genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24338918--24338977	24	2.5	24	94	2	104	45	23	3	28	1.69
24345563--24345621	24	2.3	25	82	11	75	54	13	15	16	1.72
24345575--24345621	24	2.0	24	91	0	76	53	14	14	17	1.74
24347595--24347659	13	5.5	13	72	20	61	49	10	0	40	1.38
24347594--24347666	23	3.2	22	90	5	119	49	9	0	41	1.35
24358885--24358991	29	3.7	29	79	3	117	41	18	14	25	1.89
24360338--24360362	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
24360526--24360619	9	10.4	9	87	0	116	44	24	7	23	1.79
24360526--24360619	27	3.5	27	89	0	134	44	24	7	23	1.79
24360726--24360769	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
24362384--24362450	25	2.6	25	88	2	98	59	0	2	37	1.13
24366290--24366344	27	2.0	27	96	0	101	40	14	14	30	1.86
24374027--24374075	18	2.8	18	79	14	66	34	8	0	57	1.29
24376962--24377000	17	2.2	18	90	4	62	28	25	0	46	1.53
24377726--24377831	8	13.4	8	84	11	123	79	9	0	11	0.94
24377718--24377831	17	7.1	17	73	18	111	79	8	0	11	0.92
24377718--24377825	9	12.6	8	80	10	92	80	8	0	11	0.90
24377835--24377886	22	2.5	20	81	12	61	76	0	21	1	0.87
24377843--24377880	16	2.4	15	87	12	58	84	0	15	0	0.63
24377844--24377882	11	3.5	11	82	10	53	82	0	17	0	0.68
24378691--24378723	9	3.9	9	84	15	52	75	0	12	12	1.04
24378691--24378723	16	2.1	16	100	0	66	75	0	12	12	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24379933--24381744	88	20.9	88	92	2	1969	28	22	24	24	1.99
24381511--24381734	43	5.2	43	63	16	138	30	23	20	24	1.99
24381768--24382464	44	15.8	44	68	13	274	31	18	21	28	1.97
24381853--24382375	87	5.9	88	71	11	321	30	19	21	27	1.98
24382213--24382528	129	2.4	129	91	0	506	29	19	22	29	1.98
24382567--24382665	44	2.3	44	81	8	114	30	27	22	20	1.98
24384162--24384210	18	2.8	18	79	14	66	34	8	0	57	1.29
24389075--24389147	19	3.7	19	70	17	60	39	5	5	49	1.49
24389084--24389160	38	2.0	39	87	2	111	38	7	5	48	1.55
24389098--24389231	20	6.9	20	69	19	88	43	8	3	44	1.52
24389200--24389233	10	3.4	10	83	0	50	44	5	0	50	1.26
24405329--24405374	24	2.0	24	91	4	76	69	6	0	23	1.11
24405345--24405385	17	2.4	17	92	8	66	65	9	0	24	1.22
24405732--24405789	26	2.2	27	87	3	82	29	3	0	67	1.07
24408387--24408415	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
24409016--24409175	45	3.4	44	80	14	194	41	20	18	19	1.90
24409016--24409175	51	3.2	49	84	10	204	41	20	18	19	1.90
24409110--24409136	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
24409379--24409464	40	2.2	40	83	6	104	39	19	6	33	1.79
24412609--24412634	9	2.9	9	100	0	52	46	23	23	7	1.78
24414924--24414966	20	2.2	20	100	0	86	41	23	16	18	1.89
24436565--24436615	24	2.1	24	82	7	59	0	15	17	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24438087--24438120	15	2.2	15	89	5	50	38	0	0	61	0.96
24438060--24438113	21	2.5	22	85	5	67	37	0	1	61	1.07
24438951--24439002	19	2.6	20	73	14	54	40	0	3	55	1.18
24456350--24456403	21	2.5	22	82	5	67	35	0	3	61	1.14
24465101--24465151	25	2.0	25	85	7	68	60	13	1	23	1.43
24465814--24465845	16	2.1	15	94	5	55	75	0	25	0	0.81
24466624--24466663	7	5.7	7	100	0	80	42	0	15	42	1.46
24467199--24467237	17	2.3	17	90	0	60	33	5	10	51	1.58
24467637--24467662	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
24472820--24472853	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
24472865--24472898	18	1.9	17	94	5	59	41	2	0	55	1.15
24475382--24475442	32	1.9	32	83	6	79	60	0	9	29	1.29
24476572--24476635	29	2.2	30	80	8	69	39	9	7	43	1.66
24483093--24483454	41	8.8	41	85	4	444	14	24	26	34	1.94
24485315--24485413	7	13.0	8	69	19	52	17	1	47	34	1.54
24488293--24488339	23	2.0	23	95	0	85	44	25	2	27	1.65
24488288--24488340	16	3.3	16	82	15	65	43	24	1	30	1.65
24488326--24488852	65	8.1	64	79	13	483	44	12	1	40	1.53
24488472--24488904	9	49.7	9	69	21	128	45	14	2	38	1.56
24488481--24488643	22	7.6	22	64	25	66	46	11	3	38	1.56
24488326--24488676	127	2.9	123	85	7	448	44	11	2	41	1.54
24488669--24488706	7	5.1	7	87	12	58	44	26	0	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24488664--24488724	16	3.8	16	83	16	90	44	24	0	31	1.54
24488664--24488724	23	2.5	24	89	10	97	44	24	0	31	1.54
24488428--24488852	34	12.7	34	75	14	368	45	12	2	40	1.53
24488840--24488902	16	3.8	16	85	8	90	44	23	1	30	1.63
24488906--24488962	26	2.2	25	84	3	69	47	15	3	33	1.63
24488940--24488973	16	2.1	16	88	0	50	52	14	0	32	1.42
24494488--24494552	21	3.1	21	75	0	67	36	18	40	4	1.71
24494539--24494592	21	2.6	21	93	0	90	35	14	46	3	1.63
24494889--24495139	43	5.9	42	75	7	139	24	18	27	29	1.98
24494931--24495152	86	2.6	86	79	7	236	23	18	28	28	1.98
24494931--24495151	43	5.1	43	76	6	162	23	18	28	28	1.98
24514353--24514383	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24514437--24514473	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
24514800--24514875	19	4.1	19	75	17	70	23	28	0	47	1.52
24514809--24514878	35	1.9	37	85	5	99	25	28	0	45	1.54
24516192--24516269	36	2.2	36	88	0	111	26	25	5	42	1.76
24523949--24524032	11	7.3	11	71	22	57	10	4	5	78	1.07
24523949--24524032	34	2.4	36	88	4	118	10	4	5	78	1.07
24523982--24524041	25	2.4	25	81	8	61	16	1	5	76	1.04
24523981--24524034	11	4.6	12	78	19	60	12	1	7	77	1.05
24524000--24524043	22	2.0	22	82	8	54	22	0	4	72	1.02
24524032--24524099	22	3.0	22	82	4	73	42	1	0	55	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24524178--24524216	13	2.7	15	80	15	55	43	0	0	56	0.99
24530552--24530627	30	2.6	29	79	4	91	26	19	26	27	1.99
24533446--24533491	22	2.1	22	84	4	58	8	13	2	76	1.11
24535609--24535646	19	2.0	19	90	10	60	36	0	10	52	1.36
24535638--24535681	22	1.9	24	86	9	65	52	4	4	38	1.42
24541626--24541713	40	2.2	40	83	4	115	32	21	22	22	1.98
24541685--24541858	66	2.4	72	83	9	198	32	16	24	26	1.96
24541984--24542044	7	8.6	7	76	3	50	19	1	29	49	1.58
24542070--24542121	21	2.5	21	80	0	59	17	0	32	50	1.47
24541984--24542122	14	9.9	14	72	9	68	20	0	28	51	1.53
24547929--24547973	22	2.2	20	84	8	54	73	0	4	22	1.01
24555736--24555862	43	3.1	43	72	17	144	25	14	28	30	1.95
24555749--24555819	35	2.0	35	88	0	106	29	18	26	25	1.98
24557272--24557706	110	4.0	109	91	3	671	33	18	17	31	1.94
24558346--24558381	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
24558458--24558486	12	2.3	13	94	5	51	82	3	0	13	0.79
24563002--24563026	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
24570902--24570961	26	2.4	24	78	10	66	38	15	3	43	1.63
24571065--24571103	16	2.4	16	83	12	53	30	7	0	61	1.24
24571466--24571507	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
24576543--24576585	21	2.0	21	100	0	86	20	13	27	37	1.91
24577145--24577184	11	3.3	13	76	20	50	35	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24577359--24577399	11	3.7	11	80	0	55	53	2	17	26	1.56
24587435--24587527	46	2.0	46	89	0	141	36	12	26	23	1.91
24592024--24592098	21	3.6	21	74	0	69	18	24	25	32	1.97
24596773--24597189	220	1.9	218	91	2	683	29	13	12	44	1.81
24597845--24597935	47	1.9	47	95	0	164	46	5	16	31	1.70
24607020--24607063	21	2.1	21	100	0	88	36	43	9	11	1.72
24608093--24608208	35	3.3	35	87	0	169	41	29	12	17	1.85
24610881--24610916	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
24611151--24611186	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
24610754--24611839	270	4.0	270	94	0	1886	37	15	5	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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