genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25233796--25233853	30	1.9	30	85	0	80	18	36	0	44	1.50
25240742--25240771	2	14.5	2	93	6	51	46	3	0	50	1.18
25241179--25241279	50	2.0	50	100	0	202	41	1	23	32	1.66
25242946--25242996	9	5.3	9	76	19	50	11	0	31	56	1.35
25243114--25243555	125	3.5	125	93	0	742	32	18	21	27	1.97
25244383--25244433	16	2.8	19	71	17	63	37	0	9	52	1.34
25244544--25244609	23	2.8	24	75	9	64	18	0	33	48	1.48
25245188--25245220	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
25245517--25245658	68	2.1	66	93	2	239	45	8	4	40	1.56
25245647--25245688	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
25245662--25245717	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
25245517--25245680	68	2.5	66	85	10	207	46	8	4	40	1.54
25245702--25245730	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
25247242--25247320	40	2.0	40	85	5	106	24	31	25	18	1.98
25249610--25249649	21	1.9	21	84	0	53	10	15	40	35	1.80
25249912--25249954	18	2.4	18	80	0	50	46	9	25	18	1.79
25251457--25251555	23	4.3	23	96	0	171	20	20	26	33	1.97
25254689--25254741	11	4.9	11	90	2	72	49	1	30	18	1.59
25254689--25254741	22	2.5	22	87	3	81	49	1	30	18	1.59
25255366--25255394	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
25262173--25262250	28	2.8	26	81	11	68	65	1	1	32	1.09
25262201--25262251	9	5.4	9	79	6	57	70	0	1	27	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25262201--25262298	19	5.2	19	75	12	85	63	1	7	28	1.27
25262208--25262258	10	5.3	10	79	9	61	70	0	3	25	1.04
25262363--25262406	11	4.1	11	79	5	54	25	4	0	70	1.06
25262626--25262821	87	2.2	87	80	5	225	30	8	21	39	1.83
25274489--25274522	14	2.5	13	90	4	50	79	0	0	20	0.73
25280194--25280240	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
25280803--25280854	26	2.0	26	100	0	104	7	19	3	69	1.29
25280875--25280949	5	15.0	5	100	0	150	60	0	0	40	0.97
25284172--25284202	4	7.8	4	100	0	62	22	0	25	51	1.48
25287260--25287292	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
25288601--25288633	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
25289873--25289912	18	2.3	18	86	4	55	40	10	22	27	1.86
25291985--25292050	33	2.0	33	85	2	89	15	15	19	50	1.79
25291984--25292086	35	3.1	34	80	10	113	15	14	19	50	1.78
25296064--25296263	108	1.9	106	86	2	283	37	18	15	29	1.92
25297149--25297211	31	2.0	31	96	0	117	42	6	11	39	1.66
25298305--25298504	108	1.9	106	89	2	310	35	20	16	27	1.94
25301266--25301751	42	11.2	44	61	18	140	25	23	22	28	1.99
25301262--25301767	87	5.8	87	89	0	778	25	23	22	28	1.99
25302988--25303033	21	2.2	21	84	7	58	13	15	2	69	1.28
25307220--25307262	22	2.0	20	86	8	59	37	6	9	46	1.63
25307707--25307798	22	4.2	22	86	5	105	30	28	0	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25307707--25307798	44	2.1	44	84	8	116	30	28	0	41	1.56
25307748--25307847	52	1.9	52	82	11	125	31	33	0	36	1.58
25307800--25307841	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
25307884--25307947	30	2.1	30	88	2	92	37	0	0	62	0.95
25310215--25310249	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
25310203--25310291	23	3.8	23	75	12	83	42	25	0	31	1.55
25310285--25310755	28	16.4	28	81	9	513	46	23	0	29	1.55
25310285--25310755	57	8.2	56	86	6	513	46	23	0	29	1.55
25310731--25310783	23	2.7	18	72	25	52	45	20	0	33	1.52
25313917--25314121	85	2.4	85	98	0	392	32	23	20	23	1.98
25314040--25314310	124	2.2	125	84	5	370	33	23	13	28	1.93
25318540--25318592	20	2.7	20	87	0	79	18	33	16	30	1.94
25321701--25322138	70	6.3	70	83	3	513	27	18	22	31	1.97
25325432--25325732	46	6.3	48	84	8	366	35	14	21	28	1.93
25325366--25325721	98	3.6	98	96	0	640	34	14	21	28	1.94
25325696--25325841	37	4.0	37	92	1	233	36	17	21	24	1.94
25327096--25327239	49	2.9	49	92	1	225	23	13	29	32	1.94
25330429--25330729	46	6.3	48	84	8	366	35	14	21	28	1.93
25330363--25330718	98	3.6	98	96	0	640	34	14	21	28	1.94
25330693--25330838	37	4.0	37	92	1	233	36	17	21	24	1.94
25332092--25332235	49	2.9	49	92	1	225	23	13	29	32	1.94
25335425--25335725	46	6.3	48	84	8	366	35	14	21	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25335359--25335714	98	3.6	98	96	0	640	34	14	21	28	1.94
25335689--25335834	37	4.0	37	92	1	233	36	17	21	24	1.94
25340892--25340931	20	2.0	20	85	0	53	27	22	12	37	1.90
25344062--25344099	18	2.1	18	100	0	76	21	15	28	34	1.94
25346315--25346437	63	2.0	63	83	0	156	42	15	12	30	1.83
25348081--25348105	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
25354025--25354238	42	5.1	42	87	2	290	27	21	20	29	1.98
25372453--25372510	30	1.9	30	89	0	89	18	37	0	43	1.51
25372596--25372651	19	3.1	18	80	17	55	23	28	0	48	1.51
25377550--25377719	43	4.0	42	72	13	130	31	26	17	25	1.97
25385307--25385418	42	2.6	43	77	7	111	34	25	14	25	1.94
25391544--25391623	31	2.7	29	86	9	99	33	10	12	43	1.76
25391544--25391632	29	3.0	29	83	11	92	33	11	12	42	1.78
25395792--25395850	19	3.2	19	65	26	54	25	11	11	50	1.73
25395782--25395853	36	1.9	38	94	5	130	27	11	11	50	1.72
25396595--25396802	85	2.5	84	81	3	229	32	20	22	24	1.98
25396595--25396846	42	6.0	42	80	6	251	31	20	22	25	1.98
25396593--25396845	127	2.0	127	83	6	316	31	20	22	25	1.98
25397294--25397362	21	3.3	21	85	0	93	2	42	20	34	1.67
25402862--25403401	9	60.0	9	75	15	458	35	1	18	45	1.57
25403121--25403187	28	2.4	28	94	0	116	37	2	13	46	1.59
25403213--25403295	12	6.6	12	67	24	55	30	2	21	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25403193--25403384	64	3.0	64	87	9	241	32	1	21	44	1.62
25403418--25403461	23	1.9	23	95	0	79	38	0	18	43	1.50
25403460--25403709	63	4.0	63	96	0	464	42	7	7	42	1.60
25403681--25403732	13	4.0	13	82	5	61	44	1	9	44	1.48
25403681--25403739	26	2.3	26	81	16	63	45	1	10	42	1.48
25404377--25404411	16	2.1	17	89	5	54	65	2	11	20	1.37
25405416--25405446	10	3.0	10	90	9	53	67	0	3	29	1.06
25406148--25406483	146	2.3	147	81	4	356	36	20	15	27	1.93
25406274--25406613	147	2.3	147	81	4	391	37	20	13	27	1.91
25408168--25408244	41	1.9	41	89	2	120	29	25	16	27	1.97
25409446--25409500	21	2.6	21	82	0	74	27	7	34	30	1.84
25409682--25409725	11	4.2	10	80	8	52	63	0	6	29	1.20
25410339--25410371	12	2.8	12	90	4	50	6	18	33	42	1.75
25413979--25414019	21	1.9	22	85	5	57	21	0	19	58	1.39
25418105--25418146	21	2.0	22	85	4	59	40	11	4	42	1.63
25418652--25418974	108	2.9	109	85	6	393	32	17	17	32	1.93
25422910--25422939	11	2.8	11	95	5	53	86	6	0	6	0.70
25422909--25422962	26	2.1	26	86	6	74	81	9	0	9	0.88
25423309--25423393	18	4.6	18	84	8	93	78	0	21	0	0.74
25423308--25423393	29	3.0	28	85	12	106	79	0	20	0	0.74
25423481--25423549	31	2.2	31	97	0	129	30	14	31	23	1.94
25424777--25425408	44	14.4	44	66	14	261	30	17	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25424799--25425498	132	5.3	132	94	0	1193	30	17	24	26	1.97
25426923--25426964	21	2.0	22	85	4	59	40	11	4	42	1.63
25427301--25427394	44	2.1	43	79	14	104	26	4	5	63	1.34
25434054--25434112	29	2.0	29	81	12	68	54	1	5	38	1.33
25434060--25434132	29	2.5	29	75	18	71	56	4	4	35	1.38
25441943--25442169	105	2.2	105	82	4	280	29	24	12	34	1.92
25444440--25444464	10	2.5	10	100	0	50	24	8	0	68	1.16
25456268--25456311	23	1.9	23	90	0	70	75	9	11	4	1.19
25456279--25456318	17	2.2	18	86	8	55	72	7	15	5	1.24
25457590--25457667	37	2.1	37	100	0	156	37	7	6	48	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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