genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28002263--28002609	157	2.2	154	80	7	333	46	4	3	44	1.41
28002621--28002857	92	2.6	91	79	9	225	48	3	3	45	1.36
28005776--28005825	26	2.0	25	92	4	82	68	14	2	16	1.31
28009017--28009043	7	3.9	7	100	0	54	85	14	0	0	0.61
28015807--28015847	10	4.2	10	82	14	50	51	7	0	41	1.30
28018419--28018470	22	2.4	22	80	0	59	34	26	17	21	1.95
28022208--28022236	14	2.0	15	93	6	51	20	3	6	68	1.27
28034158--28034339	42	4.3	42	79	10	178	34	25	16	23	1.95
28034188--28034342	85	1.8	84	84	1	211	33	25	16	23	1.96
28052563--28052645	40	2.1	40	86	0	112	42	8	21	27	1.82
28055194--28055228	14	2.6	14	90	4	54	54	14	2	28	1.54
28067144--28067302	82	1.9	82	93	0	273	32	23	16	27	1.96
28068769--28068806	17	2.2	17	86	9	51	47	0	7	44	1.32
28076038--28076098	29	2.1	29	87	0	86	29	27	8	34	1.86
28076574--28076614	16	2.5	17	92	4	66	41	0	2	56	1.13
28081915--28081957	4	10.8	4	100	0	86	25	0	23	51	1.49
28083705--28083964	100	2.6	100	86	0	349	25	20	20	33	1.97
28083713--28084011	50	6.0	50	72	5	201	25	20	21	32	1.97
28083705--28083999	100	2.9	99	79	5	315	26	19	21	32	1.97
28084005--28084164	44	3.6	43	84	6	162	30	24	17	28	1.97
28086306--28086358	6	9.2	6	87	4	74	0	16	0	83	0.66
28086377--28086425	23	2.2	22	85	3	62	16	8	4	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28087526--28087586	25	2.5	24	79	10	61	57	6	14	21	1.60
28089293--28089404	40	2.7	41	72	9	111	36	4	10	48	1.58
28091625--28092214	295	2.0	295	94	0	1029	27	20	28	24	1.99
28094849--28095260	159	2.6	155	72	14	394	30	12	7	50	1.67
28094995--28095521	264	2.0	262	94	2	932	30	12	7	50	1.66
28095947--28096072	10	12.6	10	72	23	81	0	29	0	69	1.00
28095924--28096072	38	3.8	39	80	15	164	0	29	0	69	0.98
28095918--28096070	44	3.4	44	80	12	159	0	28	0	69	0.97
28095936--28096071	28	4.9	28	70	26	85	0	29	0	69	0.99
28095885--28096086	82	2.5	80	78	13	220	0	32	0	66	1.00
28102850--28103193	171	2.0	173	90	4	541	33	18	17	30	1.94
28103338--28103376	20	2.0	20	95	5	71	25	5	5	64	1.35
28111841--28111887	25	2.0	24	87	8	69	12	23	21	42	1.87
28123063--28123098	16	2.2	17	90	5	56	38	5	5	50	1.49
28125487--28125528	17	2.4	18	88	4	59	45	0	0	54	0.99
28127942--28127982	21	2.0	21	100	0	82	34	4	7	53	1.50
28133587--28133633	21	2.2	21	96	0	85	59	21	0	19	1.38
28134527--28134575	19	2.5	20	75	24	59	38	8	0	53	1.31
28136109--28136149	19	2.1	19	86	4	55	48	0	0	51	1.00
28136120--28136159	19	2.1	19	90	0	62	40	0	0	60	0.97
28137637--28137710	31	2.4	31	86	0	103	18	1	41	37	1.59
28138461--28138633	85	2.0	85	88	0	256	22	22	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28139274--28139324	5	10.2	5	75	8	50	37	5	17	39	1.74
28164665--28164706	20	2.0	22	86	9	61	45	0	9	45	1.36
28165276--28165310	4	9.0	4	87	6	54	51	2	0	45	1.16
28178129--28178154	11	2.4	11	100	0	52	42	19	0	38	1.51
28179403--28179427	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
28179673--28179725	27	2.0	27	81	7	63	64	1	1	32	1.15
28186251--28186303	21	2.6	21	77	16	67	37	3	5	52	1.43
28187809--28187846	12	3.2	12	88	0	58	31	10	15	42	1.81
28187811--28187845	18	1.9	18	100	0	70	34	5	17	42	1.73
28190891--28190929	18	2.2	18	86	4	53	43	10	25	20	1.83
28191561--28191633	29	2.5	29	81	2	74	54	0	4	41	1.19
28195971--28196044	17	4.4	17	73	0	58	32	10	14	41	1.81
28196890--28196930	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
28197076--28197108	17	2.0	16	94	5	57	30	21	6	42	1.77
28203336--28203432	50	1.9	50	83	8	126	30	13	4	51	1.59
28204114--28204204	47	1.9	47	90	0	146	23	15	18	42	1.88
28214143--28214180	15	2.5	15	86	0	58	76	0	5	18	0.97
28214800--28214922	45	2.7	44	77	7	131	21	21	25	31	1.98
28215276--28215671	44	9.0	45	79	6	400	29	25	15	28	1.96
28215276--28215666	132	3.0	132	91	1	615	29	25	15	28	1.96
28215302--28215669	87	4.2	86	79	6	393	30	25	16	27	1.96
28218289--28218458	40	4.3	40	89	0	225	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28218287--28218511	40	5.7	40	84	4	204	26	27	20	24	1.99
28218443--28218520	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
28221017--28221099	42	2.0	42	90	0	130	31	15	19	33	1.93
28233223--28233276	18	3.0	18	86	0	72	48	5	0	46	1.25
28238594--28238626	16	2.1	16	100	0	66	30	24	12	33	1.91
28244545--28244575	14	2.2	14	94	0	53	77	0	0	22	0.77
28249958--28249996	17	2.3	17	86	8	53	76	5	0	17	0.96
28253461--28253525	31	2.2	31	86	13	100	47	13	12	26	1.78
28253925--28254602	27	25.3	27	84	0	770	19	17	20	42	1.89
28254835--28254872	20	1.9	20	88	0	58	18	36	23	21	1.95
28257918--28257971	25	2.2	25	90	3	83	9	1	38	50	1.45
28262126--28262205	25	2.9	27	87	12	119	43	7	23	25	1.79
28262360--28262422	2	31.5	2	100	0	126	0	49	0	50	1.00
28266750--28266827	25	2.9	25	85	11	93	44	7	20	26	1.78
28266747--28266835	30	3.1	30	84	12	116	41	6	23	28	1.79
28266779--28266832	15	3.5	15	75	12	56	42	7	20	29	1.79
28275464--28275517	25	2.3	23	79	17	58	51	3	3	40	1.37
28277373--28277415	18	2.4	17	85	11	59	32	9	0	58	1.30
28277358--28277451	6	15.3	6	73	19	52	26	4	3	65	1.26
28277358--28277438	12	6.9	11	81	12	65	28	4	3	62	1.33
28277417--28277452	6	6.0	6	86	0	54	19	0	2	77	0.88
28282569--28282601	6	5.0	7	85	14	52	69	0	15	15	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28282569--28282601	13	2.5	13	100	0	66	69	0	15	15	1.19
28283976--28284937	44	22.3	44	74	10	582	30	19	21	27	1.98
28283806--28285001	170	7.0	170	90	2	1664	30	19	21	27	1.98
28284069--28284683	87	7.3	80	70	14	450	29	19	22	28	1.98
28284579--28284683	41	2.6	39	74	16	99	25	18	24	31	1.97
28283847--28284989	90	13.3	86	71	12	717	30	19	21	27	1.98
28283849--28284989	44	26.6	43	72	13	411	30	19	21	27	1.98
28286552--28286642	3	29.7	3	70	18	55	29	4	3	62	1.30
28286564--28286635	12	6.1	11	78	16	65	31	5	2	59	1.35
28286945--28286982	17	2.3	16	83	16	51	15	2	7	73	1.17
28288027--28288051	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28289831--28289900	21	2.8	26	81	16	87	38	4	37	20	1.72
28289831--28289909	27	3.2	26	75	20	87	40	3	35	20	1.70
28290367--28290391	12	2.1	12	100	0	50	28	32	0	40	1.57
28292301--28292368	16	4.2	16	96	0	127	26	0	36	36	1.57
28292586--28292627	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28292595--28292636	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28292705--28292763	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
28292584--28293049	120	3.9	120	94	1	738	50	4	1	42	1.34
28292682--28292766	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
28292863--28293038	38	4.5	37	69	17	131	51	3	1	43	1.28
28292846--28292999	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28306569--28306720	41	3.7	41	79	3	180	19	19	26	34	1.96
28306890--28307450	41	13.7	41	86	0	735	21	19	29	29	1.98
28307744--28307797	7	7.6	7	77	4	54	20	0	29	50	1.49
28307686--28307851	14	11.9	14	67	14	74	20	1	31	45	1.62
28308099--28308136	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
28308137--28308196	22	2.8	22	82	2	68	25	0	45	30	1.54
28308148--28308221	22	3.4	22	81	7	80	28	0	36	35	1.58
28308594--28308635	14	3.2	13	80	9	50	33	2	4	59	1.31
28308696--28308740	14	3.2	14	80	0	54	22	0	28	48	1.50
28308764--28308800	15	2.6	14	86	4	56	21	0	32	45	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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