genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61086134--61086167	12	2.8	12	90	0	50	2	20	47	29	1.65
61087750--61087779	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
61089937--61089980	20	2.1	22	87	8	65	40	0	4	54	1.21
61089997--61090034	20	1.9	20	89	10	60	21	2	0	76	0.91
61091124--61091187	27	2.4	27	78	5	67	32	21	26	18	1.97
61091169--61091248	27	3.0	27	81	0	97	20	16	35	28	1.94
61092380--61092413	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
61092644--61092742	43	2.3	42	94	1	180	23	17	16	43	1.87
61092644--61092744	21	4.8	21	82	2	130	22	16	16	43	1.87
61092729--61093138	82	5.1	81	82	8	414	29	13	12	45	1.79
61092764--61093171	77	5.2	74	79	9	255	29	12	11	45	1.78
61095427--61095460	16	2.1	16	88	0	50	41	2	2	52	1.31
61132307--61132370	13	4.9	13	94	0	101	23	9	26	40	1.85
61132625--61132652	8	3.5	8	100	0	56	50	0	0	50	1.00
61132625--61132658	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
61135711--61135745	17	2.1	17	100	0	70	28	17	11	42	1.83
61138831--61138874	23	1.9	23	90	0	70	40	2	2	54	1.25
61140273--61140306	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
61140793--61140822	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
61147115--61147358	126	1.9	126	85	1	337	33	16	15	34	1.91
61162719--61162755	17	2.3	17	86	9	51	10	0	10	78	0.97
61165467--61165530	22	2.9	22	80	13	78	65	9	7	17	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61173562--61173657	49	2.0	49	100	0	192	25	25	18	31	1.98
61182343--61182556	106	2.0	106	96	0	392	24	34	12	28	1.91
61183843--61183889	9	5.2	9	77	10	51	40	21	8	29	1.83
61187160--61187240	27	3.0	28	89	5	114	30	20	28	19	1.97
61187315--61187421	19	5.7	19	81	4	137	37	11	0	51	1.38
61187320--61187427	37	2.9	37	98	0	207	39	11	0	49	1.39
61187645--61187714	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
61187650--61187720	37	1.9	37	97	0	133	40	9	0	49	1.36
61187986--61188056	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
61187992--61188060	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
61188134--61188211	27	2.9	27	85	7	106	17	29	23	29	1.97
61188242--61188271	12	2.6	11	90	10	51	0	0	20	80	0.72
61188272--61188316	22	2.0	22	95	0	81	57	0	8	33	1.30
61188571--61188634	30	2.1	30	85	0	83	67	3	7	21	1.31
61189666--61189704	20	2.0	20	89	0	60	61	0	0	38	0.96
61191166--61191401	43	5.6	42	75	6	192	30	17	16	35	1.92
61191274--61191401	42	3.0	42	82	3	114	30	17	16	35	1.93
61191176--61191394	84	2.6	86	80	5	248	30	17	15	36	1.91
61206746--61206864	23	5.2	23	86	0	175	30	24	21	23	1.99
61206750--61206862	46	2.5	46	95	0	199	30	25	22	22	1.99
61211190--61211228	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
61211454--61211551	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61211456--61211544	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
61215124--61215239	45	2.6	45	80	5	135	43	16	18	20	1.87
61215258--61215327	22	3.1	22	67	18	63	52	10	14	22	1.71
61215221--61215382	45	3.6	45	85	5	202	48	12	16	22	1.80
61217994--61218061	32	2.1	32	83	5	84	17	20	33	27	1.95
61220026--61220058	14	2.3	15	89	5	50	21	9	18	51	1.73
61237504--61237533	16	1.9	15	93	6	51	46	3	0	50	1.18
61243494--61243543	21	2.5	20	81	12	59	58	4	0	38	1.17
61244363--61244399	5	7.6	5	87	6	58	59	2	0	37	1.12
61245654--61245687	16	2.1	16	88	0	50	67	2	14	14	1.34
61248012--61248071	25	2.4	25	88	2	86	20	0	21	58	1.40
61249834--61250025	63	3.0	63	96	0	357	32	14	22	30	1.93
61258667--61258707	19	2.1	20	86	4	57	65	2	0	31	1.05
61263916--61264053	72	1.9	72	89	0	213	30	15	14	39	1.88
61264331--61264373	17	2.4	19	85	11	56	41	2	0	55	1.12
61265809--61265863	22	2.5	22	84	0	74	65	25	3	5	1.31
61265809--61265863	11	5.0	11	72	0	56	65	25	3	5	1.31
61268465--61268603	31	4.5	32	76	15	141	44	11	19	24	1.83
61268410--61268603	91	2.1	92	85	4	268	43	13	20	22	1.87
61277655--61277731	27	2.9	27	88	0	109	20	28	25	24	1.99
61277821--61277867	18	2.9	17	78	18	55	70	0	23	6	1.10
61277859--61277905	23	2.0	23	100	0	94	40	0	8	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61281951--61281984	3	11.7	3	87	6	52	0	29	0	70	0.87
61282136--61282194	31	1.9	31	85	0	82	16	35	28	18	1.93
61287941--61287965	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
61288661--61288729	22	3.1	22	78	17	72	26	8	2	62	1.39
61289018--61289112	38	2.5	37	78	13	97	37	12	0	49	1.41
61295592--61296212	133	4.7	132	85	2	653	29	25	16	29	1.96
61295567--61296204	88	7.3	87	79	5	527	29	25	16	28	1.96
61310829--61310853	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
61317559--61317615	21	2.7	21	86	2	69	73	7	7	12	1.23
61318073--61318243	91	1.9	91	82	4	220	33	7	14	44	1.74
61320769--61320818	24	2.1	23	92	3	82	2	14	10	74	1.16
61321351--61321412	31	2.0	31	96	0	115	41	16	11	30	1.83
61321798--61322136	186	1.8	184	85	3	484	43	7	23	25	1.79
61323784--61323823	18	2.1	20	90	9	66	47	0	0	52	1.00
61326001--61326037	11	3.5	11	89	10	51	27	5	0	67	1.12
61325994--61326117	39	3.2	40	77	13	109	36	4	0	59	1.16
61326039--61326087	11	4.7	11	72	23	52	42	2	0	55	1.11
61326031--61326102	30	2.4	30	97	0	135	36	4	0	59	1.17
61331872--61331948	39	2.0	39	94	0	136	35	27	16	20	1.95
61335911--61336133	40	5.6	40	82	3	218	25	28	21	24	1.99
61336065--61336142	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
61339844--61339888	21	2.1	21	83	0	54	33	35	8	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61339976--61340030	28	2.0	28	88	0	83	27	20	27	25	1.99
61339987--61340035	14	3.5	14	77	0	62	24	18	28	28	1.98
61339974--61340034	7	8.7	7	75	0	50	29	18	27	24	1.98
61347677--61347850	32	5.2	33	82	8	199	17	22	17	41	1.89
61347677--61347847	67	2.6	67	91	0	270	18	22	17	41	1.90
61348131--61348155	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
61349943--61350049	41	2.6	41	88	5	146	27	19	22	30	1.98
61350267--61350396	33	3.6	33	80	15	143	33	9	23	33	1.87
61350265--61350396	39	3.6	37	88	7	191	34	9	23	33	1.86
61353655--61353699	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
61358102--61358141	21	1.9	21	100	0	80	55	15	0	30	1.41
61360823--61360858	17	2.1	18	89	5	56	38	22	27	11	1.88
61367288--61367349	29	2.1	30	90	6	99	50	3	8	38	1.48
61367532--61367636	43	2.4	42	75	9	95	32	20	19	27	1.97
61370596--61370763	82	2.0	82	79	6	180	34	24	21	19	1.96
61370647--61370765	41	2.9	41	87	2	159	36	24	19	20	1.95
61374995--61375036	10	4.2	10	81	0	57	33	0	16	50	1.46
61376065--61376283	40	5.3	41	73	9	142	25	23	18	32	1.97
61376349--61376432	40	2.1	41	82	6	100	30	21	17	29	1.96
61381460--61381502	21	2.0	21	90	0	68	37	11	13	37	1.82
61382159--61382449	107	2.7	107	91	0	465	25	7	23	44	1.78
61382342--61382379	11	3.4	11	82	17	51	10	10	15	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61382342--61382423	23	3.6	23	79	14	80	15	7	20	56	1.64
61383542--61383665	37	3.4	37	95	0	221	41	16	7	35	1.76
61383880--61383945	33	2.0	33	96	0	123	43	13	6	36	1.69
61385529--61385555	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
61387032--61387174	47	3.1	47	71	13	143	44	2	4	48	1.36
61386976--61387221	91	2.7	91	93	0	413	45	2	3	47	1.35
61387046--61387189	47	3.1	46	70	16	136	44	2	3	50	1.30
61387238--61387279	16	2.5	17	85	11	52	45	2	0	52	1.13
61387337--61387366	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
61387237--61387893	120	5.5	120	93	1	1104	42	2	5	48	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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