genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5759004--5759098	39	2.4	39	83	11	106	61	4	15	18	1.50
5759193--5759225	16	2.1	16	94	0	57	51	0	21	27	1.48
5759228--5759307	42	1.9	42	81	0	97	62	5	13	18	1.49
5758892--5759372	118	4.1	116	72	15	326	56	7	16	19	1.63
5758816--5759393	20	29.2	20	66	17	149	55	7	17	19	1.64
5762018--5762085	20	3.4	19	69	18	57	55	11	5	26	1.58
5767555--5767611	15	3.8	15	76	13	55	36	1	0	61	1.07
5769334--5769439	21	5.0	21	68	4	61	18	21	17	41	1.90
5769338--5769456	42	2.8	40	80	8	139	18	23	17	40	1.91
5775136--5775169	17	2.0	17	100	0	68	52	5	0	41	1.25
5775289--5775315	13	2.1	13	100	0	54	29	14	7	48	1.71
5775558--5775599	11	3.5	12	80	9	50	45	0	2	52	1.13
5787075--5787126	19	2.7	19	80	11	70	19	21	28	30	1.97
5789155--5789265	31	3.6	31	79	2	107	25	16	27	30	1.96
5789208--5789273	31	2.1	31	91	0	105	25	16	28	28	1.97
5797721--5797794	36	2.1	36	97	0	139	45	14	5	33	1.68
5809423--5809468	19	2.6	18	83	12	60	41	13	0	45	1.43
5819917--5820004	44	2.0	44	97	0	167	19	20	19	40	1.91
5824052--5824085	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
5829322--5829368	14	3.5	14	72	21	55	53	0	12	34	1.39
5831824--5831857	16	2.1	16	94	0	59	11	17	0	70	1.16
5835439--5835473	16	2.2	16	90	5	54	28	2	0	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5839000--5839027	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
5843618--5843655	18	2.1	18	100	0	76	52	36	5	5	1.47
5848670--5848755	45	1.9	45	87	0	127	43	11	20	24	1.85
5854051--5854138	46	2.0	43	86	6	122	38	21	20	19	1.93
5854050--5854139	23	4.0	23	80	7	105	37	21	20	21	1.94
5856986--5857033	10	4.9	10	76	2	53	66	2	6	25	1.26
5863161--5863218	29	2.0	29	100	0	116	24	0	24	51	1.48
5863491--5863572	29	2.8	29	86	1	119	20	32	26	19	1.97
5864840--5864882	21	2.0	21	86	0	59	41	27	25	4	1.75
5867028--5867135	3	36.0	3	89	0	99	33	10	0	55	1.40
5885491--5885813	46	7.0	46	92	0	513	34	8	26	30	1.87
5886221--5886279	30	2.0	30	100	0	118	61	15	3	20	1.48
5893301--5893399	46	2.2	46	90	0	162	33	21	18	27	1.96
5897892--5897999	40	2.7	40	82	5	128	31	22	24	22	1.98
5898302--5898676	7	52.7	7	69	10	109	20	2	32	43	1.67
5898367--5898486	22	5.5	22	76	7	111	19	5	36	38	1.76
5898411--5898445	15	2.4	15	90	4	54	28	0	28	42	1.56
5898477--5898520	20	2.1	21	87	4	63	18	0	31	50	1.47
5898558--5898612	20	2.6	22	83	11	71	20	0	32	47	1.50
5898598--5898677	22	3.6	22	76	5	72	20	3	36	40	1.70
5898623--5898672	15	3.4	14	80	5	55	16	4	42	38	1.66
5898876--5899206	103	3.1	103	78	10	383	26	13	20	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5898979--5899232	116	2.2	115	89	0	373	25	14	20	38	1.91
5899129--5899267	74	1.9	75	90	1	226	23	12	19	43	1.86
5899385--5899507	23	5.4	22	70	16	72	20	35	1	42	1.62
5899385--5899508	46	2.7	46	84	0	167	20	35	1	41	1.62
5899617--5899650	12	2.8	12	95	4	59	5	8	26	58	1.51
5901483--5901547	34	1.9	34	87	0	94	35	3	0	61	1.12
5901509--5901577	27	2.5	27	81	13	86	40	1	0	57	1.07
5901672--5901705	9	3.8	9	85	14	52	52	26	0	20	1.46
5901671--5901706	18	2.0	18	100	0	72	50	27	0	22	1.50
5901684--5901867	43	4.3	45	76	16	131	46	17	2	33	1.61
5901716--5901867	43	3.6	43	80	8	188	46	17	2	34	1.62
5901738--5901867	39	3.4	37	78	13	122	46	16	3	33	1.63
5901691--5901867	82	2.2	81	87	3	257	46	17	2	33	1.61
5907361--5907410	21	2.4	21	100	0	100	40	18	42	0	1.50
5907721--5907883	43	3.8	42	84	3	218	27	21	22	28	1.99
5907722--5907881	86	1.9	86	93	2	277	28	21	21	28	1.99
5909283--5909330	23	2.1	23	100	0	96	41	4	12	41	1.62
5911853--5911920	28	2.4	28	76	14	68	38	14	0	47	1.45
5912167--5912195	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
5912347--5912385	18	2.1	18	85	4	51	23	2	2	71	1.10
5924313--5924364	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
5924251--5924480	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5924261--5924448	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
5924442--5924483	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
5924433--5924474	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
5924609--5924718	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
5924699--5924766	16	4.2	16	92	0	109	35	35	0	29	1.58
5929048--5929087	20	2.0	20	85	0	53	27	2	2	67	1.16
5943655--5943727	38	1.9	38	94	5	130	28	12	20	38	1.89
5950250--5950291	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
5950442--5950466	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
5956352--5956390	12	3.2	12	92	3	60	66	7	0	25	1.18
5956352--5956390	13	3.1	13	88	7	62	66	7	0	25	1.18
5956394--5956437	18	2.3	20	88	7	65	63	0	2	34	1.07
5964342--5964433	19	4.8	19	87	0	121	40	9	11	38	1.75
5965052--5965097	20	2.3	20	80	0	56	39	6	0	54	1.26
5964991--5965203	106	2.1	103	87	5	306	35	7	3	53	1.47
5964991--5965148	48	3.2	48	71	19	144	36	6	3	53	1.44
5965158--5965195	20	1.9	20	88	0	58	31	13	0	55	1.38
5972086--5972226	57	2.4	59	83	9	171	30	20	26	22	1.98
5974444--5974625	44	4.1	43	65	9	98	31	15	22	30	1.95
5974476--5974656	44	4.1	44	66	5	114	29	19	23	28	1.98
5974361--5975665	659	2.0	659	92	0	2200	28	18	23	29	1.98
5974361--5975650	132	9.8	132	93	0	2138	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5975977--5976068	19	4.8	19	86	0	130	40	9	13	36	1.77
5975984--5976075	38	2.5	38	91	3	152	41	8	13	36	1.75
5976047--5976091	23	2.0	23	86	4	65	40	4	15	40	1.67
5976059--5976101	22	1.9	23	85	4	61	34	4	13	46	1.65
5976669--5976711	16	2.5	17	81	7	52	34	6	4	53	1.49
5976640--5976803	48	3.2	48	70	21	145	35	6	4	53	1.47
5976705--5976750	20	2.3	20	84	0	65	36	8	0	54	1.32
5976688--5976848	52	3.1	51	76	13	193	34	9	3	52	1.52
5976686--5976854	54	3.2	53	74	18	190	34	8	4	52	1.52
5976640--5976854	104	2.1	104	94	0	376	34	7	4	53	1.49
5976809--5976846	20	1.9	20	88	0	58	31	13	0	55	1.38
5976692--5976851	48	3.2	48	71	16	160	34	9	4	51	1.54
6003459--6004026	142	4.0	142	90	0	841	29	21	16	32	1.95
6010972--6011053	18	5.0	17	66	26	52	48	3	0	47	1.19
6020859--6021486	69	9.1	69	78	0	563	38	18	23	20	1.93
6035353--6035614	135	1.9	135	87	3	386	35	13	13	37	1.84
6040891--6040935	6	7.5	6	94	0	63	0	62	0	37	0.96
6052169--6052285	51	2.3	51	95	2	209	27	23	14	35	1.93
6053849--6053944	23	4.2	23	85	5	122	32	29	16	21	1.96
6053849--6053944	46	2.1	46	88	0	138	32	29	16	21	1.96
6060625--6060687	2	31.5	2	100	0	126	0	49	0	50	1.00
6063077--6063253	6	29.5	6	80	2	140	32	7	0	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6063075--6063253	21	8.7	21	75	6	123	31	8	0	59	1.27
6063368--6063426	6	10.2	6	77	14	61	13	3	3	79	0.98
6063374--6063426	17	3.1	17	84	10	72	13	3	3	79	1.01
6064639--6064714	27	2.8	27	95	0	143	15	25	39	19	1.91
6064731--6064771	19	2.2	19	90	0	64	31	2	17	48	1.60
6064861--6064914	22	2.5	21	85	8	74	55	7	0	37	1.28
6064873--6064949	21	3.4	22	75	13	84	51	11	1	35	1.46
6064974--6065025	19	2.8	19	94	5	90	38	0	11	50	1.39
6065278--6065400	27	5.1	24	70	26	100	32	0	14	52	1.48
6065531--6065597	27	2.5	27	97	0	125	14	32	20	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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