genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67428592--67428715	62	2.0	61	96	1	230	33	16	27	23	1.95
67430832--67431117	121	2.3	121	89	5	412	30	13	20	35	1.91
67431039--67431381	147	2.3	147	87	0	481	28	15	20	35	1.93
67433424--67433469	20	2.3	20	89	10	69	58	6	0	34	1.24
67434031--67434063	7	4.9	7	88	3	50	72	0	12	15	1.12
67434031--67434068	14	2.7	14	88	8	51	68	0	10	21	1.19
67435534--67435614	42	1.9	42	89	0	126	38	13	32	16	1.87
67436327--67436368	21	1.9	23	85	9	61	11	28	19	40	1.87
67448998--67449093	50	1.9	50	86	0	138	26	11	14	47	1.78
67453101--67453143	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
67453215--67453570	42	8.4	42	86	3	439	32	20	20	26	1.97
67453215--67453570	85	4.2	85	85	3	450	32	20	20	26	1.97
67453989--67454081	12	8.2	12	70	13	72	1	37	20	40	1.60
67454001--67454081	33	2.5	33	93	0	144	0	39	20	39	1.53
67454047--67454114	21	3.2	21	82	0	82	1	41	22	35	1.63
67459615--67459939	9	36.9	9	74	9	217	32	4	15	48	1.63
67459611--67459734	25	4.9	25	70	14	85	29	6	20	43	1.76
67459725--67459939	54	3.8	54	81	10	250	33	2	12	51	1.53
67463894--67464105	115	1.8	115	81	4	266	28	22	18	30	1.97
67474586--67474656	29	2.4	29	88	4	99	29	11	14	45	1.79
67477799--67477834	17	2.1	18	89	5	56	50	0	2	47	1.15
67477906--67477980	29	2.6	28	76	14	80	33	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67477910--67477954	21	2.2	20	84	4	54	28	4	0	66	1.11
67478353--67478378	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67478391--67478608	109	2.0	109	97	0	409	31	16	14	38	1.88
67479629--67479674	21	2.2	21	84	7	58	39	0	17	43	1.49
67480218--67480265	24	2.0	23	88	4	69	16	22	20	39	1.92
67481060--67481108	19	2.6	19	96	0	89	20	4	26	48	1.67
67486944--67486977	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
67489803--67489837	16	2.2	16	94	0	61	31	14	5	48	1.67
67493499--67493589	29	3.0	29	79	7	76	47	7	8	36	1.63
67493499--67493556	30	2.0	30	83	10	75	50	5	6	37	1.52
67493509--67493589	29	2.7	30	80	5	83	46	7	8	37	1.63
67497355--67497396	10	4.3	10	80	17	52	19	2	7	71	1.20
67497355--67497396	19	2.2	19	86	0	57	19	2	7	71	1.20
67516331--67516407	34	2.3	34	90	0	118	44	11	9	35	1.73
67523741--67523808	31	2.2	30	84	7	84	48	8	19	23	1.76
67527086--67527199	56	2.0	56	94	0	201	32	23	12	31	1.92
67530215--67530288	35	2.1	35	87	5	105	13	2	27	56	1.50
67533093--67533122	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
67534710--67535031	109	3.0	108	84	6	411	34	18	16	29	1.94
67537838--67537975	40	3.5	40	73	6	102	29	16	21	32	1.95
67539455--67539518	4	15.2	4	77	18	60	73	3	21	1	1.06
67555769--67555815	19	2.5	19	85	0	58	48	8	8	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67556133--67556181	6	7.7	6	95	4	71	71	0	0	28	0.86
67556132--67556196	7	9.4	7	85	12	82	72	1	0	26	0.94
67556132--67556196	27	2.4	28	89	7	98	72	1	0	26	0.94
67556132--67556181	13	3.8	13	92	7	84	72	0	0	28	0.86
67556129--67556202	7	10.2	8	84	15	60	68	1	0	29	0.97
67556398--67556497	31	3.3	30	73	10	96	36	15	15	34	1.88
67556404--67556548	60	2.4	60	87	0	191	35	15	14	33	1.88
67557498--67557523	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
67559177--67559355	48	3.8	48	71	14	147	30	32	10	26	1.89
67563926--67563958	17	1.9	17	93	0	57	51	12	3	33	1.54
67570712--67570759	16	3.0	16	75	9	53	27	0	4	68	1.07
67574222--67574246	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
67591129--67591381	129	2.0	129	91	0	416	32	13	20	33	1.91
67592320--67592398	35	2.2	36	88	4	115	31	8	1	58	1.37
67592334--67592409	35	2.1	35	80	7	82	34	9	3	52	1.52
67599752--67599783	16	1.9	17	93	6	57	59	0	0	40	0.97
67602779--67602821	6	7.5	6	84	5	54	2	83	0	13	0.74
67612236--67612303	30	2.3	30	85	10	86	41	5	10	42	1.63
67612440--67612508	3	23.3	3	97	2	131	68	0	0	31	0.90
67618159--67618225	29	2.3	29	97	2	127	40	5	14	38	1.71
67623673--67623778	31	3.4	29	75	10	86	42	9	3	44	1.54
67623698--67623779	31	2.6	31	82	0	101	42	9	3	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67628057--67628135	34	2.3	34	86	0	113	45	20	8	25	1.79
67628358--67628395	20	1.9	19	89	5	58	39	2	2	55	1.28
67634005--67634250	53	4.7	53	84	4	304	31	15	5	47	1.68
67634005--67634250	105	2.3	104	86	4	341	31	15	5	47	1.68
67673637--67673862	118	1.9	118	88	5	341	41	17	15	25	1.88
67677448--67677478	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
67685125--67685176	24	2.2	24	82	0	59	53	11	3	30	1.54
67687091--67687142	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
67688015--67688320	110	2.7	114	85	8	378	26	12	21	39	1.89
67688710--67689154	194	2.3	194	94	1	784	31	17	18	32	1.94
67689391--67689436	22	2.0	22	83	4	56	23	4	2	69	1.17
67707757--67707789	14	2.4	14	94	0	57	27	0	3	69	1.03
67709843--67710135	108	2.7	108	88	4	423	27	27	23	21	1.99
67716944--67717017	15	4.7	15	77	9	67	5	10	27	56	1.55
67724773--67724812	6	6.7	6	86	11	55	0	30	22	47	1.52
67724773--67724812	18	2.2	18	95	0	71	0	30	22	47	1.52
67726110--67726187	29	2.8	28	79	11	90	58	3	0	37	1.16
67730822--67730855	3	11.3	3	87	0	50	32	0	32	35	1.58
67736419--67736445	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
67736991--67737017	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
67739483--67739535	19	2.7	19	80	11	63	37	7	1	52	1.41
67740849--67741061	114	1.9	113	81	4	259	26	25	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67740872--67741229	187	1.9	186	90	1	565	25	25	24	24	2.00
67740849--67741251	187	2.2	185	84	5	558	26	24	24	24	2.00
67741056--67741343	114	2.5	114	88	2	400	24	22	25	27	2.00
67741673--67741723	15	3.5	15	76	12	52	21	0	45	33	1.52
67741692--67741744	24	2.3	23	80	3	61	22	5	45	26	1.74
67741909--67741941	15	2.3	15	89	5	50	27	0	30	42	1.56
67741960--67742008	7	6.9	7	76	4	53	20	0	46	32	1.51
67741956--67742023	15	4.7	15	80	10	63	22	0	44	33	1.53
67741952--67742006	22	2.5	22	79	2	58	21	0	41	36	1.54
67741936--67742026	15	6.3	15	75	17	52	24	0	39	36	1.56
67742664--67742881	108	2.0	109	90	1	341	48	12	11	27	1.76
67742560--67743104	262	2.1	264	94	2	954	46	13	12	27	1.79
67743141--67743331	102	1.9	103	91	1	312	48	12	10	27	1.74
67747735--67747776	22	1.9	22	90	0	66	42	28	19	9	1.82
67754405--67754431	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
67758192--67758226	16	2.2	16	89	0	52	68	0	2	28	1.04
67758424--67758470	3	15.3	3	82	4	58	61	2	0	36	1.08
67763138--67763164	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
67768370--67768530	44	3.6	44	79	11	177	29	21	23	25	1.99
67768370--67768577	44	4.7	44	77	9	151	29	20	23	26	1.99
67768585--67768683	45	2.2	44	84	12	123	30	20	25	24	1.99
67768615--67768778	44	3.7	44	80	9	158	29	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67768384--67768788	201	2.0	201	91	1	661	30	19	24	25	1.98
67768791--67768902	44	2.5	44	82	5	129	25	25	25	23	2.00
67769309--67769381	19	3.8	19	92	0	128	38	9	15	36	1.80
67769309--67769407	19	4.9	21	86	6	93	37	8	16	38	1.78
67770528--67770569	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
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67786339--67786583	87	2.8	87	85	3	303	24	21	23	30	1.99
67786369--67786753	44	8.8	45	71	12	245	25	21	21	32	1.98
67798821--67798849	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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