genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23515774--23515948	45	3.9	45	83	1	192	34	22	14	28	1.94
23515776--23515947	90	1.9	88	83	2	218	34	22	13	28	1.93
23519806--23519855	27	1.9	27	88	8	77	26	16	16	42	1.88
23519803--23519867	27	2.5	25	76	9	76	24	16	18	40	1.91
23519937--23520000	25	2.5	24	75	9	65	26	21	18	32	1.97
23521172--23521262	42	2.2	42	93	0	155	17	31	31	18	1.94
23522570--23522705	53	2.6	52	82	1	164	14	21	44	19	1.86
23521875--23522845	484	2.0	485	89	1	1489	23	20	30	24	1.98
23522939--23522977	13	3.0	13	96	0	69	15	17	15	51	1.77
23522939--23522979	6	6.5	6	83	10	55	17	17	14	51	1.77
23522939--23522979	19	2.2	19	86	8	57	17	17	14	51	1.77
23551703--23551849	38	3.9	38	86	1	188	36	25	20	17	1.94
23558370--23558498	43	3.0	42	75	15	120	22	19	28	29	1.98
23559389--23559438	23	2.2	23	85	0	64	30	18	16	36	1.92
23559397--23559440	23	1.9	23	90	0	70	27	15	15	40	1.88
23559427--23559511	24	3.5	25	76	12	72	31	10	18	38	1.85
23562294--23562587	27	10.9	27	79	7	267	43	20	16	20	1.88
23562294--23562587	81	3.6	81	79	7	337	43	20	16	20	1.88
23566351--23566400	24	2.1	24	96	0	91	42	18	2	38	1.61
23570014--23570040	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
23578390--23578442	26	2.0	26	86	13	74	16	22	33	26	1.96
23578419--23578643	43	5.3	42	75	11	210	22	15	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23578416--23578653	85	2.8	84	88	0	332	23	16	25	34	1.95
23581495--23581628	66	2.0	65	84	5	171	14	26	17	41	1.87
23591727--23591981	27	9.4	27	82	0	285	35	22	18	23	1.96
23591723--23591997	81	3.4	81	83	0	354	36	21	18	23	1.95
23591878--23591993	54	2.1	54	87	0	160	40	20	18	20	1.92
23592014--23592062	24	2.0	24	84	0	62	28	8	20	42	1.80
23592140--23592204	27	2.4	27	80	14	73	21	24	21	32	1.98
23592264--23592403	32	4.4	32	85	1	147	21	22	20	36	1.95
23592246--23592403	64	2.5	64	85	2	192	21	19	20	37	1.94
23595702--23595981	27	10.4	27	81	3	305	32	20	23	23	1.98
23595998--23596060	24	2.6	24	84	0	81	28	4	19	47	1.69
23596144--23596208	27	2.4	27	78	14	73	21	23	21	33	1.97
23596162--23596214	27	2.0	27	81	7	63	22	26	20	30	1.98
23596196--23596250	26	2.1	26	89	0	83	20	20	21	38	1.94
23596251--23596429	32	5.6	32	90	0	277	18	20	22	38	1.93
23596272--23596456	64	2.9	64	90	0	271	21	21	19	37	1.94
23596262--23596486	96	2.4	96	83	2	265	22	20	19	38	1.94
23596251--23596486	64	3.7	64	87	0	267	22	19	19	38	1.94
23596478--23596527	22	2.3	22	85	0	64	20	16	18	46	1.85
23598447--23598573	48	2.6	48	82	11	170	46	7	27	18	1.75
23598639--23598714	40	1.9	40	91	0	125	15	25	18	40	1.90
23606723--23606787	28	2.3	27	74	7	67	29	24	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607071--23607264	32	6.1	32	76	8	148	37	21	19	22	1.95
23607025--23607252	64	3.6	64	75	14	168	37	21	19	21	1.95
23607025--23607252	96	2.4	96	79	5	264	37	21	19	21	1.95
23607081--23607262	64	2.8	63	76	11	174	36	21	20	21	1.95
23607488--23607839	27	13.1	27	88	0	436	22	19	20	37	1.95
23609658--23609689	14	2.3	14	100	0	64	40	6	28	25	1.79
23629221--23629255	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
23631512--23631682	41	4.2	41	85	2	211	22	28	16	32	1.96
23632481--23632584	42	2.5	42	96	0	190	20	25	34	19	1.96
23644070--23644128	32	1.9	29	83	16	75	50	1	44	3	1.28
23655324--23655358	15	2.4	15	85	4	54	57	0	5	37	1.23
23661936--23662187	26	9.5	26	84	7	294	20	18	20	40	1.91
23661936--23662187	79	3.2	77	84	4	315	20	18	20	40	1.91
23672094--23672125	14	2.3	14	94	0	55	53	12	0	34	1.39
23672945--23672988	17	2.5	18	92	3	72	40	15	4	38	1.68
23674243--23674287	21	2.1	21	84	8	56	37	31	8	22	1.85
23689999--23690051	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
23690032--23690122	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
23690174--23690490	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
23690424--23690465	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23690433--23690474	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23690427--23690719	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23690553--23690594	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23695288--23695321	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
23705422--23705478	29	2.0	28	83	10	71	42	0	3	54	1.17
23706247--23706271	6	4.2	6	100	0	50	48	0	16	36	1.46
23707395--23707433	17	2.1	19	86	13	55	20	0	7	71	1.10
23711530--23711555	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
23714656--23714925	113	2.4	112	82	2	272	34	16	22	27	1.95
23714859--23715000	75	1.9	75	88	0	212	34	14	22	28	1.94
23714842--23715017	75	2.3	74	79	5	183	32	16	24	26	1.96
23714932--23715379	114	3.9	114	77	9	432	31	18	23	26	1.97
23714951--23715379	229	1.9	228	85	4	605	31	18	23	27	1.97
23714978--23715549	229	2.5	229	80	7	592	30	19	22	27	1.98
23716272--23716323	17	3.1	17	83	10	54	50	0	1	48	1.12
23716952--23717045	44	2.1	44	94	0	161	22	35	8	34	1.84
23718677--23718738	19	3.4	19	66	20	60	32	3	1	62	1.20
23718679--23718760	35	2.3	35	95	0	146	34	4	2	58	1.32
23718787--23718864	9	8.7	9	73	16	63	44	15	1	38	1.55
23718782--23718860	16	5.0	16	76	13	74	44	16	1	37	1.56
23718924--23718987	23	3.0	22	72	21	64	46	20	1	31	1.60
23719041--23719134	34	2.6	36	75	9	95	53	15	3	27	1.58
23719119--23719301	12	15.2	12	69	11	115	46	17	3	31	1.66
23719119--23719301	24	7.6	24	71	11	133	46	17	3	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23719048--23719369	119	2.7	119	84	4	402	48	17	3	30	1.64
23719290--23719378	9	10.6	9	79	13	91	46	20	1	32	1.58
23719290--23719374	25	3.4	25	76	12	79	47	20	1	31	1.58
23719290--23719378	34	2.6	34	85	0	133	46	20	1	32	1.58
23720979--23721021	19	2.3	19	95	0	77	18	34	20	25	1.96
23724852--23724920	21	3.3	21	83	0	84	34	18	42	4	1.71
23724905--23724932	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
23725434--23725661	42	5.4	42	80	6	219	22	21	20	35	1.96
23725368--23725661	42	7.0	42	77	10	210	24	21	20	34	1.97
23725392--23725661	85	3.2	84	85	3	321	22	20	20	35	1.96
23725369--23725661	127	2.3	127	80	7	319	24	21	20	33	1.97
23725821--23725853	16	2.1	16	94	0	57	21	15	18	45	1.85
23727310--23727338	10	2.9	10	100	0	58	10	20	17	51	1.74
23740615--23740658	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
23740703--23740796	45	2.1	45	91	0	152	30	22	20	26	1.98
23742768--23742793	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
23749545--23749575	13	2.4	13	94	0	53	41	29	0	29	1.56
23751008--23751043	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
23751356--23751382	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23758469--23758493	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
23761078--23761262	51	3.7	50	80	6	178	22	18	28	30	1.97
23761078--23761262	101	1.8	102	89	5	295	22	18	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23761184--23761264	26	3.2	26	65	28	73	20	14	30	33	1.93
23761288--23761337	26	1.9	26	95	0	91	16	22	32	30	1.95
23761316--23761450	33	3.8	34	73	21	123	20	20	27	31	1.97
23763733--23763757	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
23768664--23768727	31	2.1	31	100	0	128	29	21	17	31	1.96
23770261--23770347	22	4.0	22	87	0	120	11	24	19	44	1.83
23770257--23770354	44	2.2	44	81	0	124	11	23	19	45	1.82
23774147--23774207	33	1.9	31	90	6	95	63	8	0	27	1.22
23775639--23775691	16	3.2	17	81	10	65	33	1	1	62	1.17
23775896--23776020	58	2.0	60	91	8	200	29	17	8	44	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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