genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16418649--16418699	23	2.1	26	85	10	72	37	0	3	58	1.16
16421284--16421562	50	5.5	50	77	7	224	28	19	27	24	1.98
16421327--16421570	50	4.9	50	80	2	233	28	20	28	22	1.98
16423445--16423485	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
16426584--16426623	15	2.4	17	88	12	57	7	17	2	72	1.19
16430806--16430871	30	2.2	30	94	0	114	24	27	13	34	1.93
16430864--16431053	30	6.4	30	79	7	156	20	25	13	41	1.88
16430834--16431024	89	2.1	90	80	2	215	21	24	13	40	1.89
16430792--16431083	119	2.5	119	83	2	354	21	25	14	39	1.91
16432602--16432826	42	5.3	42	85	2	263	26	21	18	34	1.96
16433381--16433431	21	2.4	21	83	0	66	3	49	15	31	1.63
16438927--16439091	9	19.2	9	76	14	161	35	0	20	43	1.57
16438927--16439091	25	6.4	27	79	12	161	35	0	20	43	1.57
16438931--16439093	84	1.9	86	85	7	226	34	0	21	42	1.58
16439258--16439535	9	32.1	9	63	22	62	30	2	20	46	1.63
16439463--16439500	16	2.4	16	91	8	60	26	0	26	47	1.52
16439477--16439535	25	2.4	25	91	0	91	30	0	22	47	1.51
16439472--16439507	16	2.2	16	90	0	54	30	0	22	47	1.52
16439582--16439653	22	3.3	22	75	13	69	33	0	13	52	1.41
16439569--16439735	19	8.9	18	67	24	55	36	0	13	49	1.46
16439603--16439748	31	4.6	32	68	13	104	35	0	14	49	1.49
16439555--16439802	96	2.6	96	94	1	428	36	2	14	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16439630--16439682	22	2.5	21	81	3	61	41	1	18	37	1.62
16439678--16439723	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
16439678--16439723	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
16439883--16440026	61	2.4	61	83	5	175	46	6	3	43	1.47
16439959--16439997	16	2.5	16	87	4	53	48	7	0	43	1.31
16439990--16440046	30	1.9	30	88	0	87	54	3	8	33	1.48
16441902--16441936	15	2.2	16	90	5	54	48	14	0	37	1.44
16442968--16443052	7	12.0	7	75	7	64	45	40	0	14	1.44
16443331--16443925	115	5.2	112	77	8	540	26	23	19	30	1.98
16443313--16443925	229	2.7	226	82	5	739	26	23	19	30	1.98
16443313--16443925	228	2.7	229	82	4	745	26	23	19	30	1.98
16443932--16444205	112	2.4	112	83	4	329	28	23	16	31	1.96
16446764--16446809	19	2.4	20	82	7	51	30	2	19	47	1.61
16446985--16447009	13	1.9	13	100	0	50	16	16	24	44	1.86
16448115--16448155	21	2.0	20	86	9	57	48	17	14	19	1.81
16452157--16452214	24	2.4	24	79	0	71	34	20	25	18	1.96
16463396--16463586	95	2.0	93	93	2	328	43	19	13	23	1.87
16466115--16466173	25	2.4	25	88	5	84	32	18	28	20	1.96
16468407--16468440	16	2.1	16	94	0	59	44	0	8	47	1.34
16468433--16468477	7	6.3	7	84	5	63	44	0	2	53	1.13
16470204--16470236	15	2.1	16	88	5	50	30	9	18	42	1.81
16491179--16491255	19	4.1	18	73	15	66	36	1	6	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16503764--16503805	15	2.8	15	79	10	50	54	0	9	35	1.33
16509456--16509495	19	2.0	20	85	4	55	32	15	5	47	1.66
16510796--16510853	20	2.7	22	81	7	75	60	3	0	36	1.14
16510883--16510925	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
16514030--16514067	16	2.4	16	90	0	58	47	5	5	42	1.48
16514228--16514331	52	2.0	52	94	0	181	26	25	11	35	1.90
16514511--16514541	15	2.1	15	100	0	62	45	12	0	41	1.42
16514737--16514762	9	2.9	9	100	0	52	11	34	19	34	1.88
16516986--16517081	45	2.1	45	92	3	158	36	12	13	37	1.83
16518519--16518550	10	3.2	10	90	0	55	53	0	6	40	1.26
16520073--16520160	43	2.0	43	100	0	176	30	18	15	35	1.92
16533188--16533259	29	2.5	29	80	8	76	30	8	4	56	1.48
16539574--16539611	19	2.0	19	90	10	60	47	0	2	50	1.15
16540664--16540702	18	2.2	17	86	13	53	38	0	5	56	1.22
16541029--16541110	32	2.6	31	74	16	78	65	3	2	28	1.22
16541249--16541294	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
16542295--16542327	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
16545048--16545092	21	2.1	21	88	8	65	37	48	8	4	1.55
16545945--16546461	124	4.1	126	85	4	692	28	16	17	37	1.92
16546702--16546740	15	2.7	15	88	4	53	56	33	0	10	1.33
16546632--16546726	42	2.2	43	83	7	131	48	28	1	22	1.57
16547167--16547224	16	3.6	16	73	17	57	53	0	18	27	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16547198--16547233	16	2.2	16	90	0	54	58	2	8	30	1.42
16549867--16550249	192	2.0	192	97	0	721	34	15	12	37	1.85
16552436--16552529	19	4.8	19	92	5	161	37	11	15	35	1.85
16552436--16552536	40	2.7	38	89	8	161	37	10	15	35	1.83
16553245--16553291	14	3.3	14	80	14	51	31	2	2	63	1.18
16553699--16553739	19	2.1	20	86	4	57	31	4	9	53	1.55
16553980--16554174	98	2.0	98	93	0	336	28	9	25	36	1.88
16563610--16563697	14	6.3	14	76	5	70	32	17	15	34	1.91
16563612--16563691	28	2.9	28	75	0	79	35	13	15	36	1.86
16569818--16569986	85	2.0	86	86	1	241	31	21	18	28	1.97
16572753--16572786	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
16572802--16572877	36	2.1	36	95	4	136	38	6	19	35	1.78
16572948--16572982	16	2.1	17	89	10	54	62	2	0	34	1.10
16573472--16573523	27	2.0	27	85	11	72	57	9	0	32	1.31
16584157--16584225	26	2.8	26	80	12	74	28	17	27	26	1.97
16587162--16587204	18	2.4	18	84	0	59	48	16	6	27	1.71
16587409--16587441	17	2.1	16	88	11	50	51	6	3	39	1.42
16588946--16589012	32	2.1	31	83	8	82	40	5	0	53	1.25
16589238--16589299	31	2.0	31	83	0	79	38	14	8	38	1.76
16604704--16604736	14	2.3	15	89	5	50	72	3	0	24	0.98
16604665--16604743	22	3.4	23	79	11	81	73	2	0	24	0.96
16619672--16619720	19	2.5	19	77	9	55	32	0	2	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16627625--16627652	14	2.0	14	100	0	56	0	28	21	50	1.49
16627695--16627729	11	3.2	11	87	0	52	2	22	25	48	1.64
16630025--16630072	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
16630495--16630665	72	2.4	72	88	4	258	25	5	13	55	1.59
16640011--16640036	9	2.9	9	100	0	52	57	7	11	23	1.59
16642980--16643033	17	3.2	17	86	0	72	29	33	22	14	1.94
16644803--16644879	38	2.0	38	97	0	145	44	20	16	18	1.87
16648801--16648856	23	2.4	23	85	14	71	53	0	35	10	1.36
16648965--16649505	268	2.0	267	90	2	845	40	7	8	43	1.63
16649429--16649480	24	2.2	24	85	0	68	34	1	5	57	1.33
16656267--16656307	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
16665568--16665619	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
16670740--16670782	23	1.9	22	90	4	68	46	0	2	51	1.13
16671346--16671417	31	2.4	30	79	4	81	43	11	12	33	1.78
16671395--16671459	31	2.3	27	77	15	67	41	13	7	36	1.74
16671516--16671570	22	2.6	21	75	18	60	63	0	0	36	0.95
16671527--16671569	22	1.9	23	86	13	63	62	0	0	37	0.95
16671536--16671581	14	3.2	16	80	20	57	65	0	0	34	0.93
16675177--16675237	18	3.3	18	77	8	68	37	9	1	50	1.45
16675181--16675241	20	3.2	20	81	9	74	39	9	1	49	1.46
16681191--16681279	47	1.9	46	88	2	133	44	19	23	12	1.84
16682571--16683878	91	14.5	89	87	4	1158	30	19	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16682749--16683452	139	5.1	138	81	5	669	31	21	24	22	1.98
16682661--16683359	230	3.1	230	95	1	1262	31	20	24	23	1.98
16682570--16683527	321	3.0	319	85	4	1290	31	20	24	23	1.98
16682601--16683835	44	27.3	44	71	8	682	31	19	24	24	1.98
16687691--16687725	6	5.5	6	93	6	52	14	14	14	57	1.66
16687691--16687726	7	5.4	7	96	3	58	13	13	13	58	1.64
16688507--16688532	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
16690467--16690507	20	2.0	20	90	9	66	14	14	4	65	1.42
16691457--16691500	7	6.3	7	82	17	56	65	0	18	15	1.27
16691457--16691500	21	2.1	21	87	8	63	65	0	18	15	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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