genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11797537--11797778	100	2.3	103	88	6	357	26	24	29	19	1.99
11802867--11802939	23	3.2	23	88	0	119	31	24	21	21	1.98
11803026--11803054	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
11803173--11803211	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
11807120--11807296	87	2.0	87	100	0	354	38	18	3	38	1.68
11813300--11813362	26	2.4	27	74	10	69	33	12	12	41	1.81
11822050--11822147	49	2.0	50	87	2	144	42	9	18	29	1.81
11824960--11824984	10	2.5	10	100	0	50	16	8	12	64	1.49
11826558--11826655	49	2.0	50	85	2	135	44	8	16	30	1.76
11826665--11826709	5	8.2	5	81	18	54	22	6	0	71	1.09
11826665--11826709	23	1.9	24	95	4	83	22	6	0	71	1.09
11854752--11854822	36	2.0	35	86	2	97	25	19	18	36	1.94
11856565--11856622	25	2.3	25	90	0	89	27	24	22	25	2.00
11856575--11856658	25	3.4	25	80	9	91	33	23	20	22	1.97
11866633--11867126	244	2.0	243	93	1	837	24	16	19	40	1.91
11878326--11878393	31	2.2	31	89	0	109	36	10	19	33	1.85
11879569--11879600	16	2.0	16	100	0	64	37	6	6	50	1.53
11880013--11880068	29	1.9	29	92	0	94	32	28	10	28	1.90
11883736--11883774	18	2.1	19	85	4	53	69	5	0	25	1.09
11883839--11883904	27	2.4	27	89	0	105	24	28	36	10	1.89
11883913--11884413	149	3.3	153	84	8	709	28	11	7	51	1.67
11884557--11884622	27	2.4	27	92	0	114	13	39	24	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11884679--11884722	11	3.9	12	77	22	51	22	0	6	70	1.11
11884686--11884724	20	2.0	19	85	5	51	23	0	5	71	1.05
11891223--11891252	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
11891230--11891285	20	2.8	20	78	13	53	62	0	0	37	0.95
11892856--11892886	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
11892856--11892886	11	2.9	11	95	4	55	80	0	0	19	0.71
11901143--11901197	19	2.8	19	76	17	51	72	3	9	14	1.23
11901377--11901401	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
11902001--11902732	87	8.3	87	69	10	315	27	21	20	30	1.98
11902215--11902760	44	12.3	45	70	12	173	26	22	20	30	1.98
11901990--11902385	174	2.3	175	92	1	670	27	21	20	30	1.98
11901991--11902674	44	15.4	44	70	12	206	26	22	19	30	1.98
11902852--11903018	45	3.8	44	69	10	124	23	23	22	30	1.99
11903026--11903160	42	3.2	42	70	10	139	27	22	22	27	1.99
11902748--11903173	88	4.9	86	85	5	475	25	23	21	29	1.99
11907903--11907951	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
11912081--11912658	88	6.6	88	84	3	660	28	23	23	24	1.99
11912278--11912500	44	5.1	43	67	18	136	24	24	25	26	2.00
11912099--11912658	178	3.2	176	84	3	700	27	23	23	25	2.00
11931295--11931629	172	1.9	172	93	0	580	41	19	10	28	1.85
11934502--11934688	51	3.7	50	78	4	214	33	25	15	25	1.95
11934500--11934684	101	1.8	101	88	3	282	33	25	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11937025--11937130	55	1.9	55	98	0	203	36	14	24	24	1.92
11937080--11937169	42	2.1	42	87	4	128	40	13	25	21	1.89
11947695--11947742	6	8.0	6	97	0	69	77	0	0	22	0.78
11947915--11947947	15	2.1	16	94	5	59	60	0	9	30	1.27
11951580--11951742	61	2.6	62	84	9	210	53	1	1	42	1.22
11955081--11955152	36	2.0	36	97	2	137	38	2	11	47	1.54
11964260--11964297	18	2.2	17	82	13	51	60	0	2	36	1.11
11975195--11975220	5	5.2	5	100	0	52	19	61	19	0	1.35
11977523--11977557	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
11979082--11979175	41	2.3	41	88	0	143	53	5	21	20	1.65
11979144--11979240	24	4.0	24	82	4	115	53	6	21	18	1.66
11979144--11979238	48	2.0	49	89	4	149	54	6	21	17	1.65
11979159--11979242	24	3.5	24	86	1	116	52	4	22	20	1.65
11980789--11980870	42	2.0	42	82	0	101	23	28	25	23	2.00
11981056--11981100	21	2.1	21	100	0	90	28	0	8	62	1.25
11984175--11984203	11	2.7	11	94	5	51	6	13	0	79	0.93
11985431--11985500	36	1.9	36	100	0	140	20	24	17	38	1.93
11985806--11985903	30	3.3	30	81	8	119	53	18	11	17	1.73
11985815--11985929	30	4.3	24	71	21	70	53	17	12	16	1.72
11985885--11985935	24	2.1	24	81	0	57	56	15	15	11	1.66
11993046--11993094	26	1.9	25	83	4	62	65	2	4	28	1.22
11993071--11993113	16	2.6	17	79	13	54	69	4	0	25	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11996509--11996663	26	6.3	26	71	13	112	19	21	21	38	1.94
11999522--11999566	20	2.3	20	84	3	65	48	6	2	42	1.41
12005215--12005265	27	1.9	26	84	4	66	45	3	3	47	1.40
12006900--12006945	24	2.0	23	91	4	74	50	6	4	39	1.48
12006913--12006975	33	1.9	33	83	6	83	47	6	3	42	1.44
12017351--12017441	43	2.1	43	93	2	157	36	16	23	24	1.94
12023721--12023758	16	2.3	16	95	4	67	28	7	10	52	1.64
12027111--12027165	22	2.4	23	82	11	69	40	5	10	43	1.63
12027991--12028075	37	2.3	37	87	0	125	40	17	14	28	1.88
12033375--12033425	24	2.1	24	96	0	93	35	13	15	35	1.87
12041587--12041640	27	2.0	28	85	3	74	20	9	27	42	1.82
12041627--12041691	27	2.4	27	87	2	96	9	16	43	30	1.80
12046686--12047269	134	4.4	134	81	1	652	31	17	13	37	1.88
12046677--12047269	268	2.2	268	83	1	733	31	16	13	37	1.88
12047222--12047305	36	2.3	36	91	0	132	29	17	17	34	1.94
12055414--12055454	17	2.4	18	80	8	50	24	14	0	60	1.34
12068638--12069030	133	3.0	133	92	0	671	25	24	19	30	1.98
12069047--12069373	89	3.7	89	85	4	383	25	23	22	28	1.99
12071509--12071578	28	2.5	28	95	4	124	40	5	11	42	1.65
12073104--12073178	28	3.0	26	78	19	88	65	12	0	22	1.25
12073956--12074453	150	3.3	151	92	2	820	53	6	8	31	1.57
12076821--12076845	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12076843--12076896	26	2.1	26	85	0	72	48	3	5	42	1.44
12081692--12081744	27	2.0	27	88	0	79	62	11	11	15	1.55
12096785--12096898	58	2.0	58	82	3	140	28	21	14	35	1.93
12098750--12098819	35	2.0	35	94	0	122	32	27	12	27	1.93
12103834--12103901	16	4.2	16	92	0	118	27	0	35	36	1.58
12103841--12103905	32	2.0	32	100	0	130	30	0	35	33	1.58
12104118--12104159	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
12104127--12104168	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
12104237--12104288	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
12104121--12104441	119	2.7	120	98	1	619	50	4	1	43	1.32
12104377--12104424	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
12104356--12104407	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
12104333--12104416	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
12106717--12106750	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
12106712--12106775	10	6.4	10	77	13	51	67	7	25	0	1.17
12106742--12106778	5	7.4	5	96	0	56	75	5	18	0	0.99
12106800--12106836	19	1.9	19	94	0	65	45	10	43	0	1.39
12117605--12117639	17	1.9	19	88	11	56	42	22	0	34	1.54
12118487--12118522	15	2.5	14	91	8	63	50	0	5	44	1.25
12120719--12120743	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
12121025--12121218	25	8.0	25	73	10	143	34	20	25	20	1.97
12121058--12121218	48	3.3	47	74	10	121	35	20	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12127675--12127723	22	2.2	21	80	16	55	51	2	2	44	1.24
12134560--12134599	21	1.9	21	85	10	55	37	10	10	42	1.72
12152004--12152050	5	9.4	5	95	0	85	57	0	2	40	1.11
12154715--12154759	23	2.0	24	86	8	67	51	8	4	35	1.54
12155295--12155365	31	2.3	29	81	9	79	47	8	5	38	1.57
12155295--12155367	30	2.4	32	84	6	89	47	8	5	38	1.56
12186359--12186398	21	1.9	21	85	10	55	37	10	10	42	1.72
12186872--12186944	27	2.7	27	80	15	73	63	2	1	32	1.17
12191368--12191394	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
12193122--12193418	148	2.0	148	100	0	594	29	16	16	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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