genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57491766--57491797	4	7.8	4	93	6	55	78	0	0	21	0.76
57491853--57491909	27	2.2	26	81	9	62	49	0	7	43	1.29
57492019--57492064	12	3.6	12	78	16	56	65	0	0	34	0.93
57492019--57492084	27	2.5	26	78	11	71	59	0	3	37	1.13
57494503--57494537	17	2.1	17	100	0	70	17	22	22	37	1.94
57495667--57495715	19	2.5	19	87	9	64	40	2	0	57	1.10
57495679--57495719	19	2.2	19	91	8	66	36	2	0	60	1.10
57506229--57506262	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
57517984--57518026	16	2.7	16	82	7	52	37	16	2	44	1.60
57519889--57519999	37	3.0	37	91	0	177	31	16	16	36	1.91
57520919--57520992	38	1.9	38	91	0	121	41	21	9	27	1.84
57521971--57522008	20	1.9	20	94	0	67	31	7	28	31	1.86
57522254--57522293	20	2.0	20	85	9	55	30	2	0	67	1.04
57535703--57535944	130	1.9	130	91	0	403	32	22	16	28	1.95
57544733--57544885	80	1.9	79	90	1	243	40	4	13	41	1.64
57547849--57547972	43	2.9	43	77	11	119	19	18	29	32	1.96
57548623--57548671	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
57548915--57549565	187	3.5	187	97	0	1203	32	11	15	40	1.83
57548915--57549590	140	4.8	141	92	1	1076	32	11	15	40	1.83
57548915--57549565	47	13.9	47	92	0	1092	32	11	15	40	1.83
57550742--57550792	21	2.4	21	93	0	84	33	29	3	33	1.76
57551087--57551136	24	2.1	24	100	0	100	38	8	6	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57554498--57554532	18	1.9	18	100	0	70	28	25	28	17	1.97
57558277--57558360	29	2.8	30	81	5	89	35	14	14	35	1.86
57558277--57558351	29	2.5	31	82	6	91	34	14	13	37	1.85
57562098--57562217	61	2.0	60	88	6	181	34	13	23	29	1.93
57565007--57565059	18	2.9	18	88	2	70	66	0	1	32	1.03
57565025--57565070	16	2.8	16	83	9	58	69	0	0	30	0.89
57565739--57565771	16	2.0	17	88	5	50	42	0	12	45	1.41
57569150--57569507	43	8.4	43	85	2	425	26	19	28	25	1.99
57569450--57569539	42	2.1	42	81	4	99	27	24	17	30	1.97
57572890--57572920	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
57578900--57578948	18	2.7	18	87	0	71	55	0	10	34	1.34
57579274--57579340	25	2.7	25	86	4	91	40	13	16	29	1.87
57592472--57592505	17	1.9	18	94	5	61	11	23	47	17	1.81
57595994--57596060	31	2.2	31	94	0	116	41	10	26	20	1.85
57601121--57601158	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
57609514--57609543	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
57612461--57612645	44	4.2	44	65	8	124	24	24	21	29	1.99
57612439--57612744	132	2.3	132	93	0	513	23	25	19	30	1.98
57612725--57613257	217	2.5	217	93	0	895	26	22	21	30	1.99
57612756--57613257	44	11.6	43	72	13	323	26	22	21	29	1.99
57627190--57627256	31	2.2	31	94	0	116	41	10	26	20	1.85
57631180--57631246	31	2.2	31	94	0	116	41	10	26	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57635197--57635263	31	2.2	31	94	0	116	41	10	26	20	1.85
57639213--57639279	31	2.2	31	94	0	116	41	10	26	20	1.85
57653482--57653511	6	5.0	6	100	0	60	33	16	16	33	1.92
57667294--57667423	42	3.1	42	78	4	154	17	21	16	43	1.87
57667294--57667430	21	6.5	21	72	3	96	16	21	16	44	1.86
57667921--57667960	21	1.9	21	90	10	64	10	15	22	52	1.71
57668018--57668088	30	2.4	30	92	0	115	23	21	23	30	1.99
57668081--57668243	43	3.8	43	87	1	202	23	24	20	31	1.98
57668100--57668304	43	4.7	43	83	4	207	23	22	18	35	1.96
57668070--57668254	86	2.2	86	80	5	221	25	23	18	32	1.97
57670587--57671015	9	48.2	9	72	14	268	34	1	17	47	1.58
57670613--57670777	16	10.5	16	74	17	87	30	1	21	46	1.61
57670587--57670799	25	8.5	25	76	12	138	30	1	20	47	1.59
57670587--57670788	59	3.6	59	78	11	201	30	1	20	47	1.59
57670613--57670794	34	5.2	35	77	16	162	30	1	20	46	1.61
57670778--57671005	48	4.8	48	91	3	363	36	2	13	47	1.55
57670936--57671046	30	3.6	30	76	17	109	36	0	14	47	1.50
57670920--57671070	64	2.3	65	86	6	218	38	0	14	46	1.50
57670587--57671063	48	9.9	50	80	12	313	34	1	16	46	1.57
57670873--57671092	112	2.0	112	90	3	345	36	1	14	47	1.54
57670985--57671092	48	2.2	48	87	6	148	37	0	12	48	1.48
57673490--57673575	40	2.3	36	80	13	93	32	5	9	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57678813--57678842	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
57678309--57678866	160	3.5	156	74	13	497	30	11	7	50	1.65
57679404--57679528	10	12.5	10	70	19	84	0	31	0	68	0.90
57679409--57679528	14	8.7	14	71	14	97	0	30	0	69	0.89
57679364--57679521	44	3.7	44	82	13	190	0	31	0	68	0.89
57679383--57679528	38	3.7	39	83	12	165	0	30	0	69	0.88
57680478--57680574	7	13.4	7	69	14	54	36	42	4	17	1.69
57680480--57680574	22	4.4	22	75	13	81	34	43	4	17	1.69
57680593--57680637	13	3.4	13	80	17	56	48	33	4	13	1.62
57680723--57680768	23	2.0	24	87	8	69	39	28	8	23	1.84
57681086--57681532	125	3.6	125	93	0	752	26	20	22	30	1.98
57683603--57683663	29	2.1	29	81	6	70	31	16	11	40	1.84
57690315--57690343	12	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
57698702--57698738	16	2.4	16	95	4	67	89	0	10	0	0.49
57698702--57698736	11	3.2	11	92	8	54	91	0	8	0	0.42
57702838--57702876	19	2.1	19	85	9	53	66	0	5	28	1.12
57703227--57703272	15	3.0	15	78	6	56	71	0	2	26	0.97
57706295--57706413	44	2.7	44	85	1	168	28	23	15	31	1.96
57706295--57706440	44	3.3	43	80	7	150	29	23	18	28	1.98
57706429--57706796	132	2.8	132	90	0	556	27	23	19	28	1.99
57706577--57706770	44	4.4	44	70	7	126	26	25	18	30	1.98
57706600--57706791	44	4.4	45	70	12	128	29	22	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57706802--57706966	85	1.9	85	82	3	204	24	21	25	29	1.99
57708196--57708236	21	2.0	21	100	0	82	9	19	2	68	1.29
57708188--57708238	7	7.1	7	80	12	59	11	15	1	70	1.25
57709136--57709176	19	2.2	19	91	8	66	65	4	14	14	1.42
57714577--57714635	21	2.6	23	76	13	68	61	0	10	28	1.29
57715171--57715211	21	2.0	21	85	9	57	53	4	2	39	1.35
57720038--57720085	18	2.7	17	75	9	51	31	2	4	62	1.26
57728308--57728423	48	2.4	48	84	2	153	37	5	42	14	1.68
57728454--57728507	8	6.9	8	72	19	51	46	0	0	53	1.00
57728463--57728517	22	2.5	22	94	2	94	54	0	0	45	0.99
57728452--57728507	17	3.6	16	76	13	62	46	0	0	53	1.00
57728563--57728649	26	3.3	25	73	10	93	45	2	1	50	1.21
57728540--57728656	53	2.2	53	80	6	130	47	1	2	47	1.25
57728804--57728849	16	2.9	16	86	0	65	30	13	6	50	1.66
57731537--57731583	13	3.1	15	76	17	53	14	31	38	14	1.87
57731820--57731871	21	2.5	21	80	0	59	23	38	19	19	1.93
57736185--57736280	35	2.8	33	78	12	102	37	2	1	59	1.16
57736231--57736265	17	2.1	17	89	5	54	42	2	0	54	1.15
57738761--57738794	16	2.1	16	100	0	68	38	17	14	29	1.90
57739296--57739384	43	2.1	43	91	0	142	34	15	11	38	1.83
57742597--57742643	16	2.9	16	78	6	51	4	21	12	61	1.48
57747158--57747204	16	2.9	16	78	6	51	4	21	12	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57749808--57750241	213	2.0	213	95	0	787	32	17	19	29	1.95
57754165--57754202	17	2.4	17	86	8	53	34	2	2	60	1.24
57756973--57757053	32	2.8	28	75	15	76	33	3	1	61	1.21
57757099--57757168	25	2.8	24	72	18	63	32	2	0	64	1.08
57757584--57757620	19	1.9	19	88	0	56	40	0	8	51	1.32
57757589--57757627	19	2.1	19	85	0	51	43	0	5	51	1.24
57758808--57758849	6	7.0	6	86	0	57	50	11	16	21	1.77
57760212--57760294	43	1.9	43	82	4	105	19	16	30	33	1.94
57761762--57761830	12	5.4	14	72	18	53	18	17	13	50	1.77
57761789--57761830	6	7.0	6	86	0	57	21	16	11	50	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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