	83	3	217	42	10	13	34	1.78
12676086--12676134	17	2.8	18	81	12	57	59	0	0	40	0.98
12691540--12691569	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
12691539--12691611	17	4.3	17	74	23	57	61	0	0	38	0.96
12691552--12691608	27	2.1	27	80	6	62	64	0	0	35	0.93
12692339--12692387	23	2.1	23	84	3	62	59	0	6	34	1.22
12694289--12694476	61	3.1	61	73	8	157	30	1	28	39	1.64
12700301--12700342	17	2.3	18	80	8	50	38	7	14	40	1.73
12703868--12703921	10	5.6	9	78	12	54	33	1	1	62	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12704075--12704111	15	2.5	15	87	12	58	64	2	0	32	1.07
12706705--12706788	41	2.0	41	100	0	168	34	14	20	30	1.92
12707973--12708033	15	4.1	15	80	0	59	59	3	6	31	1.39
12708118--12708147	15	2.0	15	93	0	51	60	3	6	30	1.39
12708887--12708936	20	2.5	20	83	3	64	58	4	2	36	1.29
12712052--12712127	25	3.0	25	79	9	82	40	18	15	25	1.90
12712079--12712158	26	3.0	27	78	8	85	40	22	16	21	1.91
12712116--12712178	27	2.4	27	83	2	83	39	26	15	17	1.90
12721461--12721525	25	2.6	25	79	16	71	64	0	1	33	1.03
12721460--12721530	18	3.9	18	72	7	63	63	0	1	35	1.03
12725573--12725599	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
12726029--12726068	18	2.1	20	90	9	66	47	0	0	52	1.00
12729923--12730044	23	5.1	25	78	11	96	41	20	15	22	1.89
12729938--12730046	23	4.7	23	81	8	112	41	22	16	20	1.90
12729935--12730063	48	2.8	46	83	4	134	41	21	17	19	1.90
12729955--12730062	23	4.6	23	78	8	110	42	22	18	16	1.89
12740284--12740328	23	2.0	23	82	8	56	51	6	4	37	1.49
12740355--12740387	3	11.0	3	87	12	50	69	0	0	30	0.88
12740359--12740386	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
12740867--12740920	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
12740844--12740920	38	1.9	41	87	10	115	40	16	7	35	1.78
12750792--12750824	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12753241--12753309	29	2.4	29	80	14	72	26	2	11	59	1.46
12753426--12753463	20	1.9	20	88	0	58	57	0	2	39	1.12
12753420--12753469	19	2.7	20	75	9	52	64	0	2	34	1.05
12754859--12754891	17	1.9	18	88	11	52	66	0	0	33	0.92
12755366--12755398	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
12760676--12760713	3	12.7	3	83	10	51	63	2	0	34	1.09
12760846--12760907	30	2.2	28	82	8	72	45	3	0	51	1.17
12763638--12763707	11	6.6	11	76	17	60	61	0	2	35	1.11
12763628--12763722	40	2.4	40	91	5	149	67	0	2	30	1.02
12763689--12763734	17	2.7	17	79	0	56	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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