genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60246816--60246977	79	2.1	79	97	0	306	24	15	16	44	1.85
60247280--60247316	18	2.1	18	90	5	58	29	5	0	64	1.15
60253880--60254067	17	10.9	17	72	18	131	43	11	14	30	1.81
60253880--60254011	36	3.7	35	79	8	126	43	9	12	33	1.76
60253880--60254011	53	2.4	53	87	6	176	43	9	12	33	1.76
60254012--60254120	18	6.2	18	75	7	89	43	11	17	28	1.83
60254268--60254306	20	2.0	20	89	0	60	43	7	7	41	1.62
60254620--60254687	7	9.7	7	79	6	66	2	16	0	80	0.82
60254620--60254673	28	1.9	28	88	7	83	3	12	0	83	0.78
60255017--60255044	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
60255017--60255095	16	4.8	16	75	10	61	5	16	0	78	0.92
60255208--60255251	21	2.1	21	83	8	54	2	13	11	72	1.21
60255214--60255286	22	3.3	23	79	9	73	2	10	17	68	1.31
60255770--60255875	30	3.6	29	71	16	83	41	6	17	33	1.76
60256215--60256990	75	10.2	76	86	4	937	35	20	17	27	1.95
60258515--60258780	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
60265990--60266255	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
60278996--60279227	18	13.1	17	74	10	171	45	11	14	28	1.79
60278996--60279226	35	6.5	34	77	5	187	45	11	14	29	1.79
60279738--60279784	16	3.0	15	77	20	51	0	17	0	82	0.66
60279746--60279782	14	2.8	13	88	8	56	0	18	0	81	0.70
60280144--60280208	13	4.9	13	78	1	76	0	21	1	76	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60280152--60280217	26	2.4	27	80	5	71	0	24	1	74	0.91
60280144--60280204	31	1.9	33	86	6	90	0	22	1	75	0.89
60280128--60280208	8	9.5	8	78	12	56	2	17	1	79	0.92
60280322--60280365	19	2.2	20	84	11	56	2	13	11	72	1.21
60280349--60280402	22	2.3	24	84	9	76	3	9	18	68	1.32
60280336--60280401	19	3.3	18	75	19	51	3	10	15	71	1.26
60286207--60286233	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
60290022--60290074	21	2.5	21	84	6	72	30	28	15	26	1.96
60292627--60292702	9	8.4	9	79	5	91	40	21	10	27	1.86
60292805--60292848	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
60297967--60298006	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
60302166--60302198	6	5.5	6	96	0	57	12	0	3	84	0.72
60303223--60303292	27	2.5	28	81	6	88	34	1	0	64	1.03
60315696--60315767	34	2.1	35	87	5	103	22	15	0	62	1.32
60318628--60318683	29	1.9	29	88	0	85	21	1	19	57	1.50
60320820--60320854	6	5.8	6	100	0	70	51	17	0	31	1.45
60326003--60326054	25	2.0	27	85	11	72	30	1	3	63	1.23
60326773--60326804	16	2.0	16	100	0	64	50	6	25	18	1.70
60326919--60326980	19	3.0	21	71	23	60	46	1	3	48	1.28
60327610--60327648	20	1.9	20	84	5	51	41	2	0	56	1.13
60330761--60330824	32	2.0	32	96	0	119	40	9	17	32	1.81
60331045--60331239	21	9.3	21	69	4	133	46	17	20	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60331047--60331239	42	4.6	42	84	5	237	46	17	20	16	1.84
60337622--60337702	41	2.0	41	82	4	101	19	19	35	24	1.95
60337658--60337737	29	2.8	29	92	0	133	21	23	33	21	1.97
60337692--60337791	41	2.4	41	75	3	103	18	21	36	25	1.95
60338206--60338298	48	2.0	48	81	10	111	20	17	19	43	1.89
60339140--60339186	15	3.1	15	73	14	51	21	12	10	55	1.67
60339957--60339993	18	2.1	18	89	0	56	16	5	27	51	1.66
60340093--60340142	23	2.2	23	82	10	59	28	4	30	38	1.75
60341370--60341467	29	3.4	28	84	5	115	19	21	33	25	1.97
60341428--60341483	29	1.9	29	88	0	85	23	21	28	26	1.99
60342539--60342609	26	2.8	25	80	4	88	18	25	22	33	1.96
60344828--60345003	37	4.8	37	95	0	298	39	13	20	26	1.90
60344966--60345089	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
60348852--60348904	26	2.0	26	96	0	97	32	3	24	39	1.73
60349731--60349795	4	16.2	4	100	0	130	24	0	24	50	1.49
60352952--60353020	29	2.3	31	85	7	88	31	2	10	55	1.48
60355666--60355710	24	1.9	24	82	13	58	35	8	4	51	1.54
60356734--60356768	17	2.1	17	94	0	61	77	5	14	2	1.07
60358432--60358586	50	2.9	50	87	7	202	30	23	13	32	1.93
60358511--60358547	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
60358461--60358591	57	2.3	58	87	1	192	29	24	12	33	1.92
60360579--60360686	44	2.5	44	83	10	141	20	22	21	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60360578--60360680	23	4.7	22	85	5	122	20	22	21	35	1.96
60366076--60366116	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
60380907--60380950	22	2.0	23	90	4	72	34	0	15	50	1.45
60383885--60383937	25	2.1	25	85	0	70	54	1	3	39	1.29
60388001--60388056	27	2.1	27	100	0	112	37	3	25	33	1.73
60388705--60389058	91	3.9	91	89	1	523	47	1	5	46	1.33
60388710--60389037	44	7.3	43	67	19	154	46	1	5	47	1.32
60389193--60389222	15	1.9	16	93	6	53	40	3	6	50	1.45
60389215--60389250	18	2.1	17	90	10	56	36	2	0	61	1.11
60388969--60389374	106	3.8	106	72	15	379	44	2	4	48	1.35
60389340--60389418	27	3.4	22	68	21	63	45	1	2	50	1.23
60389588--60389639	16	3.2	16	83	0	68	25	26	3	44	1.71
60390794--60390843	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
60395434--60395483	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
60402218--60402260	18	2.3	19	88	11	63	62	0	9	27	1.25
60402231--60402275	21	2.1	21	84	12	56	66	0	4	28	1.11
60402232--60402272	15	2.6	17	82	17	54	65	0	4	29	1.13
60402729--60402761	11	2.9	12	91	8	52	51	0	48	0	1.00
60403544--60403654	53	2.1	53	96	0	204	38	14	21	25	1.91
60404237--60404460	73	3.0	72	82	12	276	32	20	20	26	1.97
60404308--60404606	162	1.8	161	83	6	397	33	21	18	26	1.96
60404750--60405104	147	2.4	148	84	5	468	34	19	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60404750--60405086	75	4.5	74	87	4	446	32	20	15	31	1.94
60405104--60405277	69	2.5	70	85	5	212	33	22	14	28	1.94
60417619--60417857	124	2.0	120	82	11	290	56	6	6	30	1.49
60418321--60418356	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
60418431--60418457	8	3.4	8	100	0	54	22	0	0	77	0.76
60419322--60419351	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
60431496--60431671	37	4.8	37	95	0	289	39	13	21	25	1.90
60431634--60431757	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
60436144--60436188	21	2.3	21	81	11	60	64	4	6	24	1.37
60437755--60437875	44	2.9	41	78	9	127	29	20	20	28	1.98
60437663--60438043	130	2.9	128	81	4	424	28	22	19	30	1.98
60438068--60438908	100	8.4	100	86	0	1070	24	20	22	32	1.98
60438068--60438908	201	4.2	200	86	0	1088	24	20	22	32	1.98
60438071--60438908	50	16.7	50	76	3	669	24	20	22	32	1.98
60438935--60439254	132	2.4	131	85	1	451	27	25	19	28	1.98
60440409--60440470	6	10.7	6	73	13	58	0	22	0	77	0.77
60440410--60440460	14	3.5	15	79	15	54	0	21	0	78	0.75
60440411--60440460	20	2.5	20	84	12	75	0	22	0	78	0.76
60440403--60440471	28	2.5	27	79	11	77	0	26	0	73	0.83
60440411--60440460	17	3.1	15	88	11	64	0	22	0	78	0.76
60440409--60440471	16	3.2	20	70	27	53	0	22	0	77	0.76
60441386--60441436	25	2.1	23	85	7	66	62	5	7	23	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60449048--60449086	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
60455164--60455392	103	2.3	99	79	6	219	34	15	22	27	1.95
60461554--60461594	11	3.6	12	80	12	59	26	29	0	43	1.55
60462072--60462102	16	1.9	16	93	0	53	58	3	3	35	1.31
60463806--60463835	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
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60470506--60470565	28	2.2	28	81	3	77	10	10	13	66	1.44
60472507--60472539	17	2.1	17	88	11	52	75	6	0	18	1.00
60472507--60472539	16	2.0	17	88	5	50	75	6	0	18	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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