genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   

This is table  201  of  228  ( 27298 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59027625--59027682	4	14.8	4	78	10	50	72	1	3	22	1.09
59033942--59034003	25	2.5	25	97	0	115	29	9	19	41	1.83
59034207--59034269	32	2.0	32	96	0	117	39	12	9	38	1.76
59034263--59034312	26	1.9	26	91	4	75	56	0	0	44	0.99
59034385--59034562	65	2.8	64	95	1	329	52	7	10	29	1.63
59034556--59034672	56	2.1	56	95	0	207	45	7	11	35	1.68
59034778--59034881	49	2.1	49	87	0	145	30	8	9	50	1.65
59036359--59036398	18	2.2	18	86	8	55	47	0	0	52	1.00
59036355--59036455	44	2.4	41	78	13	109	38	0	1	59	1.09
59036266--59036482	110	2.0	108	86	7	307	43	0	4	51	1.27
59036266--59036520	110	2.3	108	83	10	304	43	1	3	52	1.26
59036601--59036709	44	2.6	41	78	17	123	36	31	3	28	1.75
59036612--59036704	44	2.1	46	91	4	154	36	30	4	29	1.77
59036620--59036718	46	2.2	44	85	7	128	40	31	5	23	1.76
59040199--59040248	21	2.4	22	83	12	61	24	4	14	58	1.53
59043705--59043771	29	2.3	30	89	7	111	47	4	1	46	1.31
59058037--59058074	19	2.0	20	85	10	53	55	2	0	42	1.14
59060933--59060981	9	5.4	9	85	0	71	28	10	20	40	1.85
59060933--59060981	18	2.7	18	90	0	80	28	10	20	40	1.85
59062058--59062207	17	8.7	17	75	16	114	46	12	11	30	1.76
59062089--59062215	17	7.3	17	77	14	118	47	11	10	30	1.73
59062089--59062269	35	5.1	35	76	9	127	45	11	11	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59062058--59062207	51	2.9	53	82	10	175	46	12	11	30	1.76
59062058--59062215	52	3.1	51	78	16	166	46	11	10	31	1.74
59062058--59062270	34	6.1	34	72	15	143	44	11	11	32	1.76
59062105--59062339	17	12.9	17	71	19	106	43	11	11	32	1.77
59062326--59062414	19	4.9	18	70	12	67	46	13	11	29	1.78
59062177--59062351	20	9.2	19	75	13	121	40	9	12	37	1.76
59062457--59062548	18	5.2	17	69	21	64	52	8	13	26	1.69
59062868--59062900	5	6.6	5	100	0	66	63	0	0	36	0.95
59063074--59063107	10	3.3	10	88	8	50	2	23	0	73	0.97
59063604--59063711	28	3.7	29	82	6	110	39	1	22	36	1.65
59065904--59065949	19	2.4	20	82	10	60	67	0	4	28	1.10
59067155--59067323	85	2.0	85	91	2	277	30	10	20	37	1.87
59069417--59069502	42	2.0	42	100	0	172	22	20	26	30	1.98
59075312--59075343	6	5.3	6	100	0	64	31	18	0	50	1.48
59076805--59076860	22	2.5	22	91	5	85	33	5	5	55	1.45
59077718--59077751	6	5.7	6	92	0	50	17	20	0	61	1.34
59077718--59077751	12	2.8	12	90	0	59	17	20	0	61	1.34
59080199--59080277	11	7.4	11	70	16	67	59	0	2	37	1.11
59080198--59080237	21	2.0	21	95	5	73	67	0	2	30	1.04
59080199--59080286	32	2.8	32	91	0	149	61	0	2	36	1.09
59080261--59080305	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
59080517--59080925	107	3.8	106	86	7	552	33	19	15	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59081113--59081138	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
59091208--59091261	22	2.3	24	84	6	67	29	18	7	44	1.77
59091416--59091459	19	2.5	17	82	10	54	50	13	0	36	1.42
59092047--59092097	23	2.2	24	82	10	61	23	9	7	58	1.56
59108733--59108865	62	2.1	62	81	8	146	44	11	11	33	1.76
59108703--59108843	31	4.5	31	68	9	81	43	10	10	34	1.74
59111807--59111831	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
59117345--59117392	20	2.4	19	79	6	51	60	0	10	29	1.30
59127844--59127888	23	1.9	24	81	4	56	40	0	2	57	1.11
59128173--59128218	24	1.9	24	86	8	67	41	10	0	47	1.38
59137706--59138062	158	2.3	159	90	1	549	34	14	31	19	1.92
59139981--59140014	17	2.0	17	88	0	50	26	2	8	61	1.40
59147755--59147922	89	1.9	87	87	2	246	31	7	16	45	1.74
59150996--59151036	7	5.6	7	91	8	64	41	0	0	58	0.98
59150992--59151043	22	2.4	21	81	12	70	36	0	0	63	0.95
59151138--59151171	17	1.9	18	94	5	61	64	8	0	26	1.22
59152603--59152670	33	2.1	33	94	0	118	26	19	13	41	1.88
59154195--59154223	9	3.2	9	100	0	58	20	10	0	68	1.18
59155311--59155346	18	2.0	18	100	0	72	50	11	5	33	1.61
59162967--59163881	44	20.8	44	75	7	813	29	26	16	27	1.97
59162956--59163869	132	6.9	132	93	0	1456	29	26	16	27	1.97
59192406--59192434	14	2.0	15	93	6	51	48	6	24	20	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59195525--59195575	26	2.0	25	88	7	77	52	9	3	33	1.53
59196083--59196179	31	3.4	31	64	24	84	48	4	3	44	1.37
59196073--59196191	55	2.1	56	96	1	222	47	3	5	43	1.44
59200708--59200853	21	7.0	21	79	0	157	15	23	17	43	1.88
59200710--59200841	42	3.1	42	85	0	183	15	23	17	43	1.86
59203474--59204110	213	3.0	212	95	1	1127	42	7	29	19	1.78
59208768--59208830	33	1.9	33	93	0	108	42	12	14	30	1.82
59211202--59211282	40	2.0	40	92	0	135	30	8	13	46	1.73
59211409--59211450	21	2.0	20	90	4	66	23	0	21	54	1.44
59214612--59214669	29	2.0	28	84	15	75	24	13	8	53	1.68
59223226--59223455	118	2.0	118	93	0	399	42	12	14	30	1.82
59223732--59223766	6	5.8	6	100	0	70	65	17	0	17	1.27
59223806--59223854	9	5.4	9	82	0	62	26	10	22	40	1.86
59223811--59223854	18	2.4	18	92	0	70	25	11	25	38	1.89
59224956--59225088	72	1.9	66	84	10	158	42	3	3	51	1.32
59226489--59226532	20	2.2	20	83	4	52	4	40	4	50	1.43
59226873--59226911	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
59227779--59227958	89	2.0	89	100	0	360	27	14	14	43	1.84
59236795--59236871	39	2.0	39	100	0	154	11	15	33	38	1.84
59238086--59238138	11	4.7	11	77	11	54	22	26	1	49	1.60
59246867--59246922	21	2.5	22	75	13	53	60	0	0	39	0.97
59247716--59247749	18	1.9	18	94	5	61	50	0	8	41	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59247716--59247751	19	1.9	18	88	5	54	52	0	8	38	1.32
59248169--59248229	23	2.6	23	80	10	70	54	6	0	39	1.27
59248463--59248504	21	2.0	21	90	0	66	33	19	2	45	1.63
59251369--59251407	21	2.0	19	85	14	53	51	5	23	20	1.67
59253916--59254093	27	6.6	27	78	7	146	28	27	16	27	1.97
59253937--59254092	82	1.9	81	84	6	208	27	27	17	27	1.98
59256344--59256505	80	2.0	80	98	0	315	43	8	22	25	1.81
59257426--59257523	11	8.9	11	67	18	53	53	4	2	40	1.32
59257429--59257521	37	2.8	31	77	19	105	53	4	2	39	1.32
59257829--59257866	19	2.0	19	94	0	67	23	21	7	47	1.77
59264932--59264957	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
59266729--59266768	14	2.9	15	82	14	50	55	15	7	22	1.65
59275385--59275494	25	4.4	25	74	4	87	21	28	17	32	1.96
59275408--59275506	25	4.0	25	72	7	76	23	28	17	31	1.97
59275436--59275519	25	3.4	24	78	3	87	23	29	20	26	1.99
59275435--59275536	50	2.1	49	85	5	134	24	27	19	28	1.99
59275451--59275551	49	2.0	50	81	5	116	26	26	18	27	1.98
59278618--59278652	18	2.0	18	94	5	63	22	17	17	42	1.88
59280175--59280201	9	3.0	9	100	0	54	22	11	22	44	1.84
59282540--59282650	54	2.1	54	100	0	222	15	10	54	19	1.70
59282634--59282751	6	18.7	6	80	10	101	5	0	72	22	1.05
59282626--59282758	21	6.5	21	79	5	146	6	0	69	24	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59282614--59282758	33	4.7	33	76	14	164	6	0	68	24	1.19
59282546--59282710	54	3.0	54	84	4	161	10	7	59	23	1.55
59283271--59283316	21	2.2	21	84	0	56	4	21	0	73	1.00
59283919--59283982	30	2.1	32	85	5	87	20	3	17	59	1.51
59296856--59296923	16	4.2	16	92	0	118	27	0	33	38	1.57
59297159--59297195	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
59297137--59297425	119	2.4	121	88	4	440	49	4	2	43	1.35
59306099--59306149	17	2.7	19	79	17	61	25	15	17	41	1.89
59308367--59308520	41	3.8	41	98	0	290	25	28	21	24	1.99
59310073--59310111	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228