genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9955951--9956021	7	9.4	7	74	19	63	0	22	0	77	0.77
9955955--9956027	6	11.3	6	74	18	58	0	23	0	76	0.78
9955974--9956027	26	2.1	26	82	6	65	0	25	0	74	0.83
9956156--9956200	20	2.3	20	88	3	65	0	17	8	73	1.08
9956224--9956257	17	2.0	17	88	0	50	8	20	52	17	1.71
9956506--9956740	30	8.0	29	83	8	260	38	0	22	39	1.57
9956516--9956723	29	7.1	29	83	11	246	37	0	23	38	1.55
9956516--9956740	59	3.8	56	85	7	270	38	0	22	38	1.58
9957673--9957816	42	3.4	41	80	10	166	31	24	14	29	1.95
9969044--9969104	27	2.3	26	76	18	63	55	1	0	42	1.09
9972250--9972310	30	2.0	31	90	6	99	21	39	0	39	1.53
9972058--9972306	127	2.0	126	86	5	353	21	32	1	44	1.60
9974224--9974293	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
9976135--9976299	57	2.9	57	89	6	174	35	4	3	55	1.39
9976164--9976299	57	2.4	58	98	1	265	35	3	4	56	1.37
9977055--9977082	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
9981024--9981058	17	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
9981394--9981456	16	3.6	17	80	10	65	66	1	1	30	1.10
9981563--9981644	19	4.3	18	72	15	67	59	6	1	32	1.30
9982109--9982246	20	7.4	18	71	18	79	33	1	2	62	1.19
9982109--9982246	9	14.9	9	70	17	70	33	1	2	62	1.19
9982197--9982249	26	2.0	26	89	7	81	32	0	1	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9982183--9982253	19	3.8	19	66	19	51	33	0	2	63	1.09
9982196--9982293	9	10.5	10	72	19	61	31	1	3	64	1.16
9982667--9982893	84	2.7	84	86	2	296	25	31	18	24	1.97
9982693--9982928	43	5.6	42	76	7	207	27	32	18	21	1.97
9982708--9982863	41	3.7	41	75	9	154	28	33	17	20	1.95
9982586--9982928	42	8.2	42	72	8	202	25	30	20	23	1.99
9983219--9983314	21	4.6	21	82	0	102	4	39	16	39	1.68
9983302--9983467	66	2.5	66	83	3	192	13	28	18	40	1.88
9988589--9988623	16	2.1	16	89	5	52	22	2	25	48	1.64
9988598--9988871	16	17.8	16	67	16	100	30	2	19	47	1.61
9988635--9988784	25	6.1	25	75	6	119	33	2	19	45	1.62
9988603--9988871	41	7.0	40	75	17	239	30	2	19	47	1.61
9988762--9988874	25	4.7	23	72	15	68	29	1	19	49	1.58
9988874--9989146	120	2.3	118	93	3	469	44	6	9	39	1.62
9989178--9989264	18	4.8	18	81	13	108	41	0	12	45	1.42
9989182--9989409	38	6.0	38	76	14	177	40	2	11	45	1.53
9989180--9989282	30	3.6	30	72	20	103	42	0	13	43	1.44
9992902--9992970	7	10.3	7	78	12	74	36	44	0	18	1.50
9992902--9992967	6	10.0	6	79	14	60	36	43	0	19	1.51
9992902--9992967	13	5.0	13	81	9	73	36	43	0	19	1.51
9993650--9993684	17	2.1	17	89	5	54	11	2	2	82	0.88
9994989--9995209	40	5.6	40	83	7	245	33	26	20	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9995486--9995536	18	2.8	18	80	19	61	52	1	5	39	1.37
9996593--9996642	22	2.3	21	87	12	75	64	8	8	20	1.46
9996633--9996657	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
10000242--10000271	5	5.8	5	96	4	51	36	20	0	43	1.52
10004771--10004814	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
10007366--10007755	185	2.1	186	92	3	655	50	9	9	31	1.67
10007371--10007768	91	4.4	90	91	5	638	50	10	9	30	1.67
10008072--10008123	17	3.1	17	94	0	86	38	7	1	51	1.42
10008683--10008712	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
10009453--10009543	44	2.1	44	89	0	137	52	6	7	32	1.56
10017084--10017160	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
10017100--10017139	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
10017088--10017154	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
10018567--10018706	40	3.5	40	76	6	142	31	25	17	26	1.97
10019667--10019706	3	13.7	3	94	5	73	65	0	0	35	0.93
10020990--10021043	26	2.1	26	100	0	108	27	20	25	25	1.99
10028204--10028238	14	2.5	14	90	0	52	25	5	5	62	1.40
10029739--10029820	40	2.0	40	100	0	164	15	24	26	32	1.95
10030629--10030769	60	2.3	60	83	9	180	22	17	15	44	1.86
10031224--10031302	31	2.5	31	85	0	104	49	12	11	26	1.75
10032145--10032171	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
10034659--10034807	18	7.7	20	70	20	113	46	0	52	0	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10034704--10034860	3	52.3	3	75	5	111	45	0	54	0	1.04
10034660--10034860	15	13.6	15	75	13	141	47	0	51	0	1.08
10034657--10034860	24	8.4	24	77	7	171	47	0	51	0	1.08
10034655--10034817	21	8.4	20	68	24	91	46	0	52	0	1.09
10038669--10038853	94	1.9	97	83	9	245	33	9	18	38	1.84
10039418--10039473	29	1.9	29	85	7	78	62	5	8	23	1.45
10039638--10039701	27	2.3	28	86	2	85	21	21	3	53	1.60
10056052--10056080	15	1.9	15	100	0	58	17	13	13	55	1.70
10069648--10069704	14	4.4	12	78	12	51	77	1	3	17	1.00
10069647--10069704	22	2.6	22	84	10	66	77	1	3	17	0.99
10070115--10070165	17	3.1	17	80	2	59	13	1	9	74	1.15
10075719--10076029	43	7.3	43	80	2	304	27	30	16	26	1.97
10075719--10075925	85	2.4	86	87	0	290	26	31	16	24	1.97
10075719--10076031	128	2.4	129	82	6	368	27	30	16	26	1.97
10076305--10076395	43	2.1	43	85	2	121	42	9	10	36	1.73
10078174--10078356	91	2.0	91	100	0	366	31	8	21	38	1.84
10080892--10081154	83	3.2	83	83	3	311	31	15	13	39	1.85
10081277--10081304	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
10081374--10081420	17	2.8	17	83	0	58	51	10	0	38	1.37
10082080--10082219	7	19.7	7	68	10	61	46	32	0	20	1.51
10082080--10082219	14	9.9	14	71	8	86	46	32	0	20	1.51
10082078--10082146	36	1.9	35	82	2	84	44	31	0	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10082400--10082683	41	6.9	41	90	0	451	28	28	23	19	1.98
10086304--10086354	5	9.8	5	89	6	75	39	3	54	1	1.30
10093542--10093676	67	2.0	67	97	0	252	31	14	22	31	1.94
10093969--10094031	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
10101736--10101771	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
10103978--10104035	17	3.1	17	69	21	53	24	32	15	27	1.95
10109880--10109915	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
10112805--10112848	13	3.4	13	93	6	72	38	31	0	29	1.58
10113490--10113587	48	2.0	48	100	0	196	16	12	6	65	1.45
10122827--10122867	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
10137739--10137808	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
10139680--10139817	57	2.4	58	90	4	217	39	3	4	52	1.39
10140572--10140599	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
10144515--10144580	28	2.3	28	84	5	78	63	0	0	36	0.95
10144518--10144570	21	2.6	19	82	11	70	66	0	0	33	0.92
10144527--10144580	19	2.8	20	83	11	67	66	0	0	33	0.92
10144518--10144580	11	6.2	11	76	14	55	66	0	0	33	0.92
10144912--10144980	19	3.8	18	80	7	77	68	1	1	28	1.07
10145036--10145184	10	15.1	10	67	13	58	60	5	1	32	1.28
10145090--10145173	21	4.1	21	76	10	75	59	5	1	33	1.29
10145589--10145645	16	3.2	18	68	12	55	21	3	12	63	1.43
10145740--10145788	9	5.4	9	79	18	57	28	0	2	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10145707--10145818	17	6.1	18	68	19	63	33	0	2	62	1.15
10145741--10145794	27	2.0	26	92	3	90	31	0	1	66	1.02
10145739--10145830	36	2.5	37	79	13	91	29	1	3	66	1.14
10145807--10145840	12	3.0	11	87	8	50	29	0	2	67	1.05
10145755--10145863	18	5.6	20	68	17	52	33	1	3	61	1.24
10145734--10145904	10	16.9	10	67	18	52	30	1	3	64	1.20
10146225--10146499	86	3.2	86	86	1	354	26	30	17	25	1.97
10146225--10146500	43	6.4	43	80	2	268	26	30	17	25	1.97
10146396--10146518	43	2.8	43	85	1	120	28	27	16	27	1.97
10146793--10146888	21	4.6	21	82	0	102	4	39	16	39	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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