genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18709564--18709638	5	14.6	5	73	15	55	18	20	0	61	1.35
18709561--18709598	18	2.1	18	95	0	67	15	13	0	71	1.16
18709557--18709606	23	2.2	23	85	7	66	16	12	0	72	1.13
18709725--18709977	53	4.8	53	96	0	470	27	11	1	59	1.41
18709725--18709977	107	2.4	107	97	0	472	27	11	1	59	1.41
18712336--18712680	51	6.8	50	81	10	324	22	23	22	31	1.99
18712482--18712680	56	3.7	55	79	11	234	21	24	22	32	1.98
18713312--18713377	33	2.0	34	84	3	89	51	4	1	42	1.31
18717760--18717792	15	2.3	15	89	5	50	27	0	30	42	1.56
18722971--18723068	42	2.3	42	85	1	124	33	29	13	23	1.93
18728399--18728478	40	2.0	40	97	0	151	30	17	11	41	1.84
18729288--18729331	19	2.2	20	84	4	54	65	4	2	27	1.23
18731811--18731853	21	2.1	20	82	4	50	39	11	13	34	1.82
18735331--18736839	752	2.0	752	99	0	3009	25	14	24	34	1.94
18738098--18738131	15	2.2	16	89	5	52	0	23	0	76	0.79
18742394--18742437	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
18742482--18742570	45	2.0	45	88	0	133	33	21	17	26	1.96
18742577--18742658	26	3.2	26	65	22	73	31	30	13	24	1.93
18742581--18742716	50	2.7	52	87	5	206	29	29	16	25	1.96
18755089--18755139	17	3.1	16	77	8	57	0	27	0	72	0.85
18755091--18755137	16	2.8	17	83	3	60	0	25	0	74	0.82
18757791--18757823	16	2.1	16	94	0	57	27	33	6	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18759730--18759769	18	2.2	19	86	4	55	17	15	2	65	1.39
18766816--18766868	27	2.0	27	96	0	97	32	3	26	37	1.74
18771817--18771860	14	3.1	14	90	0	70	4	25	20	50	1.67
18771930--18771986	25	2.4	24	88	11	82	0	24	21	54	1.45
18772804--18772987	77	2.4	77	99	0	361	36	15	11	35	1.84
18773967--18774032	18	3.7	18	95	0	114	34	15	12	37	1.84
18774457--18774627	72	2.4	72	87	4	249	25	5	12	56	1.58
18776006--18776045	21	1.9	21	85	10	55	32	10	35	22	1.87
18777037--18777103	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
18789372--18789412	22	1.9	21	85	14	57	21	0	7	70	1.11
18794747--18794841	30	3.2	29	79	18	106	27	15	23	33	1.95
18794765--18794841	29	2.6	30	91	2	120	24	16	24	33	1.96
18796956--18796980	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
18796962--18797020	28	2.1	28	83	3	73	61	3	3	32	1.29
18799533--18799586	28	2.0	28	82	10	67	35	27	22	14	1.93
18801461--18801510	20	2.5	20	83	0	73	18	40	20	22	1.92
18803083--18803115	15	2.3	15	94	5	59	51	6	3	39	1.42
18803335--18803529	57	3.6	54	85	5	229	22	17	14	45	1.84
18803385--18803529	54	2.9	49	81	9	182	22	17	13	46	1.83
18806282--18806324	21	2.0	23	81	9	54	34	11	9	44	1.73
18813774--18814035	66	4.0	66	89	0	389	40	21	11	25	1.88
18818510--18818647	66	2.1	63	85	4	177	20	12	25	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18820493--18821345	432	2.0	431	92	0	1411	31	15	22	30	1.95
18823509--18823567	14	3.4	19	69	26	67	15	16	0	67	1.23
18823503--18823566	32	2.0	32	93	3	112	14	18	0	67	1.24
18824761--18824785	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
18835842--18836157	108	2.9	108	88	3	456	35	19	15	28	1.93
18838472--18838693	44	5.1	43	71	14	152	27	20	19	32	1.97
18838467--18838704	129	1.8	129	86	1	343	27	20	19	32	1.97
18838684--18839271	50	11.8	49	68	5	259	25	21	21	32	1.98
18838684--18839273	100	5.9	99	83	2	671	25	21	21	32	1.98
18839259--18839894	132	4.8	132	90	0	925	27	22	17	32	1.96
18839892--18840474	89	6.6	89	87	1	796	22	23	22	30	1.99
18839892--18840455	267	2.1	267	90	1	889	22	23	23	30	1.99
18841733--18841796	10	6.6	10	75	21	57	0	21	0	78	0.76
18841733--18841772	6	7.0	6	78	21	50	0	20	0	80	0.72
18841737--18841799	13	4.8	13	78	18	60	0	20	0	79	0.73
18841736--18841769	17	1.9	18	94	5	61	0	20	0	79	0.73
18841736--18841799	23	2.7	24	86	11	80	0	20	0	79	0.73
18841733--18841799	11	5.7	11	79	19	57	0	20	0	79	0.74
18842159--18842213	16	3.5	15	82	7	65	7	0	5	87	0.68
18842158--18842212	11	4.8	11	80	14	67	7	0	5	87	0.68
18842157--18842211	27	2.0	28	89	3	85	7	0	7	85	0.74
18844752--18845072	108	3.0	106	80	5	365	35	17	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18853607--18853684	33	2.4	33	85	10	106	33	16	24	25	1.96
18853471--18853687	101	2.1	101	87	0	317	31	16	24	27	1.96
18853503--18853730	101	2.3	101	82	3	264	32	15	23	27	1.95
18856992--18857097	42	2.6	41	82	4	133	37	17	14	30	1.90
18857465--18857527	32	2.0	32	81	6	74	49	6	4	39	1.49
18866497--18866526	15	2.0	15	100	0	60	0	13	20	66	1.24
18877665--18877949	152	1.9	152	85	1	401	27	11	22	38	1.88
18879883--18879922	15	2.7	14	84	7	53	57	5	0	37	1.21
18879990--18880042	18	2.9	18	86	8	72	50	0	1	47	1.12
18880083--18880132	17	3.2	16	78	13	59	46	8	2	44	1.44
18894184--18894271	43	2.0	43	97	0	167	31	6	19	42	1.77
18900705--18900762	23	2.5	23	75	8	55	62	5	8	24	1.45
18902176--18902226	25	2.0	25	85	7	68	11	1	13	72	1.20
18902467--18903015	44	12.6	44	74	12	239	27	23	18	30	1.98
18902471--18902921	217	2.1	217	89	0	679	27	23	18	29	1.98
18902635--18903067	89	4.9	88	79	7	362	27	23	18	30	1.97
18902605--18903067	44	10.5	44	79	6	377	27	22	18	30	1.97
18911336--18911495	82	2.0	82	97	0	302	38	23	11	26	1.89
18915046--18915095	26	1.9	27	84	15	70	72	4	2	22	1.12
18915078--18915106	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
18915354--18915412	23	2.5	23	83	8	66	66	5	5	23	1.32
18916391--18916435	23	2.0	23	86	8	65	11	2	13	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18930700--18930737	18	2.2	18	90	9	62	26	7	5	60	1.46
18931225--18931266	21	2.0	21	90	0	66	30	11	0	57	1.35
18931623--18931648	10	2.6	10	100	0	52	7	0	0	92	0.39
18933699--18933733	6	5.8	6	100	0	70	0	68	0	31	0.90
18937244--18937536	120	2.4	120	94	2	500	41	3	4	50	1.39
18937369--18937410	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
18937498--18937539	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
18937489--18937530	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
18937473--18937789	157	2.0	157	94	1	555	47	5	3	43	1.41
18937841--18937931	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
18937912--18937980	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
18937912--18937980	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
18938504--18938535	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
18940135--18940797	115	5.8	113	87	6	891	37	14	16	30	1.89
18942696--18943916	115	10.5	116	80	11	1233	28	16	14	40	1.87
18943043--18943251	110	1.9	109	89	3	323	23	17	14	44	1.85
18942979--18943912	114	8.1	116	79	10	866	29	15	14	40	1.87
18943323--18943354	11	2.6	13	90	9	50	9	3	3	84	0.84
18946040--18946089	21	2.4	21	89	0	73	38	8	24	30	1.84
18947819--18947894	21	3.5	22	83	3	93	2	34	15	47	1.60
18949950--18950026	13	5.6	13	74	17	75	37	2	46	12	1.56
18949950--18949983	7	5.1	7	86	13	54	41	0	44	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18949955--18950042	43	2.1	41	93	4	149	35	4	48	11	1.59
18950095--18950677	30	19.5	30	93	2	1005	52	0	10	37	1.38
18954237--18954285	21	2.3	21	92	0	80	32	34	8	24	1.85
18958359--18958421	10	6.3	10	75	17	60	58	0	4	36	1.19
18958372--18958405	11	3.2	11	87	8	52	58	0	0	41	0.98
18958369--18958421	21	2.7	19	82	5	61	58	0	3	37	1.16
18959512--18959548	16	2.3	16	85	0	56	13	0	24	62	1.31
18963625--18963649	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
18965098--18965137	15	2.7	15	88	0	62	22	37	30	10	1.87
18970352--18970398	6	7.3	6	81	13	58	34	4	0	61	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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