genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13393604--13393649	24	1.9	24	82	8	58	50	0	17	32	1.47
13404723--13404762	18	2.2	18	90	0	62	65	2	5	27	1.27
13407106--13407159	22	2.5	22	84	6	65	22	22	22	33	1.97
13410567--13410616	23	2.2	23	92	7	84	64	4	2	30	1.23
13413181--13413228	24	2.0	24	83	0	60	35	6	14	43	1.71
13413592--13413728	71	1.9	71	85	5	188	29	18	21	29	1.97
13418531--13418586	28	2.0	27	86	3	76	33	10	0	55	1.35
13421314--13421378	33	2.0	32	90	3	103	41	20	23	15	1.89
13421986--13422025	9	4.4	9	93	0	71	42	22	10	25	1.84
13422128--13422171	18	2.4	18	84	0	52	15	2	40	40	1.60
13432664--13432757	49	1.9	49	91	0	152	34	14	20	30	1.93
13437387--13437450	32	2.0	32	90	3	103	18	21	10	48	1.79
13439540--13439595	28	2.0	28	82	6	69	42	0	3	53	1.18
13445485--13445518	6	5.7	6	100	0	68	17	32	0	50	1.47
13448122--13448214	46	2.0	46	100	0	186	56	4	8	30	1.48
13448104--13448149	17	2.7	17	100	0	92	56	6	8	28	1.54
13461123--13461277	41	3.8	41	87	2	213	20	22	29	28	1.98
13461790--13461940	79	1.9	82	87	4	227	27	1	27	43	1.63
13462590--13462620	15	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
13463218--13463254	16	2.3	16	90	0	56	2	10	21	64	1.37
13463224--13463255	16	2.0	16	100	0	64	0	12	25	62	1.30
13467082--13467263	43	4.3	43	81	3	206	23	16	30	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13475070--13475388	108	3.0	108	89	0	485	31	16	21	29	1.96
13475520--13475553	17	2.0	17	100	0	68	58	5	5	29	1.45
13479125--13479152	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
13482722--13482784	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
13483089--13483113	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
13484865--13484900	17	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
13485431--13485483	3	17.3	3	84	3	70	58	0	39	1	1.09
13485662--13485853	82	2.4	81	83	7	214	32	2	14	50	1.56
13485695--13485853	82	1.9	84	88	5	243	35	3	13	48	1.58
13490965--13491874	158	5.8	157	90	3	1301	30	10	7	50	1.65
13490965--13491874	314	2.9	311	88	5	1304	30	10	7	50	1.65
13490965--13491872	472	1.9	465	87	5	1341	30	11	7	50	1.65
13492118--13492173	27	2.1	27	83	3	69	55	8	3	32	1.48
13492201--13492238	19	2.0	19	94	0	67	71	5	0	23	1.07
13492252--13492362	10	10.2	10	69	16	60	0	33	0	66	0.92
13492257--13492360	35	3.0	35	87	4	131	0	35	0	64	0.94
13492283--13492365	10	8.8	10	74	21	65	0	34	0	65	0.93
13492639--13492688	26	1.9	26	88	8	75	26	2	4	68	1.18
13496502--13496559	30	1.9	31	93	6	102	37	0	43	18	1.51
13496610--13496673	9	7.1	9	89	0	101	29	9	14	46	1.75
13496610--13496673	27	2.4	27	94	0	119	29	9	14	46	1.75
13497668--13497718	23	2.2	24	79	10	61	54	5	3	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13497601--13497938	185	1.8	185	94	2	608	55	5	7	31	1.50
13497853--13497903	23	2.2	24	79	10	61	54	5	3	35	1.43
13498161--13498208	21	2.4	18	75	24	51	62	8	4	25	1.41
13500123--13500575	51	8.9	51	91	0	699	28	25	17	28	1.97
13499971--13500575	153	4.0	153	83	4	716	27	25	18	28	1.98
13502477--13502523	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
13504776--13504825	23	2.3	21	78	15	57	52	6	12	30	1.62
13505118--13505179	22	2.8	22	87	0	97	35	24	0	40	1.55
13505182--13505230	22	2.2	21	80	16	55	36	32	0	30	1.58
13505128--13505227	52	1.9	52	87	0	146	33	30	0	37	1.58
13505265--13505320	29	2.0	29	89	10	89	39	0	1	58	1.08
13505266--13505327	29	2.1	29	85	11	83	38	0	1	59	1.07
13505418--13505451	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
13509755--13510036	125	2.3	125	86	7	394	31	22	16	29	1.96
13510249--13510307	29	2.2	26	81	9	64	45	15	13	25	1.82
13521686--13521714	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
13522076--13522104	14	2.1	14	93	6	51	72	0	3	24	1.00
13530352--13530386	18	1.9	18	100	0	70	11	28	0	60	1.32
13532866--13533059	61	3.2	61	70	11	182	43	2	5	48	1.38
13532825--13533090	120	2.2	120	91	1	435	43	1	4	49	1.34
13532867--13533062	57	3.3	57	65	22	127	43	2	5	48	1.38
13533034--13533068	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13533232--13533322	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
13533303--13533387	16	5.2	16	91	2	143	37	35	0	27	1.57
13533303--13533387	33	2.6	32	90	3	143	37	35	0	27	1.57
13533440--13533503	31	2.1	31	82	5	76	45	12	3	39	1.58
13534721--13535254	125	4.3	126	85	2	720	29	18	22	29	1.97
13534721--13535254	250	2.1	249	91	0	852	29	18	22	29	1.97
13538422--13538474	14	3.6	14	76	14	54	20	0	28	50	1.48
13538443--13538719	21	12.6	21	72	18	122	21	1	29	48	1.57
13538422--13538482	15	4.1	15	70	8	54	22	0	27	49	1.50
13538583--13538618	14	2.5	15	86	9	56	13	0	33	52	1.41
13538560--13538640	35	2.3	35	87	6	110	17	0	32	50	1.46
13538443--13539524	22	50.8	20	69	19	200	21	1	28	48	1.58
13538609--13538651	15	2.9	15	83	13	54	18	0	27	53	1.45
13538748--13539524	43	17.9	44	71	13	337	21	1	29	48	1.57
13538742--13538882	72	1.9	73	84	7	189	22	0	26	50	1.49
13538678--13539065	177	2.2	171	83	5	456	22	1	28	48	1.58
13538789--13539109	7	44.9	7	66	19	76	21	1	28	48	1.58
13539028--13539516	21	22.8	20	70	16	148	21	1	29	47	1.57
13539176--13539275	28	3.8	27	76	20	86	19	0	33	48	1.49
13539267--13539516	42	5.9	41	82	8	234	21	0	28	48	1.56
13540067--13540106	18	2.2	18	86	0	53	42	5	30	22	1.75
13542004--13542047	11	3.8	12	85	8	65	43	0	31	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13543918--13543978	26	2.3	26	94	0	104	21	0	21	57	1.41
13545208--13545246	16	2.4	16	86	0	51	51	2	5	41	1.38
13545179--13545234	22	2.5	23	85	2	78	55	1	0	42	1.10
13545721--13545763	22	2.0	22	86	4	61	55	4	0	39	1.20
13546581--13546634	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
13550909--13550951	12	3.6	12	93	6	70	27	6	32	32	1.84
13552820--13552934	24	4.7	24	71	17	83	34	19	26	19	1.95
13556528--13556576	25	1.9	26	91	4	82	38	10	20	30	1.86
13564440--13564882	221	2.0	221	98	0	859	25	16	23	34	1.95
13568426--13568484	29	2.0	29	93	0	100	38	11	0	49	1.40
13575558--13575589	17	1.9	16	93	6	55	3	40	37	18	1.67
13576597--13576634	3	12.7	3	94	0	67	34	2	0	63	1.09
13580133--13580235	51	2.0	51	96	3	190	45	18	7	28	1.77
13580181--13580291	33	3.4	34	82	10	115	43	17	8	31	1.78
13583329--13583415	28	3.1	28	73	17	83	44	1	1	52	1.15
13583337--13583421	26	3.2	26	74	12	91	47	2	0	50	1.14
13583516--13583728	67	3.2	66	64	19	150	46	3	3	45	1.38
13583472--13583893	137	2.9	138	82	8	418	46	4	3	44	1.43
13583620--13583654	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13583670--13583883	50	4.2	51	62	20	122	46	5	3	44	1.41
13583596--13583923	156	2.1	156	96	0	611	46	6	3	43	1.45
13583776--13583824	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13583776--13583830	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
13584046--13584113	16	4.2	16	96	0	127	39	35	0	25	1.56
13586510--13586568	25	2.4	25	83	11	77	37	0	10	52	1.35
13586521--13586565	12	3.8	12	88	5	65	40	0	11	48	1.39
13586521--13586566	24	1.9	24	91	8	76	39	0	10	50	1.38
13591925--13592325	222	1.8	222	82	1	516	23	38	18	19	1.93
13593314--13593361	20	2.4	21	75	10	55	64	0	25	10	1.25
13593351--13593383	14	2.4	14	85	5	50	78	0	9	12	0.95
13593782--13593897	60	1.9	61	92	1	198	55	0	5	39	1.22
13597170--13597214	22	2.0	22	91	0	72	33	31	8	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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