genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
509889--509939	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
510089--510125	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
521220--521281	30	2.1	30	93	0	106	12	17	51	17	1.76
523175--523277	49	2.1	51	81	5	129	62	2	5	29	1.33
526348--526397	26	1.9	27	84	8	68	62	4	20	14	1.47
530374--530466	18	5.2	18	90	0	141	29	25	15	30	1.95
530380--530466	36	2.4	36	98	0	165	29	25	13	31	1.94
534520--534550	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
538472--538501	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
539912--539953	19	2.3	19	84	12	52	73	2	4	19	1.12
549712--549752	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
558968--558996	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
573671--573719	17	2.9	17	76	11	55	32	0	0	67	0.91
574511--574587	29	2.5	32	75	14	81	36	6	9	48	1.61
576755--576809	29	1.9	28	85	3	74	20	0	9	70	1.13
580044--580127	18	4.7	18	86	0	114	29	23	14	32	1.94
580039--580127	36	2.5	36	90	0	133	30	23	14	31	1.94
586216--586249	16	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
588076--588123	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
588072--588127	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
588072--588123	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
588328--588400	32	2.4	31	83	4	85	58	4	4	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
588349--588391	16	2.8	16	80	16	54	60	0	2	37	1.10
588360--588493	25	5.5	24	67	21	75	57	2	4	35	1.34
588360--588493	23	5.6	25	71	15	86	57	2	4	35	1.34
588281--588428	25	5.6	27	72	10	101	54	4	7	33	1.50
589010--589184	30	5.8	30	87	2	262	22	4	48	25	1.68
589010--589184	60	2.9	59	94	2	305	22	4	48	25	1.68
589895--590251	76	4.8	77	84	7	429	32	21	16	29	1.95
590231--590265	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
590091--591378	162	8.0	162	69	19	563	35	21	16	27	1.94
590158--590321	89	1.9	87	84	7	224	34	21	17	26	1.95
590285--590484	73	2.8	71	83	2	256	33	21	14	31	1.93
589895--590625	235	3.2	227	82	8	806	33	22	16	28	1.95
590476--590617	72	2.0	73	90	1	223	39	23	15	21	1.91
590342--590631	160	1.8	157	85	6	406	34	22	15	27	1.95
590776--591056	72	3.7	75	84	8	349	33	19	15	30	1.93
591043--591070	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
590964--591146	89	2.1	87	85	8	253	36	19	18	26	1.94
590928--591378	161	2.8	162	88	3	612	34	21	16	26	1.95
591052--591220	73	2.3	74	87	2	250	36	21	18	24	1.95
591200--591233	14	2.4	14	95	0	59	58	8	14	17	1.61
591127--591310	88	2.1	87	85	7	241	36	21	16	25	1.94
591253--591431	71	2.5	71	87	1	234	31	22	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
591089--591605	232	2.2	231	83	7	622	35	22	15	26	1.94
591442--591609	72	2.3	72	87	2	239	41	21	14	22	1.89
591484--591729	122	2.0	123	86	3	345	39	22	13	23	1.90
591608--591783	70	2.5	70	82	4	196	35	22	14	27	1.93
599837--599884	12	4.0	12	97	0	87	41	6	25	27	1.79
599837--599884	4	12.0	4	81	0	60	41	6	25	27	1.79
601414--601461	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
601410--601465	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
601410--601461	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
601577--601633	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
601665--601724	28	2.2	27	84	3	75	56	3	5	35	1.37
601606--601826	25	9.0	25	71	14	122	55	4	5	34	1.43
602203--602250	12	4.0	12	75	0	51	43	41	0	14	1.45
602211--602256	24	1.9	24	90	0	74	45	41	0	13	1.43
602340--602485	30	4.8	30	89	1	220	24	3	47	24	1.67
602340--602485	61	2.4	60	88	4	213	24	3	47	24	1.67
603292--603356	33	2.0	33	81	6	78	35	0	1	63	1.04
606992--607031	19	2.0	20	85	4	55	17	7	0	75	1.03
616840--616888	23	2.2	23	85	3	64	59	8	2	30	1.38
616871--616913	23	1.9	22	85	4	59	60	0	2	37	1.10
623932--623993	6	10.3	6	94	0	106	16	48	0	35	1.46
633447--633529	43	1.9	43	83	11	107	55	2	1	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
633483--633548	11	6.4	11	83	16	72	57	0	3	39	1.14
633492--633578	30	3.0	29	85	11	108	59	0	2	37	1.10
633492--633578	27	3.0	28	86	11	97	59	0	2	37	1.10
638792--638855	28	2.3	28	81	5	76	29	3	3	64	1.24
638828--638873	18	2.5	18	83	13	58	28	4	6	60	1.40
638968--639032	34	1.9	33	87	9	96	26	9	1	63	1.34
643224--643257	13	2.5	14	85	9	52	44	0	29	26	1.55
644423--644518	48	2.0	48	95	0	174	31	15	9	43	1.78
651241--651589	84	4.2	83	84	6	372	18	30	8	42	1.79
657026--657067	20	2.1	20	86	8	59	16	0	7	76	1.00
661148--661188	21	2.0	21	85	9	57	36	2	0	60	1.10
661577--661603	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
662378--662597	92	2.4	92	81	1	264	31	11	13	42	1.81
680690--680720	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
685073--685107	4	8.8	4	100	0	70	48	25	0	25	1.51
685254--685309	27	2.1	27	89	0	85	33	8	7	50	1.61
688261--688479	120	1.8	122	85	5	309	36	19	13	30	1.90
689392--689417	6	4.3	6	100	0	52	15	0	46	38	1.46
692608--692644	19	2.0	20	89	10	60	13	5	2	78	1.03
693100--693281	63	3.0	63	88	4	241	50	21	25	2	1.62
693100--693281	30	6.0	30	88	3	247	50	21	25	2	1.62
693113--693281	93	1.8	93	89	0	266	50	20	26	2	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711069--711195	57	2.2	58	84	1	157	53	11	11	22	1.70
718268--718294	6	4.5	6	100	0	54	14	37	29	18	1.91
732975--733050	37	2.1	37	100	0	152	36	15	18	28	1.92
739708--739796	30	2.8	32	83	11	96	48	8	14	28	1.74
739708--739796	33	2.8	32	81	8	94	48	8	14	28	1.74
746273--746883	141	4.4	141	72	10	565	33	17	13	36	1.88
746819--746942	61	2.0	61	84	0	158	29	21	16	32	1.95
755919--756612	182	3.9	181	81	6	807	34	19	11	33	1.88
762528--762584	4	14.5	4	73	23	50	49	26	0	24	1.51
762528--762584	15	3.7	15	72	23	55	49	26	0	24	1.51
765614--765675	24	2.6	24	86	0	88	37	6	3	53	1.43
766044--766088	23	2.0	23	90	0	72	44	2	0	53	1.13
768153--768198	17	2.7	17	93	0	74	43	6	23	26	1.78
780129--780158	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
783168--783196	12	2.5	12	94	5	51	44	0	0	55	0.99
782465--783971	761	2.0	764	83	4	1946	34	15	14	36	1.87
785800--785839	9	4.4	9	84	9	55	20	0	25	55	1.44
785800--785839	18	2.2	18	95	0	71	20	0	25	55	1.44
785953--786394	124	3.5	124	85	4	573	29	16	23	30	1.96
787059--787208	21	7.0	21	81	3	156	27	1	28	42	1.64
787067--787178	43	2.6	43	84	1	145	28	1	28	41	1.66
787111--787707	98	6.2	97	76	15	358	22	1	34	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787154--787249	47	2.0	49	87	4	142	21	1	35	41	1.60
787209--787280	35	2.0	36	89	2	110	25	1	33	40	1.64
787260--787709	27	17.9	26	72	18	339	21	1	34	42	1.61
787264--787335	28	2.6	28	82	2	92	20	4	34	40	1.72
787244--787741	49	10.0	49	84	5	624	21	1	34	41	1.61
787294--787364	14	5.1	14	67	16	58	22	0	33	43	1.54
787314--787691	22	15.6	21	68	23	153	21	0	34	42	1.57
787566--787623	29	2.0	29	89	0	89	17	0	34	48	1.47
787577--787735	22	6.7	22	72	18	97	22	0	33	44	1.58
787653--787718	27	2.3	29	82	12	91	25	0	33	40	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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